Méthylation de l'ADN et santé des articulations : infos intéressantes
Des recherches montrent comment la méthylation de l'ADN influence le développement du cartilage et le risque d'arthrose.
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Table des matières
La formation des membres et des articulations chez l'humain commence entre quatre et huit semaines après la conception. À ce stade, des bourgeons se forment et des groupes de cellules se rassemblent pour créer le Cartilage précoce qui finira par modeler nos os. Ce processus est guidé par une protéine clé connue sous le nom de SOX9.
Au fur et à mesure que les membres se développent, les articulations se forment grâce à un processus coordonné où les cellules du cartilage aux futurs emplacements des articulations changent pour créer un groupe unique de cellules appelé interzone. Cette interzone donne naissance à toutes les parties d'une articulation mature, y compris le cartilage qui recouvre les extrémités des os, la membrane qui produit le liquide articulaire, le ménisque qui fait office de coussin et les ligaments qui maintiennent l'articulation ensemble. Pour l'articulation du genou en particulier, la formation initiale du cartilage commence vers sept semaines, et à huit semaines, un espace clair au sein de l'articulation, connu sous le nom de cavité synoviale, commence à se former.
Le développement des membres et des articulations dépend du timing précis de l'activité des gènes, ce qui est essentiel pour construire les différents tissus dans ces structures. Les gènes s'activent et se désactivent de manière très contrôlée, influencés par des facteurs comme des changements dans la structure de l'ADN, qui peuvent impacter leur fonctionnement.
Un des changements importants dans l'ADN qui affecte l'activité des gènes s'appelle la Méthylation de l'ADN. La méthylation se produit à des sites spécifiques de l'ADN et est reconnue par certaines enzymes qui ajoutent un groupe méthyle à l'ADN. Ce processus peut généralement réduire l'activité des gènes voisins en bloquant les protéines qui les activeraient normalement. Cependant, la relation entre la méthylation et l'activité des gènes peut être complexe. Parfois, la présence de méthylation dans un gène peut être associée à l'expression de ce gène.
arthrose et méthylation de l'ADN
L'étude de la méthylation de l'ADN a été particulièrement pertinente pour comprendre l'arthrose (OA), qui est une cause majeure de handicap chez les personnes âgées. L'OA se caractérise par la dégradation du cartilage dans les articulations, notamment dans les genoux et les hanches. Des recherches ont montré qu'il y a des différences notables dans les schémas de méthylation de l'ADN entre les articulations saines et celles affectées par l'OA, fournissant des informations sur comment la maladie se développe et progresse.
Des facteurs génétiques jouent un rôle significatif dans le risque de développer l'OA, contribuant à environ 30 % du risque à vie. En combinant des données de méthylation de l'ADN avec des études génétiques, les chercheurs ont identifié des liens entre des marqueurs génétiques spécifiques et des changements de méthylation associés au risque d'OA. Cette relation aide à clarifier les processus biologiques qui contribuent à la santé et à la maladie des articulations.
Les facteurs associés à la forme des articulations et à leur capacité à supporter le poids influencent également le risque d'OA en vieillissant. De plus, la composition du cartilage lui-même joue un rôle dans sa résistance au stress au fil du temps. Des études récentes ont indiqué qu même dans le développement fœtal, des changements génétiques et épigénétiques liés au risque d'OA peuvent être détectés, suggérant que ces mécanismes peuvent avoir des effets durables.
Recherche sur le développement du cartilage fœtal
Dans une étude récente, les chercheurs ont analysé des échantillons de cartilage du genou en développement de fœtus humains âgés de 7 à 21 semaines. Ils ont cherché à déterminer comment les schémas de méthylation de l'ADN changent au cours de cette période et comment ces schémas se rapportent au risque d'OA plus tard dans la vie. L'analyse a impliqué un total de 72 échantillons collectés à partir de la partie distale du fémur.
Ils ont trouvé des changements significatifs dans l'expression des gènes à mesure que les fœtus se développaient. Certains marqueurs importants pour la formation du cartilage ont montré une expression réduite, tandis que d'autres impliqués dans le cartilage mature ont augmenté. Par exemple, des gènes comme GDF5 et SOX9 ont diminué en expression, tandis que PRG4, associé au cartilage mature, a augmenté.
Les chercheurs ont également constaté que la méthylation de l'ADN variait considérablement au cours du développement. Ils ont identifié des milliers de régions spécifiques dans l'ADN où les niveaux de méthylation ont changé, offrant un aperçu de la manière dont le cartilage se forme et mûrit au fil du temps. Ces changements ont été catégorisés en différents groupes en fonction de s'ils impliquaient une méthylation accrue ou réduite.
De plus, ils ont observé que différents processus biologiques étaient enrichis dans ces régions, montrant que certains gènes impliqués dans le développement du cartilage et des articulations étaient activement régulés pendant ce temps.
Le rôle de la chromatine ouverte
Pour mieux comprendre la fonction de ces régions méthylées, les chercheurs ont examiné comment elles se chevauchent avec des zones de chromatine ouverte. Les régions de chromatine ouverte sont des parties de l'ADN qui sont plus accessibles à la machinerie qui lit les gènes. La présence de méthylation différentielle dans ces zones suggère qu'elles jouent un rôle actif dans la régulation de l'expression des gènes pendant le développement du cartilage.
