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Presentamos MACCHIatO: Un Nuevo Estándar para la Segmentación de Consenso

MACCHIatO mejora la segmentación de consenso en imágenes médicas al abordar la variabilidad entre evaluadores.

― 8 minilectura


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Tabla de contenidos

En la imagen médica, especialmente cuando se trata de imágenes de órganos o tejidos, diferentes doctores o profesionales suelen hacer contornos o segmentaciones por separado. Estas segmentaciones ayudan a entender el tamaño y la forma de anomalías o características dentro de las imágenes. Sin embargo, cada persona puede ver las cosas de manera diferente, lo que lleva a contornos variados que pueden ser inconsistentes. Para abordar estas diferencias, nuestro objetivo es crear un solo contorno confiable o segmentación de consenso que combine la información de varios evaluadores.

El Problema con la Segmentación de Consenso

Crear una segmentación de consenso presenta varios desafíos. Un método comúnmente utilizado para esto es el algoritmo STAPLE. Aunque STAPLE es efectivo, sus resultados pueden verse influenciados por factores como el tamaño del área de fondo en las imágenes y las suposiciones específicas sobre cómo procesar los datos. Esta dependencia puede llevar a inexactitudes en el consenso final.

Cuando diferentes profesionales ven la misma imagen, pueden interpretarla de manera distinta. Algunos pueden ser más cautelosos y hacer contornos de áreas más pequeñas, mientras que otros pueden ser más liberales e incluir regiones más grandes. El objetivo es llegar a una decisión que refleje la opinión mayoritaria sin ser demasiado influenciado por casos atípicos o segmentaciones inconsistentes.

Solución Propuesta: MACCHIatO

Para mejorar los métodos existentes como STAPLE, presentamos un nuevo enfoque llamado MACCHIatO. Este enfoque ayuda a combinar múltiples segmentaciones en una sola segmentación de consenso mientras aborda los problemas relacionados con el tamaño de fondo y las variaciones de rendimiento entre diferentes evaluadores.

MACCHIatO opera centrándose en las formas y contornos proporcionados por los evaluadores. Minimiza las diferencias basadas en las medidas seleccionadas para que el consenso final refleje la común entre los evaluadores sin verse afectado por el tamaño de fondo en el que se encuentran los objetos.

Cómo Funciona MACCHIatO

Enfoque Basado en la Distancia

El núcleo de MACCHIatO implica medir la forma de los contornos dados por diferentes evaluadores usando medidas de distancia específicas. En lugar de centrarse en cuántas veces se marca cada voxel (la unidad más pequeña de una imagen 3D), se enfoca en cuán similares son las formas. Este enfoque lleva a un consenso que captura con precisión las características comunes de los contornos.

Optimización del Consenso

El proceso para llegar al mejor consenso implica algunos pasos. Analizamos el contorno de cada evaluador y calculamos las diferencias usando la medida de distancia elegida. El objetivo es minimizar estas diferencias entre el contorno de consenso y los contornos proporcionados por los evaluadores.

Para hacer esto, MACCHIatO descompone los contornos en componentes conectados más pequeñas. Al centrarse en estos componentes en lugar de en voxeles individuales, podemos crear resultados más coherentes. Este método permite que el algoritmo sea eficiente y efectivo, posibilitando cálculos más rápidos mientras se mantiene una alta precisión.

Comparación con Métodos Existentes

Al comparar MACCHIatO con métodos tradicionales como STAPLE o votación mayoritaria, es evidente que MACCHIatO tiene varias ventajas. Mientras que la votación mayoritaria toma los contornos más comunes y puede llevar a la exposición de voxeles aislados, MACCHIatO se asegura de que estos casos aislados no sesguen el consenso general.

Además, MACCHIatO mantiene la eficiencia en sus cálculos. Aprovecha las formas y contornos de los outlines para generar segmentaciones de consenso confiables que representan con mayor precisión las perspectivas combinadas de los evaluadores.

Conjuntos de Datos Utilizados para Pruebas

Para probar la efectividad de MACCHIatO, lo aplicamos a múltiples conjuntos de datos de imagen médica. Estos conjuntos de datos incluían imágenes de la próstata, lesiones de esclerosis múltiple y médula espinal. Cada conjunto de datos fue evaluado en función de las segmentaciones proporcionadas por diferentes evaluadores.

Conjunto de Datos de Próstata

El conjunto de datos de próstata incluyó imágenes segmentadas por cinco evaluadores diferentes. Este conjunto destaca las variaciones en cómo se definen los límites de la próstata, mostrando diferencias en opiniones sobre lo que constituye el contorno del órgano.

Conjunto de Datos de Lesiones de Esclerosis Múltiple

El conjunto de datos MSLESIONS involucró segmentaciones de siete evaluadores, proporcionando un escenario más complejo con lesiones definidas de manera diferente por cada profesional. Este conjunto demostró ser un excelente caso de prueba para evaluar cuán bien podía manejar MACCHIatO múltiples entradas, a menudo conflictivas.

