Simple Science

La science de pointe expliquée simplement

# Biologie# Biophysique

Avancées dans les outils de détection génétique abordables

De nouvelles méthodes de diagnostic visent à améliorer les tests de maladies à faible coût.

― 8 min lire


Révolutionner laRévolutionner ladétection des maladiesgénétique.améliorent les tests de matérielDe nouveaux outils abordables
Table des matières

Ces dernières années, les scientifiques ont fait des progrès dans des méthodes permettant de détecter de très petites quantités de matériel génétique. Ces techniques à molécule unique sont particulièrement utiles dans des domaines comme le test de maladies. Cependant, elles sont souvent chères et nécessitent des équipements complexes, ce qui les rend difficiles à utiliser dans des endroits avec des ressources limitées.

Le défi des tests à la demande

Pour les tests rapides effectués en dehors des labos traditionnels, comme ceux réalisés dans un cabinet médical ou sur le terrain, ces méthodes avancées ne conviennent souvent pas. Un gros problème est que beaucoup de techniques actuelles nécessitent des outils spéciaux pour amplifier les signaux ou détecter des molécules individuelles. Par exemple, détecter des marqueurs génétiques spécifiques en utilisant la lumière nécessite souvent des machines très coûteuses.

Nouvelles techniques pour une meilleure détection

Dernièrement, des chercheurs ont développé de nouvelles méthodes pour améliorer la détection de ces petites quantités de matériel génétique, en particulier pour des bactéries graves qui peuvent causer des maladies. L'approche consiste à utiliser de petites structures faites d'ADN qui peuvent aider à capturer et amplifier les signaux provenant du matériel génétique. Ces structures peuvent être alimentées par des dispositifs simples comme des microscopes pour smartphones, ce qui les rend plus accessibles dans la vie quotidienne.

Simplifier la détection pour un usage réel

Le but de ces nouvelles méthodes est de les rendre abordables et faciles à utiliser, permettant des tests en dehors des labos spécialisés. Traditionnellement, le problème n'est pas seulement de trouver des molécules uniques, mais de toutes les trouver dans un échantillon. Par exemple, dans juste un petit échantillon de sang, tu pourrais ne trouver qu'une poignée de molécules à détecter. Compter uniquement sur le mouvement naturel des molécules pour atteindre les zones de détection n'est pas pratique.

Pour contourner cela, beaucoup de méthodes de détection choisissent de pré-concentrer les échantillons ou utilisent des techniques qui multiplient le nombre de molécules présentes. Une méthode qui a marqué un grand impact est la PCR numérique, qui consiste à diviser les échantillons en plusieurs petites parties pour voir si les molécules cible sont présentes. Cette méthode fonctionne bien mais est limitée par la nécessité de personnel qualifié et de machines avancées, surtout dans les zones à faible ressources.

Présentation de NACHOS-diagnostics

S'appuyant sur ces idées, des chercheurs ont développé un nouvel outil appelé NACHOS-diagnostics qui peut détecter du matériel génétique sans avoir besoin d'amplification. Cet outil cible des séquences d'ADN spécifiques liées à des bactéries résistantes aux antibiotiques, connues pour causer des problèmes de santé sérieux.

NACHOS utilise de petites structures appelées Nanoantennes qui capturent et amplifient les signaux, permettant la détection de molécules uniques avec un équipement optique basique. Cette méthode montre un potentiel pour détecter de l'ADN à de très faibles concentrations.

Surmonter les défis de détection

Lorsqu'on teste avec des concentrations très faibles de matériel génétique, les systèmes rencontrent de gros défis comme le bruit de fond et des temps de réponse longs. Les NanoAntennes aident à augmenter la force du signal, ce qui aide à différencier les vrais signaux du bruit. Pour améliorer la vitesse et l'efficacité de détection, les chercheurs ont combiné plusieurs approches innovantes.

En ajustant le design des NanoAntennes, en utilisant des Microfluidiques pour contrôler le flux des liquides, et en créant un logiciel qui traite les signaux, ils ont élaboré une approche multi-étapes pour atteindre une haute sensibilité.

Optimisation des NanoAntennes

Dans le développement de ces NanoAntennes, l'équipe s'est concentrée sur la création d'un design qui permet plus de brins de capture pour lier le matériel génétique. Avec des ajustements apportés aux structures, ils ont pu améliorer leur performance de manière significative.

L'équipe s'est aussi assurée que les NanoAntennes pouvaient être disposées très près les unes des autres sur une surface sans former de grappes indésirables. Cela a impliqué l'utilisation de techniques spéciales pour placer ces structures minuscules avec précision sur une surface.

Création d'un lecteur de fluorescence

Pour rendre la détection des molécules simple, un nouveau lecteur de fluorescence a été créé. Ce lecteur peut gérer les échantillons efficacement et a une large vue pour compter les molécules capturées par les NanoAntennes.

Utilisant des sources lumineuses communes, le lecteur peut identifier des molécules uniques renforcées par les NanoAntennes. Cela permet une distinction plus claire par rapport au bruit de fond, augmentant la précision dans la mesure des molécules cibles.

Utilisation de microfluidiques pour améliorer la performance

Le design comprend une puce microfluidique qui dirige les échantillons sur les NanoAntennes, augmentant les chances de capturer les molécules cibles. Cette technique de flux permet un meilleur lien des molécules et peut mener à une augmentation de dix fois le nombre de molécules pouvant être capturées.

