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# Biologia# Bioengenharia

Avanços na Segmentação da Área Glotal Usando Deep Learning

Estudando a segmentação da área glotal pra melhorar a análise de imagens médicas.

Andreas M. Kist, Sina Razi, René Groh, Florian Gritsch, Anne Schützenberger

― 7 min ler


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Índice

A Segmentação Semântica é um termo chique que significa olhar para imagens e descobrir o que é o que em nível de pixel. Imagina olhar para uma foto da sua refeição favorita e conseguir dizer que o bife é o que você tá desejando, o brócolis é verde e saudável, e o purê de batata tá só esperando pra ser devorado. No mundo da medicina, essa técnica é especialmente importante quando tentamos identificar diferentes partes do corpo, como tecidos e órgãos, em imagens de exames médicos.

Na área da endoscopia laríngea, que é tudo sobre checar as cordas vocais, uma das áreas principais a se focar é a área glote. É como o palco onde suas cordas vocais fazem um show enquanto vibram para produzir som. É crucial para os médicos entenderem como essa área se parece e se comporta, assim como um maestro precisa saber sobre sua orquestra.

O Papel do Aprendizado Profundo

O aprendizado profundo foi uma grande mudança de jogo nessa área. É como dar um cérebro a um computador para aprender a reconhecer todas aquelas partes nas imagens. Pesquisadores têm usado métodos tradicionais e essas técnicas de IA inteligentes para identificar automaticamente a área glote em vídeos de endoscopia, que geralmente passam a mil por hora. Com tantas imagens passando-cerca de 4.000 por segundo-ter um computador ajudando é um alívio enorme para os médicos que já estão ocupados pra caramba.

Medindo o Sucesso: A Importância das Métricas de Qualidade

Agora, como sabemos se o computador tá indo bem em identificar a área glote? É aí que entram as pontuações. Duas pontuações comuns são a pontuação Dice e a pontuação de Interseção sobre União (IoU). Elas funcionam comparando o que o computador acha que é a área glote com o que os especialistas dizem que é. Quanto maior a pontuação, melhor o trabalho-todo mundo gosta de uma boa pontuação, certo?

Uma IoU perfeita é uma pontuação de 1, e embora isso soe bem, conseguir isso não é tão fácil. Os especialistas descobriram que geralmente conseguem uma pontuação média de cerca de 0,772, que não é tão mal, mas também não é perfeita. Mas precisamos lembrar que, embora uma pontuação alta seja ótima, não diz sempre o quão úteis serão os resultados em um contexto médico real.

Encontrando os Problemas

Pontuações altas são incríveis, mas o que acontece quando as pontuações ficam abaixo do esperado? É aí que a coisa fica séria. Tem um estudo que sugere que, mesmo com pontuações um pouco mais baixas que o ideal, a análise da área glote pode ainda funcionar direitinho. No entanto, se diferentes pessoas pontuam da mesma forma ainda é um pouco misterioso.

Nesse estudo, investigamos quão consistentes as diferentes pessoas são ao marcar a área glote. Para isso, seis avaliadores treinados tentaram anotar as mesmas imagens várias vezes. Eles anotaram o que achavam que eram as áreas segmentadas e então pudemos verificar quão alinhadas estavam suas opiniões.

O Experimento: Como Fizemos

Para começar esse estudo, usamos um conjunto de dados específico conhecido como Benchmark for Automatic Glottis Segmentation (BAGLS). Os avaliadores embarcaram em suas missões de anotação e criaram suas próprias versões de como a área glote se parecia, que depois comparamos.

Também desenvolvemos um sistema de previsão especial para estimar a qualidade das segmentações automaticamente. Por quê? Para que os clínicos pudessem ver facilmente onde as coisas poderiam estar erradas. Pense em um sistema de semáforo onde verde significa "pode ir", amarelo significa "prossiga com cautela", e vermelho significa "pare agora!" Esse sinal visual pode ser super útil para os médicos na hora de avaliar os resultados e tomar decisões.

O Processo de Geração de Artefatos

Para apimentar um pouco as coisas, criamos alguns “artefatos” (que são só erros chiques, na verdade) nos dados para ver quão bem nosso sistema lidava com situações menos que perfeitas. Pegamos nossas imagens da área glote e adicionamos um toque de caos-como deixar as bordas mais embaçadas e jogar um pouco de ruído aleatório. Assim, pudemos descobrir se nosso sistema ainda conseguiria prever as pontuações com precisão, mesmo nas situações bagunçadas que os médicos enfrentam.

Então, quando adicionamos nosso ruído aleatório e fizemos outros ajustes nas imagens, vimos quão bem nosso sistema de previsão de qualidade podia determinar a realidade da pontuação.

