Avances en el Tratamiento del Cáncer Orofaringeo
La investigación destaca el papel de la incertidumbre en la segmentación de tumores para mejorar los resultados de la radioterapia.
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Tabla de contenidos
- El Desafío de la Segmentación Precisa
- Automatización en la Planificación del Tratamiento
- El Papel de la Incertidumbre en las Predicciones
- Investigando la Incertidumbre en Modelos de Predicción
- Modelos de Aprendizaje Profundo Empleados
- Midiendo la Incertidumbre en las Segmentaciones
- Evaluación del Rendimiento
- La Importancia de la Incertidumbre a Nivel de Paciente
- Procesos de Derivación Simulados
- Visualizando las Predicciones y la Incertidumbre del Modelo
- Limitaciones y Direcciones Futuras
- Conclusión
- Fuente original
El Cáncer orofaríngeo (COP) es un tipo de cáncer común y serio que afecta el área de la garganta, especialmente la parte posterior de la boca y la garganta. Uno de los tratamientos principales para este cáncer es la radioterapia, que utiliza rayos de alta energía para matar las células cancerosas. Para que la radioterapia funcione de manera efectiva, los médicos necesitan identificar con precisión la región del cáncer, conocida como el volumen tumoral bruto (GTVp). Esto es un desafío porque diferentes doctores pueden ver el tumor de manera diferente, lo que lleva a inconsistencias en la planificación del tratamiento.
El Desafío de la Segmentación Precisa
La identificación precisa del GTVp es esencial para un tratamiento exitoso. Sin embargo, los tumores de COP son particularmente difíciles de definir. Diferentes expertos pueden tener opiniones variadas sobre dónde comienza y termina el tumor, lo que puede impactar significativamente los resultados del tratamiento. Esta variación entre expertos, conocida como variabilidad interobservador, es uno de los mayores desafíos en el tratamiento del COP. Por lo tanto, mejorar la forma en que identificamos y segmentamos estos tumores es crucial para aumentar la efectividad de la radioterapia.
Automatización en la Planificación del Tratamiento
Para abordar los problemas de la segmentación manual, los investigadores están recurriendo a la tecnología, específicamente al Aprendizaje Profundo (DL). Este es un tipo de inteligencia artificial que utiliza algoritmos complejos para identificar y procesar patrones en los datos. En el contexto del COP, los modelos de aprendizaje profundo pueden ayudar a segmentar órganos y el tumor en sí de manera más confiable que los anotadores humanos. Estudios muestran que estos métodos automatizados pueden igualar o incluso superar la precisión de los expertos humanos en la identificación del GTVp.
El Papel de la Incertidumbre en las Predicciones
Aunque muchos modelos de aprendizaje profundo pueden dar un buen rendimiento en la segmentación de tumores de COP, hay un aspecto importante que aún no se ha explorado: la incertidumbre de sus predicciones. Entender cuán seguros están estos modelos sobre sus predicciones puede ayudar a los doctores a confiar más en sus resultados. Los modelos pueden tener puntajes de rendimiento altos, pero aún así pueden tener resultados inciertos, lo que puede llevar a complicaciones potenciales en el tratamiento.
Cuantificar la incertidumbre es importante. Esto permite a los médicos entender cuándo las predicciones de un modelo son fiables y cuándo deben ser cautelosos. En radioterapia, conocer el nivel de confianza en la segmentación es particularmente relevante, dada la alta variabilidad en las evaluaciones de expertos humanos.
Investigando la Incertidumbre en Modelos de Predicción
En este estudio, los investigadores se centraron en desarrollar modelos de aprendizaje profundo que no solo segmenten el GTVp de manera efectiva, sino que también proporcionen estimaciones de incertidumbre. Analizaron varios métodos para medir la incertidumbre tanto a nivel de paciente como de voxel individual (la unidad 3D más pequeña).
Para entrenar y evaluar sus modelos, los investigadores usaron dos conjuntos de datos principales que contenían datos de imágenes de pacientes con COP. Un conjunto de datos estaba disponible públicamente, mientras que el otro se obtuvo de un centro de cáncer bien conocido. Esta diversidad de datos ayudó a crear modelos robustos que pudieron ser probados contra una amplia gama de casos de pacientes.
Modelos de Aprendizaje Profundo Empleados
Se investigaron principalmente dos modelos de aprendizaje profundo: el Deep Ensemble y el Monte Carlo Dropout Ensemble. Ambos modelos se construyeron sobre una arquitectura similar conocida como U-Net residual 3D. Este diseño ha demostrado ser efectivo en la segmentación del GTVp en estudios previos. Cada modelo fue entrenado en conjuntos de datos separados para garantizar que pudieran aprender y generalizar bien a nuevos datos.
