El papel de las bacterias oxidantes de amoníaco en el ciclo del nitrógeno de la Tierra
Una mirada a la evolución y la importancia de las bacterias que oxidan amoníaco.
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Tabla de contenidos
El ciclo del nitrógeno es un proceso natural que involucra diferentes formas de nitrógeno, como el Amoníaco, el dinitrógeno y los óxidos de nitrógeno. Este ciclo incluye varios procesos biológicos como la fijación del nitrógeno y la Nitrificación. El proceso de nitrificación transforma el amoníaco en Nitrito y luego en Nitrato, lo cual tiene efectos cruciales en la actividad biológica y otros ciclos ambientales.
La formación de óxidos de nitrógeno permite otro proceso llamado Desnitrificación, que convierte el nitrato y el nitrito de nuevo en gas dinitrógeno. Este ciclo ayuda a controlar la cantidad de nitrógeno disuelto en el medio ambiente. Se ha propuesto que la aparición de la nitrificación y la desnitrificación ha llevado a condiciones limitadas en nitrógeno en la Tierra, lo que puede haber influido en la vida microbiana a lo largo del tiempo.
Entender cómo comenzó la nitrificación en la Tierra es importante para conocer la historia de la vida. Los científicos utilizan métodos geoquímicos, como los isótopos estables de nitrógeno, para reunir evidencia indirecta sobre procesos biológicos. Los estudios sugieren que el nitrato apareció en los océanos hace unos 2.7 mil millones de años, y es probable que este nitrato se produzca a través de la nitrificación biológica. Estos hallazgos insinúan la ocurrencia de fotosíntesis en el pasado.
A medida que la Tierra transitó hacia el Gran Evento de Oxidación hace unos 2.4 mil millones de años, los niveles de oxígeno en la atmósfera y los océanos aumentaron dramáticamente. El registro de isótopos estables de nitrógeno respalda esta transición, pero no está del todo claro. Los cambios en los sedimentos después de ser depositados pueden alterar el registro y crear incertidumbre. Además, los hallazgos atribuidos a la nitrificación también podrían provenir de diferentes procesos biológicos, lo que muestra la necesidad de nuevos métodos de análisis.
El proceso de nitrificación depende de varios microbios, incluidos archaea y bacterias que oxidan amoníaco, así como bacterias que oxidan nitrito. Las bacterias que oxidan amoníaco se pueden dividir en grupos, incluidos Beta y Gamma proteobacterias, y comparten herramientas genéticas similares que permiten la oxidación del amoníaco. A pesar de las diferencias, utilizan la misma enzima, la monooxigenasa de amoníaco, que está codificada por genes específicos.
La investigación sobre estos grupos bacterianos muestra la importancia de entender su genética para rastrear la historia de la oxidación del amoníaco. Los científicos utilizan varias estrategias y modelos para datar los orígenes de estas bacterias. Algunos estudios han estimado que diferentes tipos de bacterias surgieron en diferentes momentos, pero los resultados a menudo son conflictivos.
El estudio de fósiles también ha ayudado a los investigadores a datar la evolución bacteriana al vincularla con la evolución de organismos eucariotas. Esta conexión brinda más opciones para estimar el momento de los eventos evolutivos importantes. Sin embargo, algunas estimaciones podrían ser incorrectas debido a suposiciones desactualizadas sobre cuándo aparecieron por primera vez los eucariotas.
Análisis recientes han tenido como objetivo conectar los hallazgos sobre la evolución microbiana con los registros fósiles de la vida temprana. Este enfoque ha llevado a nuevas ideas sobre cuándo aparecieron diferentes tipos de bacterias que oxidan amoníaco y sus relaciones con otras formas de vida. Este nuevo entendimiento sugiere que las bacterias Gamma que oxidan amoníaco aparecieron antes que otros tipos.