Conjunto de Datos de Médula Espinal

El conjunto de datos de médula espinal se centró en la materia gris dentro de la médula espinal, donde cuatro evaluadores proporcionaron sus contornos. Este conjunto presentó la oportunidad de evaluar el proceso de construcción de consenso en un área relativamente más pequeña y más densamente empaquetada.

Resultados y Hallazgos

Después de aplicar MACCHIatO a los conjuntos de datos, evaluamos los resultados en comparación con métodos base como la votación mayoritaria y el consenso STAPLE. Los hallazgos mostraron que el consenso generado por MACCHIatO era generalmente más grande que el producido por la votación mayoritaria, pero más pequeño que aquellos creados por STAPLE.

Métricas de Rendimiento

Para evaluar el rendimiento, se utilizaron varias métricas, incluyendo precisión, recall y F1-score. Estas métricas brindan información sobre cuán bien el consenso coincide con las segmentaciones reales proporcionadas por los evaluadores, indicando tanto la sensibilidad como la especificidad del modelo de consenso.

Variabilidad entre Evaluadores

Una observación significativa fue el impacto de la variabilidad entre evaluadores en los resultados de consenso. Los conjuntos de datos con mayor variabilidad entre evaluadores, como el conjunto de datos MSLESIONS, mostraron diferencias más grandes entre los varios métodos. MACCHIatO gestionó efectivamente la variabilidad mientras generaba una salida más consistente.

Comparaciones de Tamaño

Las comparaciones de tamaño revelaron que los consensos generados por MACCHIatO tendían a incluir más áreas relevantes, particularmente en conjuntos de datos donde los contornos variaban significativamente. Las máscaras de consenso producidas por MACCHIatO superaron a las creadas a través de métodos más simples como la votación mayoritaria, convirtiéndolo en una herramienta valiosa para aplicaciones de imagen médica.

Eficiencia Computacional

La eficiencia de MACCHIatO también fue evaluada en términos de tiempo de computación en comparación con otros métodos. Aunque STAPLE era generalmente más rápido, la diferencia no era lo suficientemente sustancial como para disuadir el uso de MACCHIatO. El equilibrio entre eficiencia computacional y precisión es crucial en entornos médicos, donde la rapidez y la corrección son esenciales.

Conclusión

El marco de MACCHIatO ofrece una solución robusta para generar segmentaciones de consenso que están menos afectadas por el tamaño de fondo y el rendimiento individual de los evaluadores. Al centrarse en las características compartidas de los contornos en lugar de en discrepancias individuales, MACCHIatO crea una segmentación de consenso más confiable que puede mejorar el análisis de imágenes médicas.

Este nuevo enfoque no solo mejora la precisión de los resultados de consenso, sino que también proporciona una forma eficiente de manejar las complejidades de los casos de imagen médica donde existen múltiples interpretaciones. Por lo tanto, MACCHIatO presenta mejoras significativas sobre los métodos existentes y ofrece un marco prometedor para futuros desarrollos en segmentación de imágenes médicas.

Direcciones Futuras

Investigaciones futuras podrían explorar la capacidad de MACCHIatO para manejar problemas de segmentación multiclasificación e incorporar medidas de distancia avanzadas para evaluar complejidades en los contornos. Además, explorar variaciones en los parámetros definidos por el usuario podría ayudar a adaptar la generación de consenso a aplicaciones médicas específicas, mejorando aún más la aplicabilidad de este enfoque innovador.

En conclusión, MACCHIatO se presenta como una herramienta valiosa en la búsqueda continua de un análisis preciso y exacto de imágenes médicas, allanando el camino para mejores resultados en la atención al paciente y la investigación dentro del campo médico.

Fuente original

Título: Morphologically-Aware Consensus Computation via Heuristics-based IterATive Optimization (MACCHIatO)

Resumen: The extraction of consensus segmentations from several binary or probabilistic masks is important to solve various tasks such as the analysis of inter-rater variability or the fusion of several neural network outputs. One of the most widely used methods to obtain such a consensus segmentation is the STAPLE algorithm. In this paper, we first demonstrate that the output of that algorithm is heavily impacted by the background size of images and the choice of the prior. We then propose a new method to construct a binary or a probabilistic consensus segmentation based on the Fr\'{e}chet means of carefully chosen distances which makes it totally independent of the image background size. We provide a heuristic approach to optimize this criterion such that a voxel's class is fully determined by its voxel-wise distance to the different masks, the connected component it belongs to and the group of raters who segmented it. We compared extensively our method on several datasets with the STAPLE method and the naive segmentation averaging method, showing that it leads to binary consensus masks of intermediate size between Majority Voting and STAPLE and to different posterior probabilities than Mask Averaging and STAPLE methods. Our code is available at https://gitlab.inria.fr/dhamzaou/jaccardmap .

Autores: Dimitri Hamzaoui, Sarah Montagne, Raphaële Renard-Penna, Nicholas Ayache, Hervé Delingette

Última actualización: 2023-10-10 00:00:00

Idioma: English

Fuente URL: https://arxiv.org/abs/2309.08066

Fuente PDF: https://arxiv.org/pdf/2309.08066

Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

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