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# Biologia# Bioinformática

Entendendo o Papel do Genoma Humano no Autismo

Analisando como a estrutura do genoma afeta o transtorno do espectro autista.

Ketrin Gjoni, Xingjie Ren, Amanda Everitt, Yin Shen, Katherine S. Pollard

― 6 min ler


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O genoma humano é tipo um manual gigante de instruções pra construir e fazer nosso corpo funcionar. Esse manual não é plano; ele tá dobrado de um jeito super intrincado, meio que um origami bem complexo. Essas dobras criam estruturas que ajudam a controlar como nossos genes trabalham. Algumas partes dessa estrutura ajudam a juntar diferentes pedaços de DNA, enquanto outras agem como paredes, mantendo certas seções de DNA isoladas umas das outras. Essas dobras 3D fancy têm um papel importante em ligar e desligar os genes, que é como nossos corpos sabem quando crescer cabelo ou fazer mais células, por exemplo.

A Importância da Estrutura do Genoma

Quando a estrutura do genoma tá toda bagunçada, isso pode causar um monte de problemas de saúde. Por exemplo, se duas partes do DNA que não deviam estar juntas acabam se conectando, isso pode fazer um gene ser ligado ou desligado nos momentos errados. Pesquisadores descobriram que em condições como o transtorno do espectro autista (TEA), a forma como o genoma tá estruturado pode ser uma parte importante do que dá errado.

As Variantes Estruturais (SVs) são um tipo de mutação que pode causar esses problemas. Elas são como soluços nesse manual, onde seções do genoma são inseridas, deletadas ou invertidas. Pesquisadores descobriram que as SVs podem atrapalhar o quanto os genes são expressos, que é crucial para o desenvolvimento e funcionamento correto.

Transtorno do Espectro Autista (TEA)

O TEA é um grupo de condições que afetam como as pessoas se desenvolvem socialmente e se comunicam. As causas exatas do TEA geralmente são uma mistura de fatores genéticos e ambientais. Cerca de 80% dos casos não têm uma causa genética clara, deixando um monte de mistério. A maioria dos estudos tentou encontrar pequenas mudanças em letras individuais de DNA (chamadas SNPs), que costumam ser raras demais pra descobrir em grupos pequenos de pessoas. Isso quer dizer que tem muito que a gente não sabe sobre mutações maiores que poderiam estar causando problemas.

O Papel das Mutacões De Novo

Uma área interessante são as mutações de novo. Essas são mutações que acontecem pela primeira vez em uma pessoa e não são herdadas dos pais. Descobriram que essas mutações parecem ser especialmente importantes pra entender o autismo, particularmente em famílias onde só uma criança é diagnosticada com TEA. Alguns pesquisadores usaram modelos de aprendizado de máquina pra prever como essas mutações podem afetar a expressão gênica, mas ainda não olharam de perto pras variantes estruturais.

Novas Abordagens para Estudar Variantes

Pra entender melhor como as variantes podem afetar os genes relacionados ao TEA, novas metodologias estão sendo desenvolvidas pra estudá-las de forma mais eficiente. Cientistas estão usando modelos computacionais pra simular os efeitos das mutações de DNA na estrutura 3D do genoma em grande escala. Isso permite que eles vejam quais variantes provavelmente terão um impacto significativo sem precisar testar cada uma individualmente.

Por exemplo, um modelo chamado Akita pode prever como sequências de DNA são propensas a interagir entre si, e os cientistas têm usado esse modelo pra destacar variantes que podem atrapalhar interações importantes entre genes.

Encontrando Conexões entre Variantes e Regulação Gênica

Os pesquisadores têm focado em variantes que podem afetar como os genes são regulados. Eles descobriram que variantes em indivíduos com TEA são particularmente disruptivas nas regiões de DNA que interagem com elementos que promovem genes. Agora tem ferramentas especiais que podem avaliar o quanto uma variante pode interromper essas interações, ajudando a identificar candidatos potenciais pra mais estudo.

Explorando Mais a Fundo os Genes Neurais

Pra realmente investigar como essas variantes estruturais podem ter um papel no TEA, os pesquisadores estão olhando pra genes neurais específicos. Eles descobriram que certas variantes são mais propensas a serem encontradas perto de áreas cruciais pra regular esses genes. Testando certas deleções e mutações em laboratório, eles notaram que essas mudanças poderiam resultar em diferenças na expressão gênica, que é vital pra função cerebral.

