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# Sciences de la santé # Épidémiologie

La menace cachée des coronavirus

Un aperçu des coronavirus et de leurs impacts sur la santé.

Joseph G. Ogola, Hussein Alburkat, Teemu Smura, Lauri Kareinen, Ravi Kant, Essi M. Korhonen, Tamika J. Lunn, Moses Masika, Paul W. Webala, Philip Nyaga, Omu Anzala, Olli Vapalahti, Kristian M. Forbes, Tarja A. Sironen

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Les coronavirus : Une Les coronavirus : Une préoccupation croissante la santé. représentent des risques sérieux pour Les chauves-souris et les virus
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Les Coronavirus, souvent appelés CoVs, sont des petits virus sournois qui peuvent infecter plein d'animaux, y compris les humains. Ils sont partout dans le monde et peuvent causer diverses maladies. Parfois, ces maladies sont si légères qu'on ne s'en rend même pas compte, mais d'autres fois, elles peuvent causer de sérieux problèmes de santé affectant le système respiratoire, le foie, et même le cerveau. Avec leur capacité à provoquer des épidémies locales ou même des pandémies mondiales, les coronavirus méritent qu'on s'y intéresse.

Épidémies récentes à garder à l'esprit

Ces dernières années, on a vu des épidémies significatives causées par des coronavirus. Tu te souviens du SARS ? Cette maladie grave venait d'un marché dans le sud de la Chine. Ensuite, il y a eu le MERS, qui provenait de la péninsule arabique. C'était tout un manège, non ? Et bien sûr, on ne peut pas oublier la pandémie de COVID-19, qui a changé notre façon de vivre, de travailler, et même d'interagir avec nos proches.

L'arbre généalogique des coronavirus

Les coronavirus appartiennent à une grande famille classée en quatre groupes principaux, ou genres, si tu veux faire le malin. Deux de ces groupes, alpha et beta, sont connus pour infecter les mammifères, y compris nous, les humains. Les deux autres groupes préfèrent traîner avec les oiseaux-non, ils ne papotent pas des derniers tweets !

Fait intéressant, tous les coronavirus qui affectent les humains viennent à l'origine des animaux. Par exemple, il y a des coronavirus légers comme HCoV-HKU1 et HCoV-OC43 qui peuvent causer des rhumes.

Comment se répliquent-ils ?

Alors voici le truc scientifique-les coronavirus sont des virus à ARN. Ça veut dire que leur matériel génétique est fait d'ARN, pas d'ADN. Quand ils infectent un hôte, ils utilisent leurs propres outils (les ARN polymérases) pour faire des copies d'eux-mêmes. Malheureusement, ces outils sont assez sujets aux erreurs, ce qui entraîne beaucoup de mutations. Pense à essayer de copier une recette mais en te trompant sur quelques ingrédients à chaque fois. Néanmoins, ce taux de mutation élevé leur permet de s'adapter rapidement, ce qui en fait des pathogènes plutôt malins.

Le rôle des Chauves-souris : Les usines à virus de la nature

Tu te demandes peut-être d'où viennent ces virus. Eh bien, les chauves-souris sont souvent les principaux suspects. Ces créatures ailées sont considérées comme des sources majeures de coronavirus, notamment les alpha-CoVs et beta-CoVs. Avec plus de 4 000 séquences de coronavirus identifiées chez différentes espèces de chauves-souris, on dirait que les chauves-souris sont la vie de la fête virale. Elles aiment traîner sur les six continents, bien qu'elles soient particulièrement abondantes près de l'équateur.

Mais voici le hic : les chauves-souris partagent souvent leur espace de vie avec du bétail et des humains, ce qui augmente les chances que ces virus passent des chauves-souris aux humains. Donc, si tu penses que les chauves-souris ne sont que de mignons petits créatures suspendues dans les arbres, détrompe-toi ! Elles sont aussi la source de nombreux virus qui pourraient causer des épidémies.

L'étude dans les collines de Taita

Une étude récente s'est concentrée sur les chauves-souris de la région des collines de Taita, au sud-est du Kenya, qui est un hotspot pour la biodiversité. Dans cette zone, les chercheurs voulaient voir quels types de coronavirus étaient présents dans les populations de chauves-souris locales.

Les chauves-souris ont été capturées à l'aide de filets pendant des saisons spécifiques, et leur démographie-comme le sexe et l'âge-était enregistrée. Ça sonne un peu comme une télé-réalité pour les chauves-souris, non ? Elles ont ensuite été mises dans des sacs (pas vraiment le plus luxueux pour une chauve-souris !) pour la collecte d'échantillons. Malheureusement pour les chauves-souris, elles ont été euthanasiées de manière humaine par la suite pour collecter leurs échantillons intestinaux.

Ce que les chercheurs ont trouvé

Alors, qu'ont découvert les chercheurs ? Sur 510 chauves-souris capturées, ils ont trouvé des coronavirus chez environ 6,5 % d'entre elles. Ça veut dire qu'environ 30 chauves-souris abritaient ces virus. La prévalence variait selon les espèces, avec un type de chauve-souris, Mops pumilus, montrant un taux d'Infection significativement plus élevé par rapport à un autre type, Mops condylurus.

On dirait que toutes les chauves-souris ne sont pas égales quand il s'agit d'accueillir des coronavirus !

Le mystère phylogénétique

Les chercheurs ont également examiné les séquences génétiques des coronavirus découverts. Ils ont découvert que ces virus étaient étroitement liés à ceux trouvés chez des chauves-souris d'autres pays africains, indiquant un arbre généalogique viral commun. C'est un peu comme vérifier tes photos de réunion de famille, seulement pour découvrir que tes cousins éloignés viennent de différentes parties de l'Afrique.

