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ExBEHRT: Un Nuevo Enfoque para el Análisis de EHR

ExBEHRT mejora el análisis de datos de pacientes para hacer predicciones de salud más precisas.

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En los últimos años, los registros de salud electrónicos (EHR) han cobrado mucha más importancia. Ayudan a los doctores a llevar un control de la historia médica de un paciente, incluyendo diagnósticos, tratamientos, visitas y pruebas. Con la gran cantidad de Datos que contienen estos registros, usar aprendizaje automático puede ofrecer nuevos insights sobre patrones de enfermedades, detección temprana de enfermedades y planes de tratamiento personalizados.

Para aprovechar este potencial, los investigadores han desarrollado modelos que pueden analizar la información de los EHR. Uno de estos modelos es ExBEHRT, que se basa en un modelo anterior llamado BEHRT. Mientras que BEHRT se centraba principalmente en diagnósticos y la edad del paciente, ExBEHRT amplía este enfoque para incluir varios tipos de datos como demografía, detalles clínicos, signos vitales, historial de tabaquismo, tratamientos, medicamentos y resultados de laboratorio.

Por qué ExBEHRT es importante

El objetivo de ExBEHRT es proporcionar una vista más completa de la información del paciente. Al incluir más características, el modelo puede hacer mejores predicciones sobre problemas de salud futuros. Por ejemplo, puede ayudar a identificar factores de riesgo para diferentes enfermedades o sugerir opciones de tratamiento adaptadas a pacientes individuales.

Una característica clave de ExBEHRT es su capacidad para interpretar las predicciones que hace. Entender por qué el modelo llega a una conclusión en particular es crucial para los médicos que dependen de estas predicciones para el cuidado del paciente. Esta función se logra mediante un método que analiza los gradientes esperados, ofreciendo insights más claros que los métodos anteriores que solo se basaban en la importancia de las características.

Cómo funciona ExBEHRT

ExBEHRT representa los registros de salud de un paciente de tal manera que rastrea varios eventos médicos a lo largo del tiempo. El modelo tiene en cuenta cómo se relacionan entre sí diferentes características y las secuencias de eventos para cada paciente. Esto es importante porque la salud de un paciente puede cambiar con el tiempo, y entender estos cambios puede llevar a mejores decisiones en la atención médica.

El modelo evita crear secuencias de entrada demasiado largas agrupando conceptos médicos en secciones separadas. Este método previene un aumento en los costos de procesamiento a medida que se añaden más características, permitiendo actualizaciones eficientes a medida que se dispone de nuevos datos. El diseño de ExBEHRT separa diferentes tipos de información, como diagnósticos y procedimientos, que pueden tener impactos distintos en los resultados de salud.

La importancia de los datos de Entrenamiento

Para entrenar ExBEHRT de manera efectiva, se requiere un conjunto grande y diverso de registros de salud. Una fuente de datos proviene de la base de datos de EHR de Optum, que incluye datos de salud de muchos proveedores de atención médica en los Estados Unidos. Este extenso conjunto de datos contiene una riqueza de información sobre demografía, tratamientos médicos y resultados para más de 100 millones de pacientes.

Antes de entrenar, es esencial limpiar y preparar los datos. Este proceso implica asegurarse de que solo se incluyan registros relevantes, enfocándose en pacientes con un historial médico suficiente para proporcionar contexto para las predicciones. Al seleccionar cuidadosamente los puntos de datos, los investigadores pueden construir una base sólida para el entrenamiento del modelo.

Entrenamiento y ajuste fino del modelo

ExBEHRT pasa por un proceso de entrenamiento en dos pasos: pre-entrenamiento y ajuste fino. En la fase de pre-entrenamiento, el modelo aprende a predecir códigos de diagnóstico analizando patrones en los datos de los pacientes. Este entrenamiento ayuda al modelo a familiarizarse con los diferentes tipos de información que encontrará.

Una vez completado el pre-entrenamiento, el modelo entra en la fase de ajuste fino, donde se ajusta para mejorar su rendimiento en tareas específicas, como predecir resultados de pacientes. Estas tareas pueden incluir predecir la probabilidad de que un paciente sea readmitido al hospital o determinar su riesgo de mortalidad.

Evaluando el rendimiento del modelo

Una vez que ExBEHRT ha sido entrenado, es importante evaluar su rendimiento. Se utilizan varios métricas clave para medir cuán efectivo es el modelo al hacer predicciones. Estas métricas ayudan a determinar si ExBEHRT está proporcionando insights valiosos en comparación con otros modelos o métodos tradicionales.

El rendimiento del modelo se puede evaluar en varias tareas, incluyendo la Predicción de mortalidad para pacientes con cáncer o tasas de readmisión para pacientes con insuficiencia cardiaca. Comparar los resultados de ExBEHRT con los de otros modelos conocidos ayuda a ilustrar sus fortalezas y debilidades.

