Automatizando a Classificação de Ensaios Clínicos de Câncer com IA
Um novo classificador usa IA pra facilitar a análise de trials oncológicos.
Fabio Dennstädt, Paul Windisch, Irina Filchenko, Johannes Zink, Paul Martin Putora, Ahmed Shaheen, Roberto Gaio, Nikola Cihoric, Marie Wosny, Stefanie Aeppli, Max Schmerder, Mohamed Shelan, Janna Hastings
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Índice
- A Importância de Classificar Dados de Ensaios
- O Desafio de Acompanhar
- Ferramentas Atuais e Suas Limitações
- Entram os Modelos de Linguagem Grande
- A Tarefa de Classificar Ensaios Oncológicos
- Como Funciona o Classificador Geral
- Testando Diferentes Modelos
- Como os Conjuntos de Dados Foram Usados para Avaliação
- Avaliando o Desempenho do Classificador
- Comparando com Métodos Tradicionais
- Limitações e Direções Futuras
- Conclusão
- O Futuro da Classificação em Pesquisa Médica
- Considerações Finais
- Fonte original
- Ligações de referência
Nos últimos anos, teve um aumento enorme na quantidade de pesquisas biomédicas publicadas. Com esse crescimento todo, tá ficando um desafio e tanto encontrar e entender rapidamente todas as informações científicas que podem ajudar os médicos a tomar decisões sobre o cuidado dos pacientes. Isso é especialmente verdade na oncologia, que é a área da medicina que lida com o câncer. Nesse campo acelerado, os Ensaios Clínicos randomizados (RCTs) são vistos como a melhor forma de reunir evidências sólidas para tomar decisões.
A Importância de Classificar Dados de Ensaios
Classificar dados de ensaios clínicos é super importante porque diagnosticar e tratar câncer muitas vezes exige o uso de diferentes sistemas de Classificação. Esses sistemas podem incluir estadiamento de tumor, que é o quanto o câncer se espalhou (tipo TNM), classificações moleculares e genéticas, e avaliações de risco como o Gleason Score para câncer de próstata. Além disso, escalas de saúde como o ECOG ou o Karnofsky Performance Status também são usadas. Quando você adiciona a variedade de configurações e objetivos de diferentes ensaios, a coisa complica. Os ensaios podem focar em resultados diferentes, como sobrevida global, sobrevida livre de progressão, ou até mesmo medidas de qualidade de vida.
Com tanta informação por aí, tentar acompanhar tudo manualmente tá ficando impossível. Aí que entra a tecnologia. A galera tem pesquisado usar Processamento de Linguagem Natural (NLP) para ajudar a classificar automaticamente os ensaios clínicos e responder perguntas específicas sobre eles.
O Desafio de Acompanhar
Todo ano, um monte de ensaios é publicado, e só no ClinicalTrials.gov—um banco de dados oficial de estudos clínicos—são cerca de meio milhão de estudos registrados. Uma boa parte disso é em oncologia. Uma forma automatizada de classificar ensaios de oncologia poderia ser muito útil. Isso facilitaria coisas como revisões sistemáticas e meta-análises, que são maneiras de sintetizar achados de pesquisa, além de manter os estudos atualizados.
Ferramentas Atuais e Suas Limitações
Atualmente, existem algumas ferramentas como o Trialstreamer que usam uma mistura de aprendizado de máquina e métodos baseados em regras para trabalhar com RCTs. Essas ferramentas têm se saído bem em pegar detalhes importantes dos resumos científicos. Elas podem classificar ensaios com alta precisão usando técnicas como ajuste fino de modelos de aprendizado de máquina. Mas sempre dá pra melhorar.
Imagina um sistema que não apenas classifica um ensaio, mas pode responder a qualquer pergunta sobre ele sem precisar de ajustes especiais toda vez. Isso poderia mudar tudo. O desafio é que muitos métodos clássicos de NLP, como modelos básicos de classificação de texto, têm dificuldades com a ampla gama de tarefas que precisam lidar.
Entram os Modelos de Linguagem Grande
Os modelos de linguagem grande (LLMs) conseguem vasculhar enormes quantidades de texto e entregar insights de um jeito que a gente nunca viu antes. Eles mostraram grande potencial em várias tarefas, incluindo responder perguntas sobre tópicos médicos, resumir documentos clínicos e extrair dados úteis de textos grandes e não estruturados.
Num projeto recente, pesquisadores criaram uma estrutura que usa LLMs pra fazer triagem de títulos e resumos automaticamente. Esse sistema mostrou resultados animadores em diferentes áreas médicas.
A Tarefa de Classificar Ensaios Oncológicos
Em um projeto de seguimento, os pesquisadores queriam ver se conseguiam desenvolver um classificador geral. Essa ferramenta responderia a várias perguntas sobre ensaios oncológicos usando texto de publicações. O objetivo era tornar o processo de classificação simples e flexível.
