Prediciendo la evolución de la influenza para mejores vacunas
Aprende cómo los científicos pronostican las cepas de la gripe para mejorar la efectividad de las vacunas.
― 8 minilectura
Tabla de contenidos
- Cómo Recopilamos Datos
- La Necesidad de Actualizaciones Regulares de Vacunas
- Métodos para la Predicción
- El Desafío de la Mutación
- Pasos en el Procesamiento de Datos
- Recopilación de Datos Epidemiológicos
- Ensayos Antigénicos
- Seguimiento de la Evolución Viral
- Reconstrucción de Árboles y Reasortamiento
- Seguimiento de Frecuencia
- Trayectorias de Fitness Empíricas
- Seguimiento de Frecuencia Regional
- Seguimiento de Incidencias
- Seguimiento de la Evolución Fenotípica
- Inferencia de Selección
- Seguimiento de la Inmunidad Poblacional
- Evolución Antigénica
- Estimación de la Protección Vacunal
- Importancia de la Vigilancia Continua
- Conclusión
- Fuente original
- Enlaces de referencia
El virus de la gripe cambia rápidamente, lo que significa que las cepas que se propagan cada año pueden ser bastante diferentes. Estos cambios ocurren debido a mutaciones, especialmente en las partes del virus que nuestro sistema inmunológico reconoce, llamadas epítopos antigénicos. Este artículo explicará cómo los científicos analizan datos para predecir cómo evolucionará el virus, lo que ayuda a elegir la vacuna adecuada para combatirlo.
Cómo Recopilamos Datos
Para entender y predecir cómo evoluciona el virus de la gripe, los investigadores utilizan varias fuentes de datos:
Datos de Secuencia: Los científicos recopilan información genética de virus de todo el mundo. Estos datos muestran cómo cambian los genes del virus con el tiempo.
Datos Epidemiológicos: Esto incluye información sobre el número de casos de gripe reportados en diferentes regiones. Ayuda a entender cuán ampliamente se está propagando el virus.
Caracterización Antigénica: Esto implica estudiar qué tan bien los anticuerpos de personas (o animales) pueden unirse y neutralizar diferentes cepas del virus.
Fenotipos Virales Intrínsecos: Esto se refiere a las características biológicas del virus, como cuán estable es, cómo entra en las células y cuán eficientemente se reproduce dentro de un huésped.
Al combinar todos estos datos, los científicos pueden estimar qué cepas del virus son más propensas a propagarse y cuán efectivas podrían ser diferentes candidatas a vacunas.
La Necesidad de Actualizaciones Regulares de Vacunas
Los virus de la gripe pueden cambiar tan rápidamente que las vacunas usadas para combatirlos a menudo se vuelven menos efectivas. Por eso, los oficiales de salud suelen decidir con unos nueve meses de anticipación qué cepas incluir en las próximas vacunas. Predecir qué cepas serán comunes les ayuda a seleccionar la vacuna más efectiva.
Para hacer estas predicciones, los investigadores analizan cómo se han comportado diferentes cepas en el pasado, cómo responden al sistema inmunológico humano y varias características de las cepas virales.
Métodos para la Predicción
Hay dos enfoques principales para predecir cómo cambiará la gripe:
Modelos de Fitness: Estos modelos estiman qué tan bien pueden crecer y propagarse diferentes cepas virales. Comparando cepas según sus cambios genéticos, los científicos pueden determinar cuáles son más propensas a dominar en el futuro.
Árboles Genealógicos: Este método implica crear una representación visual de las relaciones evolutivas entre diferentes cepas de virus. Al mirar el árbol, los científicos pueden entender qué cepas descienden de ancestros comunes y cómo evolucionan con el tiempo.
El Desafío de la Mutación
Los virus de la gripe no son solo una cepa; están compuestos por muchos grupos diferentes. Un factor clave en su evolución es la diversidad antigénica, que permite que nuevas cepas escapen de la inmunidad formada por infecciones o vacunaciones anteriores. Este cambio constante significa que la protección ofrecida por las vacunas actuales puede desgastarse rápidamente.
