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# Biologia # Microbiologia

Entendendo a Proteína Spike do SARS-CoV-2

Um olhar mais atento ao papel da proteína spike na infecção por COVID-19.

Sabrina Lusvarghi, Russell Vassell, Brittany Williams, Haseebullah Baha, Sabari Nath Neerukonda, Carol D. Weiss

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Insights sobre a Proteína Insights sobre a Proteína Spike do SARS-CoV-2 spike e infecções por COVID-19. Principais descobertas sobre a proteína
Índice

SARS-CoV-2 é o vírus responsável pela COVID-19. Esse vírus tem uma estrutura especial chamada Proteína Spike que ajuda ele a entrar nas células humanas. A proteína spike pode ser vista como uma chave que abre a porta das nossas células, permitindo que o vírus entre e cause a infecção. Para entender como isso acontece, precisamos explorar as partes da proteína spike e como elas funcionam juntas.

A Estrutura da Proteína Spike

A proteína spike é composta por três unidades idênticas chamadas monômeros. Cada monômero tem duas partes principais: S1 e S2. A parte S1 ajuda o vírus a se conectar com as nossas células, enquanto a parte S2 é crucial para o processo de entrada. Quando o vírus chega perto de uma célula, a proteína spike muda de forma. Essa mudança de forma permite que ela se ligue a um receptor na superfície da célula chamado ACE2. Pense no ACE2 como a maçaneta que a chave spike gira para abrir a porta.

Como a Proteína Spike Funciona

Uma vez que a proteína spike se liga ao ACE2, uma série de mudanças acontece. Primeiro, a proteína spike fica mais acessível para outras proteínas nas nossas células interagirem com ela. Uma dessas proteínas importantes se chama TMPRSS2, que corta a proteína spike em pontos específicos. Esse processo de corte é essencial para que o vírus entre na célula.

Depois que a proteína spike é cortada, ela passa por mais mudanças. A parte S2 da spike se estende e se dobra em uma forma que permite que ela se funde com a membrana celular. Essa fusão é crítica porque cria um poro por onde o vírus pode passar e entregar seu material genético na célula hospedeira.

O Papel dos Peptídeos no Estudo da Proteína Spike

Os pesquisadores desenvolveram pequenos pedaços de proteínas chamados peptídeos que podem interferir na capacidade da proteína spike de se fundir com as membranas celulares. Um desses peptídeos é chamado HR2. Ao usar esse peptídeo, os cientistas conseguem capturar a proteína spike em diferentes formas, principalmente nas formas intermediárias que acontecem durante o processo de fusão.

Peptídeos como o HR2 atuam como uma espécie de "lombada" na transformação da proteína spike. Eles se ligam a partes específicas da proteína spike, impedindo que ela complete o processo de entrada. Isso é útil para estudar como a proteína spike funciona e como podemos bloqueá-la para evitar infecções.

Diferentes Tipos de Spikes e Seus Variantes

SARS-CoV-2 não é só um vírus; ele tem várias variantes que podem agir de maneiras diferentes. Algumas variantes têm proteínas spike ligeiramente diferentes, o que pode afetar o quão bem elas se ligam às células ou quão eficazmente podem entrar nas células. Por exemplo, a variante D614G tem uma pequena mudança que a torna melhor em infectar células.

Os pesquisadores estudaram várias variantes, incluindo Delta e Omicron, comparando como suas proteínas spike interagem com nossas células e quão efetivamente podem ser bloqueadas por peptídeos. Esses estudos são importantes para o desenvolvimento de vacinas e para entender quais variantes podem se tornar mais dominantes.

Potência dos Peptídeos e Vias de Infecção

Nem todos os peptídeos são iguais. Alguns são melhores em bloquear a proteína spike do que outros, dependendo das condições. A maneira como o vírus entra na célula também pode afetar a eficácia de um peptídeo. Existem duas principais vias para a entrada viral: fusão direta com a membrana celular ou uso de vias endossômicas (como entrar por uma porta secreta).

Estudos mostram que certos peptídeos funcionam melhor se o vírus usa a via de entrada direta em comparação com a via endossômica. Isso é algo que os cientistas podem testar em laboratório usando células que expressam receptores ACE2 ou ACE2/TMPRSS2.

Capturando Intermediários da Spike com Peptídeos

Usando peptídeos HR2 especialmente projetados, os pesquisadores conseguem capturar a proteína spike em formas intermediárias que ocorrem logo antes da fusão. Essa captura é crítica porque ajuda os cientistas a observar essas formas e entender melhor como a proteína spike transita de suas formas pré-fusão para pós-fusão.

Quando os pesquisadores adicionaram peptídeos HR2 às células, puderam ver que as proteínas spike eram impedidas de terminar seu trabalho de fusão com a célula. Curiosamente, a captura desses intermediários pode variar com diferentes variantes da proteína spike.

Impacto dos Anticorpos nas Mudanças Conformacionais da Proteína Spike

Os anticorpos são jogadores importantes na nossa defesa imunológica. Alguns anticorpos podem se ligar à proteína spike e afetar sua forma. Os pesquisadores estudaram dois anticorpos específicos: CB6 e Bebtelovimab. Eles descobriram que o CB6 pode disparar mudanças que facilitam a captura da proteína spike em sua forma intermediária. Enquanto isso, o Bebtelovimab parece impedir essas mudanças de forma, mantendo a proteína spike longe do estado de fusão.

