Avanços na Genética da Aveia: Um Olhar Mais de Perto
Pesquisas mostram informações sobre a genética da aveia e o potencial de criação.
Martin Mascher, R. Avni, N. Kamal, L. Bitz, E. Jellen, W. Bekele, T. Angessa, P. Auvinen, O. Bitz, B. Boyle, F. Canales, C. H. Carlson, B. Chapman, H. S. Chawla, Y. Chen, D. Copetti, V. Dang, S. Eichten, K. Esvelt Klos, A. Fenn, A. Fiebig, Y.-B. Fu, H. Gundlach, R. Gupta, G. Haberer, T. He, M. H. Herrmann, A. Himmelbach, C. Howarth, H. Hu, J. Isidro y Sanchez, A. Itaya, J.-L. Jannink, Y. JIA, R. Kaur, M. Knauft, T. Langdon, T. Lux, S. Marmon, V. Marosi, K. F. X. Mayer, S. Michel, R. S. Nandety, K. Nilsen, E. Paczos-Grzeda, A. Pasha, E. Prats, N. J. Provart, Ravag
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Índice
- O Potencial de Variedades de Aveia Melhoradas
- Entendendo a Genética da Aveia
- Uma Nova Estrutura do Genoma da Aveia
- Examinando o Pangenoma da Aveia
- Variabilidade na Expressão Gênica da Aveia
- Investigando os Genes da Celulose da Aveia
- Variantes Estruturais nos Cromossomos de Aveia
- O Impacto Inesperado da Reprodução por Mutação
- Direções Futuras na Pesquisa de Aveia
- Fonte original
- Ligações de referência
Aveia é um cereal bem popular, sendo a sétima cultura mais cultivada no mundo. É valorizada pelo alto teor de fibra, que faz bem pra saúde. A aveia também é usada pra fazer várias coisas, incluindo leites vegetais. No ano agrícola de 2022/23, a produção global de aveia ultrapassou 25 milhões de toneladas métricas.
O Potencial de Variedades de Aveia Melhoradas
Avanços genéticos podem melhorar o cultivo de aveia, tornando-o mais produtivo e amigo do meio ambiente. Mas, muito desse potencial ainda não foi explorado. Em comparação com o trigo e a cevada, cujos Genomas estão disponíveis há cerca de dez anos, a aveia ficou pra trás na pesquisa. As primeiras sequências de genoma de referência da aveia foram publicadas só recentemente. Esse atraso é, em parte, devido à complexidade do genoma da aveia, que tem três subgenomas diferentes.
Entendendo a Genética da Aveia
A aveia tem uma composição genética complicada, classificada como allohexaploide, o que significa que tem seis conjuntos de Cromossomos de três fontes diferentes. Essa complexidade afeta como as características são transmitidas entre gerações. Embora a aveia exista na forma atual há muito tempo, a evolução mais recente do trigo facilitou o estudo pelos pesquisadores.
Estudos começaram a analisar o genoma da aveia em detalhes, tentando mapear sua ancestralidade e organizar seus cromossomos com base em suas origens. Esse trabalho mostrou que alguns Genes não estão onde poderiam ser esperados com base em sua ancestralidade, levando a uma melhor compreensão da estrutura do genoma da aveia.
Uma Nova Estrutura do Genoma da Aveia
Pesquisadores montaram e estudaram os genomas de 33 variedades diferentes de aveia, agora chamadas de painel PanOat. Esse grupo inclui variedades comerciais de aveia de sucesso, recursos genéticos importantes e parentes selvagens e cultivados da aveia. Comparando essas linhas diversas, os pesquisadores podem representar a diversidade genética total da cultura.
Pra entender esses genomas, os genes foram anotados usando amostras de diferentes tecidos e estágios de desenvolvimento da aveia. Isso envolveu sequenciar RNA de várias partes da planta pra identificar os genes ativos. Esse processo levou à identificação de um número significativo de genes, muitos dos quais se expressam de maneiras diferentes nas linhas de aveia.
Examinando o Pangenoma da Aveia
A equipe de pesquisa também analisou a composição do pangenoma da aveia, que inclui todos os genes diversos encontrados nas linhas de aveia. Eles categorizaram esses genes em três grupos: genes centrais presentes em todas as linhas, genes de casca encontrados em muitas linhas e genes de nuvem que são específicos de apenas algumas linhas.
Os genes centrais estão envolvidos em funções essenciais como desenvolvimento de flores e absorção de nutrientes, enquanto os genes de casca geralmente estão relacionados à defesa da planta e funções de armazenamento. Já os genes de nuvem podem ter papéis específicos, como sinalização durante estresse ou ajudar no transporte de nutrientes.
Padrões de Expressão gênica também foram analisados, mostrando que alguns genes eram mais estáveis em sua expressão entre diferentes linhas, especialmente os que estão envolvidos nas funções celulares básicas. No entanto, a expressão variou significativamente em outros genes, dependendo do tipo de tecido e das linhas específicas de aveia.
Variabilidade na Expressão Gênica da Aveia
A pesquisa sobre a expressão gênica da aveia destacou as dinâmicas complexas em jogo. Cópias diferentes de genes podem estar presentes em quantidades variáveis entre os subgenomas de aveia. Essa variabilidade pode mudar dependendo do tecido examinado e da linha genética específica estudada.
Alguns genes se expressaram consistentemente entre diferentes linhas, enquanto outros mostraram uma ampla gama de níveis de expressão. Certos fatores de transcrição chave, responsáveis por regular a expressão gênica, foram encontrados em maior quantidade em tecidos específicos, indicando sua importância no crescimento e desenvolvimento da planta.
