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# Computerwissenschaften# Computer Vision und Mustererkennung

Automatisierung in der Pathologie-Berichterstattung voranbringen

Ein automatisiertes Modell verbessert die Erstellung von Berichten über Mehrorganpathologien.

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Pathologieberichte zu erstellen ist entscheidend. Diese Berichte liefern wichtige Infos aus der Analyse von Pathologiebildern, die Ärzten helfen, bessere Diagnosen und Entscheidungen für die Patientenversorgung zu treffen. Die traditionellen Methoden zur Untersuchung dieser Bilder können allerdings langsam und arbeitsintensiv sein, wodurch es Tage dauern kann, um einen Bericht zu erstellen. Deshalb gibt es einen immer grösser werdenden Bedarf, den Berichtserstellungsprozess zu automatisieren.

Die Herausforderung mit den aktuellen Methoden

Aktuelle Methoden zur Erstellung von Pathologieberichten konzentrieren sich hauptsächlich auf kleinere Abschnitte der gesamten Bilder, was bedeutet, dass viel manuelle Arbeit nötig ist, um diese Abschnitte festzulegen. Das ist zeitaufwendig und kann zu Fehlern führen. Viele dieser bestehenden Systeme produzieren auch Berichte, die nicht gut strukturiert sind oder nur für bestimmte Probenarten geeignet sind, oft mangelt es an Nachweisen für ihre Wirksamkeit in realen klinischen Situationen.

Zusätzlich müssen Pathologen oft mehrere Bilder für einen einzelnen Patienten analysieren, um genaue Diagnosen sicherzustellen. Daher ist es wichtig, ein System zu haben, das automatisch Berichte unter Verwendung mehrerer Bilder für einen Patienten generieren kann, was besser mit der tatsächlichen Diagnosenpraxis übereinstimmt.

Neuer Ansatz: Patientenbezogene Multi-Organ Pathologieberichterstellung

Um diese Probleme anzugehen, stellen wir ein neues Modell namens Patientenbezogene Multi-Organ Pathologieberichterstellung (PMPRG) vor. Dieses Modell generiert automatisch einen Bericht basierend auf wichtigen Merkmalen, die aus verschiedenen Abschnitten der gesamten Bilder gesammelt werden. Wir haben unser Modell mit einem Datensatz getestet, der mehrere Organe wie den Dickdarm und die Niere umfasst.

Das PMPRG-Modell erzielte gute Ergebnisse und zeigte, dass diese Methode effektiv ist, um Pathologieberichte effizient zu erstellen. Dieses Modell soll Pathologen helfen, schnell Berichte für Patienten zu generieren, egal wie viele Bilder überprüft werden müssen.

Wie das Modell funktioniert

Unser Modell arbeitet in zwei Hauptphasen. Zuerst trainiert es ein System, um Merkmale aus den Bildern zu extrahieren. Dann generiert es einen Bericht basierend auf diesen Merkmalen. Die Bilder werden zuerst vorbereitet, indem kleinere Abschnitte aus verschiedenen Vergrösserungsstufen extrahiert werden. Jeder Patient hat mehrere Bilder, und jedes Bild wird mit einem einzelnen Bericht begleitet, der verschiedene Aspekte der Gesundheit des Patienten abdeckt.

Wir haben bestimmte Schlüsseltags für jedes Organ vorab definiert, um dem Modell zu helfen, die Ergebnisse genau vorherzusagen. Unser Ziel ist es sicherzustellen, dass die Berichte wichtige Details enthalten, die Pathologen erwarten.

Multi-Scale Regional Vision Transformer (MR-ViT)

Im Kern unseres Ansatzes steht ein Komponenten namens Multi-Scale Regional Vision Transformer (MR-ViT). Dieses innovative System hilft uns, die riesige Datenmenge in gesamten Schiebebildern zu verwalten und gleichzeitig die benötigten Rechenressourcen effektiv zu reduzieren.

MR-ViT nimmt strukturierte Patches aus den Bildern und extrahiert relevante Informationen. Durch den Fokus auf mehrere Skalen erhält es eine bessere Darstellung der Merkmale, die für die Erstellung genauer Berichte erforderlich sind.

Berichtserstellungsprozess

Sobald wir die visuellen Merkmale von MR-ViT haben, können wir mit der Erstellung der Berichte beginnen. Dieser Teil umfasst mehrere Module:

  1. MR-ViT: Die Bilder werden verarbeitet, um mehrere Darstellungen zu erzeugen.
  2. Organ-Klassifikator: Dieses Modul hilft bei der Identifizierung, welches Organ analysiert wird.
  3. Tag-Auswahl-Dictionary: Dies stellt sicher, dass die passenden Tags basierend auf dem Organ abgerufen werden.
  4. Tag-spezifischer Merkmals-Extractor: Dieser konzentriert sich darauf, visuelle Merkmale zu sammeln, die speziell mit den identifizierten Tags zusammenhängen.
  5. Tag-Klassifikator: Dieser beschriftet die identifizierten Tags.
  6. Bedingtes Sprachmodell: Schliesslich generiert dieser Teil den eigentlichen Text des Berichts basierend auf den extrahierten Merkmalen.

