La lutte du perroquet à ventre orange
Les efforts de conservation visent à sauver le perroquet à ventre orange en danger d'extinction.
Luke W. Silver, Katherine A. Farquharson, Emma Peel, M. Thomas P. Gilbert, Katherine Belov, Hernán E. Morales, Carolyn J. Hogg
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Table des matières
- Que s'est-il passé avec le perroquet à ventre orange ?
- Que faisons-nous à ce sujet ?
- L'histoire du perroquet à ventre orange au bord du gouffre
- Une plongée dans la diversité génétique
- Suivi des changements dans la santé génétique du perroquet à ventre orange
- Le système immunitaire sous attaque
- L'avenir du perroquet à ventre orange
- Une approche en deux volets
- Le compte à rebours final
- Source originale
- Liens de référence
La crise climatique cause de gros problèmes tant pour les humains que pour la faune. On connaît tous les vagues de chaleur, les échecs des récoltes et la propagation des maladies qui touchent les gens. Mais qu'en est-il de nos amis à plumes ? Des espèces du monde entier font face à d'énormes défis, et le perroquet à ventre orange en fait partie. Ce petit oiseau est en sérieux danger. Avec environ un tiers des espèces vertébrées en déclin, le perroquet à ventre orange est sur le point de disparaître. Comment en est-on arrivé là et que peut-on faire ?
Que s'est-il passé avec le perroquet à ventre orange ?
Il était une fois, le perroquet à ventre orange errait librement le long des côtes ouest et sud de la Tasmanie, volant chaque année vers des endroits plus chauds en Australie. Mais ces oiseaux ont vu leurs nombres chuter de manière dramatique. En 2016, il ne restait que trois femelles nées à l’état sauvage et 13 mâles. On dirait une triste histoire d'amour ! Aujourd'hui, ils n'ont plus qu'un seul site de reproduction en Tasmanie, qui n'est pas un endroit heureux pour eux.
Les principaux responsables de leur déclin ? La destruction de leur habitat en est un gros. Au fur et à mesure qu'on continue à construire des villes et des fermes, on laisse moins de place à ces petits gars pour prospérer. Mais ce n'est pas juste leurs lieux de nidification qui disparaissent ; ils font aussi face à des problèmes comme la Consanguinité et des maladies qui les poussent encore plus vers l'extinction. Avec seulement environ 81 oiseaux restants pour la saison de reproduction 2023, les alarmes sont tirées.
Que faisons-nous à ce sujet ?
Alors, qu'est-ce qui est fait pour aider ces oiseaux ? Il y a plusieurs programmes de Conservation qui incluent le suivi des Populations, l'élevage d'oiseaux en captivité, puis leur réintroduction dans la nature. Avec un objectif de maintenir au moins 90 % de la Diversité génétique intacte pendant un siècle, ces efforts sont cruciaux. Mais il y a un hic : beaucoup de programmes de reproduction commencent avec un petit nombre d'individus, rendant difficile le maintien de cette diversité génétique.
Malgré les meilleures intentions, beaucoup de ces programmes n'interviennent qu'après que la diversité génétique a déjà fortement chuté. Quand une population devient petite, elle est sensible à un phénomène appelé dérive génétique, qui peut provoquer des changements aléatoires dans le patrimoine génétique. Cela peut mener à de la consanguinité et à une perte de traits qui les aident à survivre, y compris la résistance aux maladies. Imaginez être vraiment mauvais au dodgeball parce que tous vos amis sont également mauvais. C'est le cas du perroquet à ventre orange en ce moment, et il pourrait faire face à l'extinction sans intervention adéquate.
L'histoire du perroquet à ventre orange au bord du gouffre
Regardons notre personnage principal-le perroquet à ventre orange. Ces oiseaux sont sous les projecteurs des efforts de conservation depuis 1979. En 1986, une population "d'assurance" a été mise en place avec seulement dix oiseaux. C'est comme essayer de sauver un bateau qui coule avec un petit seau ! Au fil des ans, des individus sauvages ont été ajoutés à la population captive, mais la diversité génétique globale a pris une claque.
