Avances en Formulaciones de Anticuerpos Monoclonales
Los científicos mejoran los anticuerpos monoclonales con nuevas técnicas de modelado para tratamientos más efectivos.
Tobias M. Prass, Kresten Lindorff-Larsen, Patrick Garidel, Michaela Blech, Lars V. Schäfer
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Tabla de contenidos
Los Anticuerpos Monoclonales (mAbs) son como pequeños soldados especializados en nuestro sistema inmunológico. Se usan para luchar contra diferentes enfermedades, como el asma, infecciones e incluso cáncer. Piensa en ellos como herramientas muy precisas que pueden atacar problemas específicos en el cuerpo. Para muchos tratamientos, estos anticuerpos se inyectan bajo la piel, lo que facilita a los pacientes administrarlos en casa. Este método es preferido porque ahorra viajes al hospital y hace la vida un poco más fácil para todos.
El Desafío de la Concentración
Sin embargo, hay un pero. Para ser efectivos, estos anticuerpos necesitan ser inyectados en altas dosis-usualmente entre 1 y 10 miligramos por cada kilogramo de peso corporal. Eso significa que si pesas, digamos, 70 kg, la dosis podría ser de unos 700 mg. Para meter todo eso en una pequeña inyección, los anticuerpos necesitan estar muy concentrados-normalmente más de 100 mg por mililitro.
Pero aquí es donde las cosas se complican. Cuando muchos de estos anticuerpos están empaquetados juntos, comienzan a interactuar entre sí de maneras que pueden causar problemas. Este empaquetamiento provoca una solución espesa, haciendo que sea más difícil de inyectar. Una alta viscosidad puede significar más presión cuando intentas empujar el líquido a través de una aguja delgada, lo que puede doler y hacer la experiencia menos agradable. ¡A nadie le gusta eso!
El Riesgo de Agrupamientos
Además, cuando los anticuerpos se agrupan o se adhieren a otros componentes en la solución, puede crear más problemas tanto para la efectividad del tratamiento como para la seguridad del paciente. En el peor de los casos, esto podría desencadenar reacciones alérgicas o incluso respuestas severas como anafilaxis. ¡Nada divertido!
La Situación Actual con las Formulaciones
Actualmente, los científicos a menudo dependen de métodos de prueba y error para encontrar las mejores combinaciones de ingredientes que estabilicen estos medicamentos proteicos. Estos ingredientes-que a menudo se llaman excipientes-pueden incluir sales, aminoácidos y varios compuestos que ayudan a mantener la solución estable. Un contendiente común en este campo es la Arginina, un aminoácido que puede ayudar a reducir el agrupamiento de los anticuerpos y disminuir la espesor de la solución.
Pero, ¿cómo funciona la arginina? Bueno, puede ser un poco complicado estudiar a esa escala diminuta donde ocurren estas interacciones. Los científicos a menudo utilizan simulaciones en computadoras para entender mejor cómo se comportan las cosas a nivel molecular.
El Juego de Simulación
La simulación de Dinámica Molecular (MD) es como jugar un videojuego donde los científicos pueden observar cómo se mueven e interactúan las moléculas a lo largo del tiempo. Ofrece una especie de vistazo entre bastidores a lo que sucede al mezclar anticuerpos con excipientes como la arginina.
La mayoría de los estudios existentes que se centran en la arginina han mirado solo una parte del anticuerpo conocida como el dominio Fab. La investigación ha mostrado que ciertas partes de los anticuerpos interactúan fuertemente con la arginina, lo que puede llevar a una mejor estabilidad y menos agrupamiento. Sin embargo, hacer simulaciones que involucren el anticuerpo completo puede ser muy exigente y lento, limitando la capacidad de los investigadores para explorar más.
Para acelerar el proceso, los científicos pueden usar modelos simplificados llamados modelos de grano Grueso (CG). En lugar de mirar cada átomo en detalle, los modelos CG agrupan átomos en unidades más grandes, haciendo que los cálculos sean más rápidos y fáciles. De esta manera, los científicos pueden estudiar sistemas más grandes y obtener una comprensión más amplia de cómo funcionan las cosas.
Conozcan a Martini
Un modelo CG popular se llama Martini. Este modelo ha estado por un tiempo y ayuda a los investigadores a estudiar proteínas y sus interacciones con diferentes compuestos de manera más efectiva. Con el lanzamiento de Martini 3, el modelo mejoró aún más, mejorando cómo interactúan las proteínas, pero aún hay margen para mejorar.
Si bien el modelo Martini es bueno, a veces tiene problemas con ciertos comportamientos de las proteínas. Por ejemplo, cuando los científicos observan proteínas que no tienen una forma fija o tienen múltiples partes, el modelo puede volverse un poco demasiado compacto, lo que significa que no capta toda la historia de cómo se comportan las proteínas. Es un poco como tratar de meter una cuña cuadrada en un agujero redondo-simplemente no funciona perfectamente.
