Nova Espécie de Phyllobacterium Descoberta
Pesquisadores identificam o Phyllobacterium meliloti, uma bactéria com características únicas e resistência ao glifosato.
Eden S. P. Bromfield, Sylvie Cloutier, Michael F. Hynes
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Índice
- A Grande Caçada Bacteriana
- O que Está Cozinhando no Lab?
- Encontrando a Árvore Genealógica
- Onde Essas Bactérias Vivem?
- O Mistério do DNA Continua
- As Características dos Nossos Amigos Bactérias
- A Reunião de Família do DNA
- Desvendando Relacionamentos
- Entendendo os Relacionamentos Bacterianos
- A Conexão com o Glifosato
- Características Fenotípicas
- Testando Suas Habilidades
- Os Campeões da Resistência
- Ácidos Graxos e Curiosidades
- Testes com Plantas à Vista
- Phyllobacterium meliloti: O Novo Nome na Área
- Conclusão: O Futuro do Phyllobacterium
- Fonte original
- Ligações de referência
Tem um grupo de bactérias chamado Phyllobacterium. Esses pequenos encrenqueiros ganharam esse nome por serem encontrados em nódulos de folhas de plantas bonitinhas. Então, dá pra dizer que eles são meio chiques, fazendo amizade com plantas ornamentais tropicais! Até agora, os cientistas identificaram 17 espécies diferentes nesse grupo, mas só duas delas são conhecidas por se dar bem e formar amizades com plantas.
A Grande Caçada Bacteriana
Um tempo atrás, pesquisadores foram a um campo no Canadá, um lugar que nunca viu um arado de fazendeiro. Eles decidiram procurar essas bactérias que vivem nas raízes de trevo-doce branco. Depois de um trabalho de detetive, encontraram vários tipos de bactérias lá. Algumas delas pertenciam à família Phyllobacterium, o que foi uma grande vitória para a ciência! Eles encontraram duas linhagens, T1293 e T1018. A T1293 era uma nova adição à família, e a T1018 estava intimamente relacionada a outra linhagem recém-descrita chamada ‘Phyllobacterium pellucidum.’
O que Está Cozinhando no Lab?
A galera do laboratório não parou só em encontrar essas bactérias. Eles arregaçaram as mangas e mergulharam fundo na composição genética da T1293 e da T1018. O objetivo? Entender o que faz essas bactérias funcionarem! Eles sequenciaram o DNA dessas linhagens e se divertiram um bocado com algumas tecnologias sofisticadas. O genoma da T1293 tinha impressionantes 5.074.034 pares de bases, enquanto a T1018 era um pouco menor, com 3.872.269 pares de bases.
Os cientistas encontraram algumas características legais na T1293, como três pequenos pedaços circulares de DNA, também conhecidos como Plasmídeos. É como se essas bactérias tivessem suas próprias mini-malas cheias de genes especiais!
Encontrando a Árvore Genealógica
Para descobrir quem é parente de quem no mundo bacteriano, os pesquisadores jogaram um jogo chamado análise filogenética. Pense nisso como a versão bacteriana de uma reunião de família! Eles olharam sequências de genes, meio que comparando árvores genealógicas. Descobriram que T1293 e T1018 tinham alguns parentes distantes e podiam ser colocadas na tribo Phyllobacterium.
Mas não se preocupe; não teve janta de família awkward aqui! Em vez disso, descobriram que a T1293 estava bem relacionada a algumas outras linhagens, mas era única o suficiente para ganhar um nome novo: Phyllobacterium meliloti. Já a T1018, por sua vez, ainda fazia parte da família ‘P. pellucidum.’
Onde Essas Bactérias Vivem?
T1293 e T1018 foram encontradas relaxando nas raízes das plantas de trevo-doce branco em um lugar no Canadá que estava bem intocado pela agricultura. Isso significa que essas bactérias estão bem adaptadas para sobreviver na natureza sem a ajuda dos humanos. O solo lá tinha um bom escoamento e era perfeito para essas pequenas bactérias prosperarem.
O Mistério do DNA Continua
Depois de extrair o DNA dessas linhagens, os cientistas fizeram alguns testes para ver o quão parecidas eram com seus parentes. Usaram várias ferramentas e softwares para garantir que tudo estava correto. Descobriram que a T1293 tinha um genoma de ótima qualidade com baixa contaminação, o que é super importante no mundo das bactérias. A T1293 ganhou uma estrela dourada por ser 99% completa, enquanto a T1018 não ficou muito atrás, com 99,4%.
