Nuevo método transforma la imagen de moléculas individuales
Un enfoque nuevo para analizar datos de SMLM promete resultados de imagen más claros y rápidos.
Isabel Droste, Erik Schuitema, Sajjad Khan, Stijn Heldens, Ben van Werkhoven, Keith A. Lidke, Sjoerd Stallinga, Bernd Rieger
― 8 minilectura
Tabla de contenidos
- El Reto de las Aberraciones
- El Enfoque Simplificado a SMLM
- La Mejor Opción: Modelo Spline
- ¿Por Qué un Modelo PSF Fully Vectorial?
- El Enigma de la Calibración
- El Nuevo Método de Estimación
- ¿Cómo Funciona Esto en la Práctica?
- Una Solución Rápida
- Los Mapas de Aberración Resultantes
- Yendo Más Allá con Datos 3D
- Una Comparación con Otros Métodos
- Direcciones Futuras y Aplicaciones
- Conclusión
- Fuente original
- Enlaces de referencia
La Microscopía de localización de moléculas individuales (SMLM) es una técnica fascinante que permite a los científicos ver estructuras diminutas a escala nanométrica. ¡Imagina poder mirar de cerca los bloques de construcción de las células, hasta llegar a moléculas individuales! Este poderoso método abre un mundo de posibilidades para entender procesos biológicos, pero también trae consigo su propio conjunto de desafíos.
Aberraciones
El Reto de lasUno de los grandes desafíos en SMLM es lidiar con las aberraciones. Las aberraciones son distorsiones que afectan la claridad de las imágenes obtenidas de los microscopios. Piensa en ello como mirar a través de unas gafas que no son del todo correctas: las cosas pueden verse un poco borrosas o deformadas. Estas distorsiones pueden cambiar según dónde mires en el campo de visión del microscopio (FOV), lo que puede dificultar localizar exactamente la posición de las moléculas.
Cuando los científicos intentan localizar una molécula con precisión en tres dimensiones, este problema se vuelve aún mayor. A medida que el FOV se hace más grande, aumenta la posibilidad de estas distorsiones. Y aunque los investigadores quieren entender estos datos rápidamente, medir y corregir las aberraciones puede ser un proceso lento y complicado.
El Enfoque Simplificado a SMLM
Generalmente, los científicos utilizan un modelo simplificado para estimar dónde están las moléculas. Este modelo actúa como un mapa básico, ayudándoles a averiguar dónde están las moléculas sin distraerse con demasiados detalles. A menudo, se usa un modelo gaussiano porque aligera la carga en términos de cálculos. Sin embargo, este enfoque tiene desventajas. Puede llevar a errores, especialmente cuando las condiciones no son perfectas, y puede subestimar el número de fotones emitidos por las moléculas.
La Mejor Opción: Modelo Spline
Hay un modelo más sofisticado conocido como el modelo spline, que puede dar resultados más precisos. Sin embargo, usarlo requiere una calibración cuidadosa, lo que añade pasos extra que pueden ralentizar todo el proceso. Imagina intentar hornear galletas perfectamente, pero antes de empezar, tienes que medir todos los ingredientes con precisión. Es una buena receta, ¡pero toma tiempo!
¿Por Qué un Modelo PSF Fully Vectorial?
Los investigadores han sugerido usar un modelo de función de dispersión puntual (PSF) totalmente vectorial. Este modelo es como tener una cámara de última generación que captura imágenes perfectamente, teniendo en cuenta varios factores como una alta apertura numérica y efectos de polarización. Este modelo detallado puede incluir automáticamente las aberraciones del microscopio e incluso la orientación de las moléculas que emiten luz. Sin embargo, la desventaja es que este método generalmente requiere mucha potencia computacional, lo que lo hace difícil de usar regularmente.
El Enigma de la Calibración
Actualmente, la forma estándar de medir las aberraciones implica tomar muchas perlas fluorescentes y capturar imágenes de ellas dispersas por el FOV. Este método puede ser tedioso y consumir tiempo, como resolver un rompecabezas donde faltan algunas piezas. Pero, ¿y si hubiera una forma de recoger la información necesaria directamente de los datos reales recolectados durante los experimentos?
Aquí es donde viene la parte divertida: cada vez que una molécula emite luz y se localiza, es como tomar una pequeña instantánea que contiene pistas sobre el comportamiento del sistema óptico. Sin embargo, extraer esta información no es sencillo porque cada instantánea puede estar un poco desordenada con ruido. En otras palabras, es como tratar de escuchar a alguien hablar en una multitud ruidosa; sabes que están ahí, ¡pero buena suerte entendiendo lo que dicen!
El Nuevo Método de Estimación
Recientemente ha habido avances en la estimación de aberraciones dependientes del campo sin necesidad de esas mediciones de calibración. El nuevo enfoque simplifica significativamente el proceso, permitiendo a los investigadores ajustar los datos de localización con un modelo que requiere menos ajustes. Esto puede sonar a muchos detalles técnicos, pero en esencia, es como construir un conjunto de instrucciones más sencillas para armar ese rompecabezas.
El método utiliza una teoría llamada Teoría de Aberración Nodal (NAT) para describir cómo cambian las distorsiones según las coordenadas del campo. Al utilizar polinomios de bajo orden, que son más manejables, los investigadores pueden estimar las aberraciones de manera efectiva sin complejidad innecesaria.
¿Cómo Funciona Esto en la Práctica?
Cuando los investigadores aplican este nuevo método, comienzan tomando los datos de parpadeo de moléculas individuales y segmentándolo en regiones de interés. Luego seleccionan aleatoriamente un pequeño subconjunto de estas regiones para estimar las aberraciones. Es un poco como elegir algunas cartas de un mazo gigante para averiguar cómo se ve todo el mazo.