Ajustando el Modelo
Para solucionar estos problemas, los investigadores decidieron crear un nuevo enfoque. Querían refinar el modelo Martini para representar mejor cómo interactúan excipientes específicos, como la arginina y el Glutamato, con los dominios Fab de anticuerpos como el trastuzumab (también conocido como Herceptin) y el omalizumab (conocido como Xolair).
Los investigadores desarrollaron un nuevo enfoque de mapeo donde representaron las partes de los aminoácidos de manera más precisa en el modelo CG. Este nuevo enfoque permite modelar las interacciones noblemente de una mejor manera, lo cual es crucial para obtener los resultados correctos.
La Fase de Pruebas
Una vez que el nuevo modelo estuvo en marcha, realizaron pruebas usando tres soluciones diferentes. Se aseguraron de incluir las cantidades adecuadas de arginina y glutamato, con algunos iones añadidos para mantener las cosas equilibradas. Luego usaron simulaciones MD para monitorear cómo interactuaban las cosas a lo largo del tiempo.
Después de las simulaciones, los investigadores compararon los resultados que obtuvieron usando el nuevo modelo con los modelos atomísticos detallados originales. Querían ver si el nuevo método podía predecir con precisión cómo interaccionaban los excipientes con los anticuerpos.
Encontrando Correlaciones
Cuando revisaron los datos, encontraron que el nuevo modelo hizo un buen trabajo coincidiendo estrechamente con los resultados de las simulaciones de átomos completos. Para la arginina, los números de contacto eran bastante similares, con un buen coeficiente de correlación, lo que significa que las predicciones eran confiables.
Sin embargo, los resultados para el glutamato fueron un poco más mixtos. Las interacciones no eran tan fuertes, y el modelo luchó por captar el comportamiento específico del glutamato en todas las situaciones. Pero, en general, el nuevo modelo aún mejoró las predicciones tanto para la arginina como para el glutamato.
Implicaciones Futuras
Este modelo recién ajustado abre una avenida emocionante para futuros estudios. Al afinar los parámetros de interacción, los investigadores pueden explorar cómo diferentes formulaciones podrían impactar el rendimiento de los anticuerpos monoclonales. Esto podría llevar a mejores tratamientos, procesos de fabricación más eficientes y, en última instancia, pacientes más saludables.
Conclusión
En resumen, aunque los anticuerpos monoclonales son increíblemente útiles para tratar varias enfermedades, sus formulaciones pueden ser complejas y desafiantes. Los científicos están trabajando arduamente para entender y mejorar estas formulaciones utilizando varios métodos, incluidas simulaciones avanzadas.
El nuevo modelo CG que desarrollaron es un paso en la dirección correcta, permitiéndoles predecir interacciones más precisamente y desarrollar mejores medicamentos. Así que, aunque el camino por delante puede tener algunos baches, parece que la ciencia está lista para enfrentar los desafíos de las formulaciones de anticuerpos, ¡una simulación a la vez!
Y quién sabe, tal vez algún día estos pequeños soldados marchen a la batalla contra las enfermedades con aún más precisión y efectividad-todo gracias a las mentes curiosas que intentan desentrañar los misterios de las proteínas y sus formulaciones.
Título: Optimized Protein-Excipient Interactions in theMartini 3 Force Field
Resumen: High drug dosages required for biotherapeutics, such as monoclonal antibodies (mAbs), and the small volumes that can be administered to patients via subcutaneous injections pose challenges due to high-concentration formulations. The addition of excipients such as arginine to high-concentration protein formulations can increase solubility and reduce the tendency of protein particle formation. Studying high-concentration mAb systems with molecular dynamics (MD) simulations can provide microscopic insights into the mode of action of excipients but requires large system sizes and long time scales that are currently out of reach at the fully atomistic level. Computationally efficient coarse grained models such as the Martini 3 force field can tackle this challenge but require careful parametrization, testing, and validation. This study extends the popular Martini 3 force field towards realistic protein-excipient interactions of arginine and glutamate excipients, using the Fab domains of the therapeutic mAbs trastuzumab and omalizumab as model systems. A novel Martini 3 mapping of the amino acid excipients is introduced, which explicitly captures the zwitterionic character of the backbone. The Fab-excipient interactions of arginine and glutamate are characterized at the single-residue level concerning molecular contacts. The Martini 3 simulations are compared with results from all-atom simulations as a reference. Our findings reveal an overestimation of Fab-excipient contacts in the original Martini 3 force field, suggesting a too strong attraction between protein surface residues and excipients. Therefore, we reparametrized the protein-excipient interaction parameters in Martini 3 against all-atom simulations. The excipient interactions obtained with the new Martini 3 mapping and Lennard-Jones (LJ) interaction parameters, coined Martini 3-exc, agree closely with the all-atom reference data. This work presents an improved parameter set for mAb-arginine and mAb-glutamate interactions in the Martini 3 coarse grained force field, enabling large-scale simulations of high-concentration mAb formulations and the stabilizing effect of the excipients.
Autores: Tobias M. Prass, Kresten Lindorff-Larsen, Patrick Garidel, Michaela Blech, Lars V. Schäfer
Última actualización: 2024-12-03 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.29.626008
Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.29.626008.full.pdf
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