Conectando Sistemas Vivos Através de Gráficos
Um novo método usa grafos pra comparar modelos de auto-organização em sistemas vivos.
Emmy Brown, Sean T. Vittadello
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Índice
- Entendendo a Auto-Organização
- As Muitas Teorias da Vida
- A Necessidade de Diálogo
- Indo de Processos para Gráficos
- O Que São Habilitações?
- Construindo o Gráfico de Habilitação de Processos
- O Conceito de Fechamento Organizacional
- Diferenciando Processos e Restrições
- Comparando Gráficos
- Homorheismos
- Aplicando Nossa Estrutura
- Conjuntos Autocatalíticos
- Autopoiese
- Vírus
- Conclusão
- Fonte original
Existem várias maneiras de olhar para os sistemas vivos. Por causa disso, os modelos de vida podem variar bastante, tanto na aparência quanto no que incluem. Para realmente entender do que se trata um sistema vivo, precisamos descobrir como esses diferentes modelos se conectam. Em esforços anteriores, criamos uma estrutura para comparar qualquer tipo de modelos físicos. Neste trabalho, apresentamos um método que foca em um aspecto chave dos sistemas vivos-Auto-organização. Usando gráficos, representamos processos auto-organizacionais como ciclos, o que nos ajuda a identificar como os modelos biológicos descrevem essas características.
Entendendo a Auto-Organização
Os sistemas vivos estão sempre mudando e se adaptando. Pense em uma árvore que cresce, responde à luz do sol e perde folhas no outono. Essa capacidade de mudar e se manter é uma característica fundamental da vida. Nossa nova abordagem usa gráficos para mapear como diferentes processos nos sistemas vivos se habilitam. Esse método nos permite ver conexões e distinções entre várias teorias biológicas.
As Muitas Teorias da Vida
Ao longo dos anos, pensadores tentaram descobrir o que é a vida. Alguns propuseram teorias como Autopoiese e Conjuntos Autocatalíticos. Essas teorias podem diferir em detalhes, mas todas olham para como os sistemas vivos se sustentam. A ideia é que os organismos vivos precisam continuar criando e mantendo as condições necessárias para sua existência.
Algumas pessoas sugerem que podemos combinar as melhores partes dessas teorias em uma teoria única da vida. Outros argumentam que não podemos encontrar uma teoria unificadora até encontrarmos vida além da Terra. Essa busca por uma teoria abrangente é tentadora, especialmente porque a biologia às vezes pode parecer meio bagunçada. No entanto, alguns estudiosos acreditam que esperar uma teoria unificada é irrealista devido à complexidade da vida.
Em vez disso, uma abordagem pluralista é mais promissora. Isso significa que devemos valorizar as diferentes maneiras que podemos modelar os sistemas vivos. Cada modelo tem seus pontos fortes e fracos, e é comparando esses modelos que conseguimos realmente entender a vida.
A Necessidade de Diálogo
Criar diferentes modelos é bom, mas precisamos garantir que eles se comuniquem. Os cientistas devem participar de discussões para ver como seus modelos se encaixam. Eles devem fazer perguntas como: O que seu modelo mostra que o meu não vê? Como podemos entender nossas diferenças? Em vez de procurar um vencedor ou uma única verdade, devemos manter perspectivas valiosas disponíveis. Dessa forma, o diálogo contínuo pode levar a novas percepções ao longo do tempo.
Muitos estudiosos começaram a comparar diferentes teorias sobre a vida. Este artigo tem como objetivo levar esse espírito de comparação mais longe usando um método matemático. Ao expressar diferentes modelos de forma consistente, podemos compará-los.
Indo de Processos para Gráficos
Cada modelo enfatiza diferentes aspectos. Alguns podem focar em processos biológicos básicos como metabolismo, enquanto outros podem se concentrar nas interações do ecossistema. Queremos dar uma olhada mais de perto nos processos que ocorrem nos sistemas vivos, usando gráficos direcionados para representar as relações entre esses processos.
Um gráfico de habilitação de processos nos ajuda a capturar como diferentes processos interagem em tempo real. Por exemplo, uma árvore absorve luz solar para crescer, demonstrando um processo que habilita sua sobrevivência.
O Que São Habilitações?
Para ver como os processos se apoiam, definimos "habilitação." Em um sistema, um processo habilita outro se o primeiro cria as condições necessárias para que o segundo ocorra. Se você remover o primeiro processo, o segundo não pode acontecer. Isso é crucial para entender como os processos em um sistema vivo influenciam uns aos outros.
Construindo o Gráfico de Habilitação de Processos
Agora, vamos construir nosso gráfico de habilitação de processos, ou P-gráfico. Um P-gráfico é composto de processos acontecendo juntos dentro de um sistema. As conexões entre esses processos mostram como eles se habilitam mutuamente. Por exemplo, em uma cadeia alimentar simples, as plantas produzem energia da luz solar, o que então habilita os animais a comer essas plantas.
Com nossos P-gráficos, podemos representar vários processos biológicos e suas interações de uma maneira estruturada, permitindo melhores comparações e percepções.
