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# Biología # Biología evolutiva

El Viaje del ADN Saltarín

Los elementos transponibles saltan entre especies, revelando los secretos del intercambio genético.

Héloïse Muller, Rosina Savisaar, Jean Peccoud, Sylvain Charlat, Clément Gilbert

― 9 minilectura


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Los Elementos Transponibles (ETs) son trocitos de ADN que pueden moverse dentro de un genoma. Estos elementos genéticos pueden saltar de un lugar a otro y multiplicarse, algo así como los niños que saltan en una cama elástica: suben, bajan y a veces aterrizan en un lugar diferente. Normalmente, los ETs son heredados de padres a hijos a través de la reproducción, pero también pueden cambiar de genoma entre diferentes Especies, un fenómeno conocido como Transferencia Horizontal.

¿Qué es la Transferencia Horizontal?

La transferencia horizontal de ETs es cuando estos elementos saltan entre diferentes organismos en lugar de ser solo heredados de los padres. Este proceso puede ayudar a los ETs a sobrevivir a lo largo de la evolución. Es un poco como un juego de las sillas musicales, donde las sillas son diferentes Genomas y los jugadores son ETs tratando de encontrar un nuevo hogar. La capacidad de los ETs para moverse así es importante porque constituyen una parte significativa de los cromosomas de muchas especies.

A pesar de saber que la transferencia horizontal es un evento común, las formas exactas en que los ETs viajan entre especies aún no se entienden del todo. Algunos investigadores piensan que podrían hacer autostop en virus o paquetes celulares pequeños. Otros creen que podría ser más directo, moviéndose en situaciones como la depredación o el parasitismo. Desafortunadamente, la mayoría de las pruebas de estas transferencias son indirectas, basadas en los restos genéticos que dejan los ETs, en lugar de simplemente verlos en acción.

Investigaciones Históricas

Durante más de tres décadas, los científicos han estado estudiando estas huellas para averiguar más sobre cómo se transfieren los ETs. Han descubierto casos de transferencia horizontal en varios grupos, incluyendo hongos, plantas y animales. Sin embargo, no ha habido suficientes datos para aclarar qué causa estas transferencias o qué factores las afectan.

Más recientemente, estudios más grandes se han centrado en las relaciones entre diferentes organismos y cómo esto podría ayudar a entender las transferencias de ETs. Resulta que las especies estrechamente relacionadas tienden a compartir más transferencias horizontales en comparación con aquellas que están más distantes. Este hallazgo es similar a cómo podrías pedir prestado un libro a tu primo pero no a alguien que apenas conoces.

Curiosamente, estos estudios han mostrado que en el caso de insectos y plantas, tener un origen geográfico compartido también puede llevar a una mayor tasa de transferencias. En términos simples, si dos especies viven en la misma área, es más probable que intercambien material genético. Algunos grupos en ambientes acuáticos, como ciertos peces, parecían ser focos de estas transferencias, sugiriendo que vivir en el agua podría facilitar que los ETs salten entre especies.

El Debate Acuático vs. Terrestre

Hay una hipótesis que dice que los hábitats acuáticos son de alguna manera mejores para la transferencia horizontal de ETs en comparación con los hábitats terrestres. Esta idea surge de la observación de que el agua a menudo contiene mucho ADN libre, al que los ETs podrían engancharse más fácilmente que en tierra. Sin embargo, esta idea aún no se ha probado completamente.

Los investigadores también se dieron cuenta de que entender cuán relacionadas están las especies podría ser un factor crucial que influye en estas transferencias. Si dos especies están distantes, es posible que no interactúen mucho, lo que dificulta que los ETs salten entre ellas.

Para obtener una imagen más clara de cómo el hábitat y la Relación afectan las transferencias de ETs, los científicos recientemente abordaron estas preguntas a una escala más grande. Recopilaron información de una variedad de grupos que tenían participantes tanto terrestres como acuáticos. Usando un conjunto de datos amplio y cuidadosamente planificado, su objetivo era estudiar cómo tanto las condiciones ambientales como la relación genética contribuyen a la transferencia horizontal de ETs.

