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Insights sobre a Montagem do Vírus da Febre Aftosa

Analisando o processo de embalagem e as estruturas de RNA do FMDV.

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O vírus da febre aftosa (FMDV) é um vírus que infecta animais com patas fendidas, como vacas e porcos. Esse vírus causa uma doença chamada febre aftosa (FMD), que é super contagiosa e pode se espalhar rápido entre o gado. A FMD é mais comum em certas áreas da África e Ásia, enquanto países como EUA, Reino Unido e Austrália conseguem manter a doença afastada com vacinas e outras precauções. Mas, se o vírus entra em um país que normalmente tá livre dele, pode rolar perdas econômicas grandes. Os esforços pra controlar o vírus em regiões onde ele é comum também custam caro.

Estrutura e Composição do FMDV

O FMDV é um vírus pequeno que não tem uma capa externa. Ele contém uma única fita de RNA, que é o material genético do vírus. O RNA tem cerca de 8.400 bases e tá envolto em uma casca protetora chamada cápside. Essa cápside é feita de blocos de construção chamados proteínas. O RNA do FMDV contém uma grande sequência de leitura aberta, que é parte do código genético que orienta a produção de proteínas necessárias pra estrutura e função do vírus.

A primeira proteína produzida pelo RNA é a protease Leader, seguida por outras proteínas que formam a casca externa do vírus e aquelas que ajudam o vírus a se replicar dentro do hospedeiro. As substâncias externas do vírus incluem proteínas chamadas VP0, VP1 e VP3, que se juntam pra formar a cápside. Esses componentes se montam de uma maneira específica pra criar uma partícula viral completa.

O Papel do Genoma Viral

O RNA viral tem regiões específicas que são vitais pra sua função. Essas regiões incluem uma sequência no começo chamada 5'-UTR e uma sequência no final conhecida como 3'-UTR. A 5'-UTR contém vários elementos funcionais importantes, incluindo uma seção chamada trecho poly-(C) e uma região de Pseudonó (PK). O trecho poly-(C) é geralmente feito de uma longa sequência de nucleotídeos de citosina, e o comprimento desse trecho pode estar ligado à eficácia do vírus em causar doença. No entanto, a relação exata entre o comprimento do trecho e sua virulência é complicada, já que algumas descobertas podem não ser consistentes.

A região PK consiste em várias estruturas semelhantes que podem influenciar quão efetivamente o vírus consegue se replicar. Pesquisas mostram que, enquanto ter pelo menos um PK é necessário pra o vírus se replicar normalmente, não ter todos eles não bloqueia completamente a capacidade do vírus de fazer cópias do seu RNA. Apesar disso, foi mostrado que, se essas estruturas estiverem ausentes, o vírus pode ter dificuldade em formar partículas virais adequadas, indicando a importância dessas regiões.

O Processo de Embalagem

O RNA viral precisa ser embalado na cápside durante o processo de montagem. Embora o método exato de embalagem não seja totalmente compreendido, estudos recentes apontaram a importância dos sinais de embalagem (PSs) distribuídos ao longo do genoma viral. Os PSs são sequências específicas que ajudam na incorporação do RNA na cápside. Estudando vírus semelhantes, foi descoberto que vários pequenos PSs trabalham juntos pra melhorar a eficiência da embalagem. À medida que novas proteínas da cápside são montadas, o RNA interage com essas proteínas pra criar uma partícula viral completa.

Para o FMDV, a embalagem parece ser precisa, já que só seu próprio RNA ou certas versões modificadas dele podem ser integrados à sua cápside. Alguns estudos identificaram PSs funcionais no genoma do FMDV que apoiam significativamente a formação bem-sucedida de partículas virais infecciosas.

Fatores que Afetam a Montagem do Vírus

Vários elementos podem influenciar como o vírus se monta e se torna infeccioso. A taxa em que as proteínas e o RNA virais são produzidos nas células desempenha um papel crucial na eficiência geral do processo de montagem. Além disso, a eficácia dos métodos usados pra avaliar a viabilidade do vírus pode afetar estudos sobre como o RNA viral é embalado.