O Conceito de Fechamento Organizacional
Nesse contexto, fechamento organizacional significa que podemos encontrar ciclos em nossos gráficos que mostram como os processos trabalham juntos para manter o sistema. Para um sistema vivo ser funcional, ele deve garantir que os processos que o mantêm vivo estejam interconectados de uma maneira que se sustente.
Ciclos em um P-gráfico indicam que, se você seguir os processos ao longo das conexões, pode retornar ao ponto de partida, demonstrando que o sistema mantém suas condições internas.
Diferenciando Processos e Restrições
É essencial entender a diferença entre processos (as atividades que acontecem) e restrições (os limites ou regras que governam esses processos). Enquanto processos podem criar energia e matéria, restrições simplesmente limitam o que pode acontecer.
Entender tanto os processos quanto as restrições é vital ao estudar sistemas vivos, pois ajuda a esclarecer como esses sistemas se organizam.
Comparando Gráficos
Cada P-gráfico oferece uma perspectiva de um sistema. Ao comparar dois P-gráficos diferentes, podemos analisar como eles visualizam o mesmo sistema. Por exemplo, se um biólogo estuda um pássaro, ele pode criar um P-gráfico, enquanto um químico estudando o mesmo pássaro pode criar um diferente.
Para comparar esses gráficos com precisão, procuramos homomorfismos-mapeamentos que destacam as semelhanças entre diferentes P-gráficos, mantendo suas estruturas únicas.
Homorheismos
Se um mapeamento reflete fechamento, chamamos de homorheismo. Esse mapeamento indica que as características vitais dos processos e ciclos nos dois gráficos correspondem, sugerindo que essas perspectivas poderiam ser representações válidas do mesmo sistema subjacente.
Aplicando Nossa Estrutura
Com nossa estrutura em mente, podemos analisar diferentes perspectivas ao longo do campo biológico. Vamos explorar três exemplos para ilustrar como nossos P-gráficos podem ajudar a esclarecer processos complexos.
Conjuntos Autocatalíticos
Primeiro, vamos olhar para os conjuntos autocatalíticos, que são sistemas de reações químicas que se habilitam a produzir mais de seus componentes. Dentro dessa estrutura, podemos criar P-gráficos para visualizar essas interações.
Ao analisar esses gráficos, podemos ver como certas reações dependem umas das outras, formando ciclos que criam um sistema fechado. Isso nos ajuda a entender melhor como a vida pode ter surgido de processos químicos simples.
Autopoiese
Em seguida, exploramos o conceito de autopoiese-sistemas que se mantêm regenerando constantemente seus componentes. Nesse caso, também podemos criar P-gráficos para ilustrar como vários processos dentro de um sistema vivo se apoiam mutuamente.
Examinando os ciclos e conexões nesses gráficos, podemos obter percepções sobre como organismos vivos mantêm suas fronteiras e sustentam sua existência.
Vírus
Os vírus apresentam um desafio único porque borram as linhas entre sistemas vivos e não vivos. Eles precisam de um hospedeiro para se reproduzir, mas podem exibir comportamentos semelhantes à vida quando dentro de um hospedeiro. Criando um P-gráfico para um vírus e suas interações com uma célula hospedeira, podemos entender melhor como os vírus podem se comportar como sistemas vivos, mesmo sem certas características.
Conclusão
Em resumo, desenvolvemos um método que utiliza gráficos de habilitação de processos como uma estrutura para explorar e comparar diferentes teorias da vida. Representando processos biológicos de maneira estruturada, podemos analisar como eles se habilitam mutuamente, aprimorando nossa compreensão da própria vida.
Ao combinar perspectivas de diferentes disciplinas científicas, podemos criar uma compreensão mais rica de como os sistemas vivos operam. Essa abordagem ajudará a avançar nosso conhecimento sobre processos biológicos, os limites da vida e a interação entre sistemas vivos e não vivos.
À medida que avançamos, devemos continuar a abraçar a diversidade de perspectivas dentro da biologia, pois essa abordagem pluralista nos guiará em direção a percepções mais profundas sobre a natureza da vida.
Título: Comparing biological models and theories of life with process-enablement graphs
Resumo: There are many perspectives through which biologists can study a particular living system. As a result, models of biological systems are often quite different from one another, both in form and size. Thus, in order for us to generate reliable knowledge of a particular system, we need to understand how the models that represent it are related. In previous work, we constructed a general model comparison framework to compare models representing any physical system. Here, we develop an alternative methodology that focuses on a fundamental feature of living systems, namely self-organisation. We employ a graph theoretic formalism which captures self-organising processes as cycles within particular kinds of graphs: process-enablement graphs. We then build the mathematical tools needed to compare biological models and their corresponding descriptions of self-organisation in a consistent and rigorous manner. We apply our formalism to a range of classical theories of life to show how they are similar and where they differ. We also investigate examples of putatively abiotic systems which nonetheless still realise primitive forms of self-organisation. While our current framework does not demarcate living systems from nonliving ones, it does allow us to better study the grey area surrounding life's edge.
Autores: Emmy Brown, Sean T. Vittadello
Última atualização: 2024-11-25 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://arxiv.org/abs/2411.17012
Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2411.17012
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/
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