Ao examinar casos em que cópias de genes estavam faltando, os pesquisadores descobriram que outras cópias frequentemente compensavam aumentando sua expressão. No entanto, essa compensação foi mais eficaz entre genes intimamente relacionados, sugerindo que quanto mais próxima a relação, maior a chance de compensação.
Investigando os Genes da Celulose da Aveia
A aveia é conhecida por conter beta-glucanas, que podem ajudar a baixar os níveis de colesterol e reduzir o risco de doenças cardíacas. Uma classe crítica de genes envolvidos na criação desses compostos são as celulose sintases. Os pesquisadores estudaram a expressão e cópias desses genes entre diferentes linhas de aveia.
Em média, a aveia tem um número considerável desses genes relacionados à celulose, e sua expressão variou entre as diferentes linhas. Eles descobriram que alguns genes principais desempenharam um papel significativo nos níveis gerais de expressão, ou seja, alguns poucos genes chave podem impactar quão ativos esses genes são.
Curiosamente, as Cultivares tendem a mostrar níveis de expressão mais altos desses genes do que as não-cultivares, sugerindo que a seleção feita na reprodução teve um efeito positivo em seu desempenho.
Variantes Estruturais nos Cromossomos de Aveia
A pesquisa também explorou grandes mudanças estruturais nos cromossomos da aveia. Essas mudanças, que podem ocorrer naturalmente ao longo do tempo, podem ser significativas para reprodução e desenvolvimento da cultura. Por exemplo, algumas alterações cromossômicas conhecidas foram encontradas, junto com novas que não tinham sido documentadas antes.
Entre essas mudanças, translocações específicas foram ligadas a características importantes, como o tempo de floração. Uma translocação notável foi descoberta, ligando mudanças cromossômicas ao florescimento precoce da aveia, o que pode influenciar o desempenho da cultura em diversos ambientes.
O Impacto Inesperado da Reprodução por Mutação
Algumas descobertas apontaram para os efeitos duradouros da reprodução por mutação, que ocorreu no século 20. Os pesquisadores descobriram mudanças cromossômicas que vieram de programas de criação voltados pra melhorar rendimento e características de crescimento. Curiosamente, essas variantes estruturais ainda afetam as variedades modernas de aveia, mesmo que involuntariamente.
Através de testes genéticos de várias acessões de aveia ao redor do mundo, identificaram certas linhas que carregam essas mudanças estruturais, especialmente em variedades australianas lançadas nas últimas décadas. Isso sugere que, embora a reprodução por mutação possa levar a características desejáveis, também pode introduzir mudanças genéticas ocultas que podem influenciar esforços de reprodução futuros.
Direções Futuras na Pesquisa de Aveia
As descobertas desta pesquisa fornecem uma base forte pra avançar na reprodução de aveia. Os estudos em larga escala geraram recursos valiosos, incluindo sequências de genoma e dados abrangentes de expressão gênica.
Usando essas informações, os pesquisadores podem aprimorar os programas de reprodução, tornando-os mais eficientes e efetivos na seleção de características desejáveis. Os esforços futuros também devem olhar pra uma gama mais ampla de espécies de aveia pra descobrir toda a diversidade genética dentro do gênero Avena.
Por fim, ainda existem muitas perguntas sobre como a aveia foi domesticada e como várias características foram selecionadas ao longo do tempo. Os esforços de pesquisa em andamento vão continuar a iluminar esses tópicos, contribuindo pra uma melhor compreensão da aveia e seus potenciais benefícios na agricultura e na saúde.
Título: A pangenome and pantranscriptome of hexaploid oat
Resumo: Oat grain is a traditional human food rich in dietary fiber that contributes to improved human health. Interest in the crop has surged in recent years owing to its use as the basis for plant-based milk analogs. Oat is an allohexaploid with a large, repeat-rich genome that was shaped by subgenome exchanges over evolutionary timescales. In contrast to many other cereal species, genomic research in oat is still at an early stage, and surveys of structural genome diversity and gene expression variability are scarce. Here, we present annotated chromosome-scale sequence assemblies of 33 wild and domesticated oats along with an atlas of gene expression across six tissues of different developmental stages in 23 accessions. We describe the interplay of gene expression diversity across subgenomes, accessions and tissues. Gene loss in the hexaploid is accompanied by compensatory up-regulation of the remaining homeologs, but this process is constrained by subgenome divergence. Chromosomal rearrangements have significantly impacted recent oat breeding. A large pericentric inversion associated with early flowering explains distorted segregation on chromosome 7D and a homeologous sequence exchange between chromosomes 2A and 2C in a semidwarf mutant has risen to prominence in Australian elite varieties. The oat pangeome will promote the adoption of genomic approaches to understanding the evolution and adaptation of domesticated oats and will accelerate their improvement.
Autores: Martin Mascher, R. Avni, N. Kamal, L. Bitz, E. Jellen, W. Bekele, T. Angessa, P. Auvinen, O. Bitz, B. Boyle, F. Canales, C. H. Carlson, B. Chapman, H. S. Chawla, Y. Chen, D. Copetti, V. Dang, S. Eichten, K. Esvelt Klos, A. Fenn, A. Fiebig, Y.-B. Fu, H. Gundlach, R. Gupta, G. Haberer, T. He, M. H. Herrmann, A. Himmelbach, C. Howarth, H. Hu, J. Isidro y Sanchez, A. Itaya, J.-L. Jannink, Y. JIA, R. Kaur, M. Knauft, T. Langdon, T. Lux, S. Marmon, V. Marosi, K. F. X. Mayer, S. Michel, R. S. Nandety, K. Nilsen, E. Paczos-Grzeda, A. Pasha, E. Prats, N. J. Provart, Ravag
Última atualização: 2024-10-27 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.23.619697
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.23.619697.full.pdf
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