Pra entender melhor a encapsidação do RNA, um novo método foi desenvolvido pra examinar como bem os códigos de RNA pro vírus poderiam ser embalados. O objetivo era melhorar a eficiência da embalagem dessas sequências de RNA modificando elementos dentro delas.

Linhas Celulares Usadas na Pesquisa

Em experimentos pra entender o comportamento do FMDV, foi usada uma linha celular específica conhecida como rim de bebê de hamster (BHK-21). Essas células foram cultivadas em condições controladas pra manter sua capacidade de suportar o crescimento do vírus. Várias transcrições de RNA foram introduzidas nessas células pra estudar como bem elas poderiam replicar e embalar componentes virais.

Tipos de Plasmídeos no Estudo

Pra esses experimentos, três tipos de plasmídeos foram essenciais:

  1. Um plasmídeo FMDV modificado que expressa proteína fluorescente verde (GFP), mas não consegue produzir uma cápside funcional.
  2. Um plasmídeo de cópia infecciosa que pode replicar e produzir proteínas de cápside, mas falta a proteína Leader.
  3. Uma cópia infecciosa completa do FMDV que pode produzir partículas funcionais.

Esses plasmídeos foram projetados pra estudar como diferentes características afetam a montagem e embalagem do vírus.

Assay de Trans-Encapsidação

O assay de trans-encapsidação foi criado pra investigar como bem o replicon de RNA poderia ser embalado nas proteínas da cápside fornecidas por uma cópia infecciosa ou um vírus ajudante. Nessa configuração, o vírus ajudante produzia proteínas da cápside e os pesquisadores podiam medir quão efetivamente o RNA replicon era embalado.

Na primeira rodada do assay, as células foram primeiro transfectadas com o RNA dos replicons e depois co-transfectadas com um vírus ajudante ou infectadas posteriormente. Analisando essas células, foi possível entender como efetivamente a embalagem aconteceu. Monitorando a expressão da GFP, os pesquisadores puderam avaliar a eficiência do processo de embalagem na rodada seguinte.

Resultados do Assay de Trans-Encapsidação

Os resultados mostraram que replicons contendo mais sinais de embalagem foram embalados de forma mais eficiente. Por exemplo, o replicon que manteve a maior parte da região codificadora da cápside, junto com seus sinais associados, demonstrou maior eficiência de embalagem do que aqueles que faltavam essas sequências.

Ao testar replicons com trechos poly-(C) encurtados, foi descoberto que aqueles com trechos mais longos foram embalados significativamente melhor. Isso destaca a ideia de que o comprimento desses trechos pode contribuir pro sucesso do vírus durante a montagem.

Além disso, ficou claro que a região PK e seus sinais associados também desempenharam um papel importante em quão efetivamente o RNA poderia ser embalado nas Cápsides. Replicons que não tinham esses sinais chave mostraram capacidade reduzida de formar partículas virais, destacando ainda mais sua importância.

Efeitos de Encurtamento na Eficiência de Embalagem

Os efeitos de mudar os comprimentos dos trechos poly-(C) foram examinados de perto. Criando vários replicons modificados, os pesquisadores puderam comparar como bem eles se saíram no assay de trans-encapsidação.

Confirmou-se que replicons com trechos poly-(C) mais curtos se saíram mal em comparação com aqueles com trechos mais longos. Isso recebeu respaldo estatístico, já que diferenças significativas foram notadas no desempenho dessas construções virais modificadas.

Análise de Transcritos de RNA

Os transcritos de RNA foram estudados pra avaliar seu tamanho e verificar mudanças feitas nos trechos poly-(C). Os comprimentos desses trechos foram medidos e confirmados através de técnicas específicas de eletroforese.

Testes adicionais mostraram que nenhuma diferença significativa na replicação foi observada entre os replicons na rodada inicial do assay de trans-encapsidação. No entanto, quando esses foram analisados em rodadas subsequentes, as eficiências de embalagem correlacionaram-se com os comprimentos dos trechos poly-(C), reafirmando a relevância dessas sequências.

