Salmonella Typhimurium : Suivi des schémas de résistance

Salmonella enterica sérovar Typhimurium (STM) est un type courant de Salmonella qui peut rendre les gens malades. C'est l'un des deux types principaux de Salmonella non typhoïdale trouvés dans le monde et c'est le type le plus fréquent en Australie. Ce type de Salmonella peut vivre chez de nombreux animaux, y compris les animaux de compagnie, les oiseaux et le bétail, et on peut aussi le retrouver dans les fruits et légumes. Les humains peuvent être infectés par contact direct avec ces animaux ou en consommant de la nourriture contaminée.

La plupart des infections causées par STm entraînent des symptômes gastro-intestinaux, qui sont généralement légers à modérés. Cependant, dans certains cas, l'infection peut devenir plus grave, entraînant des problèmes comme des infections sanguines, des infections des valves cardiaques, des abcès ou une inflammation du cerveau.

Un traitement antibiotique n'est pas toujours nécessaire pour les cas bénins de salmonellose, surtout chez les personnes en bonne santé. Pour les cas plus graves, les autorités sanitaires aux États-Unis suggèrent des antibiotiques comme la ciprofloxacine pour les adultes, tandis que la céftriaxone ou l'azithromycine est recommandée pour les enfants ou les adultes gravement malades.

#Tests et types de Salmonella Typhimurium

Les chercheurs ont développé une méthode appelée typage par séquence multilocus (MLST) pour catégoriser les différentes souches de STm. En utilisant cette technique, ils ont identifié plusieurs types communs, avec quelques-uns se distinguant par leur fréquence :

• ST19 : Le type le plus commun.
• ST34 : Connu comme le type monophasique.
• ST313 : Comprend deux groupes résistants liés à des maladies graves en Afrique.
• ST36 : Moins fréquent par rapport aux deux premiers.

Un système nommé typage génomique multilevel (MGT) a également été créé pour évaluer les échantillons de STm à plusieurs niveaux, permettant des comparaisons détaillées. Ce système utilise neuf méthodes différentes pour examiner les génomes en détail, offrant ainsi aux scientifiques diverses manières d'analyser et de comparer les souches.

#Problèmes de résistance aux antibiotiques

Récemment, la résistance aux antibiotiques dans STm est devenue une préoccupation majeure. Certaines souches ont montré une résistance à plusieurs médicaments, ce qui les rend plus difficiles à traiter. Par exemple, ST34 montre souvent une résistance à plusieurs antibiotiques, y compris l'ampicilline et la tétracycline.

Certaines souches ont des schémas de résistance uniques. Par exemple, le type de phage DT104 a un profil de résistance distinct, et un autre groupe, ST313, a également été signalé comme résistant à plusieurs antibiotiques, y compris ceux couramment utilisés pour les cas graves.

#Séquençage complet du génome

Ces dernières années, le séquençage complet du génome (WGS) a été mis en œuvre dans des endroits comme le Royaume-Uni et les États-Unis pour suivre la Salmonella. Cette méthode permet un examen détaillé de nombreux génomes de Salmonella au fil du temps. Les chercheurs ont réalisé une étude importante utilisant des données WGS provenant de plus de 65 000 échantillons de STm pour mieux comprendre les schémas de résistance.

En combinant la détection de résistance aux antibiotiques avec le typage MGT, les chercheurs ont pu suivre les souches résistantes plus efficacement. L'analyse a révélé des tendances importantes en matière de résistance aux antibiotiques au fil du temps et dans différentes régions.

#Collecte et analyse de données

Le jeu de données utilisé dans cette étude comprenait des génomes de divers pays, avec un nombre notable en provenance des États-Unis et du Royaume-Uni. Les données ont été collectées sur plusieurs années, montrant une augmentation constante des échantillons après 2013.

Les chercheurs ont examiné les scores de résistance aux antibiotiques pour différents échantillons et ont trouvé des schémas selon les lieux. Par exemple, plus de la moitié des échantillons étaient sensibles à tous les médicaments testés, mais cela variait selon le pays. Le Royaume-Uni avait un pourcentage d'isolats sensibles aux médicaments plus faible par rapport aux États-Unis.

