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Adaptações Microbianas em Bactérias Associadas às Abelhas

Estudo revela como as bactérias adaptam seus genomas em ambientes florais.

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Microrganismos, como bactérias e fungos, adaptam seus genomas com base nos ambientes onde vivem. Quando esses organismos minúsculos dependem muito de um hospedeiro pra sobreviver, como parasitas ou simbiontes, seus genomas costumam encolher. Isso significa que eles perdem muitos genes que não precisam, porque o hospedeiro fornece essas funções.

Por exemplo, os fungos Microsporidia são só parasitas que vivem dentro de seus hospedeiros. Eles têm genomas pequenos porque faltam muitos caminhos metabólicos necessários pra quebrar açúcares e proteínas. Essa compactação também aparece em algumas bactérias que desenvolveram estilos de vida simbióticos semelhantes. À medida que essas bactérias se adaptaram a viver perto de hospedeiros, perderam genes que se tornaram desnecessários, resultando em genomas menores e menos complexos.

Além de perder genes, algumas bactérias simbióticas mostram características únicas, como mudanças rápidas nas sequências de DNA ou maneiras diferentes de codificar proteínas. Essas perdas geralmente resultam de uma pressão menor pra manter certas funções, já que o hospedeiro fornece o que elas precisam. Em outros casos, pode ser por deriva genética aleatória em um habitat limitado, levando a menos oportunidades de troca genética com outros organismos.

Curiosamente, perder certos genes pode às vezes dar uma vantagem em um novo ambiente. Por exemplo, quando bactérias perdem genes que ajudam a reparar DNA ou se ligar a células do sistema imunológico humano, elas podem se tornar melhores em causar doenças ou resistir a tratamentos.

Recentemente, foi identificada um grupo especial de bactérias do ácido láctico, conhecidas por suas maneiras incomuns de quebrar açúcares como a frutose. Essas bactérias costumam ser encontradas em ambientes ricos em flores e frutas, onde as Abelhas visitam. Embora muitas dessas bactérias vivam nos intestinos das abelhas, elas também podem prosperar fora de seus hospedeiros. A habilidade delas de utilizar frutose de forma eficiente significa que se adaptaram significativamente em comparação com seus parentes que preferem glicose.

Uma mudança crucial nessas bactérias associadas às abelhas é a perda de um gene específico responsável por um tipo de fermentação. Por causa dessa perda de gene, essas bactérias não conseguem realizar fermentação alcoólica, o que é comum em muitos outros organismos. Muitas dessas bactérias lácticas frutofílicas também perderam genes essenciais para metabolizar carboidratos completamente.

A pergunta que fica é: essas perdas de genes aconteceram porque as bactérias se adaptaram para se alimentar de flores, porque se adaptaram a viver com abelhas, ou ambos? Pra descobrir, os pesquisadores buscaram padrões de evolução entre essas bactérias. Eles descobriram que uma associação com abelhas provavelmente evoluiu várias vezes em diferentes linhagens de bactérias, levando a perdas de genes recorrentes.

Esses pesquisadores usaram métodos avançados pra analisar os genomas de 369 espécies de bactérias lácticas. Focaram em identificar quais estavam ligadas a abelhas e flores e compararam seus genomas com espécies não associadas a abelhas. Descobriram que aquelas ligadas a abelhas tinham genomas menores e menos genes codificadores de proteínas, apoiando a ideia de que viver perto de hospedeiros geralmente leva a uma complexidade reduzida nos genomas microbianos.

Além disso, essas bactérias associadas a abelhas mostraram níveis mais baixos de um componente específico do DNA, o conteúdo de GC, em comparação com seus parentes não associados a abelhas. Esse componente é frequentemente reduzido em bactérias simbióticas, e sua ausência é um marco de adaptações nesses organismos.

Uma das descobertas mais significativas foi em relação ao gene associado à fermentação alcoólica. A maioria das bactérias associadas a abelhas ou não possui esse gene ou tem apenas uma parte dele, o que indica uma mudança em direção ao uso de frutose. A ausência desse gene está alinhada com a noção de que essas bactérias evoluíram pra prosperar em ambientes onde a frutose é abundante.

Pra investigar mais, os pesquisadores usaram técnicas de aprendizado de máquina pra determinar se marcadores genéticos específicos poderiam prever se uma espécie bacteriana estava associada a abelhas. Eles conseguiram um alto nível de precisão nessas previsões, destacando o papel crítico de certos genes, incluindo o gene relacionado à fermentação, nessa classificação.

