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Paredes Celulares: Um Olhar Mais Próximo nas Estruturas da Natureza

Explore o mundo fascinante das estruturas da parede celular em procariontes.

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Desempacotando EstruturasDesempacotando Estruturasda Parede Celularpeptidoglicano e seus parentes.Analisando a complexidade do
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Células, as unidades básicas da vida, têm umas estruturas bem interessantes ao redor delas. Uma dessas estruturas é a parede celular. Pense nisso como um cobertor protetor que mantém a célula segura do mundo lá fora. Em organismos minúsculos chamados procariontes, há grandes diferenças em como essa parede celular é construída, especialmente entre dois grupos: Archaea e Bactérias.

As Archaea são como os hipsters do mundo microscópico. Elas têm uma camada de proteína única chamada S-layer, enquanto as Bactérias geralmente têm uma parede celular feita de um polímero comum conhecido como Peptidoglicano, ou PG pra simplificar. O peptidoglicano é como uma rede feita de açúcar e aminoácidos, segurando a célula unida e dando forma a ela.

Estrutura do Peptidoglicano

O peptidoglicano é criado a partir de duas unidades de açúcar, GlcNAc e MurNAc, ligadas entre si. Essa estrutura não é só enfeite; ela é essencial pra manter a forma e a integridade da célula. Pra dar um gás na festa, uma cadeia curta de aminoácidos, geralmente com uma mistura de L-alanina, D-ácido glutâmico, DAP e D-alanina, é adicionada ao MurNAc. Essa cadeia age como uma cola, grudando tudo junto.

Alguns parentes do peptidoglicano existem nas Archaea, como o pseudopeptidoglicano, que tem uma composição diferente. Ele troca o MurNAc por algo chamado TalNAc. É como uma festa de fantasia para paredes celulares, onde todo mundo parece parecido, mas tem acessórios diferentes.

A Busca pelo Conhecimento

No início dos anos 90, os cientistas chutaram que poderia haver maneiras de criar peptidoglicano em diferentes organismos. Eles descobriram que o peptidoglicano e seus parentes têm seus próprios caminhos biossintéticos únicos. Enquanto o peptidoglicano é encontrado em quase todas as bactérias, o pseudopeptidoglicano aparece só em alguns grupos de Archaea.

Quando os cientistas olharam mais de perto pra essas Archaea, perceberam que tinham até mais parentes, como Methanopyrales e Methanobacteriales-parece grupo de amigos excêntricos, né? Mas o primo Methanococcales faz as coisas de um jeito diferente e não se envolve com pseudopeptidoglicano.

Amizades do Peptidoglicano

Todo mundo no clube da parede celular tem conexões, e os cientistas queriam descobrir como. Através de pesquisas e escavações genômicas antigas, eles descobriram que os genes de biossíntese do peptidoglicano parecem ter sido compartilhados entre espécies, provavelmente através de trocas amigáveis. Isso significa que o peptidoglicano pode ter raízes antigas e alguns dos seus amigos nas Archaea podem ter emprestado um pouco do seu estilo.

Proteínas e Seus Papéis

Nesse mundo intricado do peptidoglicano, certas proteínas são como um serviço de entrega especial, garantindo que o peptidoglicano seja criado corretamente. Tem proteínas importantes como MurC, MurD, MurE e MurF que se juntam pra adicionar os aminoácidos essenciais que o peptidoglicano precisa. É como um grupo de trabalhadores numa fábrica, cada um com sua própria ferramenta, colaborando pra criar algo incrível!

Mas espera, tem mais! Se a entrega das proteínas for interrompida, a célula não consegue se manter unida. Ou seja, se uma dessas proteínas não fizer o seu trabalho, a célula pode ser como um balão que estourou.

O Quadro Maior

Com o avanço das tecnologias de sequenciamento genômico, ficou mais fácil que nunca identificar quais genes estão envolvidos na criação do peptidoglicano. De várias espécies, os cientistas coletaram sequências pra encontrar todas as proteínas que poderiam ajudar na síntese do peptidoglicano. Esse foi o jeito deles de criar uma lista mais completa, ou catálogo, de todos os principais jogadores envolvidos.

Agrupando sequências de proteínas semelhantes, eles identificaram cerca de 110 candidatos pra síntese do peptidoglicano. Alguns desses candidatos eram raros, sendo encontrados em apenas certos grupos de organismos, enquanto outros eram populares e estavam disponíveis em várias espécies diferentes.

Vizinhos Genéticos

Quando os cientistas mergulharam na genética desses candidatos, notaram que muitos deles costumam viver próximos uns dos outros no mesmo cromossomo. É como morar em um bairro onde todo mundo se conhece-alguns até têm quintais compartilhados! Certos grupos de genes foram suspeitados de estar envolvidos na criação do peptidoglicano, enquanto outros pareciam ter trabalhos totalmente diferentes.

