Élever des cultures résilientes pour un climat qui change
La recherche se concentre sur l'adaptation des cultures pour faire face aux effets du changement climatique.
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Table des matières
- L'Importance de la Sélection Végétale
- Adaptation génétique
- Génomique paysagère
- Collecte de Données sur les Populations Végétales
- L'Orge comme Étude de Cas
- Développement de Populations d'Entraînement
- Précision Prédictive en Sélection
- Modèles de Distribution des Populations
- Défis de la Couverture des Marqueurs
- Le Rôle de la Sélection génomique
- Avancer
- Conclusion
- Source originale
- Liens de référence
Le changement climatique impacte notre monde, entraînant des températures plus chaudes et des variations dans les régimes de pluie. Ces changements mettent à l’épreuve à la fois les écosystèmes naturels et l'agriculture. Par exemple, les prairies et les forêts pourraient voir des changements dans les types d'espèces qui prospèrent. Les cultures doivent aussi s'adapter à de nouvelles conditions agricoles, car certaines zones pourraient devenir plus adaptées à certaines plantes qu'à d'autres. Pour faire face à ces changements, les scientifiques cherchent des moyens d'aider les plantes à s'ajuster à leurs nouveaux environnements.
L'Importance de la Sélection Végétale
Le fait de sélectionner des plantes pour mieux s'adapter aux climats changeants devient de plus en plus important. Cela inclut des efforts pour comprendre quels traits rendent certaines plantes plus résilientes. La recherche sur la sélection végétale s'élargit, se concentrant sur comment accélérer le processus de développement de nouvelles variétés de cultures capables de prospérer face à des stress climatiques comme la chaleur et la sécheresse.
Adaptation génétique
Dans des études antérieures, les chercheurs ont examiné comment différentes populations de plantes réagissent aux changements de leur environnement. Ils ont étudié les variations génétiques parmi différents groupes pour déterminer comment des traits spécifiques sont liés aux défis environnementaux. De nouveaux outils et méthodes permettent aux scientifiques de voir comment les plantes se sont adaptées au fil du temps et quels traits génétiques sont bénéfiques pour survivre dans des conditions changeantes.
Génomique paysagère
Les scientifiques utilisent un domaine appelé génomique paysagère pour étudier ces variations génétiques. Cette approche examine comment les parents sauvages des cultures peuvent fournir des indices sur des traits qui aident les variétés cultivées à mieux s'adapter aux changements climatiques. Une technique utilisée dans ce domaine s'appelle l'analyse d'association génome-environnement (GEA), qui cherche des liens entre des marqueurs génétiques et des facteurs environnementaux.
Collecte de Données sur les Populations Végétales
Un des principaux défis dans l'étude de l'adaptation des plantes est le nombre énorme de variétés de plantes. Par exemple, le USDA a une énorme collection de variétés d'orge. Pour donner du sens à ces données, les chercheurs essaient de réduire la collection à un groupe plus petit qui capture suffisamment de diversité génétique pour être utile à l'étude des traits importants pour l'adaptation. Ce groupe plus petit est connu sous le nom de collection de base.
L'Orge comme Étude de Cas
L'orge est une culture clé cultivée dans de nombreux environnements différents, des régions chaudes aux zones proches de l'Arctique. Sa capacité à s'adapter en fait un sujet précieux pour étudier la résilience climatique. Les chercheurs ont examiné comment différentes populations d'orge ont répondu aux stress environnementaux et ont cherché à identifier quels traits génétiques sont associés à ces adaptations.
Développement de Populations d'Entraînement
Dans les programmes de sélection, des populations d'entraînement composées de variétés sélectionnées sont utilisées pour aider à prédire quelles plantes pourraient prospérer dans des conditions climatiques spécifiques. Cela implique d'évaluer le potentiel génétique de diverses lignées d'orge et d'utiliser des modèles statistiques pour évaluer leur performance par rapport aux données environnementales. En comprenant quelles variétés montrent des traits prometteurs, les efforts de sélection peuvent être dirigés de manière plus efficace.
Précision Prédictive en Sélection
Le succès de ces programmes de sélection dépend de la capacité des chercheurs à prédire avec précision quels traits seront bénéfiques. En utilisant différents modèles statistiques, les scientifiques peuvent estimer combien de bien des accessions spécifiques d'orge performeront dans diverses conditions environnementales. Cette précision prédictive est cruciale pour sélectionner les meilleurs candidats pour les programmes de sélection visant à améliorer la résilience climatique.