La segmentación automática se logró alimentando los modelos con datos de escáneres CT y PET. Durante el entrenamiento, los modelos aprendieron a identificar las características que mejor representan las regiones tumorales.
Midiendo la Incertidumbre en las Segmentaciones
Para evaluar la incertidumbre, se emplearon varios métodos. Los investigadores observaron cuán dispersas estaban las predicciones del modelo. Un método común implicó calcular la entropía de las predicciones-esencialmente una medida de incertidumbre. Si un modelo estaba muy seguro de su predicción, la entropía sería baja, mientras que una alta entropía indicaría incertidumbre.
También se exploraron otras medidas de incertidumbre, incluyendo el coeficiente de variación y la entropía predictiva. El objetivo era encontrar la forma más efectiva de evaluar y transmitir la incertidumbre a los clínicos que trabajan con los modelos.
Evaluación del Rendimiento
Una vez que los modelos fueron entrenados, su rendimiento se evaluó utilizando métricas que cuantifican cuán bien realizaron la segmentación de los tumores. Las métricas clave incluyeron el coeficiente de similitud de Dice (DSC), que mide la superposición entre las regiones tumorales predichas y reales, la distancia media de la superficie (MSD), y la distancia de Hausdorff (95HD), que evalúa cuán lejos están los límites predichos de los límites tumorales reales.
Los resultados mostraron que ambos modelos funcionaron bien, con el Monte Carlo Dropout Ensemble superando ligeramente al Deep Ensemble cuando se probaron con datos de pacientes externos. Aunque hubo algunas diferencias, no fueron lo suficientemente significativas como para sugerir que un modelo fuera claramente superior.
La Importancia de la Incertidumbre a Nivel de Paciente
Uno de los hallazgos cruciales fue la utilidad de las medidas de incertidumbre a nivel de paciente. Los investigadores descubrieron que al examinar cuán seguros o inseguros estaban los modelos en sus predicciones, podían predecir qué segmentaciones eran más propensas a ser precisas. Esto es particularmente valioso en la práctica clínica, donde los doctores pueden tener más confianza en sus decisiones de tratamiento si entienden la fiabilidad de las salidas de segmentación.
Por ejemplo, si la segmentación de un tumor se marca como incierta, un clínico puede decidir volver a verificar los resultados o realizar imágenes adicionales. Este enfoque asegura que los pacientes reciban la mejor atención posible basada en datos fiables.
Procesos de Derivación Simulados
Además de evaluar el rendimiento, el estudio también simuló procesos de derivación basados en la incertidumbre. En estas simulaciones, los pacientes fueron clasificados según cuán incierto era el modelo sobre sus segmentaciones. La idea era referir los casos más inciertos para una revisión experta, lo que potencialmente mejoraría los resultados del tratamiento en general.
Los resultados indicaron que todas las medidas de incertidumbre mejoraron el rendimiento del modelo durante el proceso de derivación. Sin embargo, algunas medidas funcionaron mejor que otras en la predicción de segmentaciones precisas y deberían ser consideradas al tomar decisiones de derivación.
Visualizando las Predicciones y la Incertidumbre del Modelo
Los investigadores también examinaron visualmente la incertidumbre en torno a las predicciones del modelo. Se encontró que la incertidumbre era generalmente mayor alrededor de los bordes de las regiones tumorales predichas. Esto puede deberse a cómo los modelos de aprendizaje profundo interpretaron los datos de imagen. Entender dónde un modelo no está seguro es crucial porque puede ayudar a los clínicos a enfocar su atención en esas áreas al revisar los resultados de la segmentación.
Limitaciones y Direcciones Futuras
Aunque este estudio hizo avances significativos en la comprensión de la incertidumbre en la segmentación de COP, también tuvo limitaciones. Solo se exploraron dos modelos, y los tamaños de muestra fueron relativamente limitados. La investigación futura debería aspirar a incluir más modelos, conjuntos de datos más grandes y técnicas de imagen adicionales para mejorar la fiabilidad y aplicabilidad de las estimaciones de incertidumbre en los flujos de trabajo clínicos.
Además, el enfoque se centró únicamente en tumores primarios, sin investigar metástasis en los ganglios linfáticos. A medida que la investigación en esta área crece, incluir estos factores proporcionará una comprensión más completa de la gestión del cáncer.