El proceso de predecir cómo podría evolucionar el virus es complejo, ya que implica entender tanto las mutaciones en el virus como las respuestas variables del sistema inmunológico humano. Dado que tanto el virus como la respuesta inmune cambian con el tiempo, predecir cepas futuras requiere monitoreo continuo.
Pasos en el Procesamiento de Datos
Curación de Datos Genéticos: Los científicos utilizan bases de datos donde se almacenan secuencias genéticas del virus de la gripe. Se aseguran de que los datos sean de alta calidad excluyendo secuencias incompletas o de baja calidad.
Alineación de Secuencias: El siguiente paso implica alinear estas secuencias con una cepa de referencia para analizar con precisión las diferencias genéticas.
Eliminación de Valores Atípicos: Se filtran las secuencias atípicas, que podrían representar casos inusuales o irrelevantes, para asegurar un análisis más preciso.
Recopilación de Datos Epidemiológicos
Entender el tamaño y la propagación de los brotes de influenza requiere actualizaciones semanales sobre infecciones reportadas a nivel global. Esta información ayuda a los investigadores a identificar diferencias regionales en la circulación de cepas y los factores que pueden influir en estas variaciones, como el clima y las características de la población.
Ensayos Antigénicos
Los ensayos antigénicos son pruebas que miden qué tan bien el sistema inmunológico puede combatir diferentes cepas virales. En estos ensayos, los científicos utilizan suero de animales infectados (como hurones) para ver cuán efectivamente los anticuerpos pueden neutralizar el virus. Miden la fuerza de esta neutralización, que es un indicador crucial de cuán bien podría funcionar una vacuna.
Seguimiento de la Evolución Viral
Para predecir eficazmente cómo evolucionará el virus de la gripe, es importante monitorear continuamente las cepas en circulación. Esto implica:
- Construir árboles genealógicos a partir de las secuencias virales.
- Analizar cómo cambian diferentes cepas con el tiempo.
- Examinar con qué frecuencia ciertas cepas causan infecciones.
Reconstrucción de Árboles y Reasortamiento
Los árboles genealógicos muestran cómo están relacionadas diferentes cepas y cómo han divergido con el tiempo. Dos métodos comunes para crear estos árboles incluyen:
Parcimonia Máxima: Este método minimiza el número de cambios necesarios para explicar los datos genéticos observados.
Máxima Verosimilitud: Este enfoque utiliza modelos estadísticos para determinar el camino evolutivo más probable del virus.
Los virus de la gripe pueden experimentar reasortamiento, donde diferentes cepas mezclan material genético. Esto puede complicar el análisis, ya que significa que una sola secuencia podría no representar una sola línea.
Seguimiento de Frecuencia
Para entender cuán exitosa es una cepa, los investigadores rastrean su frecuencia a lo largo del tiempo. Analizan con qué frecuencia se reportan diferentes cepas y calculan trayectorias de frecuencia poblacional. Esto les ayuda a identificar qué cepas están dominando.
Trayectorias de Fitness Empíricas
Al observar cómo cambian las frecuencias de cepa a lo largo del tiempo, los investigadores también pueden derivar trayectorias de fitness para diferentes clades virales. Estas trayectorias muestran cuáles cepas están creciendo y cuáles están disminuyendo.
Seguimiento de Frecuencia Regional
Debido a las variaciones en cómo circulan las cepas en diferentes regiones, rastrear las frecuencias de cepas en áreas específicas puede proporcionar información sobre brotes locales. Esto puede ayudar a guiar las respuestas de salud pública a necesidades regionales específicas.
Seguimiento de Incidencias
Al combinar informes sobre números de infecciones con datos de frecuencia de cepas, los científicos pueden inferir cómo cepas específicas están afectando las tasas generales de infección. Esta información es crucial para entender la dinámica de los brotes de influenza.
Seguimiento de la Evolución Fenotípica
Además de los datos genéticos, los científicos también rastrean características de las proteínas virales, como su estructura y comportamiento. Los cambios en estas proteínas pueden impactar cómo se comporta el virus en el cuerpo humano y qué tan bien se propaga.
