Simple Science

Ciência de ponta explicada de forma simples

# Biologia# Genómica

Insights Genéticos sobre Doença Arterial Coronariana

Pesquisas revelam fatores genéticos que afetam a doença arterial coronariana e a expressão gênica.

― 9 min ler


Genética por trás da DACGenética por trás da DACReveladacoronariana.ligadas ao risco de doença arterialEstudo revela variantes genéticas
Índice

A Doença Arterial Coronariana (DAC) é um grande problema de saúde, sendo a principal causa de morte nos Estados Unidos. Um fator significativo no desenvolvimento da DAC é a genética, que contribui para o aumento do risco. Pesquisas estimam que entre 40% e 70% do risco de DAC pode ser ligado a fatores genéticos. Embora saibamos que a genética desempenha um papel crucial na DAC, as maneiras específicas como as diferenças genéticas aumentam o risco ainda não são totalmente compreendidas. Uma área chave que precisa de mais investigação é como certas mudanças de um único nucleotídeo no DNA estão ligadas a alterações na atividade gênica, especialmente em tecidos afetados pela doença.

Estudos recentes encontraram mais de 300 locais específicos no genoma associados à DAC. No entanto, descobrir quais Variantes Genéticas exatas são responsáveis pela DAC a partir desses locais tem se mostrado difícil. Esse desafio surge porque as variantes ligadas à DAC geralmente são encontradas perto de muitas outras variantes. Assim, é complicado identificar qual realmente causa o risco. Além disso, descobertas anteriores sugerem que uma grande maioria (cerca de 94%) das variantes genéticas relacionadas à DAC ocorrem em regiões não codificantes do DNA. Isso significa que elas não codificam diretamente proteínas, mas ainda podem influenciar a atividade gênica, destacando a importância de entender como essas variantes mudam a Expressão Gênica.

Muitas das variantes genéticas ligadas à DAC são acreditadas como afetando os vasos sanguíneos. Elas fazem isso alterando a atividade gênica nas células musculares lisas vasculares (CMLV). Alguns estudos identificaram como as diferenças genéticas contribuem para a suscetibilidade à aterosclerose - uma condição que estreita os vasos sanguíneos e pode levar a ataques cardíacos. Houve algum sucesso em identificar locais genéticos específicos que influenciam as características dessas células. No entanto, apesar desse progresso, encontrar as variantes genéticas exatas que influenciam a expressão gênica das CMLV continua sendo um desafio.

Diante desses desafios, pesquisadores usaram uma abordagem multi-ômica abrangente para investigar variantes genéticas associadas à DAC. Isso envolveu o uso de vários métodos experimentais para dar uma olhada detalhada nos fatores genéticos que influenciam a DAC. Eles utilizaram técnicas avançadas, como ensaios de repórter baseados em lentivírus, para estudar como variantes genéticas afetam a expressão gênica em células musculares lisas vasculares primárias. Também usaram outras técnicas para analisar a acessibilidade do DNA, o que ajuda a esclarecer como os genes são regulados nessas células. Esse trabalho teve como objetivo identificar variantes genéticas específicas ligadas à DAC e entender seu impacto na expressão gênica.

Visão Geral da Abordagem de Pesquisa

Os pesquisadores começaram com a ideia de que algumas variantes nos locais genéticos ligados à DAC poderiam influenciar diretamente como as CMLVs funcionam. Eles desenvolveram um plano cuidadoso para identificar essas potenciais variantes genéticas responsáveis por regular a expressão gênica nas CMLVs. A pesquisa envolveu o estudo de células musculares lisas derivadas de doadores saudáveis de transplante de coração. Eles examinaram essas células sob duas condições diferentes para simular os estados quiescente (de repouso) e proliferativo (de crescimento) observados na aterosclerose.

Enquanto cultivavam as células, eles notaram mudanças na expressão de marcadores específicos de células musculares lisas, confirmando as diferenças entre os dois estados. Os pesquisadores então priorizaram as variantes genéticas usando várias técnicas experimentais. Eles procuraram variantes candidatas que mostraram uma forte atividade na regulação gênica, focando principalmente nas diferenças entre os dois estados e entre células masculinas e femininas. Isso envolveu experimentos paralelos que mediram quão ativas cada uma das variantes genéticas eram na regulação da expressão gênica.

