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Nouveaux aperçus sur les ADP-ribosyltransférases dans Legionella

Des recherches révèlent de nouvelles familles d'ART dans Legionella, ce qui améliore notre compréhension du comportement bactérien et des infections.

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Les ADP-ribosyltransférases (ARTs) sont des protéines spéciales qui modifient d'autres molécules en ajoutant une partie appelée ADP-ribose. Ce processus aide à réguler différentes fonctions chez les êtres vivants. Les ARTs peuvent modifier des protéines, du matériel génétique et des molécules plus petites en utilisant une substance appelée NAD⁺. Il y a deux types principaux d'ARTs : les monoARTs, qui ajoutent un seul ADP-ribose, et les poly(ADP-ribose) polymérases (PARPs), qui ajoutent plusieurs unités d'ADP-ribose ensemble.

Ces enzymes se trouvent dans de nombreuses formes de vie, y compris les bactéries, les plantes, les animaux, et même les virus. Elles ont une structure similaire avec un noyau fait de feuillets bêta entourés de sections torsadées appelées hélices alpha. Malgré leurs similitudes structurelles, les ARTs ont des séquences différentes, ce qui signifie qu'elles n'ont pas toujours la même apparence sur le plan génétique. Les chercheurs classifient les ARTs en quatre groupes principaux selon leurs séquences.

Le rôle des ARTs chez les bactéries

La mono-ADP-ribosylation est probablement apparue en premier chez les bactéries comme un moyen de défense contre les virus. Plus tard, la poly-ADP-ribosylation s'est développée chez des organismes plus complexes pour aider à la réparation de l'ADN et au contrôle de la mort cellulaire.

Quand les bactéries infectent un hôte, elles peuvent utiliser l'ADP-ribosylation pour interférer avec les processus cellulaires de l'hôte. Cela peut entraîner des changements dans le comportement de la cellule hôte, affectant sa réponse immunitaire et même sa mort. Certaines toxines produites par les bactéries peuvent attaquer et modifier l'ADN, empêchant la cellule de croître et de se reproduire. Par exemple, certaines protéines des mycobactéries peuvent cibler l'ADN viral, empêchant le virus de se reproduire.

Comprendre Legionella

Legionella est un type de bactéries qui peut vivre librement, former des biofilms, ou s'associer à des hôtes. Quand les humains sont infectés par Legionella, ça peut causer de graves infections pulmonaires, comme la légionellose, ou une maladie plus légère connue sous le nom de fièvre de Pontiac. Il y a plus de 70 espèces de Legionella, et environ la moitié peuvent rendre les humains malades.

Une fois à l'intérieur d'une cellule hôte, Legionella crée un environnement protecteur dans un compartiment spécial appelé vacuole contenant Legionella (LCV). Cela permet aux bactéries de survivre et de se multiplier. Legionella a des protéines spéciales qui peuvent modifier le comportement de la cellule hôte, aidant les bactéries à croître et à échapper à la réponse immunitaire.

La découverte de nouvelles familles d'ART

Les chercheurs ont étudié 41 espèces différentes de Legionella pour trouver de nouveaux types d'ARTs. Ils ont découvert 26 nouvelles familles ressemblant à des ARTs et en ont décrit six en détail, offrant une nouvelle manière de voir ces enzymes et leurs fonctions chez les bactéries.

Trouver des ARTs dans les protéines de Legionella

L'étude a examiné de nombreuses protéines pour identifier celles présentant des similitudes avec des ARTs connus. Ils ont réduit les données en regroupant des séquences similaires et en recherchant des domaines d'ART connus. Après avoir examiné de nombreuses séquences, les chercheurs ont filtré celles déjà connues et se sont concentrés sur des familles uniques ressemblant à des ARTs.

Caractéristiques des nouvelles familles d'ART

Certaines des nouvelles familles trouvées incluent :

  • DUF2971 : Cette famille semble impliquée dans la modification de l'ADN. Sa structure et ses sites actifs suggèrent qu'elle joue un rôle dans la réponse au stress des bactéries et dans la réparation de leur ADN en cas de menace.

