Variantes Genéticas e Adaptação do Ambrosia
Estudo revela como mudanças genéticas ajudam a erva daninha comum a se adaptar a novos ambientes.
― 8 min ler
Índice
As populações de plantas e animais estão sempre se ajustando aos ambientes que mudam. Esse ajuste, conhecido como Adaptação, é crucial para a sobrevivência, especialmente quando as mudanças no ambiente acontecem rápido. Os cientistas estão super curiosos para entender como essas adaptações rolam em nível genético. Embora já tenham sido feitas várias pesquisas nessa área, muitas perguntas ainda precisam de respostas. Por exemplo, as populações dependem de novas mudanças genéticas ou trabalham com as variações já existentes? Essas mudanças geram mais variação ou menos nos traços Genéticos que afetam a sobrevivência? Há mudanças grandes em genes que têm um papel significativo na adaptação, ou são as pequenas mudanças que dominam? E será que ambientes semelhantes levam às mesmas mudanças genéticas em diferentes populações?
Antigamente, acreditava-se que a evolução dos traços nas populações dependia principalmente de várias pequenas mudanças genéticas. No entanto, estudos recentes mostraram que mudanças genéticas grandes também podem ser importantes quando as populações enfrentam mudanças ambientais súbitas. Essas mudanças maiores ajudam uma população a se adaptar e sobreviver, mesmo quando estão conectadas a outras populações por meio do fluxo gênico.
O Papel das Variações Genéticas
As variações genéticas, como mudanças estruturais no DNA, incluindo duplicações, deleções e rearranjos, têm um impacto grande em como as populações se adaptam. Inversões, um tipo de mudança genética onde um segmento de DNA é invertido, já foram estudadas por um bom tempo. Recentes avanços tecnológicos mostraram que essas inversões muitas vezes desempenham um papel crucial em ajudar as populações a se ajustarem a novos ambientes.
Espécies invasoras oferecem oportunidades únicas para estudar como as populações se adaptam e a base genética dessas adaptações. Quando espécies são introduzidas em novas áreas, muitas vezes se encontram em ambientes bem diferentes dos que eram habituadas. Elas podem evoluir e se adaptar rapidamente a essas novas condições. Algumas plantas invasoras têm histórias bem documentadas, permitindo que pesquisadores acompanhem como as adaptações ocorrem ao longo do tempo. Além disso, essas espécies muitas vezes se espalham por vários climas, proporcionando um cenário perfeito para observar como as variações genéticas ajudam na adaptação a diferentes condições.
Um exemplo é a erva daninha comum, uma planta que se espalhou pelo mundo e é conhecida por causar alergias. Essa planta tem casos documentados de adaptação rápida a vários climas após ser introduzida em novas regiões. Estudos anteriores indicaram que certas mudanças genéticas nessa planta ajudaram na sua capacidade de se adaptar a diferentes climas.
O Estudo
Este estudo foca na erva daninha comum e analisa o papel das variações genéticas, especialmente as variações no número de cópias (CNVs), na adaptação local. Os pesquisadores juntaram um grande conjunto de dados de sequências de genomas inteiros de plantas coletadas tanto em suas regiões nativas na América do Norte quanto em regiões introduzidas, como a Europa. Ao analisar essas sequências, os pesquisadores queriam identificar mudanças genéticas ligadas à adaptação Ambiental.
O estudo começou investigando se as CNVs mostravam sinais de seleção tanto na América do Norte quanto na Europa. Comparando os padrões de CNVs nessas duas regiões, os pesquisadores esperavam determinar quão semelhantes ou diferentes eram as adaptações em resposta às mudanças ambientais. Eles também procuraram ligações entre CNVs e traços importantes, como o tempo de floração e o tamanho da planta.
Identificando Variações no Número de Cópias
Para identificar as CNVs, os pesquisadores analisaram a profundidade da cobertura de DNA nos genomas das plantas modernas. Eles usaram critérios específicos para classificar certos segmentos de DNA como CNVs com base no número de amostras mostrando diferenças genéticas. No total, milhares de CNVs candidatas foram identificadas para análise posterior.
Em seguida, os pesquisadores testaram quantas dessas CNVs mostraram sinais de serem moldadas pela seleção. Eles esperavam que as mudanças genéticas ligadas à adaptação local mostrassem uma diferenciação significativa entre diferentes populações. Usando testes estatísticos para comparar CNVs de plantas modernas na América do Norte e na Europa, eles puderam dizer se certas CNVs eram consistentemente selecionadas nas duas áreas.
Os pesquisadores descobriram que muitas CNVs exibiam sinais de seleção, com um número notável apresentando padrões semelhantes nas duas regiões. Isso sugeriu que algumas mudanças genéticas eram cruciais para a adaptação em ambientes semelhantes.
Examinando Relações com o Clima
Como parte da análise, os pesquisadores examinaram se certas CNVs estavam associadas a fatores ambientais como temperatura e precipitação. Eles estavam particularmente interessados em saber se o clima era uma força motriz por trás das mudanças genéticas observadas. Eles descobriram que muitas CNVs na América do Norte estavam ligadas a respostas ao estresse abiótico, que incluem reações a condições ambientais. No entanto, na Europa, menos CNVs estavam associadas ao clima, sugerindo que outros fatores poderiam estar influenciando a adaptação naquela região.