Ils ont observé que certaines séquences virales des chauves-souris capturées à différents endroits étaient presque identiques, ce qui suggère que les chauves-souris se déplacent, se mélangent et partagent leurs bagages viraux en cours de route.

La nature recombinante des coronavirus

L'étude a également révélé que les coronavirus sont doués pour mélanger leur matériel génétique, menant à de nouvelles souches virales. Cette capacité de mélange, connue sous le nom de Recombinaison, aide les coronavirus à évoluer rapidement. Imagine que tu as un puzzle avec des pièces de différentes boîtes-tu pourrais finir par créer quelque chose de totalement nouveau !

Étant donné que les chauves-souris se trouvent souvent ensemble dans des colonies, elles offrent un excellent environnement pour que ces événements de recombinaison se produisent. Cela signifie qu'on pourrait voir de nouveaux virus apparaître, surtout que les chauves-souris et les humains continuent de partager des espaces.

L'image globale de la Surveillance virale

Les chercheurs ont souligné qu'il est crucial de comprendre les coronavirus chez les chauves-souris pour prévenir les futures épidémies. Ils ont appelé à une surveillance plus étendue de ces virus chez diverses espèces de chauves-souris et d'autres animaux qui pourraient entrer en contact étroit avec elles. Avec une meilleure compréhension de la diversité des coronavirus, on peut être mieux préparés à faire face aux risques pour la santé.

Leçons tirées des épidémies passées

Les récentes épidémies nous ont appris qu'on ne devrait pas sous-estimer le danger que représentent les coronavirus. La pandémie de COVID-19 a été un énorme signal d'alarme, montrant à quelle vitesse ces virus peuvent se propager et semer le chaos dans nos vies. Cela nous rappelle de prêter plus attention à la relation entre la faune et la santé humaine.

Conclusion : Un appel à la sensibilisation

Alors que nous avançons, gardons les lignes de communication ouvertes au sujet des coronavirus. Il est essentiel de comprendre comment ils fonctionnent, d'où ils viennent, et comment ils peuvent s'introduire dans nos vies. La prochaine fois que tu vois une chauve-souris mignonne suspendue à l'envers, souviens-toi qu'elle pourrait être un porteur potentiel de virus !

Reste informé, reste curieux, et qui sait ? Tu pourrais juste devenir un mini-expert dans le monde fascinant des coronavirus !

Source originale

Titre: Detection and genetic characterization of alphacoronaviruses in co-roosting bat species, southeastern Kenya

Résumé: Bats are associated with some of the most significant and virulent emerging zoonoses globally, yet research and surveillance of bat pathogens remain limited across parts of the world. We surveyed the prevalence and genetic diversity of coronaviruses from bats in Taita Hills, southeastern Kenya, as part of ongoing surveillance efforts in this remote part of eastern Africa. We collected fecal and intestinal samples in May 2018 and March 2019 from 16 bat species. We detected one genus of coronavirus (alphacoronavirus), with an overall RNA prevalence of 6.5% (30/463). Bat species-specific RNA prevalence was 3.8% (9/235) and 11.6% (21/181) for the two most commonly captured free-tailed bat species, Mops condylurus and M. pumilus respectively, with no detections from other bat species (0/90). Phylogenetic analyses based on partial RNA-dependent RNA polymerase gene and whole genome sequences revealed that the sequences clustered together and were closely related to alphacoronavirus detected in Eswatini, Nigeria and South Africa, and more distantly related to alphacoronavirus isolated from Chaerophon plicatus bat species in Yunnan province, China and Ozimops species from southwestern Australia. Incongruent clustering patterns based on distinct genomic regions indicate that this virus may have undergone recombination events during its evolution. These findings highlight coronavirus transmission among bats that share habitats with humans and livestock, posing a potential risk of exposure. Future research should investigate whether coronaviruses detected in these bats have the potential to spillover to other hosts. Author SummaryBats are known to carry several zoonotic pathogens with potential to cause serious illnesses and death in humans. Yet, surveillance on the pathogens they carry remains limited in much of the world. We studied the prevalence and diversity of coronaviruses from bats in Taita Hills, southeastern Kenya to better understand the circulation of these viruses and inform disease preparedness. We detected alphacoronaviruses in urban Mops condylurus and M. pumilus bat species. Our bat alphacoronaviruses detected were closely related to alphacoronaviruses that have been previously detected in bats elsewhere in Africa and distantly related to alphacoronavirus detected from Chaerophon plicatus bat species in Yunnan province, China and Ozimops species from southwestern Australia. We identified possible recombination events between the virus strains in the study area. This work demonstrates coronavirus circulation among bats that share habitats with people and livestock providing conditions that can lead to spillover. Identifying whether coronaviruses detected in these bats have the potential to infect other hosts is critical for developing countermeasures and mitigating potential outbreaks.

Auteurs: Joseph G. Ogola, Hussein Alburkat, Teemu Smura, Lauri Kareinen, Ravi Kant, Essi M. Korhonen, Tamika J. Lunn, Moses Masika, Paul W. Webala, Philip Nyaga, Omu Anzala, Olli Vapalahti, Kristian M. Forbes, Tarja A. Sironen

Dernière mise à jour: Dec 26, 2024

Langue: English

Source URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.12.23.24319537

Source PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.12.23.24319537.full.pdf

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

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