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# Biologia# Neurociência

Avanços em Spike Sorting com PseudoSort

Novos métodos melhoram a análise da atividade neuronal na neurociência.

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Arranjos de Microeletrodos, ou MEAs, são ferramentas avançadas usadas na pesquisa em neurociência. Eles permitem que os cientistas monitorem a atividade de muitos neurônios ao mesmo tempo. Isso é importante porque ajuda os pesquisadores a estudar como os neurônios se comunicam entre si ao longo do tempo. Diferente de outros métodos que podem ser invasivos ou só permitem gravações curtas, os MEAs oferecem uma forma de registrar o comportamento dos neurônios de maneira não invasiva. Essa tecnologia é útil para reunir uma ampla gama de informações, aumentando nosso conhecimento sobre as funções do cérebro.

Desafios na Pesquisa Neural

Mesmo com as vantagens dos MEAs, ainda há dificuldades na análise dos dados que eles produzem. Um dos principais desafios é como interpretar com precisão os sinais registrados pelos eletrodos. Como cada eletrodo pode captar sinais de múltiplos neurônios, os dados se tornam complexos e podem ser difíceis de analisar corretamente. Além disso, diferentes fontes de ruído podem interferir nos dados, tornando complicado identificar exatamente qual neurônio está emitindo um sinal específico. Esses problemas podem atrapalhar tanto a pesquisa fundamental sobre o cérebro quanto o desenvolvimento de terapias para doenças neurológicas.

Importância da Classificação de Espigas

Um componente chave na análise dos dados dos MEAs é um processo chamado classificação de espigas. É aqui que os cientistas tentam identificar quais espigas (ou potenciais de ação) pertencem a quais neurônios. Cada neurônio produz sinais únicos, e classificar esses sinais corretamente é crucial para entender como os neurônios funcionam tanto normalmente quanto em estados de doença. Infelizmente, existem limitações nos métodos atuais de classificação de espigas, como problemas de precisão e escalabilidade, especialmente quando se lida com muitos neurônios.

Aprendizado de Máquina na Classificação de Espigas

Técnicas de aprendizado de máquina (ML) surgiram como uma solução potencial para melhorar a classificação de espigas. Essas técnicas podem gerenciar grandes quantidades de dados e identificar padrões complexos nos sinais neurais. Recentemente, várias abordagens baseadas em ML mostraram potencial para aumentar a precisão da classificação de espigas. Essas abordagens conseguem processar dados mais rapidamente e de forma mais confiável do que os métodos tradicionais.

Apresentando o PseudoSort

Um novo método promissor é chamado PseudoSort. Essa abordagem inovadora usa aprendizado de máquina para aproveitar o aprendizado autodirigido e a augmentação de dados. As características únicas do PseudoSort ajudam a melhorar a precisão da classificação através de um processo iterativo que se ajusta à medida que mais dados são analisados. É especialmente benéfico para lidar com grandes conjuntos de dados, pois consegue aprender deles de maneira eficaz, oferecendo resultados mais confiáveis na hora de identificar a atividade dos neurônios.

Examinando a Proteína TAU e a Atividade Neuronal

Os pesquisadores também estão investigando os efeitos de uma proteína chamada Tau nos neurônios. A Tau é frequentemente associada a doenças neurodegenerativas, como Alzheimer. Em estudos, neurônios hipocampais primários foram expostos à Tau para ver como isso poderia afetar suas capacidades de sinalização. Os achados indicaram que concentrações mais baixas de Tau poderiam levar a interrupções na sinalização neuronal, especialmente quando a estimulação elétrica era aplicada às células.

Resultados de Experimentos com MEA e Patch Clamp

Ao comparar os resultados dos estudos, foi descoberto que os neurônios tratados com Tau tinham uma resposta diferente em comparação com os neurônios não tratados. Por exemplo, a Tau parecia reduzir a atividade dos neurônios que normalmente responderiam bem à estimulação. Além disso, experimentos envolvendo clampagem de patch, que analisam neurônios individuais, corroboraram esses achados, indicando que a Tau poderia reduzir os níveis de corrente induzidos pela estimulação.

