Nouvelle méthode pour créer des gels olympiques
La recherche explique une nouvelle méthode pour produire des gels olympiques en utilisant la technologie ADN.
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Table des matières
- Applications des Gels
- Propriétés Mécaniques des Gels
- Création des Gels Olympiques
- Défis de Synthèse
- Nouvelles Approches
- Conception Moléculaire
- Processus de Production
- Caractérisation des Gels
- Imagerie Microscopique
- Simulations Informatiques
- Propriétés de Gonflement Uniques
- Propriétés Mécaniques
- Conclusion
- Source originale
Les Gels sont des matériaux souples qui ont des caractéristiques mécaniques et structurelles spéciales. Ils sont composés de molécules reliées par des liens forts (chimiques) ou des interactions plus faibles (physiques). Cette connexion crée un réseau tridimensionnel qui remplit le gel. Les espaces dans ce réseau sont remplis d'un liquide, souvent appelé solvant. Les gels sont intéressants grâce à leurs propriétés uniques, ce qui permet de les utiliser dans divers domaines, y compris la médecine, l'optique et la gestion de l'environnement.
Applications des Gels
Les caractéristiques intéressantes des gels ont ouvert la voie à de nombreuses applications. Dans le domaine médical, ils sont utilisés pour la délivrance de médicaments, aidant à transporter des traitements de manière contrôlée. Les gels se retrouvent aussi dans les lentilles de contact, les rendant confortables à porter. En ingénierie tissulaire, les gels offrent une structure de soutien pour faire croître de nouveaux tissus. De plus, ils sont utilisés dans des membranes d'ultrafiltration, capables de séparer des substances dans un liquide. Les gels peuvent même être utilisés dans des dispositifs microfluidiques qui gèrent automatiquement de très petites quantités de fluides ou dans des systèmes qui capturent la lumière pour produire de l'énergie.
Propriétés Mécaniques des Gels
Les caractéristiques mécaniques des gels peuvent être expliquées en regardant combien de jonctions se trouvent dans le réseau moléculaire. Ces jonctions sont les points où les molécules se connectent. Si ces jonctions sont retirées, le gel perd de sa fermeté et se comporte comme un fluide. En 1979, un scientifique nommé De Gennes a proposé un nouveau type de gel appelé "gels olympiques". Ces gels n'ont pas les jonctions de réseau traditionnelles mais sont maintenus ensemble par des anneaux de molécules entrelacés. Ce changement de structure pourrait mener à des propriétés mécaniques différentes et intéressantes par rapport aux gels classiques.
Création des Gels Olympiques
Créer des gels olympiques est un défi car cela nécessite l'utilisation de molécules capables de former des anneaux entrelacés au lieu de chaînes ou de jonctions linéaires traditionnelles. Plusieurs étapes sont impliquées dans ce processus. Une idée est d'utiliser un modèle où deux parties d'une molécule ne peuvent se connecter qu'à leur homologue assorti, comme une clé dans une serrure. Lorsqu'un groupe diversifié de ces molécules est présent, il est plus facile pour elles de former la structure de gel désirée.
Dans la nature, certains systèmes biologiques utilisent aussi des mécanismes similaires. Par exemple, l'ADN dans certains microorganismes forme un réseau de cercles qui aide aux activités génétiques. Cette structure est toujours à l'étude pour comprendre comment elle fonctionne.
Défis de Synthèse
Malgré les propriétés intéressantes des gels olympiques, les fabriquer en laboratoire a été très difficile. Beaucoup de tentatives ont été faites, mais jusqu'à présent, ces gels ont principalement été créés dans des simulations informatiques. Pour réaliser un gel olympique dans la vraie vie, les scientifiques doivent concentrer des molécules linéaires pour qu'elles puissent former les anneaux entrelacés. Cependant, à des concentrations élevées, il y a une tendance pour les molécules à se connecter de manière linéaire, ce qui n'est pas ce qui est souhaité.