Récemment, ces pauvres oiseaux sont devenus des aimants à maladies qui ont causé des décès significatifs tant dans les populations sauvages qu'en captivité. La situation est assez sombre. Les études génétiques montrent que la population sauvage a peu de variation génétique, ce qui la rend encore plus vulnérable aux maladies, et des découvertes récentes indiquent que leur Immunité peut ne pas être à la hauteur.
Une plongée dans la diversité génétique
Pour élaborer un plan pour ces oiseaux, comprendre leur génétique est crucial. L'équipe de conservation voulait établir un génome de référence de haute qualité pour le perroquet à ventre orange. En clair, cela signifie qu'ils créent une carte complète de l'ADN de l'oiseau pour voir ce qu'ils ont et ce qu'ils ont perdu au fil du temps.
En séquençant l'ADN de deux oiseaux capturés, ils ont obtenu une image robuste de la composition génétique du perroquet à ventre orange. Ils ont découvert des stats "wow" comme une quantité significative d'éléments répétés dans leur génome. Comment ne pas se sentir mal pour eux ? C'est comme s'ils devaient faire face à la liste des espèces en danger ET à un code génétique embrouillé !
Suivi des changements dans la santé génétique du perroquet à ventre orange
Les chercheurs ont aussi examiné comment la santé génétique du perroquet à ventre orange a évolué au fil du temps. Ils ont découvert qu'entre les oiseaux historiques (old-school) et contemporains (d'aujourd'hui), il y avait une perte incroyable de 62 % de diversité génétique. En termes simples, c'est comme perdre presque deux tiers de vos saveurs de glaces préférées-quelle déception !
Ils ont aussi regardé comment la consanguinité (la pratique de reproduire des individus très proches) a changé. Il s'avère que le perroquet à ventre orange fait face à une augmentation de la consanguinité. Le nombre d'oiseaux montrant des traits génétiques similaires augmente, ce qui pourrait être nuisible pour la population. Cela crée une situation où même un éternuement pourrait être un problème pour ces oiseaux.
Le système immunitaire sous attaque
En enquêtant sur la composition génétique, les chercheurs ont remarqué que les gènes immunitaires, surtout ceux impliqués dans la lutte contre les maladies, montraient également une faible diversité. Il s'avère que le système immunitaire du perroquet à ventre orange est comme entrer en bataille avec un couteau à beurre au lieu d'une épée ! Ce manque de variété signifie qu'ils font face à des risques plus élevés de succomber aux maladies.
Les gènes de récepteurs de type toll (TLR), essentiels pour l'immunité, ont montré un manque de variabilité préoccupant. Les chercheurs ont constaté que comparativement aux échantillons historiques, les modernes avaient moins d'options pour se défendre contre des pathogènes méchants. C'est comme arriver à un buffet et ne trouver que de la salade-personne ne veut ça alors qu'on peut avoir de la pizza !
L'avenir du perroquet à ventre orange
Quel avenir pour notre ami à plumes ? Les chercheurs et conservateurs cherchent des idées pour aider à améliorer la santé génétique du perroquet à ventre orange. Avec moins de 100 oiseaux restants dans la nature, le temps pour agir est maintenant.
Une idée sur la table est l'hybridation, où ils mélangeraient l'ADN du perroquet à ventre orange avec celui d'autres espèces similaires. C'est comme amener un cousin à une réunion de famille-espérons que cela aidera à insuffler une nouvelle vie dans l'arbre généalogique ! Une autre option serait de restaurer la diversité génétique perdue grâce à des techniques d'ingénierie génétique. En utilisant des outils comme CRISPR, ils pourraient potentiellement ajouter un peu de variété tant nécessaire dans le pool génétique.