Checando a Confiabilidade: Quão Consistentes Somos?

Depois, olhamos para quão consistentes nossos avaliadores eram uns com os outros e com suas próprias classificações. Para simplificar, queríamos saber se os avaliadores estavam na mesma sintonia ao olhar para a mesma imagem várias vezes. Acontece que houve alguma variação, mas isso é esperado quando humanos estão envolvidos.

Em média, as classificações foram razoavelmente consistentes com uma pontuação de confiabilidade entre avaliadores de cerca de 0,70 e uma pontuação de confiabilidade intra-avaliador de cerca de 0,77. Isso significa que, embora haja algum acordo entre as opiniões dos especialistas, também há um espaço para variações, o que pode levar a diferenças nas interpretações dos resultados.

Aprendizado Profundo ao Resgate

Em seguida, voltamos nossa atenção para as ferramentas legais de aprendizado profundo para ajudar nossos avaliadores. Usando modelos conhecidos como MobileNet e EfficientNet, programamos o computador para prever pontuações IoU com base nas imagens anotadas.

O objetivo era descobrir qual tipo de entrada-só imagens de endoscopia, só máscaras de segmentação ou uma combinação de ambas-funcionava melhor para prever a pontuação IoU. Acontece que usar tanto as imagens quanto as máscaras juntas levou às melhores previsões. Nossos modelos de previsão geralmente se saíram bem, até mostrando alguma habilidade de prever as pontuações melhor do que alguns avaliadores humanos.

O Sistema de Semáforo para Avaliação Fácil

Uma vez que tivemos nossas previsões, projetamos um sistema de semáforo para facilitar as coisas para os clínicos. Esse sistema coloriu os quadros com base nas pontuações IoU previstas. Um quadro verde sinaliza que tudo parece ótimo, amarelo indica que pode haver alguns problemas, e vermelho alerta que as coisas precisam de atenção séria.

Essa ferramenta visual pode dar aos clínicos uma visão rápida do desempenho dos vários modelos enquanto eles assistem a um vídeo. Afinal, quem não gosta de ver as coisas de uma forma fácil de entender?

A Aplicação no Mundo Real e Considerações Futuras

Através do nosso estudo, mostramos que nosso sistema de aprendizado profundo pode ser bem útil em ambientes clínicos, particularmente no contexto de exames laríngeos. Embora não substitua completamente os profissionais treinados, oferece uma mãozinha ao destacar quadros com preocupações e ajudar a monitorar a qualidade da segmentação.

No entanto, é importante apontar que ainda há desafios. Por exemplo, quando a área segmentada é muito pequena, as previsões podem balançar um pouco. Um pouco como tentar equilibrar um filhote minúsculo na sua cabeça-é complicado! Melhorar nossos modelos para lidar melhor com essas situações será essencial daqui pra frente.

Conclusão: Colocando Tudo Junto

Em resumo, nosso estudo focou em como podemos aprimorar a qualidade da segmentação da área glote, avaliar a confiabilidade dos avaliadores humanos e prever a qualidade da segmentação usando aprendizado de máquina. Nossa pesquisa destaca o equilíbrio interessante entre a expertise humana e a inteligência artificial.

À medida que continuamos a refinar nossas técnicas, nosso objetivo é fazer com que tanto os sistemas manuais quanto os automatizados trabalhem melhor juntos. Médicos mais felizes significam um cuidado melhor para os pacientes. Então, seja um algoritmo de confiança ou um avaliador experiente, o objetivo final é aproveitar o melhor dos dois mundos para garantir que, quando se trata da área glote, todo mundo consiga tocar a nota certa!

Fonte original

Título: Predicting semantic segmentation quality in laryngeal endoscopy images

Resumo: Endoscopy is a major tool for assessing the physiology of inner organs. Contemporary artificial intelligence methods are used to fully automatically label medical important classes on a pixel-by-pixel level. This so-called semantic segmentation is for example used to detect cancer tissue or to assess laryngeal physiology. However, due to the diversity of patients presenting, it is necessary to judge the segmentation quality. In this study, we present a fully automatic system to evaluate the segmentation performance in laryngeal endoscopy images. We showcase on glottal area segmentation that the predicted segmentation quality represented by the intersection over union metric is on par with human raters. Using a traffic light system, we are able to identify problematic segmentation frames to allow human-in-the-loop improvements, important for the clinical adaptation of automatic analysis procedures.

Autores: Andreas M. Kist, Sina Razi, René Groh, Florian Gritsch, Anne Schützenberger

Última atualização: 2024-11-15 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.14.623604

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.14.623604.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

Obrigado ao biorxiv pela utilização da sua interoperabilidade de acesso aberto.

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