En analysant la résistance sur différentes périodes, les chercheurs ont noté des changements dans les niveaux de résistance. L'étude a mis en évidence que le Royaume-Uni avait vu une diminution de la résistance globale, suggérant que des stratégies de gestion efficaces avaient pu être mises en place.

#Résistance à des médicaments spécifiques

La recherche a également examiné la résistance à des antibiotiques spécifiques. Les taux de résistance globaux variaient significativement selon le médicament. Dans l'ensemble du jeu de données, la tétracycline avait le taux de résistance le plus élevé, tandis que la résistance au méropénème était très faible.

Au Royaume-Uni, les taux de résistance étaient particulièrement élevés pour la tétracycline et la streptomycine pendant la période d'étude initiale (2015-2018). Cependant, les tendances ont changé au cours de la période suivante, avec des réductions significatives de la résistance pour plusieurs antibiotiques. En revanche, les États-Unis ont vu une augmentation générale des taux de résistance pour de nombreux médicaments.

#Comparaison entre les pays

En comparant le Royaume-Uni et les États-Unis, les chercheurs ont trouvé des différences notables. Le Royaume-Uni montrait des taux de résistance plus élevés pour de nombreux antibiotiques, tandis que les États-Unis avaient une résistance plus élevée à la céfotaxime et à la gentamicine. De plus, à l'intérieur d'un même pays, les tendances variaient, avec une diminution de la résistance au Royaume-Uni et une augmentation aux États-Unis dans les années suivantes.

#Comprendre les différentes souches

Différentes souches de Salmonella Typhimurium montrent divers schémas de résistance. Par exemple, ST19, la souche la plus commune, avait une grande partie des isolats sensibles à tous les médicaments, tandis que ST34 avait une majorité résistante à plusieurs médicaments.

En analysant ces souches, les chercheurs ont noté que ST34, connu pour sa forte résistance, avait une présence accrue aux États-Unis au cours des dernières années de l'étude. Cette observation indique la possibilité de changements significatifs dans les sources d'infection ou les dynamiques de résistance.

#Importance du MGT

Le système MGT permet une compréhension détaillée des souches de Salmonella et de leur résistance. En catégorisant les souches en fonction de leurs données génomiques, les chercheurs peuvent identifier les types résistants et suivre leur propagation. Cette approche peut également aider à identifier quelles souches sont liées à des sources spécifiques, comme les animaux ou les aliments.

Par exemple, certaines souches résistantes ont été notées comme émergeant principalement au Royaume-Uni et d'autres aux États-Unis, permettant des interventions ciblées dans les régions où les schémas de résistance sont plus prononcés.

#Tendances récentes en termes de résistance

En analysant les données les plus récentes, les chercheurs ont découvert qu'environ 45 % des isolats étaient résistants à au moins un médicament. Parmi ceux-ci, la résistance à la tétracycline était la plus élevée, tandis que la résistance à l'azithromycine et aux céphalosporines de troisième génération (comme la céfotaxime) était relativement faible.

Cette découverte souligne la nécessité d'une surveillance continue des souches de Salmonella, en particulier dans les régions où l'utilisation d'antibiotiques est courante dans le bétail et l'agriculture.

#Conclusion

L'étude approfondie de Salmonella Typhimurium fournit des informations essentielles sur la résistance aux antibiotiques. En intégrant un typage génomique avancé avec une analyse de résistance détaillée, les chercheurs peuvent identifier des tendances, suivre les souches résistantes et comprendre les facteurs influençant la résistance.

De tels efforts sont cruciaux pour développer des stratégies de gestion efficaces et garantir la sécurité de la santé publique. Comprendre les dynamiques des infections à Salmonella et des schémas de résistance peut finalement conduire à des décisions plus éclairées pour contrôler ces agents pathogènes. La méthodologie MGT présente un chemin prometteur pour les efforts de surveillance et de recherche continus dans ce domaine.