El papel de los cromosomas en la regulación genética
Descubre cómo los cromosomas y sus estructuras afectan la actividad genética y el desarrollo.
― 7 minilectura
Tabla de contenidos
- La Estructura de los Cromosomas
- El Papel de los Límites
- La Formación de TADs
- Investigación sobre TADs
- El Papel de los Potenciadores en la Actividad Génica
- El Concepto de Interacciones de Larga Distancia
- TADs y Expresión Génica en el Desarrollo
- Técnicas Experimentales para Estudiar la Regulación Génica
- Hallazgos de la Investigación
- Conclusiones sobre TADs y Regulación Génica
- Fuente original
Los cromosomas son estructuras que se encuentran en las células de animales y otros seres vivos. Contienen ADN, que guarda las instrucciones genéticas necesarias para el desarrollo, funcionamiento y reproducción de un organismo. Cada cromosoma está hecho de un largo pedazo de ADN enrollado alrededor de proteínas. Esto ayuda a mantener el ADN organizado y compacto.
La Estructura de los Cromosomas
En animales multicelulares, los cromosomas tienen una organización específica que se pasa de padres a hijos. Esta organización afecta cómo se expresan los genes y cómo funciona la célula. Un grupo fascinante de investigadores notó por primera vez esta organización mientras estudiaban un tipo de cromosoma en anfibios e insectos. Descubrieron que ciertas partes del cromosoma están organizadas en lazos.
Estos lazos, llamados Dominios Asociados Topológicamente (TADs), son grupos de ADN que interactúan más entre sí que con otras regiones. Cada TAD está separado de su vecino por elementos especiales conocidos como Límites. Estos límites juegan un papel crítico en mantener los lazos intactos y funcionando correctamente.
El Papel de los Límites
Los límites son importantes porque ayudan a gestionar cómo se activan o silencia los genes. Cuando los límites se colocan entre potenciadores (que incrementan la actividad de los genes) y promotores (que inician el proceso de expresión del gen), pueden bloquear la comunicación entre estos elementos. Esto significa que la influencia de los potenciadores se limita a los genes dentro del mismo TAD.
Hay proteínas específicas que se unen a estos límites y son esenciales para sus funciones. Algunas de estas proteínas se encuentran en muchos tipos de insectos, mientras que otras son únicas de ciertas especies.
La Formación de TADs
Los investigadores han propuesto modelos para explicar cómo se forman los TADs y cómo mantienen su estructura. Una idea es que un complejo proteico llamado cohesina ayuda a crear lazos al agarrar secciones de ADN y juntarlas. A medida que se mueve, se detiene cuando encuentra un límite. Este proceso es crucial para asegurar que los extremos de los lazos estén bien definidos.
Otro modelo sugiere que, en lugar de ser formados por la acción cohesiva de proteínas, los TADs resultan de interacciones de emparejamiento entre diferentes elementos de límite. Dependiendo de cómo estén orientados estos elementos, pueden crear varias formas de lazos, formando lazos en tallo o lazos circulares.
Investigación sobre TADs
Para estudiar cómo se organizan los TADs, los científicos utilizaron un método llamado MicroC. Esta técnica permite a los investigadores examinar cómo diferentes regiones de ADN interactúan dentro del núcleo de una célula. Al examinar estas interacciones, los científicos pueden entender cómo los genes en un TAD responden a señales y cómo se regula su expresión.
En las moscas, estudios genéticos han mostrado que los límites no son solo estructuras pasivas; contribuyen activamente a la regulación de los genes. Cuando los límites pueden interactuar entre sí, forman conexiones que influyen en qué genes se activan y desactivan.
El Papel de los Potenciadores en la Actividad Génica
Los potenciadores son regiones de ADN que pueden aumentar la probabilidad de que un gen específico se exprese. Pueden actuar desde lejos, afectando genes que están muy distantes en el genoma. Para que un potenciador active un gen, debe estar al alcance, ya sea físicamente o a través de la formación de lazos que los conecten al Promotor del gen.
La orientación de varios elementos es vital. La forma en que están arreglados puede determinar si los potenciadores efectivamente incrementan la expresión del gen. Por ejemplo, si un límite está posicionado correctamente, puede permitir que los potenciadores alcancen sus genes objetivo, mientras que un desajuste puede prevenir esta interacción.
El Concepto de Interacciones de Larga Distancia
Las interacciones regulatorias a larga distancia ocurren cuando los potenciadores activan genes que están muy lejos. Este proceso es mucho más complejo de lo que parece. Las posiciones de los límites, TADs y potenciadores juegan roles vitales en si un gen se expresa o no. A menudo, la disposición física de estos elementos dicta el éxito de la interacción.