Taxonomia das Proteínas

Entender quais proteínas pertencem a quais organismos ajuda a esclarecer como esses métodos antigos de construir paredes celulares evoluíram. Ao olhar a distribuição geral de diferentes proteínas, os cientistas descobriram que algumas estavam presentes somente em grupos específicos, enquanto outras eram mais amplamente distribuídas.

Por exemplo, quase todas as proteínas envolvidas na síntese de peptidoglicano podem ser rastreadas até as bactérias, enquanto algumas proteínas especializadas foram encontradas exclusivamente em grupos de Archaea que fazem pseudopeptidoglicano.

Análise Filogenética

Pra ter uma imagem mais clara de como essas proteínas se relacionam, os pesquisadores usaram árvores filogenéticas-basicamente, árvores genealógicas para proteínas. Eles analisaram como cada uma surgiu ao longo do tempo, revelando possíveis histórias de amizade, empréstimos e troca genética.

Ao construir essas árvores, eles observaram padrões consistentes que ajudaram a explicar as relações evolutivas entre as proteínas do peptidoglicano e proteínas semelhantes em outros organismos.

O Grande Debate

Um ponto de discórdia na comunidade científica tem sido se certas proteínas-como Ddl e MraY-têm versões arqueanas. Depois de investigar mais fundo as relações entre as proteínas usando árvores filogenéticas, os pesquisadores descobriram que essas proteínas não parecem ter equivalentes diretos nas Archaea, o que sugere que elas podem não desempenhar um grande papel na síntese de pseudopeptidoglicano.

Essa descoberta adiciona mais uma camada à conversa em andamento sobre como esses sistemas complexos evoluíram. Parece que as origens dessas proteínas podem não ser tão simples quanto se pensava antes.

A Natureza das Paredes Celulares

Então, o que todas essas descobertas dizem sobre as paredes celulares primitivas que precederam as variações modernas? A verdade é que, enquanto as estruturas atuais de peptidoglicano e pseudopeptidoglicano são bem estudadas, entender suas formas mais antigas é uma tarefa complicada. Ambos os polímeros provavelmente evoluíram de maneiras únicas, levando à diversidade que vemos hoje nas estruturas de parede celular.

Os pesquisadores especulam que as formas mais antigas dessas estruturas podem ter sido mais simples, muito parecidas com as versões mais básicas das proteínas envolvidas na formação da parede celular.

Conclusão

O estudo das paredes celulares pode parecer um nicho pequeno, mas é a chave pra entender uma parte enorme da vida na Terra. À medida que continuamos desvendando os mistérios do desenvolvimento das paredes celulares primitivas e das proteínas envolvidas, ganhamos uma visão maior sobre as origens da própria vida. Quem diria que estruturas tão pequenas poderiam levar a ideias tão grandes?

Fonte original

Título: Identification and Characterization of Archaeal Pseudomurein Biosynthesis Genes through Pangenomics

Resumo: The peptidoglycan (PG; or murein) is a mesh-like structure, which is made of glycan polymers connected by short peptides and surrounds the cell membrane of nearly all bacterial species. In contrast, there is no PG counterpart that would be universally found in Archaea, but rather various polymers that are specific to some lineages. Methanopyrales and Methanobacteriales are two orders of Euryarchaeota that harbor pseudomurein (PM), a structural analogue of the bacterial PG. Owing to the differences between PG and PM biosynthesis, some have argued that the origin of both polymers is not connected. However, recents studies have revealed that the genomes of PM-containing Archaea encode homologues of the bacterial genes involved in PG biosynthesis, even though neither their specific functions nor the relationships within the corresponding inter-domain phylogenies have been investigated so far. In this work, we devised a pangenomic bioinformatic pipeline to identify proteins for PM biosynthesis in Archaea without prior genetic knowledge. The taxonomic distribution and evolutionary relationships of the candidate proteins were studied in detail in Archaea and Bacteria through HMM sequence mining and phylogenetic inference of the Mur domain-containing family, the ATP-grasp superfamily and the MraY-like family. Our results show that archaeal muramyl ligases are of bacterial origin, but diversified through a mixture of horizontal gene transfers and gene duplications. However, in the ATP-grasp and MraY-like families, the archaeal members were not found to originate from Bacteria. Our pangenomic approach further identified five new genes potentially involved in PM synthesis and that would deserve functional characterization.

Autores: Valérian Lupo, Célyne Roomans, Edmée Royen, Loïc Ongena, Olivier Jacquemin, Coralie Mullender, Frédéric Kerff, Denis Baurain

Última atualização: 2024-11-11 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.07.622503

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.07.622503.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

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