El complicado rol de las proteínas de membrana
Las proteínas de membrana son vitales para las funciones celulares y las interacciones con las membranas lipídicas.
Margaret Ellen Johnson, Y. Fu, A. Beaven, A. J. Sodt, W. F. Zeno
― 8 minilectura
Tabla de contenidos
- El Rol de las Proteínas de Unión a Membranas
- Cómo las Proteínas Sienten la Curvatura de la Membrana
- La Importancia de la Forma de la Membrana
- El Efecto de la Composición de Lípidos en las Propiedades de la Membrana
- Un Nuevo Enfoque para Estudiar las Proteínas de Membrana
- Usando Modelos Computacionales
- La Necesidad de Entender las Estructuras de Membrana
- Desarrollando un Modelo de Doble Capa
- Capturando las Propiedades del Folleto
- Cómo el Grosor de la Membrana Influye en la Interacción de las Proteínas
- Factores Clave en las Propiedades de la Membrana
- La Teoría Detrás de los Cambios de Energía en las Membranas
- Entendiendo los Componentes de Energía
- Configuración Experimental para Validar el Modelo
- Creando Vesículas Lipídicas
- Experimentos de Unión con Proteínas
- Hallazgos Clave de los Experimentos
- La Influencia de la Composición de Lípidos en la Afinidad de Unión
- Por Qué Importa el Reclutamiento de Proteínas
- Próximos Pasos en la Investigación de Membranas
- Explorando Sistemas Lipídicos Diversos
- Integrando Otros Factores Moleculares
- Conclusión
- Fuente original
- Enlaces de referencia
Las Proteínas de membrana juegan roles esenciales en muchos procesos biológicos. Ayudan con el movimiento de sustancias dentro y fuera de las células, señalan para la comunicación entre células y mantienen la estructura de las Membranas celulares. Dos procesos importantes en los que están involucradas estas proteínas son la endocitosis mediada por clatrina y la división celular.
El Rol de las Proteínas de Unión a Membranas
Las proteínas que se adhieren a las membranas celulares pueden reconocer partes específicas de los Lípidos, las moléculas que forman las membranas. Algunas proteínas también pueden detectar la forma de la membrana. Por ejemplo, ciertas proteínas, como el dominio ENTH y el dominio BAR, pueden sentir cuán curvada está la membrana.
Curvatura de la Membrana
Cómo las Proteínas Sienten laEl dominio ENTH ayuda a las proteínas a unirse a membranas con ciertas formas. Esto se debe a una parte de la proteína llamada hélice anfipática. Esta hélice puede insertarse en la membrana y cambiar su forma. Esta inserción crea diferencias entre la parte superior e inferior de la membrana, lo cual es importante para cómo la proteína interactúa con la membrana.
La Importancia de la Forma de la Membrana
La capacidad de estas proteínas para unirse a membranas altamente curvadas es crucial. Cuando la hélice es más corta o se corta, pierde su capacidad para sentir la curvatura de la membrana. Diferentes proteínas usan hélices similares, pero no todas responden a los cambios en la forma de la membrana de la misma manera. Esto puede deberse a diferencias en su estructura o en los tipos de lípidos en la membrana.
El Efecto de la Composición de Lípidos en las Propiedades de la Membrana
Los lípidos en una membrana también pueden afectar cómo se unen las proteínas y cómo sienten la curvatura. Por ejemplo, cuando se inserta una hélice, la composición local de la membrana cambia. Esto puede afectar varias características físicas como cuán rígida es la membrana y cuán gruesa es, haciendo difícil medir cómo los tipos de lípidos impactan la sensación de curvatura.
Un Nuevo Enfoque para Estudiar las Proteínas de Membrana
Para entender mejor cómo la curvatura influye en las interacciones de las proteínas con las membranas, se desarrolló un nuevo modelo. Este modelo considera las propiedades físicas de las membranas y permite un análisis detallado de cómo las proteínas se adhieren a membranas con diferentes formas y composiciones.
Usando Modelos Computacionales
Este modelo utiliza cálculos avanzados para observar cómo la inserción de hélices afecta la membrana. Se pueden usar diferentes métodos para medir lo que sucede cuando la hélice se inserta en la estructura de la membrana. Aunque algunos métodos pueden observar de cerca pequeños detalles, no siempre pueden estudiar efectivamente formas más grandes.
