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O Impacto das Mutação de DNA nas Proteínas

Este artigo analisa como substituições e eliminações no DNA afetam a função das proteínas.

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Índice

Mutação no nosso DNA pode influenciar como as Proteínas funcionam. Algumas mudanças são pequenas e comuns, enquanto outras são maiores e menos compreendidas. Cientistas estudam essas Mutações pra entender como elas afetam as proteínas e se relacionam com a saúde humana. Esse artigo explora as diferenças entre dois tipos de mutações-Substituições, onde um bloco de construção de uma proteína é trocado por outro, e deleções, onde um ou mais blocos são removidos.

A Importância das Mutações

Mutações são naturais e podem ocorrer em qualquer célula. Elas podem levar a novos traços ou doenças. Enquanto os pesquisadores já avançaram na compreensão das substituições, as deleções ainda são menos exploradas. Essa falta de conhecimento pode dificultar a determinação de como certas mutações podem estar relacionadas a problemas de saúde.

O Que São Substituições e Deleções?

Substituições acontecem quando um aminoácido na proteína é substituído por outro. Por exemplo, uma serina pode ser trocada por uma treonina. Deleções são diferentes; elas removem um ou mais aminoácidos. Por exemplo, se tem três aminoácidos e um é retirado, a sequência muda.

Ambos os tipos de mutações podem afetar como uma proteína funciona, mas fazem isso de maneiras diferentes. Entender como cada tipo de mutação impacta as proteínas é crucial para áreas como genética e medicina.

Foco da Pesquisa Atual

Os cientistas começaram a combinar experimentos de laboratório com modelos computacionais pra estudar as mutações. Esses modelos podem prever como mudanças no DNA vão impactar as proteínas. Com a ajuda dessas ferramentas, os pesquisadores conseguiram analisar milhares de proteínas e ver como substituições e deleções as afetam.

Um desses modelos, chamado ESM-1b, foi usado pra analisar deleções em um grande grupo de proteínas. Esse modelo ajuda a olhar os possíveis efeitos na função da proteína com base apenas na sequência de DNA.

Tolerância Diferencial

Tolerância diferencial se refere à ideia de que algumas partes de uma proteína conseguem lidar melhor com substituições do que com deleções, ou vice-versa. Ao examinar as proteínas, os pesquisadores encontraram muitos exemplos onde um local em uma proteína é de boa com uma substituição, mas não com uma Deleção, ou o contrário.

Nos estudos deles, os cientistas identificaram dezenas de milhares de locais em várias proteínas que mostram essa tolerância diferencial. Esse achado destaca que simplesmente olhar para substituições pode não dar o quadro completo de como uma proteína pode se comportar diante de diferentes tipos de mutações.

Elementos Estruturais das Proteínas

As proteínas são feitas de cadeias de aminoácidos, que se dobram em formas específicas. Essas formas são importantes pra como as proteínas funcionam. Algumas áreas da proteína são mais sensíveis a mudanças do que outras.

Por exemplo, regiões chamadas alfa-hélices são estruturas dentro das proteínas que parecem ser particularmente sensíveis a deleções. Essa sensibilidade pode ser por causa de como essas regiões estão organizadas. Quando um aminoácido é deletado em uma alfa-hélice, pode bagunçar toda a estrutura, tornando-a menos estável.

Contexto da Sequência

Outro fator que afeta como as mutações impactam as proteínas é a presença de aminoácidos vizinhos, conhecido como contexto de sequência. Certas sequências de aminoácidos podem ser semelhantes ou diferentes, influenciando como as mutações são toleradas.

Por exemplo, se uma deleção ocorre em uma sequência de aminoácidos semelhantes, pode não atrapalhar a função da proteína tanto quanto uma deleção em uma sequência diversa. Os pesquisadores descobriram que regiões de proteínas compostas por aminoácidos semelhantes tendem a lidar melhor com deleções, enquanto substituições podem causar mais problemas.

Descobertas Experimentais

Na análise, os cientistas compararam os achados dos modelos computacionais com dados experimentais pra ver como combinavam. Eles descobriram que o modelo previa diferenças na tolerância a mutações que eram consistentes com os resultados experimentais. Por exemplo, locais que eram intolerantes a deleções, mas tolerantes a substituições, geralmente correspondiam a características estruturais específicas da proteína.

Implicações Clínicas

As descobertas têm implicações importantes pra pesquisa clínica e tratamento. Muitas condições genéticas estão ligadas a mutações em proteínas. Se os pesquisadores focarem só em substituições sem considerar as deleções, podem perder fatores-chave que contribuem pra uma condição.

Ao entender as diferenças de como substituições e deleções afetam as proteínas, os profissionais de saúde podem melhorar os testes genéticos e estratégias de tratamento. Isso pode levar a diagnósticos melhores e terapias direcionadas pra desordens genéticas.

Avançando

Tem muitas possibilidades de pesquisa futura. Os cientistas querem explorar por que algumas proteínas são mais tolerantes a mutações específicas do que outras. Além disso, eles esperam investigar mais como essa compreensão pode ser aplicada na prática clínica e no aconselhamento genético.

À medida que a pesquisa avança, há potencial pra refinar previsões sobre o comportamento das proteínas com base em mutações genéticas. Isso pode levar a novas percepções sobre doenças e, potencialmente, novos tratamentos.

Conclusão

Mutações no DNA, sejam substituições ou deleções, desempenham um papel crucial em como as proteínas funcionam. Entender seus efeitos não só ajuda no estudo da biologia básica, mas também tem implicações clínicas reais. Ao utilizar modelos avançados e combiná-los com dados experimentais, os pesquisadores podem obter uma visão mais abrangente de como diferentes mutações afetam a estabilidade e a função das proteínas. Esse conhecimento é vital para avançar na pesquisa genética e melhorar os resultados de saúde.

Fonte original

Título: Uncovering differential tolerance to deletions versus substitutions with a protein language model

Resumo: Deep mutational scanning (DMS) experiments have been successfully leveraged to understand genotype to phenotype mapping, with broad implications for protein engineering, human genetics, drug development, and beyond. To date, however, the overwhelming majority of DMS have focused on amino acid substitutions, excluding other classes of variation such as deletions or insertions. As a consequence, it remains unclear how indels differentially shape the fitness landscape relative to substitutions. In order to further our understanding of the relationship between substitutions and deletions, we leveraged a protein language model to analyze every single amino acid deletion in the human proteome. We discovered hundreds of thousands of sites that display opposing behavior for deletions versus substitutions, i.e. sites that can tolerate being substituted but not deleted, and vice versa. We identified secondary structural elements and sequence context to be important mediators of differential tolerability at these sites. Our results underscore the value of deletion-substitution comparisons at the genome-wide scale, provide novel insights into how substitutions could systematically differ from deletions, and showcase the power of protein language models to generate biological hypotheses in-silico. All deletion-substitution comparisons can be explored and downloaded at https://huggingface.co/spaces/ntranoslab/diff-tol.

Autores: Vasilis Ntranos, G. Goldman, P. Chati

Última atualização: 2024-07-02 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.27.601077

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.27.601077.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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