Nouvelles Approches
Ces dernières années, différentes méthodes ont été proposées pour surmonter les défis de la fabrication de gels olympiques. Les simulations informatiques suggèrent que les bonnes conditions expérimentales sont difficiles à atteindre. Certaines recherches ont montré que combiner des polymères cycliques peut créer un certain niveau d'entrelacement mais n'a pas encore conduit à la synthèse réussie de véritables gels olympiques. Des études récentes se sont inspirées de la nature et ont utilisé des enzymes pour aider à concaténer l'ADN afin de construire un réseau. Cependant, cela résulte toujours en jonctions de réseau traditionnelles, ce qui modifie les caractéristiques du matériau.
Cette étude présente une nouvelle méthode pour produire des gels olympiques en utilisant la biotechnologie. Cette nouvelle approche utilise des anneaux d'ADN double brin qui peuvent s'ouvrir et se fermer à des points précis. En utilisant une bibliothèque diversifiée de séquences d'ADN, l'objectif est de contrôler comment ces molécules interagissent pour favoriser la formation de gels olympiques plutôt que de chaînes linéaires.
Conception Moléculaire
Pour créer un gel olympique, tu as besoin d'une molécule qui peut se connecter sans former de jonctions conventionnelles. La conception implique l'utilisation d'un polymère ayant deux extrémités qui ne peuvent se lier que lorsqu'elles trouvent leur match. Pour créer les bonnes conditions, un mélange de composants est nécessaire afin que chaque molécule soit susceptible d'interagir avec différents types de partenaires de liaison.
Une caractéristique unique de l'ADN est qu'il a des règles de couplage strictes, permettant aux scientifiques de créer de grandes bibliothèques avec de nombreuses variations. En insérant des sites de liaison spécifiques dans des Plasmides (un type d'ADN), les chercheurs peuvent augmenter la chance que les brins se connectent de la manière désirée.
Processus de Production
Pour créer la bibliothèque de plasmides diversifiée, les chercheurs ont utilisé des méthodes de clonage classiques. Une séquence d'ADN spécifique a été intégrée dans un plasmide, qui a ensuite été cultivé dans des bactéries pour produire une grande quantité. Les plasmides ont été traités pour s'ouvrir et se fermer à des positions prédéfinies. En analysant les échantillons, les chercheurs ont pu confirmer que le processus de découpe était réussi.
Après avoir créé des échantillons de plasmides, les chercheurs les ont concentrés à des poids spécifiques pour créer le gel olympique. Les échantillons ont été traités pour ouvrir les plasmides et permettre à leurs anneaux d'interagir. Les incuber leur a permis de se connecter en un réseau.
Caractérisation des Gels
Pour assurer le succès du processus de Concaténation, les chercheurs ont utilisé différentes méthodes pour analyser les échantillons de plasmides nickés et non nickés. Ces analyses ont montré que les échantillons nickés pouvaient créer une structure en réseau, tandis que les non nickés restaient comme des morceaux séparés.
La recherche incluait l'examen des séquences de l'ADN pour garantir la variété et l'indépendance. Même après être passés par le système bactérien pour la production, la variété dans les séquences est restée élevée, ce qui signifie que le système a produit une bonne gamme de molécules uniques.
Imagerie Microscopique
Pour mieux comprendre la structure des anneaux de plasmides et leur réseau, les chercheurs ont utilisé des techniques d'imagerie avancées. La microscopie à force atomique (AFM) leur a permis de visualiser les plasmides avant et après la découpe. Cette imagerie a confirmé que les plasmides se comportaient comme prévu après traitement.
Pour analyser la structure de l'ensemble du réseau, la microscopie électronique à balayage cryogénique (cryo-SEM) a été utilisée. Cette technique a permis de montrer une structure en maille, indiquant que les plasmides formaient un réseau connecté.
Simulations Informatiques
Pour prédire le comportement des gels olympiques sous stress, des simulations informatiques ont été utilisées. Les simulations ont examiné comment les anneaux entrelacés réagiraient à différentes forces. Les résultats de ces simulations ont indiqué que les gels afficheraient un comportement unique en matière de contrainte-déformation, ce qui pourrait aider à affiner les théories existantes sur le comportement de tels matériaux.
