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Cómo los efectores bacterianos manipulan las células huésped

Un estudio revela cómo Legionella pneumophila altera las funciones de las células huésped.

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Los patógenos bacterianos pueden manipular sus células huésped usando una variedad de proteínas conocidas como Efectores. Estas proteínas se inyectan en la célula huésped mediante maquinaria especializada. Un ejemplo prominente de esto es Legionella pneumophila, una bacteria que causa una forma severa de neumonía llamada enfermedad de los legionarios. Esta bacteria vive en agua dulce y puede replicarse dentro de protozoos. Notablemente, L. Pneumophila tiene más de 330 efectores diferentes que pueden influir en los procesos celulares del huésped.

Entendiendo Legionella pneumophila

L. pneumophila ataca principalmente las células inmunitarias en humanos. Una vez dentro del huésped, estos efectores pueden cambiar cómo funcionan las células del huésped. Pueden alterar procesos celulares como el transporte de materiales dentro de la célula, modificar proteínas y cambiar cómo las células manejan los desechos. Esta manipulación ayuda a la bacteria a sobrevivir y multiplicarse dentro del huésped, evitando los sistemas de defensa del cuerpo.

El Desafío de Caracterizar Efectores

A pesar de la gran cantidad de efectores producidos por L. pneumophila, muchos de ellos no se entienden bien. Los investigadores enfrentan dificultades para identificar los roles específicos de estas proteínas debido a dos desafíos principales. Primero, hay una superposición significativa en la función entre los efectores. Segundo, muchas de estas proteínas carecen de patrones o características reconocibles que puedan dar pistas sobre su función.

Un estudio que analizó varias especies de Legionella encontró que solo la mitad de los efectores predichos tenían características identificables. Las secuencias de aminoácidos de estas proteínas no siempre proporcionan indicios claros sobre lo que hacen. Sin embargo, algunos effectores son similares a proteínas bien conocidas, dando a los investigadores algunas pistas sobre sus roles.

Desarrollando Métodos para Identificar Características Clave

Para mejorar la comprensión de estos efectores, los investigadores buscaron partes críticas de estas proteínas que son esenciales para su función. Un enfoque implicó hacer cambios aleatorios en las proteínas efectores y luego observar cuáles cambios afectaban su capacidad de funcionar correctamente. Alrededor del 10% de los efectores podían inhibir significativamente el crecimiento de levaduras, lo que los hacía candidatos adecuados para este estudio.

La idea era crear mutaciones aleatorias en las proteínas efectores y luego seleccionar aquellos cambios que resultaron en una pérdida de función. Sin embargo, es importante identificar qué mutaciones realmente afectaron la función del efector. La mayoría de las mutaciones pueden ocurrir en muchas áreas de un gen, algunas de las cuales pueden no ser relevantes.

Enriqueciendo para Mutantes Funcionales

Para asegurar que los investigadores se enfocaran en mutaciones significativas, se utilizó un método específico para enlazar las proteínas efectores a un marcador que pudiera indicar mutaciones exitosas. Este marcador era un gen que requería la presencia del efector para que las células de levadura crecieran. Al seleccionar las células que podían crecer en medios específicos, los investigadores podían enriquecer cambios importantes en las proteínas efectores.

Usando este enfoque, los investigadores probaron tres efectores específicos de L. pneumophila que impactan el crecimiento de levaduras. Los hallazgos ayudaron a identificar regiones importantes de estas proteínas relevantes para su función, incluyendo sitios activos y otras áreas significativas.

Perspectivas de Probar Efectores Específicos

Uno de los primeros efectores probados fue SdbB, que se sabe que inhibe significativamente el crecimiento de levaduras. El equipo de investigación creó una biblioteca de mutantes y probó los efectos de varias mutaciones. Se encontró que, aunque se podían identificar muchas mutaciones, solo unas pocas eran responsables de alterar la capacidad de SdbB para inhibir el crecimiento de levaduras.

Los resultados mostraron que mutaciones específicas se agrupaban en regiones clave de la proteína. Estas áreas significativas incluían aquellas que se creía importantes para la función según su posición en la estructura de la proteína.