El proceso de estimación involucra dos pasos: primero, ajustar los coeficientes NAT mientras se mantienen constantes los detalles de las moléculas, y segundo, actualizar esos detalles con coeficientes fijos. Este enfoque alternado ayuda a refinar la estimación y hacer el proceso más eficiente.
Una Solución Rápida
Los investigadores han hecho varias mejoras para acelerar este proceso de ajuste. Aprovechando algunos trucos ingeniosos, como utilizar el método de fasores para estimaciones iniciales, han logrado que la estimación sea mucho más rápida. Imagínate un coche de carreras acelerando por la pista después de optimizar su diseño para la velocidad. Esta innovación significa que los investigadores pueden analizar sus datos mucho más rápido, obteniendo resultados que antes habrían tardado significativamente más.
Los Mapas de Aberración Resultantes
Al probar este método en datos reales, los investigadores encontraron que los mapas de aberración producidos coincidían estrechamente con los obtenidos de técnicas de calibración tradicionales. Es como comparar dos mapas de la misma área: aunque pueden no ser idénticos, te apuntan en la dirección correcta.
En muchos casos, el nuevo método proporcionó un mejor ajuste para los datos, sugiriendo que puede ayudar a mejorar la precisión general de SMLM. Si lo piensas, esto es como encontrar un atajo oculto mientras caminas por un vecindario familiar.
Yendo Más Allá con Datos 3D
El método también sobresale en el tratamiento de datos 3D. Cuando las moléculas se rastrean en tres dimensiones, el potencial de distorsión aumenta. Aquí, los investigadores encontraron que su nueva técnica podría producir resultados aún más precisos que utilizar métodos convencionales. Es como usar un dron de alta tecnología para sobrevolar un terreno en comparación con un mapa simple; ¡los detalles que obtienes son mucho más claros!
Si bien los investigadores todavía encontraron algunas diferencias en comparación con los métodos existentes, su enfoque demostró ser igual de preciso. Esto fue especialmente importante al intentar resolver estructuras dentro de células vivas, donde la precisión en la localización es clave para entender procesos biológicos complejos.
Una Comparación con Otros Métodos
Al comparar sus resultados con métodos existentes, los investigadores encontraron que su enfoque ofrecía una precisión competitiva y podría incluso proporcionar mejores resultados en algunas situaciones específicas. Es como comparar una bicicleta clásica con una bicicleta eléctrica moderna; ambas pueden llevarte a tu destino, ¡pero una podría hacerlo más rápido o de manera más eficiente!
El estudio también reveló variaciones interesantes en la localización al usar diferentes técnicas. Por ejemplo, los investigadores notaron que los cambios en las condiciones de imagen, como la inclinación de la muestra, podían resultar en diferencias significativas en las aberraciones estimadas. Esto destaca la importancia de utilizar métodos que se adapten a la naturaleza variable de las muestras biológicas.
Direcciones Futuras y Aplicaciones
El camino por delante se ve prometedor para este nuevo enfoque de SMLM. Hay un plan para desarrollar una interfaz fácil de usar que permitiría a más investigadores acceder y aplicar esta técnica con facilidad. Esto podría abrir las puertas a muchos científicos interesados en explorar el mundo microscópico.
Además, este método podría extenderse más allá de SMLM hacia otras tecnologías de imagen, como la microscopía 4Pi, donde entender las distorsiones es igualmente crítico. Esta versatilidad podría hacer que el método sea valioso en una variedad de campos científicos.
Conclusión
La microscopía de localización de moléculas individuales es una herramienta poderosa que ayuda a los investigadores a visualizar los detalles más diminutos de los procesos biológicos. Si bien desafíos como las aberraciones han complicado este trabajo, los avances recientes ofrecen soluciones nuevas y emocionantes. Al simplificar cómo los investigadores estiman estas distorsiones directamente a partir de sus datos, la búsqueda de imágenes más claras y precisas está avanzando.
A medida que los científicos continúan refinando estos métodos, el potencial para nuevos descubrimientos en el mundo microscópico crece. ¿Quién sabe qué fascinantes hallazgos podrían revelarse a continuación? Con un poco de humor y curiosidad, el universo microscópico se está volviendo menos un misterio y más un libro abierto.
Fuente original
Título: Calibration-free estimation of field dependent aberrations for single molecule localization microscopy across large fields of view
Resumen: Image quality in single molecule localization microscopy (SMLM) depends largely on the accuracy and precision of the localizations. While under ideal imaging conditions the theoretically obtainable precision and accuracy are achieved, in practice this changes if (field dependent) aberrations are present. Currently there is no simple way to measure and incorporate these aberrations into the Point Spread Function (PSF) fitting, therefore the aberrations are often taken constant or neglected all together. Here we introduce a model-based approach to estimate the field-dependent aberration directly from single molecule data without a calibration step. This is made possible by using nodal aberration theory to incorporate the field-dependency of aberrations into our fully vectorial PSF model. This results in a limited set of aberration fit parameters that can be extracted from the raw frames without a bead calibration measurement, also in retrospect. The software implementation is computationally efficient, enabling fitting of a full 2D or 3D dataset within a few minutes. We demonstrate our method on 2D and 3D localization data of microtubuli and nuclear pore complexes over fields of view (FOV) of up to 180 m and compare it with spline-based fitting and a deep learning based approach.
Autores: Isabel Droste, Erik Schuitema, Sajjad Khan, Stijn Heldens, Ben van Werkhoven, Keith A. Lidke, Sjoerd Stallinga, Bernd Rieger
Última actualización: 2024-12-11 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.11.627909
Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.11.627909.full.pdf
Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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