Une approche en deux volets
C'est un moment critique pour le perroquet à ventre orange, et les experts recommandent une approche en deux volets. D'un côté, ils devraient explorer l'hybridation avec d'autres espèces étroitement liées. Cela pourrait introduire du nouveau matériel génétique, donnant au perroquet à ventre orange un coup de pouce dont il a grand besoin.
D'un autre côté, ils devraient examiner comment utiliser la technologie avancée pour la gestion génétique. Les travaux futurs pourraient aider à guider l'équipe de conservation sur comment gérer efficacement la population restante. De cette manière, ils peuvent agir avant qu'il ne soit trop tard, sauvant potentiellement le perroquet du bord de l'extinction.
Le compte à rebours final
Le perroquet à ventre orange a une histoire déchirante, mais il n'est pas trop tard pour une fin heureuse. En se concentrant sur la préservation de la santé génétique et en introduisant un peu de diversité, on peut aider à garder ces oiseaux chantant dans nos cieux. Les choix que nous faisons aujourd'hui-qu'il s'agisse d'hybridation, d'ingénierie génétique ou d'autres stratégies innovantes-détermineront si ces charmants oiseaux voleront à nouveau haut ou s'estomperont comme une chanson oubliée.
Alors la prochaine fois que vous entendez un perroquet crier, souvenez-vous du perroquet à ventre orange et de tous les défis auxquels il fait face. Avec un peu d'espoir, d'efforts et peut-être une pincée de magie scientifique, on pourrait bien les voir voler librement à nouveau.
Titre: Temporal loss of genome-wide and immunogenetic diversity in a near-extinct parrot
Résumé: Loss of genetic diversity threatens a species adaptive potential and long-term resilience. Predicted to be extinct by 2038, the orange-bellied parrot (Neophema chrysogaster) is a Critically Endangered migratory bird threatened by numerous viral, bacterial and fungal diseases. The species has undergone multiple population crashes, reaching a low of three wild-born females and 13 males in 2016 and is now represented by only a single wild population and individuals in the captive breeding program. Here we used our high-quality long-read reference genome, and contemporary and historical resequenced genomes from as early as 1829, to track the long-term genomic erosion and immunogenetic diversity decline in this species. 62% of genomic diversity was lost between historical (mean autosomal heterozygosity = 0.00149 {+/-} 0.000699 SD) and contemporary (0.00057 {+/-} 0.000026) parrots. A greater number and length of runs of homozygosity in contemporary samples was also observed. A temporal reduction of the number of alleles at Toll-like receptor genes was found (historical average alleles = 5.78 {+/-} 2.73; contemporary = 3.89 {+/-} 2.10), potentially exacerbating disease susceptibility in the contemporary population. Of particular concern is the new threat of avian influenza strain (HPAI) to Australia. We discuss the conservation implications of our findings and propose that hybridization and synthetic biology may be required to address the catastrophic loss of genetic diversity that has occurred this species in order to prevent extinction. Significance statementOrange-bellied parrots (Neophema chrysogaster) face a dire future, with extinction predicted by 2038 due to severe genetic diversity loss. This Critically Endangered species, now reduced to a single wild population and a captive breeding program, has lost 62% of its genomic diversity since 1829. Contemporary samples show a decline in immunogenetic diversity and signs of very recent inbreeding. Meaning birds today are more susceptible to disease events than birds a hundred years ago. Conservation efforts must consider hybridization and synthetic biology to counteract the catastrophic loss of genetic diversity to ensure the species survival. Our study underscores the urgent need for innovative strategies to preserve the adaptive potential and resilience of the orange-bellied parrot and other species in similar situations.
Auteurs: Luke W. Silver, Katherine A. Farquharson, Emma Peel, M. Thomas P. Gilbert, Katherine Belov, Hernán E. Morales, Carolyn J. Hogg
Dernière mise à jour: 2024-11-10 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.10.622863
Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.10.622863.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.
Merci à biorxiv pour l'utilisation de son interopérabilité en libre accès.