Importância da Região do Pseudonó

A região do pseudonó, que inclui várias sequências semelhantes, foi considerada essencial pra uma encapsidação eficiente. Em experimentos onde essa região foi deletada, a capacidade do vírus de ser embalado diminuiu significativamente. Pesquisas indicaram que, enquanto ter um pseudonó é crucial, deletar todos os quatro resultou em ineficiência severa.

As descobertas apontaram que, mesmo que o RNA pudesse replicar, sem essas estruturas chave, a embalagem nas cápsides ficaria comprometida.

Conclusão

O estudo do vírus da febre aftosa (FMDV) revelou insights significativos sobre como o RNA viral é embalado em partículas virais funcionais. O papel dos sinais de embalagem e de estruturas específicas do RNA mostrou ser crítico nesse processo.

O comprimento do trecho poly-(C) influencia diretamente a eficiência da embalagem, e as regiões do pseudonó são vitais pra garantir que o vírus consiga se montar com sucesso. Com a pesquisa contínua, compreensões mais claras sobre os mecanismos virais e suas implicações em esforços de controle continuarão a se desenvolver, visando mitigar os impactos dessa doença contagiosa no gado e nas economias ao redor do mundo.

Fonte original

Título: The pseudoknot region and poly-(C) tract comprise an essential RNA packaging signal for assembly of foot-and-mouth disease virus

Resumo: Virus assembly is a crucial step for the completion of the viral replication cycle. In addition to ensuring efficient incorporation of viral genomes into nascent virions, high specificity is required to prevent incorporation of host nucleic acids. For picornaviruses, including FMDV, the mechanisms required to fulfil these requirements are not well understood. However, recent evidence has suggested that specific RNA sequences dispersed throughout picornavirus genomes are involved in packaging. Here, we have shown that such sequences are essential for FMDV RNA packaging and have demonstrated roles for both the pseudoknot (PK) region and the poly-(C) tract in this process, where the length of the poly-(C) tract was found to influence the efficiency of RNA encapsidation. Sub-genomic replicons containing longer poly-(C) tracts were packaged with greater efficiency in trans, and viruses recovered from transcripts containing short poly-(C) tracts were found to have greatly extended poly-(C) tracts after only a single passage in cells, suggesting that maintaining a long poly-(C) tract provides a selective advantage. We also characterised a critical packaging signal (PS) located in the pseudoknot (PK) region, adjacent to the poly-(C) tract, as well as several other non-essential but beneficial PSs elsewhere in the genome. Collectively, these PSs greatly enhanced encapsidation efficiency, with the poly-(C) tract possibly facilitating nearby PSs to adopt the correct conformation. Using these data, we have proposed a model where interactions with capsid precursors control a transition between two RNA conformations, directing the fate of nascent genomes to either be packaged or alternatively to act as templates for replication and/or for protein translation. Author summaryGenome packaging, whereby viral RNA is incorporated into protective protein capsids to produce more virus particles, is a crucial step in RNA virus life cycles. It is a stringent process as only viral RNA is encapsidated, while cellular RNA is excluded. This study reveals the essential role of packaging signals in FMDV RNA packaging, specifically those in the pseudoknot region and in a region that can contain >100 cytosines, termed the poly-(C) tract. We demonstrate that the length of the poly-(C) tract significantly affects packaging efficiency; genomes containing longer poly-(C) tracts are favoured. This is the first role that has been identified for the poly-(C) tract in FMDV. We have also found an essential packaging signal in the pseudoknot region, which is assisted by other packaging signals located throughout the genome, that together facilitate encapsidation of FMDV RNA. These results provide compelling evidence for the involvement of RNA packaging signals in FMDV assembly. Based on this, we propose a simple model for FMDV RNA packaging, which involves a transition from genome replication to genome packaging and is controlled by packaging signals. This knowledge could pave the way for future research and development of novel antiviral strategies targeting FMDV and other picornaviruses.

Autores: Chris Neil, J. Newman, N. J. Stonehouse, D. J. Rowlands, G. J. Belsham, T. J. Tuthill

Última atualização: 2024-05-24 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.24.595670

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.24.595670.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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