Les expériences ont montré que cette combinaison de NanoAntennes et de microfluidiques donne des résultats sensibles et efficaces pour la détection de faibles concentrations cibles.

Atteindre une haute sensibilité

Avec tous ces éléments travaillant ensemble, les chercheurs ont pu atteindre des limites de détection extrêmement faibles, capables d'identifier des concentrations dans la plage attomolaire. Ce niveau de sensibilité est crucial pour un diagnostic précoce des infections ou d'autres problèmes de santé.

Le système peut détecter des molécules uniques et peut aussi mesurer des quantités plus grandes, montrant les avantages de cette méthode de détection flexible.

Améliorer la stabilité avec la silicification

Un défi pour le système de détection vient des fluides biologiques, qui peuvent interférer avec les mesures. Pour y remédier, les chercheurs ont développé un processus appelé silicification.

La silicification consiste à recouvrir les NanoAntennes de silice, les rendant plus stables et résistantes à la dégradation par des enzymes présentes dans les fluides corporels. Ce revêtement n'interfère pas avec la capacité des NanoAntennes à capturer des brins cibles.

Tests dans des fluides réels

Les NanoAntennes silicifiées ont été testées dans du plasma de sang humain, qui est un milieu courant pour les tests médicaux. Les résultats ont montré qu'elles peuvent toujours fonctionner efficacement même en concurrence avec de nombreuses substances différentes présentes dans le plasma.

En lavant soigneusement les échantillons et en réintroduisant les brins cibles, le système a pu maintenir des taux de détection élevés, démontrant la robustesse de la méthode.

Réutilisabilité des puces

Un avantage important du nouveau système est qu'il permet de réutiliser les mêmes puces plusieurs fois. Après avoir capturé une cible, un simple processus peut régénérer la zone de détection, rendant cela rentable et plus adaptable pour différents tests.

Cette flexibilité signifie que tandis que l'assai initial peut cibler une séquence d'ADN spécifique, les utilisateurs peuvent facilement modifier la puce pour tester d'autres séquences si nécessaire.

Conclusion

Les chercheurs ont fait des avancées significatives dans la détection des acides nucléiques en utilisant des techniques innovantes qui allient abordabilité, sensibilité et facilité d'utilisation. La plateforme de diagnostic résultante cible non seulement des infections spécifiques mais a aussi des applications plus larges qui pourraient bénéficier à divers domaines de la médecine.

En rendant cela accessible pour des tests sur site, ils espèrent améliorer les résultats de santé et contribuer à la lutte contre la résistance aux antibiotiques. Les utilisations potentielles de NACHOS-diagnostics s'étendent à la détection précoce du cancer, au suivi des maladies neurodégénératives, et plus encore, ouvrant la voie à un impact transformateur dans le diagnostic médical.

L'intégration de la technologie de l'origami ADN, des microfluidiques et des dispositifs conviviaux marque un bond en avant dans la quête d'évaluations de santé rapides et précises, franchissant des étapes significatives dans la lutte continue pour une gestion et une prévention efficaces des maladies.

Source originale

Titre: Bringing Attomolar Detection to the Point-of-Care with Nanopatterned DNA Origami Nanoantennas

Résumé: Creating increasingly sensitive and cost-effective nucleic acid detection methods is critical for enhancing point-of-care (POC) applications. This involves capturing all desired biomarkers in a sample with high specificity and transducing the capture events to a detector. However, the signal from biomarkers present at extremely low amounts often falls below the detection limit of typical fluorescence-based methods, making molecular amplification a necessary step. Here, we present a nucleic acid detection assay of a 151-nucleotide sequence specific to antibiotics-resistant Klebsiella pneumoniae, based on single-molecule fluorescence detection of non-amplified DNA down to the attomolar level, using Trident NanoAntennas with Cleared HOtSpots (NACHOS). Our NACHOS-diagnostics assay leverages a compact microscope with a large field-of-view and cost-efficient components, including microfluidic flow to enhance capturing efficiency. Fluorescence enhancement is provided by DNA origami NanoAntennas, arranged in a dense array using a combination of nanosphere lithography and site-specific DNA origami placement. Our method can detect 200 {+/-} 50 out of 600 molecules in a 100 {micro}L sample volume within an hour. This represents typical number of pathogens in clinical samples commonly detected by Polymerase Chain Reaction but without the need for molecular amplification. We achieve similar sensitivity in untreated human blood plasma, enhancing the practical applicability of the system. Our platform can be adapted to detect shorter nucleic acid fragments that are not compatible with traditional amplification-based technologies. This broadens its potential for diverse diagnostic and healthcare applications, providing a robust and scalable solution for sensitive nucleic acid detection in various clinical settings.

Auteurs: Philip Tinnefeld, R. Yaadav, K. Trofymchuk, M. Dass, V. Behrendt, B. Hauer, J. Schuetz, C. Close, M. Scheckenbach, G. Ferrari, L. Maeurer, S. Sebina, V. Glembockyte, T. Liedl

Dernière mise à jour: 2024-10-17 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.14.618183

Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.14.618183.full.pdf

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.

Merci à biorxiv pour l'utilisation de son interopérabilité en libre accès.

Plus d'auteurs

Articles similaires