As Características dos Nossos Amigos Bactérias
Quando eles analisaram mais a fundo a T1293, viram que ela tinha três plasmídeos interessantes. Esses plasmídeos são como níveis bônus em um videogame, com poderes especiais que ajudam as bactérias. A T1293 também tinha genes que poderiam ajudá-la a interagir com outros organismos, o que é bem útil quando você é uma bactéria tentando fazer amigos. Já a T1018, por outro lado, tinha apenas um plasmídeo e não mostrou os mesmos truques.
A Reunião de Família do DNA
Usando softwares especiais, os cientistas fizeram árvores Filogenéticas para mostrar como essas bactérias estão relacionadas. Eles também checaram o gene 16S rRNA, que é como uma celebridade famosa no mundo bacteriano. Todo mundo usa para ver quão perto estão. Os resultados mostraram que tanto T1293 quanto T1018 pertencem ao grupo Phyllobacterium, com a T1293 sendo um pouco especial, fazendo companhia a algumas linhagens não classificadas próximas.
Desvendando Relacionamentos
Para confirmar ainda mais os laços familiares, os pesquisadores fizeram mais análises. Eles olharam para 53 sequências de genes que são essenciais para a sobrevivência. Os resultados mostraram que a T1293 se encaixava direitinho com outras linhagens. A T1018 também estava em um lugar aconchegante, fazendo amizade com sua colega ‘P. pellucidum.’
Entendendo os Relacionamentos Bacterianos
Eles também checaram a identidade nucleotídica média (ANI) e valores de hibridização digital de DNA-DNA (dDDH). Não deixe esses termos complicados te assustarem; é só uma forma de ver como diferentes bactérias são parecidas entre si. Descobriram que a T1293 era bem diferente de seus parentes mais próximos, confirmando que ela realmente merece seu próprio nome!
Glifosato
A Conexão com oVamos dar uma pausa e falar sobre glifosato. Esse é um herbicida bastante usado que é tipo o bicho-papão para muitas plantas. No entanto, parece que algumas linhagens de Phyllobacterium aprenderam a lidar com o glifosato muito bem. Elas conseguem resistir como verdadeiros super-heróis! Pesquisadores descobriram anteriormente que uma das linhagens, P30BS-XVII, conseguia sobreviver mesmo com uma tonelada de glifosato ao redor.
Agora, nas descobertas mais recentes, os pesquisadores checaram essas bactérias em busca de uma enzima especial que ajuda a resistir ao glifosato. Surpresa, surpresa! Tanto a T1293 quanto a T1018, junto com seus parentes, têm essa resistência. Elas até têm genes para ajudar a quebrar o glifosato, tornando-se candidatas potenciais para limpar ambientes contaminados. Pense nelas como pequenos eco-guerreiros!
Características Fenotípicas
Agora vamos mudar de assunto e ficar mais práticos. Os pesquisadores queriam saber mais sobre como a T1293 e a T1018 se parecem e como se comportam. A T1293 forma colônias pegajosas e bege que se espalham quando cultivadas em um meio de cultivo especial. Se você pudesse ver essas colônias, provavelmente pensaria que elas estavam dominando sua placa de Petri!
Quando olharam a T1293 sob um microscópio, encontraram células em forma de bastão com alguns flagelos. Isso significa que elas podem nadar um pouco, como os peixinhos do seu animal de estimação favorito. Também descobriram que T1293 pode prosperar em diferentes condições, como variações de pH e sal. Ela não é exigente-essa bactéria consegue se adaptar tanto em ambientes ácidos quanto ligeiramente alcalinos!
Testando Suas Habilidades
Em mais testes, descobriram que a T1293 pode se alimentar de muitos tipos de comida, como D-rafinose e D-galactose, mas não se interessa por algumas outras. É tipo um comilão seletivo que se recusa a tocar em brócolis, né? Além disso, esse pequeno mostrou que conseguia lidar com um monte de compostos químicos! Mas, claro, também tem algumas vulnerabilidades.