Analisando as Mudanças na Atividade Neuronal

Usando o PseudoSort, os pesquisadores conseguiram analisar os diferentes efeitos do tratamento com Tau no nível dos neurônios individuais. Os resultados mostraram que nem todos os neurônios reagiram da mesma maneira à Tau, o que é significativo porque permite uma compreensão mais detalhada de como a Tau impacta diferentes tipos de neurônios.

Benefícios do PseudoSort em Várias Pesquisas

O desenvolvimento do PseudoSort marca um avanço notável na área de classificação de espigas. Essa técnica oferece aos pesquisadores uma visão mais sutil da atividade neuronal. É especialmente valiosa para estudar dinâmicas complexas de rede cerebral em várias condições, incluindo doenças neurodegenerativas.

Próximos Passos na Pesquisa

Futuras pesquisas provavelmente se concentrarão em melhorar a precisão dos métodos de classificação de espigas como o PseudoSort. Isso pode envolver o uso de técnicas avançadas de aprendizado de máquina para refinar ainda mais como analisamos grandes conjuntos de dados dos MEAs. O objetivo é tornar esses métodos amplamente acessíveis, melhorando nossa compreensão de como os cérebros funcionam e avançando o estudo de desordens neurológicas.

Conclusão

Em resumo, arranjos de microeletrodos representam ferramentas importantes na neurociência, permitindo um monitoramento extenso da atividade neuronal. Embora desafios permaneçam na análise de dados, métodos inovadores como o PseudoSort estão abrindo caminho para uma melhor compreensão das comunicações neurais. A investigação da Tau e seus efeitos na atividade neuronal ilustra o potencial de combinar tecnologia de ponta com pesquisa fundamental, abrindo portas para futuras descobertas na ciência do cérebro.

Fonte original

Título: Machine learning-based spike sorting reveals how subneuronal concentrations of monomeric Tau cause a loss in excitatory postsynaptic currents in hippocampal neurons

Resumo: Extracellular recordings of neuronal activity constitute a powerful tool for investigating the intricate dynamics of neural networks and the activity of individual neurons. Microelectrode arrays (MEAs) allow for recordings with a high electrode count, ranging from 10s to 1000s, generating extensive datasets of neuronal information. Furthermore, MEAs capture extracellular field potentials from cultured cells, resulting in highly complex neuronal signals that necessitate precise spike sorting for meaningful data extraction. Nevertheless, conventional spike sorting methods face limitations in recognising diverse spike shapes, thereby constraining the full utilisation of the rich dataset acquired from MEA recordings. To overcome these limitations, we have developed a machine learning algorithm, named PseudoSort, which employs advanced self-supervised learning techniques, a distinctive density-based pseudo-labelling strategy, and an iterative fine-tuning process to enhance spike sorting accuracy. Through extensive benchmarking on large-scale simulated datasets, we demonstrate the superior performance of PseudoSort compared to recently developed machine learning-based (ML) spike sorting algorithms. We showcase the practical application of PseudoSort by utilising MEA recordings from hippocampal neurons exposed to subneuronal concentrations of monomeric Tau, a protein associated with Alzheimers disease (AD). Our results, validated against patch clamp experiments, unveil that monomeric Tau at subneuronal concentrations induces stimulation-dependent disruptions in both local and global activity of hippocampal neurons. Remarkably, patch clamp electrophysiology highlights the effect of combined Tau and neuronal stimulation treatment on excitatory postsynaptic currents, whereas PseudoSort excels in identifying neuronal clusters that exhibit diminished firing capacity following Tau treatment alone, i.e., in the absence of stimulation. This comprehensive approach validates the prowess of PseudoSort and unravels the intricate effects of Tau on neuronal activity, particularly in the context of AD.

Autores: Gabriele S Kaminski Schierle, M. Brockhoff, J. Träuble, S. Middya, T. Fuchsberger, A. Fernandez-Villegas, A. D. Stephens, M. Robbins, W. Dai, B. Haider, S. Vora, N. F. Läubli, C. F. Kaminski, G. G. Malliaras, O. Paulsen

Última atualização: 2024-03-04 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.29.582792

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.29.582792.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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