Levaduras productoras de aceite como alternativas sostenibles
Los investigadores exploran la levadura para reemplazar el aceite de palma de manera sostenible.
― 9 minilectura
Tabla de contenidos
- Levaduras Productoras de Aceite
- Viabilidad Económica
- Ingeniería Metabólica
- Enfoque de Investigación
- Análisis de Expresión Génica
- Análisis de Vías
- Análisis de Ontología Génica
- Análisis de Muestreo de Flujo
- Validación Experimental
- Caracterización de Cepas Modificadas
- Conclusión
- Fuente original
- Enlaces de referencia
Los aceites de origen vegetal, como el aceite de palma, se usan mucho en productos como alimentos, cosméticos y artículos de cuidado personal. Mejoran la textura, el sabor y la durabilidad de estos productos. Sin embargo, la creciente demanda de aceite de palma ha causado serios problemas ambientales. Muchos bosques en Asia, América del Sur y África están siendo reemplazados por plantaciones de aceite de palma. Este cambio perjudica al medio ambiente local y a las personas que dependen de estos bosques para su sustento, contribuyendo a problemas como la deforestación y el cambio climático.
Para abordar estos problemas, los investigadores buscan alternativas sostenibles al aceite de palma. Una opción prometedora es usar ciertos tipos de levaduras conocidas como levaduras productoras de aceite. Estas levaduras tienen la capacidad de producir aceites y pueden ser un buen sustituto de los aceites vegetales tradicionales.
Levaduras Productoras de Aceite
Un tipo específico de levadura productora de aceite llamada Cutaneotrichosporon oleaginosus ha mostrado un gran potencial. Puede acumular más del 40% de su peso en aceites bajo condiciones especiales. Esto ocurre cuando limitamos ciertos nutrientes, especialmente el nitrógeno, lo que lleva a la levadura a convertir azúcares en exceso en Lípidos o grasas.
C. oleaginosus puede prosperar en diversas fuentes de azúcar, incluidos productos de desecho de otras industrias, lo que la convierte en una opción atractiva para la producción de aceite sostenible. Al usar estos desechos, podemos producir aceite mientras reducimos la basura, haciendo el proceso más amigable con el medio ambiente.
Viabilidad Económica
A pesar del potencial de C. oleaginosus, usarla para la producción de aceite a gran escala aún no es viable financieramente. La investigación sugiere que para que sea económicamente factible, necesitamos encontrar maneras de aumentar la cantidad de aceite que produce la levadura. Algunos científicos recomiendan usar células enteras de la levadura para la producción y optimizar el proceso para hacerlo más eficiente.
Para mejorar la producción de aceite, los investigadores han comenzado a utilizar técnicas avanzadas para modificar el metabolismo y las condiciones de crecimiento de la levadura. Han estudiado cómo diferentes factores, como la relación de carbono a nitrógeno en el medio de cultivo y la temperatura, afectan la producción de aceite en C. oleaginosus.
Ingeniería Metabólica
Estudios recientes han demostrado que ciertas modificaciones genéticas pueden mejorar la capacidad de la levadura para producir aceites. Por ejemplo, los investigadores han logrado manipular Vías metabólicas específicas para aumentar la producción de ácidos grasos. Usando herramientas de vanguardia como CRISPR, los científicos pueden hacer cambios precisos en los genes de la levadura para mejorar su rendimiento.
Sin embargo, aún hay muchos vacíos en nuestro conocimiento sobre cómo modificar mejor C. oleaginosus para la producción de aceite. Nuevas técnicas y modelos están ayudando a los investigadores a entender y optimizar las vías metabólicas de la levadura para una mejor producción de aceite.
Enfoque de Investigación
En este estudio, los investigadores usaron un método sistemático conocido como Design-Build-Test-Learn (DBTL). Este método implica recorrer cuatro pasos principales para desarrollar una plataforma más efectiva para la producción de aceite con C. oleaginosus.
Fase de Diseño
Durante la fase de diseño, los investigadores observaron los patrones de Expresión Génica de la levadura para identificar qué genes estaban activos durante la producción de aceite. Luego mapearon estos genes a vías metabólicas para descubrir qué procesos se veían afectados cuando la producción de aceite era alta. Este análisis les ayudó a identificar genes clave para un estudio más profundo.