Essa descoberta é importante porque destaca como os anticorpos podem afetar a progressão de uma infecção viral. Entender essa interação pode ajudar no desenvolvimento de vacinas e tratamentos mais eficazes.

A Complexidade da Fusão de Membranas Mediadas pela Spike

A fusão de membranas é um processo complicado. Não envolve apenas uma proteína spike; requer coordenação entre várias proteínas spike para criar um canal para o vírus entrar. Isso significa que o número de spikes envolvidos na fusão pode variar com base na variante do vírus e no tipo de célula.

Os pesquisadores descobriram que quando o número de spikes está exatamente certo, o processo de fusão pode ser mais eficiente. Isso é uma área de interesse porque, se conseguirmos entender como diferentes fatores influenciam o processo de fusão, podemos direcionar esses mecanismos para desenvolver melhores estratégias antivirais.

Explorando o Futuro de Tratamentos e Vacinas

A pergunta mais crítica hoje é: como paramos o SARS-CoV-2? Entendendo a proteína spike, como ela funciona e como interage com outras moléculas, os cientistas podem desenvolver vacinas mais eficazes. As vacinas atuais podem ter um desempenho melhor em variantes específicas do que em outras, o que é crucial enquanto continuamos enfrentando novas cepas.

Além disso, se conseguirmos projetar peptídeos que bloqueiem efetivamente a atividade da proteína spike, poderíamos criar novos tratamentos antivirais. Combinar essas abordagens pode nos dar a vantagem de gerenciar e prevenir a COVID-19.

Conclusão

A proteína spike do SARS-CoV-2 é um alvo complexo e fascinante para pesquisa. Estudando sua estrutura, função e o impacto de vários peptídeos e anticorpos, os pesquisadores buscam entender como prevenir e tratar infecções. Com um pouco de humor, poderíamos dizer que a proteína spike é como o "inconveniente da festa" que precisa de um segurança firme (peptídeos e anticorpos) para não entrar sem ser convidada.

À medida que a pesquisa avança, nos aproximamos de desenvolver estratégias eficazes que possam minimizar o impacto contínuo da COVID-19 na saúde global. Com as ferramentas e conhecimentos certos, podemos manter esses "inconvenientes" longe para sempre!

Fonte original

Título: Capture of fusion-intermediate conformations of SARS-CoV-2 spike requires receptor binding and cleavage at either the S1/S2 or S2' site

Resumo: Although the structures of pre- and post-fusion conformations of SARS-CoV-2 spikes have been solved by cryo-electron microscopy, the transient spike conformations that mediate virus fusion with host cell membranes remain poorly understood. In this study, we used a peptide fusion inhibitor corresponding to the heptad repeat 2 (HR2) in the S2 transmembrane subunit of the spike to investigate fusion-intermediate conformations that involve exposure of the highly conserved heptad repeat 1 (HR1). The HR2 peptide disrupts the assembly of the HR1 and HR2 regions of the spike, which form six-helix bundle during the transition to the post-fusion conformation. We show that binding of the spike S1 subunit to ACE2 is sufficient to trigger conformational changes that allow the peptide to capture a fusion-intermediate conformation of S2 and inhibit membrane fusion. When TMPRSS2 is also present, an S2 fusion intermediate is captured though the proportion of the S2 intermediate relative to the S2 intermediate is lower in Omicron variants than pre-Omicron variants. In spikes lacking the natural S1/S2 furin cleavage site, ACE2 binding alone is not sufficient for trapping fusion intermediates; however, co-expression of ACE2 and TMPRSS2 allows trapping of an S2 intermediate. These results indicate that, in addition to ACE2 engagement, at least one spike cleavage is needed for unwinding S2 into an HR2-sensitive fusion-intermediate conformation. Our findings elucidate fusion-intermediate conformations of SARS-CoV-2 spike variants that expose conserved sites on spike that could be targeted by inhibitors or antibodies. Author summaryThe SARS-CoV-2 spike protein undergoes two proteolytic cleavages and major conformational changes that facilitate fusion between viral and host membranes during virus infection. Spike is cleaved to S1 and S2 subunits during biogenesis, and S2 is subsequently cleaved to S2 as the virus enters host cells. While structures of pre-fusion and post-fusion spike conformations have been extensively studied, transient fusion-intermediate conformations during the fusion process are less well understood. Here, we use a peptide fusion inhibitor corresponding to a heptad repeat domain in the S2 subunit to investigate fusion-inducing conformational changes. During spike-mediated cell-cell fusion, we show that the peptide binds to spike only after spike engages ACE2 and is cleaved at the S1/S2, S2, or both sites. Thus, S2 needs at least one cleavage to refold to a peptide-sensitive fusion intermediate. SARS-CoV-2 variants differed in the proportion of S2 and S2 fusion intermediates captured after receptor binding, indicating that the virus has evolved not only to alter its entry pathway but also to modulate S2 unfolding. This work informs the development of antiviral strategies targeting conserved sites in fusion-intermediate conformations of spike and contributes more broadly to the understanding of the entry mechanisms of viral fusion proteins.

Autores: Sabrina Lusvarghi, Russell Vassell, Brittany Williams, Haseebullah Baha, Sabari Nath Neerukonda, Carol D. Weiss

Última atualização: 2024-12-06 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.05.627124

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.05.627124.full.pdf

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