A Perda de Genes essenciais não foi limitada a apenas uma linha; padrões semelhantes foram observados em várias espécies distantes. Isso indica que as adaptações resultantes da perda desses genes não foram causadas apenas por ancestrais compartilhados, mas sim por pressões ecológicas semelhantes vividas em ambientes associados a abelhas.

Os pesquisadores também abordaram a questão de se essas perdas de genes foram úteis ou apenas consequências aleatórias de viver em um novo ambiente. Algumas perdas claramente trouxeram benefícios relacionados ao metabolismo de açúcares, enquanto outras podem simplesmente ter ocorrido devido a pressões de seleção relaxadas.

Em resumo, o estudo das bactérias lácticas associadas a abelhas ilustra como microrganismos podem se adaptar em nível genômico pra prosperar em seus ambientes específicos. O processo de perda de genes parece conectar essas bactérias enquanto evoluem de forma independente em configurações ecológicas semelhantes, levando a uma notável convergência em suas estratégias metabólicas.

Mudanças Evolutivas em Microrganismos Florais

Pra entender melhor como os genomas microbianos são moldados pelos ambientes que habitam, os pesquisadores analisaram as circunstâncias específicas em torno da adaptação das bactérias lácticas a flores e abelhas. Essas bactérias foram escolhidas porque estudos anteriores sugeriram que elas costumam prosperar em ambientes onde abelhas e plantas floridas interagem.

Os pesquisadores começaram compilando dados de uma ampla gama de bactérias da família Lactobacillaceae. Criaram uma árvore da vida que mostrava as relações entre essas espécies com base em dados genômicos. Ao visualizar essas relações, eles puderam entender com que frequência as adaptações ocorreram em resposta ao ambiente floral.

Na análise, os pesquisadores focaram em como essas bactérias associadas a abelhas e flores exibiam características genômicas distintas em comparação com seus parentes não associados. Descobriram que um número significativo de bactérias foi isolado de ambientes florais, refletindo a mudança ecológica em direção a esses nichos.

Entre os grupos identificados, quatro linhagens principais de bactérias foram reveladas que mostraram uma forte conexão com habitats relacionados a abelhas. Além disso, houve várias espécies individuais que também mostraram uma conexão semelhante. Ao olhar a frequência dessas associações, os pesquisadores sugeriram que múltiplas mudanças independentes em direção a estilos de vida associados a abelhas ocorreram ao longo de sua história evolutiva.

Os pesquisadores também notaram que essas bactérias associadas a abelhas consistentemente tinham tamanhos de genoma menores em comparação com outras. Essa tendência de redução do genoma apoia a ideia de que quando microrganismos se tornam dependentes de um hospedeiro ou ambiente específico, seus genomas podem ficar mais enxutos, eliminando genes desnecessários.

Ao mesmo tempo, os pesquisadores encontraram níveis reduzidos de um componente genético chave, o conteúdo de GC, em bactérias associadas a abelhas. Essa redução é frequentemente ligada a uma complexidade metabólica menor e pode refletir a perda de funções que não são mais necessárias devido a uma dependência de recursos florais ou derivados do hospedeiro.

Uma característica proeminente dessas bactérias associadas a abelhas é a ausência do gene ligado à produção de fermentação alcoólica. Essa ausência marca uma mudança significativa nas capacidades metabólicas e sublinha a adaptação a ambientes ricos em frutose. A perda desse gene parece correlacionar-se com a preferência única que essas bactérias têm pela frutose em vez da glicose.

Os pesquisadores usaram métodos estatísticos avançados pra mostrar que havia uma relação significativa entre a presença de genes específicos relacionados a Funções Metabólicas e a associação com habitats de abelhas. Essa análise confirmou que muitos dos genes essenciais para o metabolismo de carboidratos foram perdidos em bactérias que vivem em ambientes florais.

Ao olhar a história evolutiva dessas espécies microbianas, os pesquisadores concluíram que perdas significativas de genes provavelmente ocorreram em pontos específicos de sua evolução. Isso sugeriu que à medida que essas bactérias se adaptaram a seus novos ambientes, perderam a capacidade de realizar certas funções que não eram mais necessárias para a sobrevivência.

Na avaliação final, os pesquisadores reconheceram a importância de entender os mecanismos evolutivos que impulsionam tais adaptações. Eles destacaram como espécies microbianas podem exibir padrões semelhantes de perda de genes e reconfiguração metabólica, mesmo quando não estão intimamente relacionadas, devido a pressões ambientais semelhantes.