Identificando Variantes Genéticas Ligadas à DAC

Os pesquisadores estudaram um conjunto de 24.982 variantes genéticas que foram previamente identificadas em estudos de DAC. Eles focaram nas ligações fortes entre certas variantes e sua tendência de estarem conectadas através de ligação genética. Isso permitiu que eles entendessem melhor o contexto genético mais amplo em torno dessas variantes e se concentrassem naquelas que poderiam estar influenciando o risco de DAC.

No total, eles descobriram que apenas uma pequena porcentagem dessas variantes genéticas estava regulando ativamente os intensificadores - regiões do DNA que ajudam a ativar ou desativar genes - quando testadas nas células musculares lisas sob diferentes condições. Eles identificaram uma gama de candidatos sérios para investigação adicional. O processo permitiu que eles destacassem um conjunto específico de variantes que mostraram efeitos significativos na regulação gênica sob as condições estudadas.

Efeitos dos Fenótipos e do Gênero na Atividade Genética

A pesquisa também examinou como as características das células musculares lisas afetaram a atividade das variantes genéticas. Isso incluiu observar como as células musculares lisas responderam de forma diferente em condições de repouso versus crescimento. O estudo enfatizou a influência tanto do estado celular quanto do gênero dos doadores sobre como essas variantes genéticas operam.

Um achado interessante foi que algumas variantes genéticas mostraram atividade apenas em uma das condições, o que sugeriu que a influência genética pode variar dependendo do ambiente celular. Da mesma forma, diferenças relacionadas ao gênero dos doadores ajudaram a revelar efeitos específicos de sexo na regulação gênica, sugerindo que os fatores de risco associados à DAC podem diferir entre homens e mulheres devido a essas interações genéticas.

Fatores Epigenéticos e Regulação Gênica

Além de estudar as variantes genéticas, os pesquisadores também analisaram a paisagem epigenética das células musculares lisas vasculares. Isso envolveu observar mudanças químicas específicas no DNA que afetam a atividade gênica sem alterar o código genético subjacente. Eles se concentraram em modificações de histonas específicas que marcam regiões ativas do DNA, fornecendo insights sobre como os genes são regulados na DAC.

Usando outra técnica avançada, eles identificaram inúmeras variantes genéticas localizadas nessas importantes regiões de intensificadores e promotores. Isso ajudou a estabelecer uma imagem mais clara de onde as variantes genéticas poderiam ter um impacto funcional na expressão gênica. Eles descobriram que muitas das variantes genéticas associadas à DAC estavam localizadas em áreas identificadas como ativamente envolvidas na regulação gênica.

Integração de Dados para Melhor Priorização de Variantes

Ao combinar todas as descobertas de suas diferentes análises, os pesquisadores buscaram desenvolver listas robustas de candidatos a variantes genéticas que poderiam estar ligadas ao risco de DAC. Eles tomaram cuidado para integrar as evidências derivadas de múltiplos métodos para fortalecer suas conclusões sobre quais variantes são prováveis motores da doença.

No geral, essa abordagem destacou a complexidade dos fatores genéticos por trás da DAC e reforçou a importância de considerar várias linhas de evidência ao caracterizar essas variantes. Eles priorizaram um conjunto de 27 variantes genéticas com base em suas descobertas, identificando ligações aos genes que acreditavam ser influenciados pelas mudanças genéticas.

Validando a Funcionalidade Genética

Para confirmar se as variantes genéticas identificadas influenciavam a expressão gênica, os pesquisadores empregaram a tecnologia de interferência CRISPR. Esse método inovador permitiu que eles direcionassem e interrompessem regiões genéticas específicas associadas às suas variantes candidatas. Ao observar mudanças nos níveis de expressão gênica em resposta a essa intervenção, eles puderam validar o papel funcional de variantes genéticas específicas.

Os resultados confirmaram que vários pares de SNP-gene candidatos realmente regulavam a expressão gênica, reforçando suas descobertas anteriores e oferecendo fortes evidências para a importância desses fatores genéticos na DAC. O estudo enfatizou o papel de genes específicos no processo da doença, aumentando a compreensão de como as variações genéticas podem afetar a saúde cardiovascular.