Si un gen está demasiado lejos de su potenciador, incluso si todo lo demás está en su lugar, podría no activarse correctamente. La distancia puede hacer una gran diferencia en cuán a menudo y efectivamente se activa un gen.
TADs y Expresión Génica en el Desarrollo
A medida que un organismo se desarrolla, la regulación de la expresión génica cambia. Diferentes etapas del desarrollo pueden requerir que ciertos genes se activen mientras se silencian otros. La organización de los TADs y límites asegura que los genes se expresen correctamente en el momento adecuado.
En las moscas de la fruta, por ejemplo, ciertos genes necesitan trabajar juntos para que el embrión se desarrolle correctamente. Los investigadores han estudiado cómo estos genes y sus TADs asociados interactúan durante el desarrollo temprano. Utilizando transgenes (fragmentos de ADN que los investigadores añaden a un organismo), los científicos pueden observar cómo los cambios en la estructura de los TADs influyen en la actividad génica.
Técnicas Experimentales para Estudiar la Regulación Génica
A través del uso de varias técnicas experimentales, los científicos han obtenido información sobre cómo se regulan los genes. Usando MicroC, los investigadores pueden visualizar las interacciones entre diferentes regiones de los cromosomas. Esto implica entrelazar segmentos de ADN para ver con qué frecuencia entran en contacto entre sí.
Otro enfoque implica usar genes reporteros, que son fáciles de ver cuando se expresan. Los investigadores colocan estos genes reporteros bajo el control de potenciadores o promotores específicos para estudiar su actividad en tejidos vivos. Al entender cómo funcionan estos sistemas, los científicos pueden aprender más sobre los mecanismos subyacentes de la expresión génica.
Hallazgos de la Investigación
La investigación ha proporcionado información sobre cómo operan los TADs en moscas y otros organismos. En experimentos, cuando se hicieron cambios en la organización de los TADs o límites, los niveles de expresión de genes cercanos se vieron afectados. Por ejemplo, si un límite se interrumpía, los genes que anteriormente estaban aislados podían ahora ser influenciados por potenciadores ubicados lejos.
Estos hallazgos indican que la arquitectura de los cromosomas no es estática. En cambio, es dinámica y responde a cambios en el entorno celular. La capacidad de los límites para interactuar entre sí e influir en la expresión génica resalta la complejidad de la regulación genética.
Conclusiones sobre TADs y Regulación Génica
Entender cómo están estructurados y mantenidos los TADs ayuda a los científicos a descubrir las complejidades de la regulación génica. Las interacciones físicas entre límites, potenciadores y genes son fundamentales para el desarrollo y funcionamiento de los organismos.
Con la investigación continua en la biología de los cromosomas, están surgiendo nuevas técnicas y modelos. Estos avances prometen profundizar nuestro conocimiento sobre la regulación genética en muchas especies, incluidos los humanos. A medida que los investigadores continúan estudiando estos procesos, podríamos aprender más sobre cómo se utiliza la información genética para controlar el desarrollo y responder a los cambios ambientales.
En última instancia, esta investigación sienta las bases para avances en medicina y genética, con posibles implicaciones para entender enfermedades que surgen de una regulación genética inadecuada. El estudio de los TADs representa un área crucial de exploración en la búsqueda por descifrar el complejo mundo de los cromosomas y su influencia en la vida.
Título: Chromosome Structure I: Loop extrusion or boundary:boundary pairing?
Resumen: Two different models have been proposed to explain how the endpoints of chromatin looped domains ("TADs") in eukaryotic chromosomes are determined. In the first, a cohesin complex extrudes a loop until it encounters a boundary element roadblock, generating a stem-loop. In this model, boundaries are functionally autonomous: they have an intrinsic ability to halt the movement of incoming cohesin complexes that is independent of the properties of neighboring boundaries. In the second, loops are generated by boundary:boundary pairing. In this model, boundaries are functionally non-autonomous, and their ability to form a loop depends upon how well they match with their neighbors. Moreover, unlike the loop-extrusion model, pairing interactions can generate both stem-loops and circle-loops. We have used a combination of MicroC to analyze how TADs are organized, and experimental manipulations of the even skipped TAD boundary, homie, to test the predictions of the "loop-extrusion" and the "boundary-pairing" models. Our findings are incompatible with the loop-extrusion model and instead suggest that the endpoints of TADs in flies are determined by a mechanism in which boundary elements physically pair with their partners, either head-to-head or head-to-tail, with varying degrees of specificity. Although our experiments do not address how partners find each other, the mechanism is unlikely to require loop extrusion.
Autores: Paul Schedl, X. Bing, W. Ke, M. Fujioka, A. Kurbidaeva, S. Levitt, M. Levine, J. B. Jaynes
Última actualización: 2024-04-13 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.11.17.567501
Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.11.17.567501.full.pdf
Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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