Um Olhar Mais Próximo em Deleções Específicas

Nos estudos, os pesquisadores identificaram algumas deleções que pareciam especialmente promissoras pra investigação mais aprofundada. Eles escolheram algumas deleções perto de genes conhecidos por se relacionarem com TEA e então compararam o impacto dessas deleções com suas previsões dos modelos. Usaram métodos avançados como CRISPR pra criar mudanças genéticas específicas em neurônios cultivados em laboratório pra ver o que acontecia.

Ao observar como essas mudanças genéticas afetavam a regulação gênica, os pesquisadores encontraram conexões claras entre as deleções e mudanças na expressão gênica. Em alguns casos, eles notaram que outros genes distantes das deleções ainda eram afetados, mostrando que mudanças em uma parte do DNA podem se espalhar como um jogo de telefone.

Grandes Desafios na Pesquisa

Estudar essas grandes variantes estruturais pode ser bem complicado. Preparar experimentos pra ilustrar seus efeitos pode ser complexo porque os pesquisadores geralmente buscam deleções precisas. Às vezes, eles acabam com mudanças genéticas que não correspondem exatamente às mutações originais encontradas em pacientes, mas que ainda assim fornecem insights valiosos.

A Promessa de Novas Ferramentas

A participação de modelos computacionais junto a técnicas experimentais traz um potencial enorme pra descobrir causas genéticas ocultas do autismo e de outros distúrbios de desenvolvimento. À medida que pesquisadores continuam aplicando essas novas metodologias, eles esperam esclarecer como as variantes estruturais e seus efeitos na dobra do genoma se relacionam com condições específicas como o TEA.

Conclusão

Embora tenha sido feito muito progresso em entender a conexão entre variantes genéticas e o TEA, ainda há muito a descobrir. O uso combinado de novas ferramentas de software e técnicas experimentais pode abrir caminho pra desvendar as causas do TEA, potencialmente levando a uma melhor compreensão e tratamentos no futuro. Trabalhando passo a passo, os pesquisadores pretendem iluminar o complexo quebra-cabeça genético que é o autismo, uma peça de cada vez.

Então, da próxima vez que você ouvir sobre genômica, lembre-se: não é só um monte de letras e números. É um romance inteiro cheio de reviravoltas e aventuras esperando pra ser explorado!

Fonte original

Título: De novo structural variants in autism spectrum disorder disrupt distal regulatory interactions of neuronal genes

Resumo: Three-dimensional genome organization plays a critical role in gene regulation, and disruptions can lead to developmental disorders by altering the contact between genes and their distal regulatory elements. Structural variants (SVs) can disturb local genome organization, such as the merging of topologically associating domains upon boundary deletion. Testing large numbers of SVs experimentally for their effects on chromatin structure and gene expression is time and cost prohibitive. To address this, we propose a computational approach to predict SV impacts on genome folding, which can help prioritize causal hypotheses for functional testing. We developed a weighted scoring method that measures chromatin contact changes specifically affecting regions of interest, such as regulatory elements or promoters, and implemented it in the SuPreMo-Akita software (Gjoni and Pollard 2024). With this tool, we ranked hundreds of de novo SVs (dnSVs) from autism spectrum disorder (ASD) individuals and their unaffected siblings based on predicted disruptions to nearby neuronal regulatory interactions. This revealed that putative cisregulatory element interactions (CREints) are more disrupted by dnSVs from ASD probands versus unaffected siblings. We prioritized candidate variants that disrupt ASD CREints and validated our top-ranked locus using isogenic excitatory neurons with and without the dnSV, confirming accurate predictions of disrupted chromatin contacts. This study establishes disrupted genome folding as a potential genetic mechanism in ASD and provides a general strategy for prioritizing variants predicted to disrupt regulatory interactions across tissues.

Autores: Ketrin Gjoni, Xingjie Ren, Amanda Everitt, Yin Shen, Katherine S. Pollard

Última atualização: 2024-11-07 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.06.621353

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.06.621353.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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