Propriétés de Gonflement Uniques
Les chercheurs ont aussi exploré comment les gels olympiques se comportaient en présence de liquides. Ils ont comparé le gonflement et la dissolution des échantillons nickés et non nickés. Les échantillons nickés ont montré un comportement unique dépendant de la concentration, gonflant jusqu'à un certain point avant de se stabiliser, tandis que les échantillons non nickés se dispersaient rapidement.
Ce comportement suggérait que la nature interconnectée des échantillons nickés leur permettait de maintenir leur structure, contrairement aux non nickés, qui manquaient de connexions permanentes.
Propriétés Mécaniques
Pour étudier les caractéristiques mécaniques des gels, des expériences rhéologiques ont été réalisées. Ces tests aident à déterminer comment les matériaux réagissent au stress et à la déformation. Les résultats ont montré que les échantillons de plasmides nickés affichaient des propriétés de gel cohérentes et stables, tandis que les échantillons non nickés se comportaient différemment, mettant en évidence comment la structure entrelacée contribue aux propriétés globales du matériau.
Conclusion
Dans cette étude, les scientifiques ont combiné diverses méthodes de biologie et de chimie pour synthétiser des gels olympiques, un nouveau type de matériau souple. La recherche souligne l'importance d'utiliser des interactions de liaison spécifiques pour améliorer les chances de former la structure de gel souhaitée sans jonctions conventionnelles. Grâce à une conception et à des tests minutieux, il a été démontré que ces gels peuvent être fabriqués avec des propriétés uniques, présentant des applications prometteuses dans des domaines comme la biologie synthétique et le bioengineering.
La création de gels olympiques ouvre des perspectives pour des usages innovants, comme le développement de systèmes pour délivrer des molécules thérapeutiques. Ces avancées pourraient contribuer de manière significative aux systèmes bio-ingénierés, montrant le potentiel des réseaux d'ADN conçus dans diverses applications.
Titre: Assembling a true "Olympic Gel" from >16,000 combinatorial DNA rings
Résumé: Olympic gels are an elusive form of soft matter, comprising a three-dimensional network of mechanically interlocked cyclic molecules. In the absence of defined network junctions, the high conformational freedom of the molecules was previously theorized to confer unique mechanical properties to Olympic gels, such as non-linear elasticity and unconventional swelling characteristics. However, the synthesis of an Olympic gel exhibiting these intriguing features is challenging, since unintended crosslinking and polymerization processes are often favored over cyclization. Here, we report the successful assembly of a true Olympic gel from a library of DNA rings comprising more than 16,000 distinct molecules. Each of these rings contains a unique sequence domain that can be enzymatically activated to produce reactive termini that favor intramolecular cyclization. We characterized the materials genetic, mechanical, and structural characteristics by next-generation sequencing, oscillatory rheology, large-scale computational simulations, atomic force microscopy, and cryogenic electron microscopy. Our results confirm the formation of a stable Olympic gel, which exhibits unique swelling behavior and an elastic response that is exclusively determined by entanglements, yet persists on long time scales. By combining concepts from polymer physics, synthetic biology, and DNA nanotechnology, this new material class provides a flexible experimental platform for future studies into the effects of network topology on macroscopic material properties and its function as a carrier of genetic information in biological and biomimetic systems. This work moreover demonstrates that exotic material properties can emerge in systems with a high compositional complexity that is more reminiscent of biological than synthetic matter. O_FIG O_LINKSMALLFIG WIDTH=200 HEIGHT=131 SRC="FIGDIR/small/603212v1_ufig1.gif" ALT="Figure 1"> View larger version (25K): [email protected]@1d9028forg.highwire.dtl.DTLVardef@37057dorg.highwire.dtl.DTLVardef@497fd0_HPS_FORMAT_FIGEXP M_FIG C_FIG
Auteurs: Elisha Krieg, S. Speed, A. Atabay, Y.-H. Peng, K. Gupta, T. Müller, C. Fischer, J.-U. Sommer, M. Lang
Dernière mise à jour: 2024-07-16 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.12.603212
Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.12.603212.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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