El Poder de los Modelos Teóricos
Se han creado modelos teóricos para ayudar a cerrar esta brecha. Estos modelos pueden examinar los efectos de las proteínas en las membranas a diferentes escalas, llevando a ideas sobre cómo las membranas interactúan con varias proteínas.
La Necesidad de Entender las Estructuras de Membrana
En estudios recientes, se utilizó inicialmente un modelo de membrana de una sola capa. Este modelo tiene limitaciones, ya que no toma en cuenta las estructuras internas de las membranas. Muchas membranas celulares, como la membrana plasmática, tienen composiciones diferentes entre sus dos capas. Estas diferencias pueden cambiar cómo las proteínas sienten la curvatura de la membrana.
Desarrollando un Modelo de Doble Capa
Para superar estas limitaciones, los investigadores crearon un modelo de membrana de doble capa. Este nuevo modelo incluye dos capas lipídicas distintas, lo que permite una representación más precisa de cómo las proteínas interactúan con las membranas.
Capturando las Propiedades del Folleto
Cada capa en el nuevo modelo se puede ajustar para diferenciar los tipos de lípidos y el grosor. Esto significa que se pueden hacer cambios para ver cómo los lípidos difieren entre sí y cómo esto afecta las propiedades de la membrana.
Cómo el Grosor de la Membrana Influye en la Interacción de las Proteínas
El grosor de la membrana y los materiales usados en su construcción pueden influir significativamente en cómo se unen las proteínas. En el modelo recién desarrollado, se pueden analizar estas diferentes propiedades para entender su impacto en las interacciones de las proteínas con la membrana.
Factores Clave en las Propiedades de la Membrana
Se presta especial atención a cómo el grosor de la membrana y los componentes lipídicos afectan cómo las proteínas sienten la curvatura. Al capturar las diferencias entre las dos capas de la membrana, el modelo puede arrojar luz sobre cómo estas propiedades influyen en el comportamiento de las proteínas.
La Teoría Detrás de los Cambios de Energía en las Membranas
La energía de la membrana se puede calcular en función de diferentes factores. Estos factores incluyen las energías individuales de cada capa, la fuerza ejercida sobre la membrana debido a presiones externas y las limitaciones de la estructura general.
Entendiendo los Componentes de Energía
Cuando una proteína interactúa con una membrana, cambia el balance de energía de ese sistema. Esto es importante para entender la afinidad de unión de las proteínas a las membranas y cómo sufren cambios estructurales cuando las proteínas se insertan en ellas.
Configuración Experimental para Validar el Modelo
Para probar las predicciones del nuevo modelo, se llevaron a cabo experimentos con varios tipos de lípidos y Vesículas. Al monitorear cómo interactuaban las proteínas con estas diferentes membranas, los investigadores pudieron confirmar la precisión del modelo.
Creando Vesículas Lipídicas
Se crearon vesículas lipídicas utilizando mezclas específicas de lípidos. El objetivo era mantener grupos de cabeza de lípido consistentes mientras se variaban los tipos de colas de lípido. Esto ayudó a los investigadores a entender cómo diferentes composiciones de lípidos influían en las interacciones de las proteínas.
Experimentos de Unión con Proteínas
Una vez que se crearon las vesículas, se recubrieron con proteínas. Esto permitió a los investigadores ver qué tan bien se unieron las proteínas a las membranas bajo varias condiciones. Al analizar los datos, los investigadores pudieron determinar cómo los cambios en los tipos de lípidos afectaban la unión de las proteínas.
Hallazgos Clave de los Experimentos
Los datos experimentales confirmaron muchas de las predicciones del modelo. Diferentes composiciones de lípidos de hecho impactaron cómo las proteínas se unieron a las vesículas, demostrando la utilidad del modelo para entender las interacciones de las proteínas.
La Influencia de la Composición de Lípidos en la Afinidad de Unión
Los resultados mostraron que ciertos tipos de lípidos mejoraron significativamente la unión de las proteínas. En particular, ciertas combinaciones de lípidos llevaron a una preferencia más fuerte por membranas curvadas, lo cual fue consistente con las predicciones del modelo.
Por Qué Importa el Reclutamiento de Proteínas
Entender las afinidades de unión de las proteínas es crucial para comprender cómo las células regulan varios procesos. Este conocimiento también puede informar futuras investigaciones sobre cómo las alteraciones en las composiciones de membrana pueden afectar las interacciones de las proteínas.
