Le rôle de TNFSF dans la progression du cancer du sein
Enquête sur comment les gènes TNFSF influencent le traitement du cancer du sein et les résultats pour les patients.
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Table des matières
- Immunothérapie pour le cancer du sein
- Défis dans le traitement du cancer du sein
- Famille des facteurs de nécrose tumorale (TNFSF)
- Analyse de l'expression de la TNFSF dans le cancer du sein
- Niveaux d’expression de l'ARNm
- Analyse différentielle de l'expression génique
- Modèles d'expression protéique
- Association de l'expression de la TNFSF avec les caractéristiques des patients
- Altérations génétiques dans les membres de la TNFSF
- Identification des facteurs de transcription et des microARN
- Valeur pronostique de la TNFSF dans le cancer du sein
- Corrélation avec l'infiltration des cellules immunitaires
- Essentielle des gènes des membres de la TNFSF
- Conclusion
- Source originale
- Liens de référence
Le cancer du sein est le type de cancer le plus fréquemment diagnostiqué dans le monde. En 2020, on a signalé environ 2,3 millions de nouveaux cas. Ce type de cancer se développe quand des cellules dans le sein commencent à croître de manière incontrôlable. Ces Tumeurs peuvent partir de différentes parties du sein et devenir malignes, ce qui signifie qu’elles peuvent se propager à d'autres parties du corps. Le cancer du sein se divise en quatre types principaux selon diverses caractéristiques, comme le statut des récepteurs et les schémas d'Expression génique. Ces types sont Luminal A, Luminal B, HER2-positif et le cancer du sein triple-négatif (TNBC).
Immunothérapie pour le cancer du sein
L'immunothérapie est une approche prometteuse pour traiter le cancer du sein. Plusieurs traitements basés sur le système immunitaire ont été approuvés par la FDA. Ces traitements impliquent souvent des inhibiteurs de points de contrôle immunitaire, qui ciblent des protéines spécifiques sur les cellules immunitaires qui empêchent souvent le système immunitaire d’attaquer les cellules cancéreuses. Parmi ces protéines, il y a le CTLA-4, le PD1 et le PD-L1. Ces traitements ont montré des effets bénéfiques pour traiter divers Cancers, y compris certains types de cancer du sein.
Défis dans le traitement du cancer du sein
Malgré les avancées en matière de traitement et de méthodes de détection précoce, de nombreux patients continuent à faire face à de mauvais résultats, principalement à cause de la propagation du cancer (métastase) et de la résistance à la chimiothérapie. Donc, il est crucial de trouver de meilleures options de traitement et des marqueurs pronostiques pour le cancer du sein.
Famille des facteurs de nécrose tumorale (TNFSF)
La TNFSF se compose de 19 protéines qui jouent un rôle dans la gestion des réponses immunitaires et de l'inflammation, ainsi que dans la régulation de la croissance cellulaire et de la mort cellulaire. L'inflammation dans l'environnement tumoral peut avoir un impact significatif sur le développement et la progression de la tumeur.
Des recherches de 1975 ont montré que le facteur de nécrose tumorale (TNF), un membre de cette famille, peut ralentir la croissance du cancer. Bien que certaines études suggèrent que certains membres de la TNFSF pourraient agir comme des suppresseurs de tumeurs, d'autres indiquent qu'ils peuvent soutenir la croissance du cancer. Par exemple, l’APRIL (TNFSF13) a été identifié dans les cellules cancéreuses du sein, et des expériences ont montré que réduire sa présence peut freiner la croissance tumorale.
D'autres membres de la TNFSF, comme TNFSF10, TNFSF14 et TNFSF15, sont associés au processus d'apoptose, ou mort cellulaire programmée. Certains membres de la TNFSF ont aussi été étudiés dans d'autres types de cancers, comme le cancer du poumon et le cancer du rein.
À cause de la variété des fonctions montrées par la famille TNFSF, il est nécessaire d'enquêter davantage sur leur rôle dans le cancer du sein.
Analyse de l'expression de la TNFSF dans le cancer du sein
Niveaux d’expression de l'ARNm
En utilisant une base de données, les chercheurs ont analysé les niveaux d'expression de l'ARNm des membres de la TNFSF chez des patients atteints de cancer du sein. Ils ont découvert que certaines gènes TNFSF avaient une expression plus élevée dans les tissus cancéreux par rapport aux tissus normaux. Par exemple, FASLG, LTA, LTB, TNF et plusieurs autres étaient trouvés à des niveaux élevés dans les tumeurs primaires, tandis que deux gènes, EDA et TNFSF12, montraient une expression significativement réduite dans les échantillons tumoraux. Notamment, TNFSF10 avait la plus haute expression parmi tous.
Analyse différentielle de l'expression génique
Une analyse plus poussée a révélé des différences d'expression significatives dans certains gènes TNFSF en comparant les tissus tumoraux et métastatiques. Pour certains gènes, les niveaux d'expression étaient notablement différents, indiquant des rôles variés au cours de la progression du cancer. En revanche, d'autres gènes ne montraient pas de différences d'expression significatives.
