Présentation du MorbidGenes Panel pour le diagnostic génétique

Un Diagnostic génétique précoce et précis peut mener à de meilleurs résultats de santé pour les individus et faire économiser de l'argent au système de santé. Avec la montée du séquençage de l'exome dans les labos pour diagnostiquer des maladies rares, il y a un besoin urgent d'une liste actuelle et fiable de gènes importants pour le diagnostic.

#Défis des panneaux génétiques

Pour l'instant, il existe des panneaux spécifiques aux maladies qui se superposent aux données d'exome, mais ils peuvent manquer des gènes importants. Ça arrive parce qu'il faut beaucoup de temps et d'efforts pour garder ces panneaux à jour. Certains gènes sont liés à plusieurs maladies, donc ils doivent être inclus dans plusieurs panneaux, ce qui alourdit encore plus le travail. Seuls les grands labos ou les plateformes qui collectent des infos de plein de contributeurs peuvent gérer ce travail de curation efficacement, car les petits labos ne peuvent souvent pas suivre.

En pratique, utiliser des panneaux plus petits et bien organisés peut fonctionner dans les processus de diagnostic pour des conditions spécifiques. Cependant, il devrait aussi y avoir un panel plus large qui inclut tous les gènes avec des Preuves de causation de maladies. C'est particulièrement vrai pour les maladies qui peuvent impliquer plusieurs gènes différents.

#Ressources existantes

Il y a déjà des listes complètes de gènes pertinents pour le diagnostic, comme le panneau Mendeliome de PanelApp Australia. Des efforts récents pour aligner les liens Gène-maladie entre les labos de diagnostic ont commencé, mais ils n'arrivent toujours pas à garder les listes de gènes à jour. Des recherches montrent de grandes différences dans les résultats en comparant les rapports d’exome de différents labos, ce qui souligne le besoin d'une approche cohérente.

Un nouveau système de sélection de gènes pour ces panneaux a été créé, mais il ne suit pas les changements au fil du temps et peut manquer de nouvelles Variantes à mesure que des preuves émergent. Cet écart a motivé la création d'une nouvelle liste, appelée le MorbidGenes Panel, qui vise à inclure des gènes pertinents basés sur diverses sources.

#Fonctionnement du MorbidGenes Panel

Pour rassembler tous les gènes avec des preuves de causation de maladies, des données sont collectées chaque mois à partir de diverses bases de données publiques, telles que OMIM, ClinVar, HGMD, PanelApp et GenCC. Les troubles neurodéveloppementaux sont des raisons courantes pour des tests génétiques, donc une base de données experte appelée SysNDD est aussi incluse.

Les gènes sont évalués selon les preuves disponibles et sont ajoutés au panel s'ils répondent à au moins un des critères. Par exemple, un gène est inclus s'il a une maladie associée dans OMIM ou s'il y a suffisamment de variantes pathogènes listées dans ClinVar ou HGMD. Le MorbidGenes panel est constamment mis à jour, permettant aux utilisateurs d'accéder et de filtrer la liste selon leurs besoins.

#Caractéristiques du MorbidGenes Panel

Actuellement, il y a environ 4 960 gènes dans le MorbidGenes Panel, avec en moyenne 12 nouveaux gènes ajoutés chaque mois. Le panel attribue un score à chaque gène, reflétant à quel point les preuves sont bien soutenues à travers différentes bases de données. Beaucoup de gènes ont un fort soutien de plusieurs sources, assurant leur fiabilité.

Notamment, il y a 733 gènes dans le panel qui ne sont soutenus que par une seule source. Certains d'entre eux peuvent avoir des entrées très récentes dans OMIM qui manquent de soutien plus large, tandis que d'autres pourraient reposer sur d'anciennes études ayant des preuves limitées. Il y a aussi un certain nombre de gènes qui ont un statut fort dans PanelApp mais manquent d'entrées correspondantes dans d'autres bases de données.

#Avantages pour les labos de diagnostic

Le MorbidGenes Panel est un outil utile pour les labos de diagnostic en fournissant une liste mise à jour de gènes pertinents pour les tests. Bien qu'il existe des listes manuellement curées comme le panneau Mendeliome qui sont précieuses, les maintenir demande beaucoup d'efforts et implique souvent une grosse équipe de réviseurs.

Partager des infos sur les liens gène-maladie à travers des plateformes globales est important, mais ces efforts manquent souvent de la profondeur et des détails nécessaires pour des mises à jour rapides dans le processus de diagnostic. Comme GenCC ne génère pas de nouvelles preuves, il n'ajoute pas de gènes uniques au MorbidGenes panel, mais il fournit quand même des aperçus utiles des données existantes.

#Limitations et considérations

Un inconvénient de l'utilisation du MorbidGenes Panel est qu'il pourrait ne pas fournir d'infos détaillées sur les relations gène-maladie individuelles, contrairement à des panels plus curés. Cependant, l'objectif du MorbidGenes Panel n'est pas de remplacer ces listes de référence, mais d'agir comme une première ressource pour identifier rapidement des gènes cliniquement importants pour un usage diagnostique.

En appliquant le MorbidGenes Panel dans des scénarios pratiques, les labos peuvent réduire le nombre de variantes à évaluer d'environ 60 000 à environ 20 000 pour chaque exome. Cela aide à éliminer des gènes non pertinents de la considération. On reconnait que le panel peut encore inclure des gènes mal classés comme pertinents en raison d'infos obsolètes.

L'approche adoptée ici était de garder la logique simple pour inclure des gènes tout en minimisant la nécessité de vérifications manuelles. Donc, des gènes qui avaient peu de preuves pourraient quand même être inclus s'ils correspondaient à des critères spécifiques. Au final, il est essentiel que chaque cas soit évalué individuellement pour décider quelles variantes devraient être rapportées.

#Importance de sources de données diverses

Avoir une large gamme de sources de données est crucial pour s'assurer qu'aucun gène important ne soit négligé. C'est particulièrement significatif pour les panels curés à la main, car certains gènes peuvent n'être reconnus comme pertinents que dans une base de données spécifique. Des mises à jour régulières sont aussi importantes puisque de nouveaux gènes causant des maladies sont toujours identifiés.

Plus de 130 nouveaux gènes ont été ajoutés au MorbidGenes Panel en seulement un an, soulignant l'importance de rafraîchir régulièrement ces listes. Inclure des gènes avec des preuves minimales est tout aussi crucial que de garder les tests diagnostiques à jour. Ces deux éléments peuvent être gérés efficacement en utilisant le MorbidGenes Panel.

#Conclusion

Le MorbidGenes Panel vise à fournir une liste étendue de gènes pertinents pour le diagnostic, en utilisant une logique simple qui réduit la charge de travail pour la curation. Cela permet des mises à jour plus rapides et un accès opportun aux données. Le panel a déjà été mis en pratique dans un grand centre médical, avec des milliers de rapports génétiques générés chaque année.

La collaboration au sein de la communauté génétique est encouragée pour s'assurer que plus de liens gène-maladie soient disponibles dans des bases de données publiques. Cela aidera à augmenter le nombre de gènes cliniquement significatifs dans les panels automatisés, bénéficiant ainsi aux processus diagnostiques dans l'ensemble.