Associações CNV e Traços
Os pesquisadores também investigaram relações entre CNVs e vários traços importantes para a sobrevivência e reprodução da planta. Eles descobriram muitas associações significativas entre CNVs e traços como tempo de floração, altura da planta e traços reprodutivos. Algumas CNVs estavam até ligadas ao início da floração e às proporções de sexo, destacando o potencial de mudanças genéticas específicas para influenciar traços importantes na história de vida.
Um foco particular foi colocado em duas CNVs próximas no cromossomo 14, que estavam associadas ao início da floração e à alocação de gênero na planta. Essa descoberta é significativa porque sugere que essas mudanças genéticas podem desempenhar um papel em quão rápido e efetivamente a planta pode se reproduzir em resposta a pressões ambientais.
Identificação de Regiões de CNV Grandes
O estudo também tinha como objetivo identificar regiões maiores de CNVs, conhecidas como CNVRs, que poderiam impactar a adaptação. Ao combinar janelas menores de CNVs que mostraram correlações fortes, os pesquisadores identificaram regiões genômicas maiores. Eles procuraram variações estruturais que poderiam indicar mudanças genéticas mais amplas que afetam a adaptação.
Através da análise, eles identificaram vários CNVRs grandes, que foram caracterizados para entender seu papel no processo de adaptação. Essa abordagem permitiu que os pesquisadores acompanhassem como essas regiões genéticas mudaram ao longo do tempo, especialmente em diferentes condições ambientais.
Mudanças Temporais nas CNVs
Usando amostras históricas datadas desde os anos 1800, os pesquisadores conseguiram observar como as frequências das CNVs mudaram ao longo do tempo e espaço. Eles usaram modelos estatísticos para analisar padrões e determinar como as invasões ambientais impactaram a variação genética. Eles descobriram que muitas CNVRs exibiam mudanças significativas de frequência ao longo dos anos, o que sugeriu adaptação rápida no curto período desde a introdução da erva daninha comum na Europa.
Por exemplo, certas CNVRs exibiram padrões que se alinharam com a latitude, mostrando frequências mais altas em regiões específicas. Isso indicou que mudanças ambientais tiveram um impacto direto na diversidade genética das populações.
Importância das Variações no Número de Cópias
De forma geral, os pesquisadores encontraram evidências fortes de que as CNVs desempenham um papel crucial na adaptação local. Os dados mostraram que essas variações genéticas não são apenas mudanças aleatórias, mas estão significativamente envolvidas em como a erva daninha comum se adaptou aos seus novos ambientes. O estudo ilustrou que as CNVs podem explicar porções notáveis dos traços adaptativos observados nas populações.
As descobertas enfatizaram que essas variações são um componente vital para entender o processo de adaptação. Elas oferecem insights sobre como as mudanças genéticas podem permitir que espécies sobrevivam e prosperem em novos ambientes, especialmente diante de mudanças rápidas.
Conclusão
O estudo destaca a importância da genética na adaptação da erva daninha comum a novos ambientes. Ele revela uma complexa interação de variações genéticas que desempenham papéis significativos em permitir que populações lidem com pressões ambientais. À medida que as espécies invasoras continuam a desafiar os ecossistemas, entender suas adaptações pode ajudar em estratégias de manejo e auxiliar na preservação da biodiversidade. A pesquisa também ressalta a necessidade de mais exploração sobre as bases genéticas da adaptação, especialmente as contribuições das CNVs e como elas interagem com fatores ambientais.
Título: Copy number variation contributes to parallel local adaptation in an invasive plant
Resumo: Adaptation is a critical determinant of the diversification, persistence, and geographic range limits of species. Yet the genetic basis of adaptation is often unclear and potentially underpinned by a wide range of mutational types - from single nucleotide changes to large-scale alterations of chromosome structure. Copy number variation (CNV) is thought to be an important source of adaptive genetic variation, as indicated by decades of candidate gene studies that point to CNVs underlying rapid adaptation to strong selective pressures. Nevertheless, population genomic studies of CNVs face unique logistical challenges not encountered by other forms of genetic variation. Consequently, few studies have systematically investigated the contributions of CNVs to adaptation at a genome-wide scale. We present a genome-wide analysis of CNV contributions to the adaptation of an invasive weed, Ambrosia artemisiifolia, across its native and invasive ranges in North America and Europe, respectively. CNVs show clear signatures of parallel local adaptation between native and invasive ranges, implying widespread reuse of CNVs during adaptation to shared geographic patterns of selection. Using a local principal component analysis to genotype CNV regions in historic samples that span the last two centuries, we identified 16 large CNV regions of up to 11.85 megabases in length, six of which show signals of rapid evolutionary change, with pronounced frequency shifts between historic and modern populations. Our results provide compelling genome-wide evidence that copy number variation underlies rapid adaptation over contemporary timescales of natural populations. Significance StatementUsing a population genomic approach, we identified copy number variation (CNVs) displaying parallel signatures of local adaptation across the native and introduced ranges of the invasive weed Ambrosia artemisiifolia. We further identified 16 large CNVs associated with ecologically important traits, including sex allocation and height, that show strong signatures of selection over space and time, along with dramatic temporal changes over the past several decades. These results highlight the importance of copy number variation in both local adaptation and rapid adaptation of invasive species.
Autores: Jonathan Robert Wilson, P. Battlay, V. C. Bieker, L. van Boheemen, T. Connallon, M. D. Martin, K. A. Hodgins
Última atualização: 2024-07-06 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.03.601998
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.03.601998.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.
Obrigado ao biorxiv pela utilização da sua interoperabilidade de acesso aberto.