Simple Science

Ciência de ponta explicada de forma simples

# Biologia# Biofísica

Abordagens Inovadoras para Testes de HIV no Local

Explorando a reação em cadeia de hibridização para detecção rápida do HIV em áreas com poucos recursos.

― 9 min ler


Inovações em TestesInovações em TestesRápidos de HIVHIV em áreas com poucos recursos.Novos métodos melhoram a detecção do
Índice

As diferenças na saúde em várias regiões, especialmente onde os recursos são limitados, pioraram com o tempo devido à globalização e às mudanças climáticas. Essa situação aumenta a necessidade de testes rápidos que possam ser feitos no local para parar a propagação de infecções em comunidades vulneráveis. Um grande problema de saúde global é o vírus da imunodeficiência humana (HIV), que impacta principalmente pessoas que vivem em áreas com poucos recursos. Quando alguém é infectado com o HIV, tem altos níveis do vírus no sangue, e é crucial que comece o tratamento rapidamente para melhorar sua saúde e reduzir o risco de passar o vírus para outras pessoas.

Infelizmente, durante o estágio inicial da infecção por HIV, o vírus não pode ser facilmente detectado, porque o corpo ainda não começou a produzir anticorpos contra ele. A única maneira confiável de detectar esse estágio inicial é por meio de um teste especial que busca o material genético do vírus. Atualmente, não existem testes rápidos disponíveis para essa Detecção precoce, o que significa que as pessoas podem ficar sem saber da infecção por semanas ou até meses.

Os métodos comuns para testar o HIV envolvem o uso de enzimas para amplificar o material genético do vírus. Embora esses métodos sejam altamente sensíveis, eles costumam ser muito complexos e caros para uso em áreas com poucos recursos. Máquinas automatizadas usadas para esses testes também precisam de pessoal qualificado para operá-las. Um método diferente chamado amplificação isotérmica mediada por loop (LAMP) oferece uma opção mais simples, mas ainda pode enfrentar problemas de precisão em ambientes não clínicos. Outra tecnologia promissora é baseada em CRISPR, mas também tem limitações quando aplicada a testes de sangue, que são necessários para a detecção precoce do HIV.

Diante desses desafios, os pesquisadores estão interessados em encontrar alternativas aos métodos baseados em enzimas. Um desses métodos é chamado reação em cadeia de hibridização (HCR). Essa técnica permite que moléculas de DNA se conectem de maneiras específicas, formando estruturas maiores para detectar sequências-alvo. A HCR é vantajosa porque depende das propriedades únicas do DNA em vez de enzimas caras.

Como Funciona a Reação em Cadeia de Hibridização

A HCR foi introduzida em 2004 e usa fios de DNA de fita simples (ssDNA) especialmente projetados que podem formar formas de grampos. Cada grampo contém áreas que podem interagir com sequências-alvo, fazendo-as se abrir e se conectar com grampos adicionais, criando uma reação em cadeia. Em ambientes controlados de laboratório, essa técnica mostrou ser muito sensível para detectar material genético específico.

Na prática, no entanto, muitos procedimentos usados na HCR podem ser complicados e exigem condições estéreis, o que não é ideal para testes feitos no local em áreas com poucos recursos. Estudos anteriores mostraram que a HCR pode alcançar uma Sensibilidade notável, mas muitas vezes depende de etapas que complicam a utilização em situações do mundo real.

Para melhorar o uso da HCR em testes rápidos para o HIV, foram exploradas uma série de abordagens inovadoras. Essas envolveram a simulação do ambiente apertado de células vivas para melhorar a sensibilidade de detecção e a utilização de métodos mais simples para realizar os testes.

Métodos e Técnicas Utilizadas

Criando Estruturas de Grampo para Detectar o HIV

Os grampos de HCR foram projetados para direcionar sequências específicas do material genético do HIV. O processo de design seguiu diretrizes que focavam em criar grampos com comprimentos e estruturas ideais. Testes iniciais confirmaram que, quando os grampos projetados eram misturados com as sequências-alvo do HIV, reações em cadeia bem-sucedidas podiam ser acionadas, produzindo resultados detectáveis.

Efeitos da Concentração na Detecção

Um aspecto importante de melhorar os limites de detecção envolve ajustar a concentração dos componentes na reação. Concentrações mais altas da sequência-alvo geralmente resultam em produtos de DNA mais curtos. Otimizar essas proporções foi essencial para alcançar os melhores resultados.

Os sinais fluorescentes das reações foram então medidos para determinar a eficácia de diferentes concentrações. Os pesquisadores descobriram que certas combinações de grampos e alvos levaram a aumentos significativos nos sinais detectáveis.

Usando Gotículas Sessile para Melhorar a Reação

Com a intenção de melhorar o desempenho da HCR, os pesquisadores analisaram o uso de gotículas sessile. Essas gotículas são pequenos volumes estáveis de líquido que podem facilitar reações. A ideia era que, à medida que a gotícula evapora, a concentração dos componentes aumenta, o que poderia melhorar a eficácia das reações de cadeia de DNA. Essa técnica imita o ambiente compacto encontrado dentro de células vivas, o que pode aumentar a sensibilidade da HCR.

Os testes demonstraram que reações conduzidas em gotículas sessile produziram mais produtos em comparação com métodos tradicionais. Melhorias nos limites de detecção foram observadas, mostrando o potencial desse método para testes feitos no local.

O fluxo de Marangoni, um movimento natural de fluidos devido a diferenças na tensão superficial, também foi considerado, mas não parecia impactar significativamente o processo da HCR neste contexto.