Modèles de Distribution des Populations
En utilisant des données géographiques, les scientifiques peuvent créer des cartes montrant où diverses populations d'orge poussent le mieux. Ces modèles de distribution des populations aident à identifier les zones qui pourraient devenir plus adaptées à certaines lignées d'orge à mesure que le climat change. En combinant ces informations avec des données génétiques, les sélectionneurs peuvent rationaliser le processus de sélection pour une meilleure résilience.
Défis de la Couverture des Marqueurs
Bien que les données génétiques soient importantes, une couverture de marqueurs limitée peut affecter la capacité à évaluer pleinement le potentiel génétique de certaines variétés. Un génotypage de haute résolution peut fournir des informations plus détaillées sur quels traits génétiques sont les plus bénéfiques pour l'adaptation. À mesure que la technologie progresse, la capacité à analyser les données génétiques s'améliorera, permettant de meilleures prédictions et sélections.
Sélection génomique
Le Rôle de laLa sélection génomique est un outil puissant qui permet aux sélectionneurs d'estimer de manière efficace la valeur génétique globale des variétés de plantes. En examinant plusieurs marqueurs génétiques à la fois, cela peut aider à identifier des accessions qui pourraient offrir des traits précieux pour l'adaptation sans avoir besoin de processus de sélection manuels compliqués. Cette approche est particulièrement utile pour intégrer des traits de collections de germoplasme diversifiées pour relever les défis climatiques.
Avancer
L'adaptation au changement climatique est un défi constant qui nécessite une recherche et un développement continus. Les programmes de sélection doivent rester agiles, en intégrant de nouveaux matériaux génétiques et en utilisant des techniques de pointe pour répondre efficacement aux conditions changeantes. En se concentrant sur les traits les plus résilients et en comprenant comment différentes populations réagissent aux stress environnementaux, la communauté agricole peut travailler à cultiver des cultures qui prospéreront même face au changement climatique.
Conclusion
Le besoin de cultures résilientes au climat est urgent alors que le changement climatique continue de poser des défis à la sécurité alimentaire et à l'agriculture. En tirant parti de la diversité génétique et en utilisant des techniques de sélection avancées, les chercheurs peuvent développer de nouvelles variétés de cultures qui relèvent ces défis de front. Le travail réalisé sur l’orge et d'autres cultures fournit une feuille de route pour les efforts futurs visant à assurer une agriculture durable dans un monde en mutation. Une amélioration continue de notre compréhension et de nos méthodes sera essentielle alors que nous cherchons à maintenir la santé et la productivité de nos systèmes agricoles.
Titre: Back to the Future: Environmental genomic selection to take advantage of polygenic local adaptation
Résumé: The genetic basis of adaptation is a fundamental question in evolutionary genetics. Environmental association analysis (EAA) and various allele frequency comparisons in genomic environmental association (GEA) have become standard approaches for investigating the genetic basis of adaptation to natural environments. While these analyses provide insight into local adaptation, they have not been widely adopted in breeding or conservation programs. This may be attributable to the difficulty in identifying the best individuals for transplantation/relocation in conservation efforts or identification of the best parents in breeding programs. To explore the use of EAA and GEA for future breeding programs, we used a cereal crop - barley (Hordeum vulgare L.) as our case-study species due to its wide adaptability to different environments and agro-ecologies, ranging from marginal and low input fields to high-productive farms. Here, we use publicly available data to conduct environmental genomic selection (EGS) on 753 landrace barley accessions using a mini-core of 31 landrace accessions and a de-novo core of 100 as the training populations. Environmental genomic selection is to environmental association analysis (EAA) what genomic selection is to genome-wide association studies (GWAS). Since local adaptation to the environment is polygenic, a whole-genome approach is likely to be more accurate for selecting for environmental adaptation. Here we show distinct genetic background and population differences and how an integrative approach coupling environmental genomic selection and species distribution modelling can help identify key parents for breeding for adaptation to specific environmental variables and geographies to minimize linkage drag.
Auteurs: Michael Benjamin Kantar, A. Halpin-McCormick, Q. Campbell, S. Negrao, P. L. Morrell, S. Hubner, J. Neyhart
Dernière mise à jour: 2024-10-14 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.09.617488
Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.09.617488.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/
Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.
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