Conclusión
En resumen, la integración de la estimación de incertidumbre en modelos de aprendizaje profundo para la segmentación del cáncer orofaríngeo marca un avance significativo en la planificación de la radioterapia. Al entender no solo qué tan bien funcionan estos modelos, sino también cuán seguros están en sus predicciones, los profesionales de la salud pueden tomar decisiones más informadas sobre la atención al paciente. Esta investigación sienta las bases para futuros desarrollos en aplicaciones de inteligencia artificial en oncología, con el objetivo final de mejorar los resultados para los pacientes con cáncer. A medida que se realicen más estudios, la esperanza es mejorar la efectividad de las herramientas de segmentación automatizada y su papel en entornos clínicos.
Título: Application of simultaneous uncertainty quantification for image segmentation with probabilistic deep learning: Performance benchmarking of oropharyngeal cancer target delineation as a use-case
Resumen: BackgroundOropharyngeal cancer (OPC) is a widespread disease, with radiotherapy being a core treatment modality. Manual segmentation of the primary gross tumor volume (GTVp) is currently employed for OPC radiotherapy planning, but is subject to significant interobserver variability. Deep learning (DL) approaches have shown promise in automating GTVp segmentation, but comparative (auto)confidence metrics of these models predictions has not been well-explored. Quantifying instance-specific DL model uncertainty is crucial to improving clinician trust and facilitating broad clinical implementation. Therefore, in this study, probabilistic DL models for GTVp auto-segmentation were developed using large-scale PET/CT datasets, and various uncertainty auto-estimation methods were systematically investigated and benchmarked. MethodsWe utilized the publicly available 2021 HECKTOR Challenge training dataset with 224 co-registered PET/CT scans of OPC patients with corresponding GTVp segmentations as a development set. A separate set of 67 co-registered PET/CT scans of OPC patients with corresponding GTVp segmentations was used for external validation. Two approximate Bayesian deep learning methods, the MC Dropout Ensemble and Deep Ensemble, both with five submodels, were evaluated for GTVp segmentation and uncertainty performance. The segmentation performance was evaluated using the volumetric Dice similarity coefficient (DSC), mean surface distance (MSD), and Hausdorff distance at 95% (95HD). The uncertainty was evaluated using four measures from literature: coefficient of variation (CV), structure expected entropy, structure predictive entropy, and structure mutual information, and additionally with our novel Dice-risk measure. The utility of uncertainty information was evaluated with the accuracy of uncertainty-based segmentation performance prediction using the Accuracy vs Uncertainty (AvU) metric, and by examining the linear correlation between uncertainty estimates and DSC. In addition, batch-based and instance-based referral processes were examined, where the patients with high uncertainty were rejected from the set. In the batch referral process, the area under the referral curve with DSC (R-DSC AUC) was used for evaluation, whereas in the instance referral process, the DSC at various uncertainty thresholds were examined. ResultsBoth models behaved similarly in terms of the segmentation performance and uncertainty estimation. Specifically, the MC Dropout Ensemble had 0.776 DSC, 1.703 mm MSD, and 5.385 mm 95HD. The Deep Ensemble had 0.767 DSC, 1.717 mm MSD, and 5.477 mm 95HD. The uncertainty measure with the highest DSC correlation was structure predictive entropy with correlation coefficients of 0.699 and 0.692 for the MC Dropout Ensemble and the Deep Ensemble, respectively. The highest AvU value was 0.866 for both models. The best performing uncertainty measure for both models was the CV which had R-DSC AUC of 0.783 and 0.782 for the MC Dropout Ensemble and Deep Ensemble, respectively. With referring patients based on uncertainty thresholds from 0.85 validation DSC for all uncertainty measures, on average the DSC improved from the full dataset by 4.7% and 5.0% while referring 21.8% and 22% patients for MC Dropout Ensemble and Deep Ensemble, respectively. ConclusionWe found that many of the investigated methods provide overall similar but distinct utility in terms of predicting segmentation quality and referral performance. These findings are a critical first-step towards more widespread implementation of uncertainty quantification in OPC GTVp segmentation.
Autores: Kareem A. Wahid, J. Sahlsten, J. Jaskari, S. Ahmed, E. Glerean, R. He, B. Kann, A. A. Makitie, C. D. Fuller, M. A. Naser, K. Kaski
Última actualización: 2023-02-24 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.02.20.23286188
Fuente PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.02.20.23286188.full.pdf
Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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