Fase de Construcción
En la fase de construcción, los investigadores buscaban modificar genéticamente la levadura. Introdujeron nuevos genes en la levadura para ver cómo estos cambios afectarían su capacidad de producir aceite. Este proceso incluyó co-transformar la levadura con genes que podrían mejorar la producción de aceite.
Fase de Prueba
Una vez que la levadura fue modificada, el siguiente paso fue probar cuán bien funcionaba. Los investigadores cultivaron tanto las cepas modificadas como las de tipo salvaje (no modificadas) en diferentes condiciones de nutrientes para ver qué condiciones llevaban a mayores rendimientos de aceite. Usaron experimentos controlados para confirmar los efectos de sus modificaciones.
Fase de Aprendizaje
La fase final implicó analizar los resultados. Los investigadores compararon los niveles de producción de aceite de las cepas modificadas contra las de tipo salvaje para identificar mejoras. Utilizaron herramientas estadísticas para evaluar cómo los cambios realizados por la modificación genética afectaron el crecimiento de la levadura y la producción de aceite.
Análisis de Expresión Génica
Los investigadores examinaron tres cepas de C. oleaginosus, prestando especial atención a cómo respondían a diferentes condiciones de nutrientes. Encontraron que cultivar la levadura en condiciones deficientes de nutrientes conllevaba a una mayor acumulación de aceite. Al analizar la expresión génica, identificaron 806 genes en una cepa que estaban upregulados (más activos) en condiciones de alto lípido, y 816 genes que estaban downregulados (menos activos).
Este análisis ayudó a señalar qué genes eran críticos para la producción de lípidos (grasas). Los investigadores miraron de cerca las vías metabólicas involucradas en la producción de energía y síntesis de grasas para entender mejor cómo mejorar la producción de aceite.
Análisis de Vías
Construyeron un mapa metabólico para visualizar las vías clave relacionadas con la producción de energía y la síntesis de aceite en C. oleaginosus. El análisis reveló que ciertas enzimas dentro de estas vías eran más activas durante la producción de lípidos. Esto incluía enzimas responsables de convertir azúcares en ácidos grasos y lípidos.
Los hallazgos indicaron que proporcionar cantidades adecuadas de NADPH, una molécula crucial para la síntesis de lípidos, es esencial para mejorar la producción de aceite. Por lo tanto, idear estrategias para mejorar el suministro de esta molécula podría ser beneficioso para aumentar los rendimientos de lípidos.
Análisis de Ontología Génica
Los investigadores también realizaron un análisis de Ontología Génica para clasificar los genes expresados diferencialmente e identificar en qué procesos biológicos estaban involucrados. Encontraron que genes vinculados al metabolismo de carbohidratos, biosíntesis de lípidos y producción de vitaminas estaban significativamente representados entre aquellos que se habían upregulado durante la acumulación de lípidos.
Estos resultados resaltaron áreas críticas para posibles mejoras en el medio de cultivo para aumentar la producción de aceite. Los hallazgos llevaron a sugerencias para suplementar vitaminas y aminoácidos específicos en el medio de cultivo.
Análisis de Muestreo de Flujo
Emplearon un modelo computacional de C. oleaginosus para simular diferentes escenarios metabólicos, como maximizar el crecimiento o la producción de lípidos. Este modelado les ayudó a identificar qué reacciones metabólicas tenían el mayor impacto en la producción de aceite.
El análisis generó una lista de objetivos para la modificación genética. Resaltó enzimas específicas que podrían ser sobreexpresadas para impulsar la producción de aceite. Este enfoque dirigido permitió a los investigadores concentrarse en las modificaciones genéticas más prometedoras.
Validación Experimental
Habiendo identificado objetivos genéticos potenciales y suplementos para el medio de cultivo, los investigadores procedieron a realizar experimentos para validar sus predicciones. Probaron los efectos de añadir nutrientes específicos, como vitaminas y aminoácidos, al medio de cultivo para ver cómo estas intervenciones impactaban la producción de lípidos.
Los resultados mostraron que añadir biotina y treonina aumentó significativamente el contenido de lípidos en la levadura. Estos hallazgos proporcionaron pruebas contundentes sobre la importancia de nutrientes específicos en la mejora de la producción de aceite.
Caracterización de Cepas Modificadas
A continuación, los investigadores caracterizaron las cepas modificadas para evaluar su rendimiento en diferentes condiciones de nutrientes. Al evaluar cómo respondían las cepas modificadas en varios entornos, pudieron determinar las condiciones óptimas para la acumulación de lípidos.