Aparición y Evolución de las Bacterias que Oxidan Amoníaco
Se cree que las primeras bacterias que oxidan amoníaco surgen dentro del grupo Gammaproteobacteria. Las características de estas bacterias ofrecen información importante sobre cómo evolucionaron y formaron conexiones con otros organismos. Los estudios muestran que se puede rastrear a las bacterias que oxidan amoníaco a través de sus genes, revelando su historia evolutiva.
Para entender mejor estas primeras bacterias, los científicos analizaron varios genomas para crear un árbol filogenómico que muestre cómo se relacionan los diferentes grupos. También siguieron la evolución de los genes, confirmando que ciertos genes relacionados con la oxidación de amoníaco aparecieron al mismo tiempo en diferentes bacterias.
El desarrollo de linajes bacterianos distintos ayuda a identificar los orígenes de los procesos que permiten la oxidación del amoníaco. Los investigadores se centraron en genes clave que juegan un papel en estos procesos y mostraron que la evolución de estas bacterias fue un proceso gradual con varios factores contribuyendo a su adaptabilidad.
Técnicas para Datación de la Evolución Bacteriana
Para datar los orígenes de las bacterias que oxidan amoníaco, los investigadores han utilizado métodos que evalúan las tasas de evolución en diferentes linajes. Algunos estudios indican que ciertos grupos evolucionaron en diferentes momentos, pero pueden haber discrepancias.
Usar fósiles para proporcionar estimaciones de tiempo para la evolución bacteriana puede ofrecer información valiosa. Al calibrar la evolución bacteriana contra fósiles eucariotas, los investigadores pueden entender mejor el momento de eventos evolutivos significativos. Sin embargo, este método tiene sus limitaciones y pueden ocurrir sesgos, lo que lleva a errores en las estimaciones de tiempo.
Consecuentemente, las técnicas mejoradas para datar estos eventos son importantes. Los investigadores enfatizan la importancia de usar un conjunto confiable de genes que permitan prácticas de datación consistentes y precisas. Esto ayuda a evitar problemas que surgen al usar estimaciones desactualizadas o inexactas.
Relaciones Filogenéticas entre Bacterias que Oxidan Amoníaco
Los estudios han identificado que diferentes bacterias han surgido a través de caminos evolutivos distintos. Algunos investigadores argumentan que las bacterias Beta que oxidan amoníaco fueron el primer grupo en evolucionar, mientras que otros sostienen que las bacterias Gamma son más antiguas. Los problemas con los métodos de investigación anteriores han llevado a estas opiniones conflictivas.
Cuando se utilizan técnicas más precisas y confiables, se encuentra que es probable que las bacterias Gamma que oxidan amoníaco aparecieron primero. Este hallazgo se respalda con hallazgos de datos genómicos que muestran cómo estas bacterias se han adaptado y evolucionado con el tiempo.
El análisis de funciones metabólicas en estas bacterias muestra que han desarrollado características específicas que permiten una oxidación eficiente del amoníaco. Los investigadores encontraron similitudes y diferencias entre varios grupos, lo que ayuda a entender sus estrategias evolutivas.
Factores Ambientales que Influyen en la Evolución Bacteriana
La evolución de las bacterias que oxidan amoníaco no ocurrió en un vacío; estuvo influenciada por cambios ambientales a lo largo del tiempo. La evidencia del registro geológico muestra cambios significativos en las condiciones atmosféricas y la química oceánica a lo largo de miles de millones de años.
El aumento de los niveles de oxígeno durante el Gran Evento de Oxidación probablemente facilitó nuevas rutas metabólicas, incluyendo la nitrificación. A medida que los ambientes cambiaron, la necesidad de un ciclo de nitrógeno efectivo se hizo evidente, lo que llevó a las bacterias a adaptarse a nuevos roles en el ciclo del nitrógeno.
La investigación indica que ciertas bacterias pueden haber contribuido a este ciclo en diferentes entornos. Por ejemplo, las bacterias metanotróficas, que oxidan metano, pueden haber trabajado junto a las bacterias que oxidan amoníaco durante este tiempo. Sus roles en el ciclo de nitrógeno pueden haberse complementado, creando una interacción más compleja entre estos microorganismos.