Recopilando Datos

Los investigadores recolectaron ensamblajes de genomas de 121 especies acuáticas y 126 terrestres, asegurándose de cubrir una amplia gama de tipos de animales. Elegieron específicamente especies de diferentes grupos taxonómicos que han pasado de vivir en agua a vivir en tierra en varios momentos de su historia evolutiva.

Se identificaron ETs dentro de todas estas especies, y se creó una enorme base de datos de secuencias de ETs. Esto permitió a los investigadores reconocer cuántas copias de ETs estaban presentes en el genoma de cada especie y con qué frecuencia podían transferirse.

Finalmente, emplearon métodos rigurosos para identificar eventos de transferencia horizontal buscando ETs que mostraran similitud significativa a través de diferentes especies. Cuando estos ETs se encontraban en múltiples genomas, sugería que habían saltado de una especie a otra.

Contando las Transferencias

Usando un enfoque sistemático, los investigadores identificaron decenas de millones de indicios de ETs que indicaban que habían ocurrido transferencias horizontales. Luego, refinaron estos conteos para identificar eventos de transferencia independientes, llevando a un total de alrededor de 5,952 transferencias entre las especies estudiadas.

Sorprendentemente, en este extenso análisis, quedó claro que ciertos tipos de ETs, particularmente los elementos de Clase 2 (transposones de ADN), tenían tasas de transferencia horizontal más altas en comparación con la Clase 1 (retrotransposones). Este hallazgo fue revelador porque sugería que la abundancia de ETs en ciertas especies no significaba necesariamente que fueran más propensos a transferirse horizontalmente.

Enfrentando el Desafío Acuático vs. Terrestre

A medida que avanzaba la investigación, se puso a prueba la idea de si las especies acuáticas realmente tenían más transferencias horizontales en comparación con sus contrapartes terrestres. Se utilizó un método ingenioso en el que se tomaron muestras al azar de ambos hábitats, y se comparó el número de transferencias horizontales. Los hallazgos no apuntaron a ninguna evidencia significativa de que los hábitats acuáticos fueran realmente superiores para estas transferencias.

En un giro humorístico, parece que el grupo acuático podría no tener tantas ventajas para los ETs como se pensaba anteriormente. El estudio destacó que la similitud de hábitat podría ser más beneficiosa para las transferencias horizontales que el propio ambiente acuático. En otras palabras, no siempre se trata de hacer una gran entrada; a veces, se trata de con quién te relacionas.

El Papel de la Relación

Los investigadores continuaron su examen analizando cómo la relación entre especies influía en las transferencias de ETs. Quedó claro que las especies estrechamente relacionadas tenían una mayor probabilidad de transferir ETs entre sí, sugiriendo que su cercanía genética las hacía más propensas a compartir estos elementos genéticos. Esto también significaba que, a medida que las especies se volvían más distantes, las posibilidades de transferencia de ETs caían significativamente.

Utilizando un enfoque de modelado, el equipo pudo evaluar estas relaciones de manera más precisa. Descubrieron que muchas especies involucradas en las transferencias mostraban una tendencia consistente: cuanto más cercanas eran las especies en términos de relaciones evolutivas, más transferencias ocurrían.

Hallazgos y Conclusiones

Los resultados de este extenso estudio revelaron importantes conocimientos sobre cómo los ETs se mueven entre especies. Destacó que la influencia de la relación filogenética es generalizada entre los grupos de animales. Los investigadores concluyeron que, aunque se pensó que los ambientes acuáticos podían promover transferencias horizontales, la evidencia apuntaba más hacia la favorabilidad de la similitud de hábitat y la genética.

Sus hallazgos sugieren que, como amigos en una fiesta, los animales podrían compartir más diversión (o en este caso, ADN) cuando están estrechamente vinculados. Los resultados también abren nuevas avenidas para explorar cómo otros factores podrían dar forma a la transferencia horizontal en el futuro.