Próximos Pasos en la Investigación de Membranas
La investigación sobre membranas y sus proteínas asociadas sigue evolucionando. Los hallazgos de este trabajo proporcionan una base sólida para la exploración futura sobre cómo cambian las membranas y cómo se pueden utilizar las proteínas en este contexto.
Explorando Sistemas Lipídicos Diversos
Los estudios futuros pueden centrarse en una gama más amplia de tipos de lípidos y mezclas para ver cómo influyen en el comportamiento de la membrana. Esto podría llevar a una comprensión más completa de cómo funcionan los sistemas de señalización y transporte celular.
Integrando Otros Factores Moleculares
La investigación también puede considerar factores moleculares adicionales, como la presencia de otras proteínas o condiciones ambientales, para ver cómo estos elementos influyen en la estructura y función de la membrana.
Conclusión
En resumen, el estudio de las proteínas de membrana y sus interacciones con las membranas lipídicas es un campo intrincado que revela mucho sobre las funciones celulares. El desarrollo de modelos avanzados que consideran varias propiedades de las membranas permite una mayor comprensión de estos procesos. Avanzando, los conocimientos obtenidos de estos estudios podrían tener implicaciones significativas para entender los mecanismos celulares y los estados de enfermedad.
Fuente original
Título: Predicting protein curvature sensing across membrane compositions with a bilayer continuum model
Resumen: Cytoplasmic proteins must recruit to membranes to function in processes such as endocytosis and cell division. Many of these proteins recognize not only the chemical structure of the membrane lipids, but the curvature of the surface, binding more strongly to more highly curved surfaces, or curvature sensing. Curvature sensing by amphipathic helices is known to vary with membrane bending rigidity, but changes to lipid composition can simultaneously alter membrane thickness, spontaneous curvature, and leaflet symmetry, thus far preventing a systematic characterization of lipid composition on such curvature sensing through either experiment or simulation. Here we develop and apply a bilayer continuum membrane model that can tractably address this gap, quantifying how controlled changes to each material property can favor or disfavor protein curvature sensing. We evaluate both energetic and structural changes to vesicles upon helix insertion, with strong agreement to new in vitro experiments and all-atom MD simulations, respectively. Our membrane model builds on previous work to include both monolayers of the bilayer via representation by continuous triangular meshes. We introduce a coupling energy that captures the incompressibility of the membrane and the established energetics of lipid tilt. In agreement with experiment, our model predicts stronger curvature sensing in membranes with distinct tail groups (POPC vs DOPC vs DLPC), despite having identical head-group chemistry; the model shows that the primary driving force for weaker curvature sensing in DLPC is that it is thinner, and more wedge shaped. Somewhat surprisingly, asymmetry in lipid shape composition between the two leaflets has a negligible contribution to membrane mechanics following insertion. Our multi-scale approach can be used to quantitatively and efficiently predict how changes to membrane composition in flat to highly curved surfaces alter membrane energetics driven by proteins, a mechanism that helps proteins target membranes at the correct time and place. SignificanceProteins must recruit to membranes for essential biological functions including endocytosis and cell division. In addition to recognizing specific lipid head-groups, many of these proteins also sense the curvature of the membrane, but the strength of sensing is known to vary with distinct membrane compositions. Predicting the dependence of sensing on changes to lipid composition cannot be done a priori due to the multiple material properties, including bilayer thickness, bending rigidity, tilt modulus, spontaneous curvature, and leaflet asymmetry that vary with lipid type. Here we use a multi-scale approach to systematically address this gap, developing a double-leaflet continuum model that is informed by structural deformations from all-atom MD and validated against in vitro experiments. This efficient approach can be applied and extended to quantify how proteins sense and drive membrane curvature across a wide range of membrane bilayers, including distinct leaflet compositions and membrane geometries.
Autores: Margaret Ellen Johnson, Y. Fu, A. Beaven, A. J. Sodt, W. F. Zeno
Última actualización: 2024-12-21 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.15.575755
Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.15.575755.full.pdf
Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
Cambios: Este resumen se ha elaborado con la ayuda de AI y puede contener imprecisiones. Para obtener información precisa, consulte los documentos originales enlazados aquí.
Gracias a biorxiv por el uso de su interoperabilidad de acceso abierto.