Die Informationen, die dem Sprachmodell zugeführt werden, helfen dabei, detaillierte Beschreibungen für jeden Tag zu erstellen, sodass der Bericht die Gesundheit des Patienten genau widerspiegelt.

Bewertung des Modells

In unserer Studie haben wir die Leistung des PMPRG-Modells bewertet, indem wir es mit bestehenden Methoden verglichen haben. Wir konzentrierten uns auf zwei Hauptaufgaben: die korrekte Identifizierung des Diagnosetyps und die Bewertung von Tumoren. Durch die Betrachtung von Daten mehrerer Patienten und Bilder fanden wir heraus, welche Systeme am besten funktionierten.

Unsere Ergebnisse zeigen, dass das PMPRG-Modell gut abschnitt, insbesondere mit seinem strukturierten Berichtserstellungsansatz. Es erzeugte umfassendere und klinisch relevante Berichte im Vergleich zu bestehenden Methoden, die oft Schwierigkeiten mit der Strukturierung und Genauigkeit hatten.

Ergebnisse und praktische Implikationen

Das PMPRG-Modell zeigte bemerkenswerte Verbesserungen bei der Erstellung klinischer Berichte. Es war besonders gut darin, die Variabilität der Daten von verschiedenen Organen und die einzigartigen Aspekte der Informationen jedes Patienten zu verwalten. Dadurch wird das System vielseitiger und eignet sich besser für den Einsatz in der realen Welt, wo Pathologen genaue und strukturierte Berichte aus zahlreichen Bildern benötigen.

Ärzte und Pathologen können erheblich von diesem automatisierten System profitieren. Durch die Reduzierung der Zeit und des Aufwands, die zur Erstellung von Berichten erforderlich sind, können sich Gesundheitsexperten mehr auf die Patientenversorgung konzentrieren, anstatt auf administrative Aufgaben.

Zukünftige Richtungen

Während unser Modell in seiner aktuellen Form vielversprechende Ergebnisse zeigt, gibt es Pläne für zukünftige Verbesserungen. Dazu gehört die Erweiterung des Datensatzes, um mehr Arten von Organen und unterschiedliche Vergrösserungsstufen der Bilder einzuschliessen. Das würde die Anpassungsfähigkeit des Modells an verschiedene klinische Szenarien verbessern.

Zusätzlich wollen wir das Modell weiter verfeinern, um seine Effizienz und Genauigkeit zu steigern. Das würde helfen, sicherzustellen, dass es den steigenden Anforderungen des Gesundheitssektors gerecht wird, da immer mehr Institutionen nach Wegen suchen, ihre Prozesse zu automatisieren.

Fazit

Zusammenfassend stellt unser neues Modell zur Erstellung von Multi-Organ Pathologieberichten einen bedeutenden Schritt nach vorne im Bereich der medizinischen Bildgebung und Berichterstattung dar. Durch den Einsatz fortschrittlicher Technologie können wir Pathologen ein leistungsstarkes Werkzeug an die Hand geben, das Zeit spart und die Qualität der Patientenversorgung verbessert. Während wir weiterhin dieses System verfeinern und entwickeln, hoffen wir, einen Beitrag zur Verbesserung der diagnostischen Genauigkeit und Effizienz in der Gesundheitsversorgung zu leisten.

Originalquelle

Titel: Clinical-grade Multi-Organ Pathology Report Generation for Multi-scale Whole Slide Images via a Semantically Guided Medical Text Foundation Model

Zusammenfassung: Vision language models (VLM) have achieved success in both natural language comprehension and image recognition tasks. However, their use in pathology report generation for whole slide images (WSIs) is still limited due to the huge size of multi-scale WSIs and the high cost of WSI annotation. Moreover, in most of the existing research on pathology report generation, sufficient validation regarding clinical efficacy has not been conducted. Herein, we propose a novel Patient-level Multi-organ Pathology Report Generation (PMPRG) model, which utilizes the multi-scale WSI features from our proposed multi-scale regional vision transformer (MR-ViT) model and their real pathology reports to guide VLM training for accurate pathology report generation. The model then automatically generates a report based on the provided key features attended regional features. We assessed our model using a WSI dataset consisting of multiple organs, including the colon and kidney. Our model achieved a METEOR score of 0.68, demonstrating the effectiveness of our approach. This model allows pathologists to efficiently generate pathology reports for patients, regardless of the number of WSIs involved.

Autoren: Jing Wei Tan, SeungKyu Kim, Eunsu Kim, Sung Hak Lee, Sangjeong Ahn, Won-Ki Jeong

Letzte Aktualisierung: Sep 23, 2024

Sprache: English

Quell-URL: https://arxiv.org/abs/2409.15574

Quell-PDF: https://arxiv.org/pdf/2409.15574

Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/

Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.

Vielen Dank an arxiv für die Nutzung seiner Open-Access-Interoperabilität.

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