Descubriendo Funciones en Otras Proteínas Efectoras

Otro efector estudiado fue RavK, que también reduce el crecimiento de levaduras. Esta proteína, caracterizada como una metaloproteasa, puede cortar ciertas proteínas en las células huésped. Al igual que SdbB, RavK fue sometido a mutagénesis aleatoria para encontrar mutaciones críticas. Nuevamente, se identificaron varias mutaciones que afectaban la función, centrándose principalmente en las partes tempranas de la proteína relacionadas con su sitio activo.

Estos hallazgos confirmaron el sitio activo esperado de RavK. Este trabajo demostró que el método podría identificar con éxito áreas funcionales clave en proteínas bien caracterizadas.

Análisis de SdbA y su Potencial Función

Otro efector, SdbA, carece de una función conocida. Estudios previos sugirieron que SdbA podría jugar un papel en ayudar a la bacteria a sobrevivir dentro de las células huésped. Las pruebas en SdbA resultaron en la identificación de varias mutaciones concentradas en regiones particulares de la proteína. Esta investigación también mostró que la parte C-terminal de SdbA podría actuar como una glicosiltransferasa, un tipo de enzima que ayuda a unir moléculas de azúcar a otras moléculas.

Pruebas adicionales confirmaron que el fragmento de SdbA podría efectivamente actuar como una glicosiltransferasa, mostrando que puede interactuar con ciertos donantes de azúcar. Este hallazgo proporciona una imagen más clara del posible papel de SdbA en el contexto de la infección bacteriana.

Conclusión sobre Estudios de Función de Efectores Bacterianos

La investigación destaca lo importante que es estudiar los efectores bacterianos para entender cómo pueden manipular las células huésped. El enfoque combinado de mutagénesis aleatoria y selección de proteínas de longitud completa ha demostrado ser efectivo para identificar áreas críticas dentro de las proteínas efectores. Esta investigación abre la puerta para una mayor exploración de otros efectores que podrían desempeñar roles significativos en infecciones bacterianas.

Al identificar estas áreas funcionales, los investigadores pueden entender mejor cómo bacterias como L. pneumophila afectan las células humanas. Este conocimiento es esencial para desarrollar nuevos tratamientos y estrategias para combatir enfermedades bacterianas. Los hallazgos de estos estudios proporcionan una base valiosa para futuros trabajos en el campo de la microbiología y enfermedades infecciosas.

Fuente original

Título: A random mutagenesis screen enriched for missense mutations in bacterial effector proteins.

Resumen: To remodel their hosts and escape immune defenses, many pathogens rely on large arsenals of proteins (effectors) that are delivered to the host cell using dedicated translocation machinery. Effectors hold significant insight into the biology of both the pathogens that encode for them and the host pathways that they manipulate. One of the most powerful systems biology tools for studying effectors is the model organism, Saccharomyces cerevisiae. For many pathogens, the heterologous expression of effectors in yeast is growth inhibitory at a frequency much higher than housekeeping genes, an observation ascribed to targeting conserved eukaryotic proteins. Abrogation of yeast growth inhibition has been used to identify bacterial suppressors of effector activity, host targets, and functional residues and domains within effector proteins. We present here a yeast-based method for enriching for informative, in-frame, missense mutations in a pool of random effector mutants. We benchmark this approach against three effectors from Legionella pneumophila, an intracellular bacterial pathogen that injects a staggering >330 effectors into the host cell. For each protein, we show how in silico protein modeling (AlphaFold2) and missense- directed mutagenesis can be combined to reveal important structural features within effectors. We identify known active site residues within the metalloprotease RavK, highly conserved residues in SdbB, and previously unidentified functional motifs within the C-terminal domain of SdbA. We show that this domain has structural similarity with glycosyltransferases and exhibits in vitro activity consistent with this predicted function.

Autores: Alexander W Ensminger, M. L. Urbanus, T. M. Zheng, A. N. Khusnutdinova, D. Banh, H. O. Mount, A. Gupta, P. J. Stogios, A. Savchenko, R. R. Isberg, A. F. Yakunin

Última actualización: 2024-03-19 00:00:00

Idioma: English

Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.14.585084

Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.14.585084.full.pdf

Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Cambios: Este resumen se ha elaborado con la ayuda de AI y puede contener imprecisiones. Para obtener información precisa, consulte los documentos originales enlazados aquí.

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