Modèles d'expression protéique
En plus de l'analyse de l'ARNm, les chercheurs ont examiné les modèles d'expression protéique pour les membres de la TNFSF dans les tissus normaux et cancéreux. Certaines protéines étaient absentes dans les tissus normaux et cancéreux, tandis que d'autres étaient présentes uniquement dans les tissus cancéreux. Certaines protéines montraient des niveaux plus élevés dans le cancer par rapport aux tissus normaux, indiquant leurs rôles potentiels dans le cancer du sein.
Association de l'expression de la TNFSF avec les caractéristiques des patients
L'enquête sur le lien entre les niveaux d'ARNm de la TNFSF et les caractéristiques cliniques des patients atteints de cancer du sein a révélé que certains gènes montraient une diminution de l'expression à mesure que le cancer progressait, tandis que d'autres augmentaient. Par exemple, les patients plus jeunes présentaient des niveaux d'expression de la TNFSF différents par rapport aux patients âgés, indiquant que l'âge peut influencer l'expression génique.
L'étude a également évalué les liens entre l'expression de la TNFSF et le statut hormonal (comme le statut ER et PR). Certains gènes de la TNFSF affichaient des niveaux d'expression variables selon le statut des récepteurs hormonaux, révélant leurs rôles potentiels dans différents sous-types de cancer.
Altérations génétiques dans les membres de la TNFSF
En évaluant les données des échantillons de cancer, les chercheurs ont découvert que plusieurs gènes de la TNFSF avaient subi des altérations génétiques. Ces découvertes ont mis en évidence des voies potentielles et des interactions entre les membres de la famille TNFSF et d'autres gènes qui pourraient être impliqués dans le développement du cancer du sein.
Identification des facteurs de transcription et des microARN
Les chercheurs ont cherché à identifier quels facteurs de transcription et microARN régulent les gènes de la TNFSF. Cette analyse a révélé des éléments régulateurs importants associés aux membres de la famille TNFSF, ce qui pourrait conduire à une meilleure compréhension de la manière dont ces gènes influencent le cancer du sein.
Valeur pronostique de la TNFSF dans le cancer du sein
L'analyse des données de survie des patients a indiqué que des niveaux élevés d'ARNm de certains gènes de la TNFSF étaient associés à une meilleure survie globale (OS) et à une survie sans récidive (RFS). Des gènes comme FASLG, TNF et TNFSF10 ont montré des corrélations positives avec les résultats des patients. À l'inverse, certains gènes comme TNFSF4 étaient liés à de faibles taux de survie.
Corrélation avec l'infiltration des cellules immunitaires
Des informations d'une autre base de données ont montré que plusieurs gènes de la TNFSF étaient positivement corrélés avec la présence de cellules immunitaires dans les tissus cancéreux. Cette découverte suggère que ces gènes pourraient influencer la manière dont les cellules immunitaires interagissent avec les cellules cancéreuses, affectant potentiellement la progression du cancer et les résultats pour les patients.
Essentielle des gènes des membres de la TNFSF
Une analyse globale a révélé qu'aucun des gènes de la TNFSF n'était jugé essentiel pour le cancer du sein, suggérant qu'ils pourraient ne pas être des cibles appropriées pour les médicaments. Néanmoins, certains gènes montraient une sélectivité et une efficacité dans d'autres types de cancer, indiquant que leurs rôles pourraient varier significativement selon les types de cancer.
Conclusion
Les données collectées à partir de diverses analyses montrent que les membres de la famille TNFSF jouent des rôles complexes dans le cancer du sein. Certains gènes semblent soutenir la croissance tumorale, tandis que d'autres pourraient agir pour la supprimer. L'implication de ces gènes dans la réponse immunitaire souligne leur importance dans le cancer. Plus de recherches sont nécessaires pour confirmer leurs fonctions et explorer leur potentiel en tant que cibles thérapeutiques ou marqueurs pronostiques dans le cancer du sein. L'exploration des gènes TNFSF ouvre la voie à l'amélioration des stratégies de traitement et d'un meilleur soin des patients dans la gestion du cancer du sein.
Titre: A comprehensive bioinformatics analysis to identify potential prognostic biomarkers among TNFSF superfamily in breast cancer
Résumé: Breast cancer (BC) is one of most important mortality factors among women therefore to find important genes in BC can help early diagnosis, treatment or prevention. TNFSF or tumor necrosis factor Superfamily have an important role in various cancers. In BC, some of studies have found dual roles for these genes. In this research, we conducted a comprehensive and detailed bioinformatics study on this family. UALCAN, TNMplot, UCSC Xena, GEPIA, The Human Protein Atlas, Kaplan-Meier plotter, bc-GenExMiner, cBioPortal, STRING, GeneMANIA, Enrichr, TIMER and shinyDepMap were used for analysis. We found that these genes play their role through the immune system and the high expression of eight FASLG, LTB, TNF, TNFSF8, TNFSF10, TNFSF11, TNFSF12, TNFSF13 genes were positively associated with OS and RFS. Overall, our data showed that these genes can be considered as prognostic biomarkers. Further, our results suggest that this family has anti-tumor activity.
Auteurs: Abolfazl Moradi, F. Vafadar Esfahani, A. Mohammadian
Dernière mise à jour: 2024-06-12 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.06.11.24308760
Source PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.06.11.24308760.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.
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