Los resultados indicaron que modificaciones específicas llevaron no solo a un mayor contenido de lípidos, sino también a un crecimiento mejorado de la levadura. Esto destacó el potencial de usar C. oleaginosus genéticamente modificada para la producción industrial de aceite.
Conclusión
Este estudio implementó con éxito un enfoque sistemático para mejorar las capacidades productivas de aceite de C. oleaginosus. Analizando la expresión génica y utilizando modelos computacionales, los investigadores identificaron genes y nutrientes clave que podrían aumentar la producción de lípidos.
Los hallazgos sugieren que levaduras productoras de aceite como C. oleaginosus tienen un gran potencial como alternativas sostenibles al aceite de palma. Los avances continuos en ingeniería genética y modelado metabólico fortalecerán aún más los esfuerzos para hacer que la producción de aceite microbiano sea más viable económicamente y amigable con el medio ambiente.
A medida que el mundo busca opciones más sostenibles para los aceites, investigaciones como esta son un paso crítico hacia encontrar soluciones que beneficien tanto a la industria como al medio ambiente.
Título: Model-driven engineering of Cutaneotrichosporon oleaginosus ATCC 20509 for improved microbial oil production
Resumen: Consumption of plant-based oils, especially palm oil, is increasing at an alarming rate. This boosted demand for palm oil has drastic effects on the ecosystem as its production is not sustainable. C. oleaginosus is an oleaginous yeast with great potential as a source for microbial-based oil production which is a sustainable alternative to palm oil. However, microbial processes are not yet economically feasible to replace palm oil, unto a large extent due to limited lipid accumulation in the microbe, which limits titers and productivity. Therefore, obtaining enhanced lipid accumulation is essential to render this process commercially viable. Herein we deployed a systematic, iterative Design-Build-Test-Learn (DBTL) approach to establish C. oleaginosus as an efficient fatty acid production platform. In the design step, we identified genes and medium supplements that improved lipid content. To this end, we compared its transcriptional landscape in conditions with high and low amounts of lipid production. A metabolic map was reconstructed and integrated with the expression data. Finally, the genome-scale metabolic model of C. oleaginosus was used to explore metabolism under maximal growth and maximal production conditions. The combination of these four analyses led to the selection of four overexpression targets (ATP-citrate lyase (ACL1), acetyl-CoA carboxylase (ACC), threonine synthase (TS), and hydroxymethylglutaryl-CoA synthase (HMGS)) and five media supplements (biotin, thiamine, threonine, serine, and aspartate). We established an electroporation-based co-transformation method to implement selected genetic interventions. These findings were experimentally validated in the build and test steps of the DBTL approach by adding supplements into the medium and overexpressing the identified genes. Characterization of ACL, ACC, and TS at various C/N ratios, and the addition of medium supplements provided up to 56% (w/w) lipid content, and a 2.5-fold increase in total lipid in the glycerol and urea-based defined medium. In the learn step, quadratic models identified the optimum C/N ratios shifted towards around C/N240. These results firmly confirm C. oleaginous as a sustainable alternative to replace palm as an oil source. HighlightsO_LITranscriptional profile and metabolic model analyzed, predicting genetic targets and medium supplements. C_LIO_LIGenetic targets and medium supplements for improved oil production. C_LIO_LIThe genetic toolbox for C. oleaginosus was expanded (co-transformation method, promoters, genes, and terminators). C_LIO_LIExperimental validations showed that biotin, and threonine increased lipid content. C_LIO_LIOverexpression of ACL1, ACC, and TS in C. oleaginosus provided higher oil content. C_LI Graphical Abstract O_FIG O_LINKSMALLFIG WIDTH=200 HEIGHT=76 SRC="FIGDIR/small/585731v1_ufig1.gif" ALT="Figure 1"> View larger version (21K): [email protected]@65d016org.highwire.dtl.DTLVardef@40952eorg.highwire.dtl.DTLVardef@22724_HPS_FORMAT_FIGEXP M_FIG C_FIG
Autores: Maria Suarez-Diez, Z. E. Duman-Özdamar, M. K. Julsing, J. A. C. Verbokkem, E. Wolbert, V. A. P. Martins dos Santos, J. Hugenholtz
Última actualización: 2024-03-19 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.19.585731
Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.19.585731.full.pdf
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