Os Campeões da Resistência
Em estudos anteriores, foi descoberto que a T1293 conseguia resistir a vários antibióticos como um campeão. Esse tipo de resistência está se tornando mais comum nas bactérias, e é bem preocupante para os profissionais da saúde. Os pesquisadores deram uma olhada nos genes do genoma da T1293 para descobrir o que a tornava tão resistente, e encontraram vários genes que poderiam ajudar a inativar diferentes antibióticos. É uma pequena badass!
Ácidos Graxos e Curiosidades
E não podemos esquecer dos ácidos graxos! Os ácidos graxos são importantes para as bactérias e podem nos dizer muito sobre elas. Os pesquisadores descobriram que a T1293 tinha alguns ácidos graxos específicos, tornando-a parecida com outros membros da sua família. É como descobrir que seu sorvete favorito tem os mesmos ingredientes que o da sua melhor amiga.
Testes com Plantas à Vista
Os pesquisadores queriam ver se a T1293 poderia fazer amizade com alguma planta. Eles realizaram testes usando frascos especiais para verificar se a bactéria poderia estimular a formação de nódulos radiculares em plantas como o trevo-doce branco e a alfafa. No entanto, suas esperanças foram frustradas, já que a T1293 não ajudou as plantas a formarem nódulos. Parece que, enquanto a T1293 é boa em resistir ao glifosato, não está pronta para ser uma parceira das plantas.
Phyllobacterium meliloti: O Novo Nome na Área
Agora, aqui vem a grande revelação! Os pesquisadores deram à T1293 seu título especial: Phyllobacterium meliloti. Essa nova espécie é nomeada após a planta de trevo-doce com a qual foi encontrada. Ela tem suas próprias características únicas, e, enquanto pode não se dar bem com as plantas, está se provando uma descoberta valiosa no mundo bacteriano.
Conclusão: O Futuro do Phyllobacterium
O estudo do Phyllobacterium e seu novo membro, meliloti, abre portas para muitas possibilidades empolgantes. À medida que os cientistas aprendem mais sobre o que torna essas bactérias especiais, esperam desvendar ainda mais segredos. Com sua potencial habilidade de lidar com o glifosato e seu estilo de vida fascinante, quem sabe o que mais elas podem fazer? Elas podem se tornar os super-heróis que nunca soubemos que precisávamos no mundo das bactérias!
Agora, vamos fazer um brinde ao Phyllobacterium meliloti e seus amigos!
Título: Phyllobacterium meliloti sp. nov. a novel non-symbiotic bacterium isolated from root nodules of Melilotus albus (white sweet clover) grown in Canada
Resumo: Two novel bacterial strains isolated from root-nodules of white sweet clover (Melilotus albus) plants grown at a Canadian site were previously characterized and placed in the genus Phyllobacterium. Here we present phylogenomic and phenotypic data to support the description of strain T1293T as representative of a novel species and present the first complete closed genome sequence of a bacterial strain (T1018) representing the species P. pellucidum. Phylogenetic analysis of genome sequences as well as analysis of 53 core genes placed novel strain T1293T in a highly supported cluster of strains distinct from named Phyllobacterium species with P. myrsinacearum and P. calauticae as closest relatives. The highest average nucleotide identity (ANI) and digital DNA-DNA hybridization (dDDH) values of genome sequences of T1293T compared to closest species type strains (84.1% and 26.5%, respectively) are well below the threshold values for bacterial species circumscription. The genome of strain T1293T has a size of 5074034 bp with a DNA G+C content of 55 mol% and possesses three plasmids with sizes of 397619 bp, 476847 bp and 519835 bp. Detected in the genome were Type III and Type VI secretion system genes, implicated in plant-microbe and microbe-microbe interactions, but key nodulation, nitrogen-fixation and photosystem genes were not detected. Further analysis revealed that T1293T, like other Phyllobacterium species, possesses key genes encoding an enzyme complex implicated in the degradation of glyphosate, a widely used broad-spectrum herbicide that has negative consequences for many microorganisms including the human gut microbiome. A novel prophage (size [~] 41.5 kb) was also detected in the genome of T1293T. Data for multiple phenotypic tests complemented the sequence-based characterization of strain T1293T. The data presented support the description of a new species and the name Phyllobacterium meliloti sp. nov. is proposed with T1293T = LMG32641T = HAMBI 3765T as the species type strain.
Autores: Eden S. P. Bromfield, Sylvie Cloutier, Michael F. Hynes
Última atualização: 2024-11-22 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.22.624894
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.22.624894.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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