Esse trabalho não só lança luz sobre as complexas relações entre micróbios, seus ambientes e seus hospedeiros, mas também ressalta as implicações potenciais para a saúde ecológica e o papel dos microrganismos nas interações planta-polinizador.

Conclusão: O Impacto das Associações Ecológicas na Evolução Microbiana

O estudo e a compreensão de como microrganismos se adaptam aos seus arredores ecológicos fornecem insights significativos sobre seus processos evolutivos. As descobertas relacionadas às bactérias lácticas que se associam a abelhas e ambientes florais revelam os efeitos transformadores das relações ecológicas sobre os genomas microbianos e suas funções.

Por meio da análise de várias espécies bacterianas, os pesquisadores conseguiram identificar padrões distintos de perda de genes que se alinham com adaptações a ambientes específicos. Essas mudanças destacam o intrincado equilíbrio entre microrganismos e seus habitats, que impulsiona suas trajetórias evolutivas.

A pesquisa destaca como mudanças nas associações ecológicas levam a mudanças notáveis nas funções metabólicas e características genéticas. Ao focar em bactérias lácticas frutofílicas, os pesquisadores ilustraram que certos traços, como a perda da fermentação alcoólica, emergiram como adaptações cruciais a novos nichos ecológicos ricos em frutose.

No final, esse trabalho contribui pra uma compreensão mais ampla da evolução microbiana e apoia a ideia de que pressões ecológicas podem moldar genomas e capacidades metabólicas de maneiras significativas. À medida que os ecossistemas continuam a evoluir e mudar ao longo do tempo, o papel dos microrganismos nesses processos continua essencial, impactando tudo, desde o ciclo de nutrientes até a saúde das plantas e as interações com os animais.

Reconhecendo os mecanismos por trás das adaptações microbianas, os cientistas podem apreciar melhor a importância de preservar o equilíbrio ecológico e entender como os organismos evoluem ao longo do tempo. Esse conhecimento é crucial pra enfrentar desafios como a perda de biodiversidade e os impactos das mudanças ambientais nos ecossistemas.

Fonte original

Título: Convergent reductive evolution in bee-associated lactic acid bacteria

Resumo: AbstractDistantly related organisms may evolve similar traits when exposed to similar environments or engaging in certain lifestyles. Several members of the Lactobacillaceae (LAB) family are frequently isolated from the floral niche, mostly from bees and flowers. In some floral LAB species (henceforth referred to as bee- associated), distinctive genomic (e.g., genome reduction) and phenotypic (e.g., preference for fructose over glucose or fructophily) features were recently documented. These features are found across distantly related species, raising the hypothesis that specific genomic and phenotypic traits evolved convergently during adaptation to the floral environment. To test this hypothesis, we examined representative genomes of 369 species of bee-associated and non-bee-associated LAB. Phylogenomic analysis unveiled seven independent ecological shifts towards the floral niche in LAB. In these bee-associated LAB, we observed pervasive, significant reductions of genome size, gene repertoire, and GC content. Using machine leaning, we could distinguish bee-associated from non-bee-associated species with 94% accuracy, based on the absence of genes involved in metabolism, osmotic stress, or DNA repair. Moreover, we found that the most important genes for the machine learning classifier were seemingly lost, independently, in multiple bee-associated lineages. One of these genes, adhE, encodes a bifunctional aldehyde-alcohol dehydrogenase associated with the evolution of fructophily, a rare phenotypic trait that was recently identified in many floral LAB species. These results suggest that the independent evolution of distinctive phenotypes in bee- associated LAB has been largely driven by independent loss of the same set of genes. ImportanceSeveral lactic acid bacteria (LAB) species are intimately associated with bees and exhibit unique biochemical properties with potential for food applications and honeybee health. Using a machine-learning based approach, our study shows that adaptation of LAB to the bee environment was accompanied by a distinctive genomic trajectory deeply shaped by gene loss. Several of these gene losses occurred independently in distantly related species and are linked to some of their unique biotechnologically relevant traits, such as the preference of fructose over glucose (fructophily). This study underscores the potential of machine learning in identifying fingerprints of adaptation and detecting instances of convergent evolution. Furthermore, it sheds light onto the genomic and phenotypic particularities of bee-associated bacteria, thereby deepening the understanding of their positive impact on honeybee health.

Autores: Carla Gonçalves, A. Pontes, M.-C. Harrison, A. Rokas, C. Goncalves

Última atualização: 2024-07-03 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.28.601270

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.28.601270.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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