Avanços nas Técnicas de Edição Genética para Leishmania
Pesquisadores melhoram métodos de edição genética pra estudar a Leishmania de um jeito mais eficaz.
Tom Beneke, N. H. May, A. Schmid, E. Meiser
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Índice
Edição gênica é uma ferramenta importante na pesquisa. Permite que os cientistas mudem o DNA de organismos vivos. Uma técnica que tem chamado bastante atenção é a CRISPR/Cas9. Esse método facilitou muito o estudo das funções gênicas em organismos como a Leishmania, um tipo de parasita que pode causar doenças em humanos.
Mas usar a CRISPR com Leishmania tem seus desafios. O método comum de usar CRISPR pode levar a mudanças inesperadas no DNA, o que dificulta saber quão bem-sucedida foi a edição. Além disso, a Leishmania não tem algumas ferramentas importantes para reparar o DNA, resultando em mais erros e tornando o processo de edição gênica menos eficiente.
Os pesquisadores têm tentado encontrar novas maneiras de tornar a edição gênica mais bem-sucedida com a Leishmania. Uma abordagem empolgante é o uso de uma ferramenta chamada editor de base de citosina hyBE4max (CBE). Essa ferramenta permite que os cientistas alterem letras específicas no DNA sem causar grandes quebras. Esse método mostrou-se promissor em interromper genes sem precisar fazer procedimentos mais complexos.
Limitações dos Métodos Atuais
Embora o editor de base ofereça algumas vantagens, ainda existem limitações ao usá-lo com a Leishmania. Um dos principais problemas é que diferentes espécies de Leishmania respondem de maneiras diferentes ao editor de base. Algumas espécies precisam de muito tempo em laboratório para conseguir fazer qualquer edição, o que não é ideal para os pesquisadores que querem resultados rápidos.
Usar outros tipos de Interferência de RNA, ou RNAi, para explorar funções gênicas também é uma opção, mas esse método só é adequado para certas espécies de Leishmania, limitando sua utilidade.
Desenvolvimentos Recentes
Para combater esses problemas, os pesquisadores tentaram melhorar seus métodos de edição gênica atuais. Eles encontraram uma nova versão do promotor T7 RNA Polimerase (RNAP), que ajuda a expressar o CBE de forma mais eficaz. Esse novo promotor permite uma melhor expressão do RNA guia que ajuda a direcionar o editor de base para o lugar certo no DNA, resultando em edições de DNA mais bem-sucedidas sem afetar negativamente o crescimento do parasita.
Além de otimizar a expressão do CBE, os pesquisadores estão agora usando uma nova versão de uma nuclease Cas12a, que ajuda a cortar o DNA em pontos específicos. Combinando essa nuclease com o CBE, eles desenvolveram um novo sistema para entregar e integrar o RNA guia no DNA do parasita Leishmania.
Melhorando a Eficiência da Edição Gênica
Os pesquisadores deram passos importantes para aumentar as taxas de edição gênica bem-sucedida. Usando as versões aprimoradas do CBE e Cas12a juntas, eles notaram um aumento significativo na eficácia das edições. Isso significa que mais células podem ser modificadas em menos tempo, o que é vital para estudos em larga escala.
Os pesquisadores também descobriram que, anteriormente, quando tentavam introduzir várias ferramentas de edição em uma única célula, isso muitas vezes causava confusão em como o DNA era alterado. O novo sistema, no entanto, permite que uma ferramenta de edição seja integrada de maneira eficaz em cada célula, o que ajuda a esclarecer os resultados dos experimentos.
O Papel do Teste e Caracterização
Uma vez que os novos sistemas foram implementados, os pesquisadores precisavam testar quão eficazes eram para alcançar os resultados desejados. Eles examinaram quão bem conseguiam mirar genes específicos e interromper suas funções. Por exemplo, focaram em um gene chamado PF16, que é crucial para o movimento do parasita. Quando miraram nesse gene, observaram que os parasitas editados não conseguiam mais se mover corretamente, o que confirmou que a edição foi bem-sucedida.
Aplicações Futuras
As melhorias feitas no sistema de edição gênica usando as novas ferramentas apresentam possibilidades empolgantes para futuras pesquisas. Com as capacidades aprimoradas, os pesquisadores agora podem explorar uma gama mais ampla de aplicações, como:
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Estudos Funcionais Gênicos em Larga Escala: As novas tecnologias de edição gênica permitirão testar muitos genes simultaneamente. Isso pode ajudar a identificar quais genes são essenciais para a sobrevivência do parasita e contribuem para sua capacidade de causar doenças.
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Pesquisa sobre Resistência a Medicamentos: Introduzindo mutações específicas no genoma, os cientistas podem entender melhor como essas mudanças contribuem para a resistência aos tratamentos atuais. Esse conhecimento pode levar ao desenvolvimento de terapias mais eficazes.
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Entendendo Traços Complexos: Com a capacidade de mirar múltiplos genes, os pesquisadores podem estudar como diferentes traços se relacionam entre si e como são controlados pela genética do organismo.
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Criando Modelos Genéticos: O sistema pode ser usado para criar modelos da doença, o que pode ajudar no desenvolvimento de vacinas ou novos tratamentos.
Conclusão
A edição gênica na Leishmania avançou bastante graças aos recentes avanços em tecnologia. A combinação do CBE hyBE4max e da nuclease Cas12a levou a uma melhor eficiência e precisão na edição do genoma do parasita. Isso abre portas para novas oportunidades de pesquisa que podem, significativamente, aumentar nosso entendimento da biologia da Leishmania e sua interação com os humanos. À medida que essas tecnologias continuam a melhorar, o potencial de descobrir novos tratamentos para doenças causadas pela Leishmania se mostra cada vez mais promissor.
Título: Improved base editing and functional screening in Leishmania via co-expression of the AsCas12a ultra variant, a T7 RNA Polymerase, and a cytosine base editor
Resumo: The ability to analyse the function of all genes in a genome is highly desirable, yet challenging in Leishmania due to a repetitive genome, limited DNA repair mechanisms and lack of RNA interference in most species. While our introduction of a cytosine base editor (CBE) demonstrated potential to overcome these limitations (Engstler and Beneke (2023)), challenges remained, including low transfection efficiency, variable editing rates across species, parasite growth effects, and competition between deleterious and non-deleterious mutations. Here, we present an optimized approach addressing these issues. We identified a T7 RNAP promoter variant ensuring high editing rates across Leishmania species without compromising growth. A revised CBE single-guide RNAs (sgRNAs) scoring system was developed to prioritize STOP codon generation. Additionally, a triple-expression construct was created for stable integration of CBE sgRNA expression cassettes into a Leishmania safe harbor locus using AsCas12a ultra-mediated DNA double-strand breaks, increasing transfection efficiency by [~]400-fold to one transfectant per 70 transfected cells. Using this improved system for a small-scale proof-of-principle pooled screen, we successfully confirmed the essential and fitness-associated functions of CK1.2, CRK2, CRK3, AUK1/AIRK, TOR1, IFT88, IFT139, IFT140 and RAB5A in L. mexicana, demonstrating a significant improvement over our previous method. Lastly, we show the utility of co-expressing AsCas12a ultra, T7 RNAP and CBE for hybrid CRISPR gene replacement and base editing within the same cell line. Overall, these improvements will broaden the range of possible gene editing applications in Leishmania species and will enable a variety of loss-of-function screens in the near future.
Autores: Tom Beneke, N. H. May, A. Schmid, E. Meiser
Última atualização: 2024-12-07 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.28.582587
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.28.582587.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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