Conclusiones sobre la Evolución de las Bacterias que Oxidan Amoníaco
En resumen, la aparición de las bacterias que oxidan amoníaco es un proceso complejo relacionado con varios factores ambientales y biológicos. La investigación indica que las bacterias Gamma que oxidan amoníaco probablemente fueron las primeras en surgir, abriendo el camino para que otros grupos les siguieran.
Los hallazgos sugieren que estas bacterias jugaron un papel vital en el ciclo del nitrógeno y contribuyeron a un ecosistema más amplio al establecer procesos de reciclaje de nitrógeno más efectivos. Su capacidad para adaptarse a condiciones cambiantes les ha permitido prosperar en diferentes entornos, influyendo en la evolución de otros grupos microbianos.
A medida que la investigación avanza, se emergerá una imagen más clara de las relaciones entre estos microorganismos y sus contribuciones al ciclo del nitrógeno. Este conocimiento puede proporcionar ideas sobre la historia de la vida en la Tierra y las interacciones ecológicas que moldearon nuestro planeta.
Entender estas relaciones complejas nos ayuda a apreciar el delicado equilibrio de los ecosistemas y los roles que diferentes organismos desempeñan en el mantenimiento de la vida. A su vez, esto puede informar estrategias de conservación y manejo dirigidas a preservar la biodiversidad y mantener ecosistemas saludables.
En conclusión, el estudio de las bacterias que oxidan amoníaco revela la intrincada red de vida que ha evolucionado durante miles de millones de años. Al juntar las piezas de la evidencia, los científicos pueden obtener valiosas ideas sobre el pasado y predecir cómo estos organismos pueden responder a futuros cambios ambientales. El papel del ciclo del nitrógeno en la historia de la vida en la Tierra no puede ser subestimado, lo que hace que la exploración de estos procesos microbianos sea esencial para entender el futuro de nuestro planeta.
Título: Dating ammonia-oxidizing bacteria with abundant eukaryotic fossils
Resumen: Evolution of a complete nitrogen cycle relies on the onset of ammonia oxidation, which aerobically converts ammonia to nitrogen oxides. However, accurate estimation of the antiquity of ammonia-oxidizing bacteria (AOB) remains challenging because AOB-specific fossils are absent and bacterial fossils amenable to calibrate bacterial molecular clocks are rare. Leveraging the ancient endosymbiosis of mitochondria and plastid, as well as using state-of-the-art techniques such as the Bayesian sequential dating approach, we obtained a robust timeline of AOB evolution calibrated by fossil-rich eukaryotic lineages. We show that the first AOB evolved in marine Gammaproteobacteria (Gamma-AOB) and emerged between 2.1 and 1.9 billion years ago (Ga), thus postdating the Great Oxidation Event (GOE; 2.4-2.32 Ga). To reconcile the sedimentary nitrogen isotopic signatures of ammonia oxidation occurring near the GOE, we propose that ammonia oxidation likely occurred at the common ancestor of Gamma-AOB and Gammaproteobacterial methanotrophs, or the actinobacterial/verrucomicrobial methanotrophs, which are known to have ammonia oxidation activities. We also do not rule out another possibility that nitrite was transported from the terrestrial habitats where ammonia oxidation by archaea likely took place. Further, we show that the Gamma-AOB predates the anaerobic ammonia oxidizing (anammox) bacteria which also emerged in marine environments, implying that the origin of ammonia oxidation constrained the origin of anammox as nitrite produced by the former fuels the latter. Our robustly calibrated molecular clocks support a new hypothesis that nitrogen redox cycle involving nitrogen oxides evolved rather late in the ocean.
Autores: Haiwei Luo, T. Liao, S. Wang, H. Zhang, S. Eva
Última actualización: 2024-02-23 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.23.581699
Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.23.581699.full.pdf
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