Implicações para Pesquisas Futuras

A complexidade da doença arterial coronariana enfatiza a necessidade de continuar investigando os fatores genéticos que contribuem para seu desenvolvimento. Este estudo fornece insights valiosos sobre a importância de integrar múltiplos métodos de análise para identificar as causas da DAC de forma mais precisa. Destaca não apenas o papel das variantes genéticas, mas também a importância das mudanças Epigenéticas e a influência do estado celular e gênero.

À medida que a pesquisa continua a evoluir, entender essas influências genéticas pode levar a uma melhor avaliação de risco e intervenções direcionadas para indivíduos em risco de DAC. Especificamente, abre a porta para abordagens de medicina personalizada onde tratamentos poderiam ser adaptados com base em perfis genéticos. A integração de dados genéticos e epigenéticos pode fornecer uma visão abrangente dos mecanismos em jogo na DAC, que pode, em última análise, levar a melhores estratégias de prevenção e terapias.

Conclusão

A doença arterial coronariana continua sendo uma preocupação de saúde importante, com contribuições genéticas significativas para seu risco. Ao aplicar uma abordagem abrangente que combina vários métodos experimentais, esta pesquisa avançou nossa compreensão de como variantes genéticas influenciam a expressão gênica nas células musculares lisas vasculares. As descobertas contribuem para uma imagem mais clara da interação entre genética e DAC, abrindo caminho para futuros estudos que podem ajudar a mitigar o impacto dessa doença na saúde pública. À medida que a pesquisa continua a descobrir as conexões entre genética e doença, pode oferecer oportunidades para intervenções precoces e opções de tratamento melhoradas para indivíduos em risco de desenvolver doença arterial coronariana.

Fonte original

Título: Comprehensive identification of coronary artery disease-associated variants regulating vascular smooth muscle cell gene expression

Resumo: Coronary artery disease (CAD) is a complex disorder with genetic and environmental influences. Genome-wide association studies (GWAS) have identified over 300 genomic loci associated with disease risk. However, identifying the functional variants within these loci has been limited in large part due to linkage disequilibrium. This represents a critical step in understanding the molecular mechanisms underlying disease risk. To identify and prioritize candidate causal CAD-associated variants, we performed lentivirus-based massively parallel reporter assays (lentiMPRAs) in primary vascular smooth muscle cells (SMCs), which play significant roles in atherosclerosis, the underlying cause of CAD. We tested 25892 CAD-associated variants for their allele-specific enhancer activity in quiescent and proliferative SMCs, modeling healthy and disease conditions. We identified 122 candidate variants showing significant enhancer activity and differences in reporter gene expression between risk and non-risk alleles. We also identified 23 variants showing condition-biased allelic imbalance and 41 variants showing sex-biased allelic imbalance. We further functionally characterized 25892 variants by performing CUT&RUN assays to identify variants in enhancer and promoter regions of SMCs. By integrating the results of these experiments, we identified a credible set of 49 CAD-associated variants in functionally relevant regions. Furthermore, by comparing these identified variants with our previously obtained expression quantitative trait loci (eQTL) data, 27 of these 49 variants were associated with SMC gene expression levels. Finally, we performed CRISPRi experiments on 8 variants comprising 9 variant-gene pairs, rs35976034 (MAP1S), rs4888409 (CFDP1), rs73193808 (MAP3K7CL), rs67631072 (INPP5B/FHL3), rs1651285 (SNHG18), rs17293632 (SMAD3), rs2238792 (ARVCF), rs4627080 (NRIP3), to confirm their regulatory potential of nearby gene expression. Taken together, our results comprehensively fine-map the causal variants that confer increased risk of CAD through their effects on vascular smooth muscle cells.

Autores: Mete Civelek, N. Barbera, A. Wallace, R. N. Perry, L. Lei, H. H. den Ruijter

Última atualização: 2024-10-09 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.07.617126

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.07.617126.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

Obrigado ao biorxiv pela utilização da sua interoperabilidade de acesso aberto.

Artigos semelhantes