  • Lsan_0116 : Cette famille montre des promesses en tant que protéine effectrice, probablement impliquée dans la manière dont les bactéries manipulent les cellules hôtes.

  • DUF4291 : Cette famille est notable pour sa large distribution à travers de nombreux organismes, y compris des bactéries et certains champignons. Elle suggère un rôle dans des processus communs à diverses formes de vie.

  • Lsan_2474 : Cette famille est liée à des protéines qui modifient les fonctions cellulaires, indiquant son importance potentielle dans les interactions entre bactéries et leurs hôtes.

  • Lani_1641 : Cette famille semble unique à Legionella et montre des promesses en tant que protéine effectrice potentielle, bien qu'elle n'apparaisse pas dans d'autres systèmes.

  • Lmac_3114 : Liée à une autre famille, cette protéine pourrait aussi participer à la modification des fonctions cellulaires, surtout en période de stress.

Implications pour la pathogénicité

Les résultats indiquent que ces nouvelles familles de protéines ressemblant à des ART aident probablement Legionella à survivre et à prospérer dans divers environnements, surtout à l'intérieur des organismes hôtes. Chaque famille pourrait avoir des rôles spécifiques pour permettre aux bactéries d'envahir les cellules hôtes et d'échapper aux réponses immunitaires.

L'importance de comprendre les ART

Étudier ces nouvelles familles d'ART est crucial pour comprendre comment des bactéries comme Legionella s'adaptent à leurs environnements et causent des maladies. En examinant les fonctions et les distributions de ces protéines, les chercheurs peuvent mieux saisir comment les bactéries interagissent avec les hôtes et comment elles peuvent être contrôlées ou traitées à l'avenir.

Conclusion

L'étude des ADP-ribosyltransférases dans Legionella a ouvert de nouvelles portes pour comprendre le comportement bactérien. L'identification de nombreuses nouvelles familles fournit des aperçus précieux sur les mécanismes d'infection et les voies potentielles pour développer des traitements. À mesure que la recherche progresse, ces découvertes pourraient mener à de nouvelles façons de lutter contre les maladies bactériennes, soulignant l'importance de comprendre les rôles divers des protéines ART dans les organismes pathogènes.

Source originale

Titre: A survey of ADP-ribosyltransferase families in the pathogenic Legionella

Résumé: BackgroundADP-ribosyltransferases (ARTs) are a superfamily of enzymes implicated in various cellular processes, including pathogenic mechanisms. The Legionella genus, known for causing Legionnaires disease, possesses diverse ART-like effectors. This study explores the proteomes of 41 Legionella species to bioinformatically identify and characterise novel ART-like families, providing insights into their potential roles in pathogenesis and host interactions. MethodsWe conducted a comprehensive bioinformatic survey of 41 Legionella species to identify proteins with significant sequence or structural similarity to known ARTs. Sensitive sequence searches were performed to detect candidate ART-like families. Subsequent validation, including structure prediction of such families, was achieved using artificial intelligence-driven tools, such as AlphaFold. Comparative analyses were performed to assess sequence and structural similarities between the novel ART-like families and known ARTs. ResultsOur analysis identified 63 proteins with convincing similarity to ARTs, organised into 39 ART-like families, including 26 novel families. Key findings include: O_LIDUF2971 family: exhibits sequence similarity to DarT toxins and other DNA-acting ARTs. C_LIO_LIDUF4291 family: the largest newly identified family shows structural and sequence similarity to the diphtheria toxin, suggesting the ability to modify proteins. C_LI Most members of the novel ART families are predicted effectors. Although experimental validation of the predicted ART effector functions is necessary, the novel ART-like families identified present promising targets for understanding Legionella pathogenicity and developing therapeutic strategies. We publish a complete catalogue of our results in the astARTe database: http://bioinfo.sggw.edu.pl/astarte/.

Auteurs: Malgorzata Dudkiewicz, M. Krysinska, M. Gradowski, B. Baranowski, K. Pawlowski

Dernière mise à jour: 2024-07-31 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.30.605764

Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.30.605764.full.pdf

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.

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