Dada la intrincada red de relaciones en la naturaleza, entender cómo se propagan los ETs es crucial no solo para la genética, sino también para comprender las implicaciones más amplias para la evolución y la ecología. Así que, ahí lo tienes: los ETs pueden estar saltando como niños en un parque, pero se trata más de con quién juegan que solo del equipo disponible.

Implicaciones para la Investigación Futura

Los hallazgos del estudio subrayan la importancia de considerar varios factores en la investigación genética. Al tener en cuenta tanto el hábitat como las relaciones genéticas, los científicos pueden mejorar su comprensión de las transferencias horizontales. Esto podría llevar a nuevos métodos para explorar cómo se propagan los elementos genéticos entre los organismos y cómo estos mecanismos impactan la evolución.

A medida que los investigadores continúan indagando en estas dinámicas, podríamos descubrir más sobre cómo viaja el material genético a través de la vida en la Tierra. Las interacciones entre los ETs y sus anfitriones pueden revelar historias fascinantes sobre la interconexión de todos los seres vivos.

En conclusión, aunque los ETs pueden tener un talento para rebotar, entender las reglas de su juego proporciona valiosas perspectivas que van más allá del mundo de la genética. Ya sea a través del agua o la tierra, las formas en que estos elementos se transfieren destacan las complejas relaciones que dan forma a la vida misma. Así que mantén un ojo en esos pequeños elementos traviesos: ¡podrían tener la clave de algunos de los rompecabezas más interesantes de la naturaleza!

Fuente original

Título: Phylogenetic relatedness rather than aquatic habitat fosters horizontal transfer of transposable elements in animals

Resumen: Horizontal transfer of transposable elements (HTT) is an important driver of genome evolution, yet the factors conditioning this phenomenon remain poorly characterized. Here, we screened 247 animal genomes from four phyla (annelids, arthropods, mollusks, chordates), spanning 19 independent transitions between aquatic and terrestrial lifestyles, to evaluate the suspected positive effects of aquatic habitat and of phylogenetic relatedness on HTT. Among the 5,952 independent HTT events recovered, the vast majority (>85%) involve DNA transposons, of which Mariner-like and hAT-like elements have the highest rates of horizontal transfer, and of intra-genomic amplification. Using a novel approach that circumvents putative biases linked to phylogenetic inertia and taxon sampling, we found that HTT rates positively correlate with similarity in habitat type but were not significantly higher in aquatic than in terrestrial animals. However, modelling the number of HTT events as a function of divergence time in a Bayesian framework revealed a clear positive effect of phylogenetic relatedness on HTT rates in most of the animal species studied (162 out of 247). The effect is very pronounced: a typical species is expected to show 10 times more transfers with a species it diverged from 125 million years (My) ago than with a species it diverged from 375 My ago. Overall, our study underscores the pervasiveness of HTT throughout animals and the impact of evolutionary relatedness on its dynamics. Significance statementGenetic material can be transmitted between organisms through other means than reproduction, in a process called horizontal transfer. The mechanisms and factors underlying this phenomenon in animals remain unclear, although it often involves transposable elements (TEs). TEs are DNA segments capable of jumping within genomes, but also occasionally between individuals. Here, we show evidence for nearly 6,000 transfers of TEs among animals, based on genomic comparisons among 247 species of annelids, arthropods, chordates and mollusks. Contrarily to expectations, we found no excess in the rates of transfers in aquatic versus terrestrial animals. By contrast, most analyzed species appeared engaged in many more horizontal transfers with close than with distant relatives, highlighting the strong impact of phylogenetic relatedness on horizontal transfers of TEs.

Autores: Héloïse Muller, Rosina Savisaar, Jean Peccoud, Sylvain Charlat, Clément Gilbert

Última actualización: 2024-12-21 00:00:00

Idioma: English

Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.18.629015

Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.18.629015.full.pdf

Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Cambios: Este resumen se ha elaborado con la ayuda de AI y puede contener imprecisiones. Para obtener información precisa, consulte los documentos originales enlazados aquí.

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