Interpretando las predicciones del modelo

Un aspecto crucial de usar aprendizaje automático en atención médica es la capacidad de entender cómo y por qué los modelos derivan sus predicciones. ExBEHRT aborda esto visualizando la atención de varias características. Al examinar cómo el modelo se enfoca en diferentes partes de los datos de entrada, los profesionales de salud pueden obtener insights sobre los factores que impulsan las predicciones.

Otro método para la interpretación implica analizar los gradientes esperados. Esta técnica permite una comprensión más profunda de la importancia de características individuales en la predicción de resultados. Al evaluar la influencia de cada característica, los clínicos pueden tomar decisiones más informadas sobre el cuidado del paciente.

Agrupando pacientes para mejores insights

Usando ExBEHRT, los investigadores pueden agrupar pacientes basándose en su información médica. El agrupamiento ayuda a identificar grupos de pacientes con características o perfiles de enfermedad similares. Esta información se puede utilizar para reconocer diferentes niveles de riesgo entre pacientes con cáncer o personalizar tratamientos para grupos específicos.

En un ejemplo, el modelo identificó grupos entre pacientes con cáncer. Cada grupo estaba asociado con un tipo específico de cáncer, lo que permitió el desarrollo de planes de tratamiento que consideran las características únicas de cada grupo. Este proceso de agrupamiento enfatiza el potencial de atención personalizada basada en el recorrido de cada paciente.

Limitaciones a considerar

Aunque ExBEHRT muestra promesas en el análisis de EHR, hay limitaciones a considerar. El rendimiento del modelo puede verse influenciado por la calidad de los datos utilizados para el entrenamiento. Los datos de EHR a veces pueden estar fragmentados o incompletos, lo que puede afectar la precisión de las predicciones.

Además, el sesgo es una preocupación en el aprendizaje automático. Es vital asegurarse de que los datos de entrenamiento sean representativos de la población para evitar disparidades en las predicciones basadas en demografía u otros factores. El trabajo futuro debería enfocarse en abordar estas limitaciones y mejorar la capacidad de generalización del modelo a diferentes entornos de atención médica.

Direcciones futuras para ExBEHRT

A medida que ExBEHRT continúa desarrollándose, una investigación adicional puede mejorar sus capacidades y aplicaciones. Un área de enfoque es validar las predicciones del modelo con la opinión de profesionales de la salud. Colaborar con clínicos puede ayudar a asegurar que los insights proporcionados por el modelo sean relevantes y aplicables.

Además, ampliar la funcionalidad del modelo para incluir otras enfermedades o condiciones puede aumentar su utilidad en la práctica clínica. Al aplicar ExBEHRT a una gama más amplia de problemas de salud, los investigadores pueden identificar nuevos patrones y mejorar los resultados para los pacientes.

Conclusión

ExBEHRT representa un avance en el uso de aprendizaje automático para la atención médica. Al incorporar una amplia gama de datos del paciente y proporcionar predicciones interpretables, el modelo ofrece insights valiosos que pueden ayudar a los clínicos a tomar decisiones informadas sobre el cuidado del paciente. A medida que la investigación en este campo avanza, ExBEHRT tiene el potencial de transformar la manera en que los proveedores de atención médica abordan la gestión y planificación del tratamiento del paciente.

Fuente original

Título: ExBEHRT: Extended Transformer for Electronic Health Records to Predict Disease Subtypes & Progressions

Resumen: In this study, we introduce ExBEHRT, an extended version of BEHRT (BERT applied to electronic health records), and apply different algorithms to interpret its results. While BEHRT considers only diagnoses and patient age, we extend the feature space to several multimodal records, namely demographics, clinical characteristics, vital signs, smoking status, diagnoses, procedures, medications, and laboratory tests, by applying a novel method to unify the frequencies and temporal dimensions of the different features. We show that additional features significantly improve model performance for various downstream tasks in different diseases. To ensure robustness, we interpret model predictions using an adaptation of expected gradients, which has not been previously applied to transformers with EHR data and provides more granular interpretations than previous approaches such as feature and token importances. Furthermore, by clustering the model representations of oncology patients, we show that the model has an implicit understanding of the disease and is able to classify patients with the same cancer type into different risk groups. Given the additional features and interpretability, ExBEHRT can help make informed decisions about disease trajectories, diagnoses, and risk factors of various diseases.

Autores: Maurice Rupp, Oriane Peter, Thirupathi Pattipaka

Última actualización: 2023-08-11 00:00:00

Idioma: English

Fuente URL: https://arxiv.org/abs/2303.12364

Fuente PDF: https://arxiv.org/pdf/2303.12364

Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

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