Impacto de Agentes de Crowding

Agentes de crowding como Tween 20 e polietilenoglicol (PEG) foram incorporados às reações para aumentar ainda mais a eficiência da HCR. Esses agentes podem criar ambientes similares a células vivas, o que pode estabilizar e melhorar as reações. Os resultados mostraram que o uso desses agentes melhorou a produção de produtos da HCR e reduziu o ruído de fundo, facilitando a detecção das sequências-alvo.

Filtração e Detecção em Papel

Para tornar os testes mais práticos, os pesquisadores visaram integrar o método de HCR com técnicas de filtração em papel. Eles utilizaram filtros de papel especializados que podem atrair e reter DNA. Quando o DNA sintético foi aplicado aos filtros, os pesquisadores puderam medir a eficácia do método HCR em detectar a presença de material genético do HIV.

Os testes indicaram que o método HCR poderia detectar com sucesso pequenas quantidades de DNA diretamente no papel filtrante. Essa combinação de captura e detecção exibiu uma abordagem robusta e simples adequada para ambientes de atendimento ao paciente.

Resultados

Confirmação da Funcionalidade da HCR

Experimentos iniciais confirmaram que os grampos HCR projetados interagiam efetivamente com as sequências-alvo do HIV. Mudanças nos sinais fluorescentes permitiram que os pesquisadores avaliassem a eficiência das reações. As modificações feitas na estrutura dos grampos impactaram significativamente a sensibilidade e o desempenho geral dos testes.

Melhoria dos Limites de Detecção

A introdução de gotículas sessile levou a um aumento notável nos limites de detecção. Para os gatilhos de DNA, o limite de detecção melhorou significativamente, enquanto os gatilhos de RNA mostraram um aumento ainda maior na sensibilidade. Essa descoberta enfatiza o potencial de usar esses métodos para testes rápidos em ambientes com poucos recursos.

Teste de Especificidade

Para garantir que o método HCR fosse confiável, os pesquisadores realizaram testes de especificidade com DNA não-alvo. Eles descobriram que o método permanecia altamente específico para a sequência pretendida do HIV, o que é vital para testes precisos.

Desempenho em Filtros

Uma vez que o método HCR foi integrado à filtração em papel, os testes demonstraram alta eficiência para capturar e detectar material genético do HIV. Os pesquisadores confirmaram que o método podia detectar com precisão baixas concentrações de DNA viral nos filtros, validando seu potencial para uso prático.

Direções Futuras

Há um esforço contínuo para aprimorar ainda mais os métodos atuais. Os pesquisadores planejam experimentar com diferentes agentes de crowding e ajustar suas concentrações para otimizar as condições para a HCR. Os métodos de detecção atuais baseados em sinais fluorescentes estão sendo refinados para melhorar a eficiência e reduzir o ruído de fundo.

Além disso, estão em andamento planos para adaptar o sistema de detecção HCR para usar um esquema de detecção mais simples com um único fluoróforo. Esse ajuste pode ajudar a superar os desafios atuais relacionados à interferência do sinal.

Outro foco significativo será melhorar a detecção de RNA, especialmente porque isso é crítico para a detecção direta do HIV. Trabalhos futuros explorarão o uso de um gatilho de DNA ativado pela presença de um alvo de RNA, que já mostrou sucesso em métodos de detecção similares.

Conclusão

A combinação da reação em cadeia de hibridização, técnicas de gotículas sessile e filtração em papel apresenta um caminho promissor para desenvolver testes eficazes para o atendimento ao paciente para o HIV em configurações com recursos limitados. Aproveitando as propriedades únicas do DNA e otimizando as condições para as reações, os pesquisadores deram passos importantes em direção à criação de métodos de teste simples, confiáveis e acessíveis.

Os avanços feitos neste trabalho não só melhoram a detecção do HIV, mas também destacam a importância de otimizar reações moleculares por meio de técnicas de crowding e concentração. A possibilidade de implementar esses métodos em aplicações práticas representa uma oportunidade significativa para melhorar as respostas de saúde pública em comunidades vulneráveis. A pesquisa em andamento continuará a refinar essas técnicas, visando uma sensibilidade e acessibilidade ainda maiores na luta contra o HIV e outras doenças infecciosas.

Fonte original

Título: Mimicking an in cellulo environment for enzyme-free paper-based nucleic acid tests at the point of care

Resumo: Point of care (PoC) nucleic acid amplification tests (NAATs) are a cornerstone of public health, providing the earliest and most accurate diagnostic method for many communicable diseases, such as HIV, in the same location the patient receives treatment. Communicable diseases disproportionately impact low-resource communities where NAATs are often unobtainable due to the resource intensive enzymes that drive the tests. Enzyme-free nucleic acid detection methods, such as hybridization chain reaction (HCR), use DNA secondary structures for self-driven amplification schemes producing large DNA nanostructures and capable of single molecule detection in cellulo. These thermodynamically driven DNA-based tests have struggled to penetrate the PoC diagnostic field due to their inadequate limits of detection or complex workflows. Here we present a proof-of-concept NAAT that combines HCR-based amplification of a target nucleic acid sequence with paper-based nucleic acid filtration and enrichment capable of detecting sub pM levels of synthetic DNA. We reconstruct the favorable hybridization conditions of an in cellulo reaction in vitro by incubating HCR in an evaporating, microvolume environment containing poly(ethylene glycol) as a crowding agent. We demonstrate that the kinetics and thermodynamics of DNA-DNA and DNA-RNA hybridization is enhanced by the dynamic evaporating environment and inclusion of crowding agents, bringing HCR closer to meeting PoC NAAT needs.

Autores: Benjamin Miller, J. W. Beard, S. L. Hunt, A. Evans, C. Goenner

Última atualização: 2024-02-29 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.27.582375

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.27.582375.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

Obrigado ao biorxiv pela utilização da sua interoperabilidade de acesso aberto.

Mais de autores

Artigos semelhantes