Parmi les régions méthylées identifiées, une part significative se chevauchait avec des zones de chromatine ouverte, soulignant leur importance potentielle dans la régulation des gènes. Les changements dans la méthylation de l'ADN ont montré une corrélation avec l'expression des gènes voisins, indiquant que ces régions pourraient servir de points de contrôle pour l'activité des gènes.
Dimorphisme sexuel dans la méthylation
Les chercheurs ont également exploré les différences dans la méthylation de l'ADN entre les échantillons de cartilage mâles et femelles. Ils ont identifié des régions spécifiques où les niveaux de méthylation variaient considérablement selon le sexe, la plupart des différences montrant des niveaux de méthylation plus élevés chez les femmes. Cette découverte est en accord avec d'autres études soulignant l'importance du dimorphisme sexuel pour comprendre comment des maladies comme l'OA pourraient affecter différemment les hommes et les femmes.
Mécanismes épigénétiques et risques d'arthrose
Les chercheurs ont réalisé une analyse approfondie pour identifier comment les loci de traits quantitatifs de méthylation de l'ADN (mQTLs) associés au risque d'OA sont actifs pendant le développement du cartilage. Ils ont trouvé de nombreux mQTLs significatifs à travers tout le génome, indiquant des effets répandus de la variation génétique sur les schémas de méthylation de l'ADN.
En examinant comment ces mQTLs coexistent avec des facteurs de risque génétiques connus pour l'OA, les chercheurs ont pu voir des connexions potentielles entre les deux. Cela suggère que certaines influences génétiques sur le risque d'OA peuvent se mettre en place très tôt dans la vie grâce à des mécanismes épigénétiques.
Conclusion
Cette étude offre des aperçus précieux sur la nature dynamique de la méthylation de l'ADN pendant le développement du cartilage humain. Elle souligne l'importance de la régulation des gènes dans la formation des articulations et les effets potentiels à long terme de ces premiers processus sur la santé des articulations à mesure que les individus vieillissent.
Les résultats mettent en avant la complexité de l'OA et ses origines développementales, suggérant que des facteurs de la vie précoce pourraient jouer un rôle crucial dans le façonnement du risque de maladies articulaires plus tard dans la vie. Les recherches futures pourraient explorer davantage ces connexions et potentiellement conduire à de nouvelles stratégies pour prévenir ou traiter l'OA en comprenant ses racines dans le développement précoce.
Titre: Epigenetic mechanisms of osteoarthritis risk in human skeletal development
Résumé: The epigenome, including the methylation of cytosine bases at CG dinucleotides, is intrinsically linked to transcriptional regulation. The tight regulation of gene expression during skeletal development is essential, with [~]1/500 individuals born with skeletal abnormalities. Furthermore, increasing evidence is emerging to link age-associated complex genetic musculoskeletal diseases, including osteoarthritis (OA), to developmental factors including joint shape. Multiple studies have shown a functional role for DNA methylation in the genetic mechanisms of OA risk using articular cartilage samples taken from aged patients. Despite this, our knowledge of temporal changes to the methylome during human cartilage development has been limited. We quantified DNA methylation at [~]700,000 individual CpGs across the epigenome of developing human articular cartilage in 72 samples ranging from 7-21 post-conception weeks, a time period that includes cavitation of the developing knee joint. We identified significant changes in 8% of all CpGs, and >9400 developmental differentially methylated regions (dDMRs). The largest hypermethylated dDMRs mapped to transcriptional regulators of early skeletal patterning including MEIS1 and IRX1. Conversely, the largest hypomethylated dDMRs mapped to genes encoding extracellular matrix proteins including SPON2 and TNXB and were enriched in chondrocyte enhancers. Significant correlations were identified between the expression of these genes and methylation within the hypomethylated dDMRs. We further identified 811 CpGs at which significant dimorphism was present between the male and female samples, with the majority (68%) being hypermethylated in female samples. Following imputation, we captured the genotype of these samples at >5 million variants and performed epigenome-wide methylation quantitative trait locus (mQTL) analysis. Colocalization analysis identified 26 loci at which genetic variants exhibited shared impacts upon methylation and OA genetic risk. This included loci which have been previously reported to harbour OA-mQTLs (including GDF5 and ALDH1A2), yet the majority (73%) were novel (including those mapping to CHST3, FGF1 and TEAD1). To our knowledge, this is the first extensive study of DNA methylation across human articular cartilage development. We identify considerable methylomic plasticity within the development of knee cartilage and report active epigenomic mediators of OA risk operating in prenatal joint tissues.
Auteurs: Sarah J Rice, E. McDonnell, S. E. Orr, M. J. Barter, D. Rux, A. Brumwell, N. Wrobel, L. Murphy, L. M. Overmann, A. K. Sorial, D. A. Young, J. Soul
Dernière mise à jour: 2024-05-06 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.05.05.24306832
Source PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.05.05.24306832.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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