Inferencia de Selección
Usando datos sobre cómo evoluciona el virus, los investigadores pueden inferir qué cepas están bajo presión de selección positiva o negativa. Esto significa que pueden identificar qué mutaciones son beneficiosas para la supervivencia del virus y cuáles no.
Seguimiento de la Inmunidad Poblacional
La interacción entre el virus y el sistema inmunológico humano es compleja. La capacidad de los anticuerpos para neutralizar el virus varía entre cepas y entre diferentes personas. Estudiando cómo se construye la inmunidad en la población, los investigadores pueden entender cómo podría cambiar el virus en respuesta.
Evolución Antigénica
Utilizando datos sobre cómo interactúan diferentes cepas con los anticuerpos humanos, los investigadores pueden desarrollar una matriz de títulos de cross-neutralización. Esta matriz muestra qué tan bien diferentes cepas pueden ser neutralizadas por anticuerpos generados por infecciones o vacunaciones anteriores.
Estimación de la Protección Vacunal
Para determinar cuán efectiva es una vacuna contra cepas actuales y futuras, los investigadores estiman la protección de la vacuna utilizando datos sobre las cepas en circulación en la población. Crean perfiles de protección que indican qué tan bien podría funcionar una vacuna.
Importancia de la Vigilancia Continua
Mantener un seguimiento de la evolución viral, las respuestas inmunológicas y los datos epidemiológicos es esencial para combatir eficazmente la influenza. Los esfuerzos colaborativos entre investigadores e instituciones de salud en todo el mundo ayudan a asegurar que esta vigilancia esté actualizada.
Conclusión
La capacidad de predecir cómo evolucionará el virus de la gripe es crucial para los esfuerzos de salud pública, especialmente en lo que respecta al desarrollo de vacunas. Al entender la compleja interacción entre el virus y el sistema inmunológico humano, los investigadores pueden tomar decisiones más informadas sobre qué cepas de vacuna utilizar y cuándo actualizarlas. El monitoreo continuo y el análisis de datos son componentes clave de estrategias efectivas de gestión de la influenza, que buscan reducir el impacto de los brotes estacionales en la salud pública.
Título: Concepts and methods for predicting viral evolution
Resumen: The seasonal human influenza virus undergoes rapid evolution, leading to significant changes in circulating viral strains from year to year. These changes are typically driven by adaptive mutations, particularly in the antigenic epitopes, the regions of the viral surface protein haemagglutinin targeted by human antibodies. Here we describe a consistent set of methods for data-driven predictive analysis of viral evolution. Our pipeline integrates four types of data: (1) sequence data of viral isolates collected on a worldwide scale, (2) epidemiological data on incidences, (3) antigenic characterization of circulating viruses, and (4) intrinsic viral phenotypes. From the combined analysis of these data, we obtain estimates of relative fitness for circulating strains and predictions of clade frequencies for periods of up to one year. Furthermore, we obtain comparative estimates of protection against future viral populations for candidate vaccine strains, providing a basis for pre-emptive vaccine strain selection. Continuously updated predictions obtained from the prediction pipeline for influenza and SARS-CoV-2 are available on the website https://previr.app.
Autores: Matthijs Meijers, Denis Ruchnewitz, Jan Eberhardt, Malancha Karmakar, Marta Łuksza, Michael Lässig
Última actualización: 2024-11-27 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://arxiv.org/abs/2403.12684
Fuente PDF: https://arxiv.org/pdf/2403.12684
Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Cambios: Este resumen se ha elaborado con la ayuda de AI y puede contener imprecisiones. Para obtener información precisa, consulte los documentos originales enlazados aquí.
Gracias a arxiv por el uso de su interoperabilidad de acceso abierto.
Enlaces de referencia
- https://previr.app
- https://www.who.int/publications/i/item/serological-diagnosis-of-influenza-by-microneutralization-assay
- https://www.who.int/publications/i/item/manual-for-the-laboratory-diagnosis-and-virological-surveillance-of-influenza
- https://www.who.int/tools/flunet
- https://www.crick.ac.uk/research/platforms-and-facilities/worldwide-influenza-centre/annual-and-interim-reports
- https://www.who.int/teams/global-influenza-programme/vaccines/who-recommendations