Como Funciona o Classificador Geral
A equipe criou uma abordagem simples pra usar LLMs na classificação de qualquer texto em categorias que os usuários definem. Aqui está como funciona:
- Definindo Categorias: Os usuários definem as categorias de classificação.
- Texto de Entrada: O modelo recebe duas entradas: uma descrição da tarefa e o texto real a ser classificado.
- Executando o LLM: O modelo processa o texto e gera uma saída.
- Determinando Categorias: A saída é checada diretamente pra ver se corresponde a uma das categorias definidas ou analisada usando métodos como expressões regulares.
Uma das funcionalidades legais desse sistema é que ele força o modelo a sempre dar uma resposta válida escolhendo entre as categorias definidas. Porém, rodar modelos de última geração pode ser pesado em termos de recursos, então os pesquisadores às vezes usaram serviços de computação em nuvem pra ajudar na tarefa pesada.
Testando Diferentes Modelos
Pra avaliar a estrutura deles, os pesquisadores testaram vários LLMs de código aberto que variam em design e dados de treinamento. Os modelos que usaram incluem uma mistura de modelos generativos que dizem superar modelos populares como GPT-3.5 em benchmarks humanos. Eles rodaram esses modelos tanto em configurações locais quanto na nuvem.
Como os Conjuntos de Dados Foram Usados para Avaliação
Para essa pesquisa, diversos conjuntos de dados foram compilados por humanos que classificaram ensaios oncológicos. Havia quatro conjuntos de dados contendo um total de cerca de 2.163 ensaios com várias tarefas de classificação. A tarefa de classificar os ensaios foi simplificada em perguntas binárias que podiam ser respondidas com 'sim' ou 'não'. Isso facilitou a avaliação de quão bem o classificador se saiu.
Avaliando o Desempenho do Classificador
O desempenho do classificador foi medido usando precisão, exatidão, recall e outras métricas. Os pesquisadores descobriram que, ao usar modelos rodados localmente, conseguiram alcançar alta precisão com muito poucas respostas inválidas. Os resultados mostraram números impressionantes, especialmente com certos modelos chegando a mais de 90% de precisão na maioria das perguntas.
Em geral, os resultados demonstraram que o classificador geral poderia analisar ensaios clínicos de forma eficaz e responder perguntas sobre eles.
Comparando com Métodos Tradicionais
À medida que a tecnologia avança, os LLMs estão mostrando desempenho melhorado em comparação com abordagens tradicionais de aprendizado de máquina. Sistemas automatizados para classificar e analisar artigos de pesquisa estão se tornando cada vez mais importantes à medida que o volume da literatura médica continua crescendo.
As descobertas desse estudo sugerem que uma ferramenta de classificação de propósito geral usando LLMs pode lidar de forma eficaz com questões relacionadas a ensaios clínicos sem precisar de mudanças extensivas para tarefas específicas, o que é um grande avanço.
Limitações e Direções Futuras
Embora os resultados dessa pesquisa sejam encorajadores, há algumas limitações. Primeiro, a abordagem exige um poder computacional significativo. Além disso, só lidou com uma faixa estreita de perguntas binárias, então sua aplicabilidade a tarefas mais amplas pode ser limitada.
É também essential notar que avaliar esses modelos requer o uso de novos conjuntos de dados que os modelos não tenham visto antes. Os modelos são treinados com grandes quantidades de texto, então precisam ser testados em dados frescos pra medir sua eficácia.
Apesar dessas limitações, os pesquisadores estão otimistas em relação ao potencial dos LLMs na análise da literatura médica. Eles acreditam que esses sistemas poderiam ser valiosos na oncologia, onde os riscos são altos e a informação pode ficar complicada rapidamente.
Conclusão
O classificador geral que foi desenvolvido oferece uma maneira promissora de automatizar a classificação de ensaios oncológicos e outros textos relevantes. Ele fornece uma estrutura flexível que pode se adaptar a várias necessidades. Embora ainda existam desafios a serem enfrentados, o futuro parece promissor para ferramentas de classificação baseadas em LLMs no campo da pesquisa médica. À medida que essas tecnologias avançam, elas podem economizar tempo dos pesquisadores, ajudar a gerenciar grandes quantidades de dados e, no fim das contas, contribuir para melhores decisões sobre o cuidado dos pacientes.
O Futuro da Classificação em Pesquisa Médica
Olhando pra frente, podemos esperar mais desenvolvimentos na área dos LLMs e suas aplicações na saúde. A esperança é que essas ferramentas continuem a evoluir, oferecendo ainda mais precisão e confiabilidade. Isso significa que os médicos podem em breve ter recursos mais potentes nas mãos pra fazer escolhas informadas sobre tratamentos e intervenções.
Considerações Finais
Num mundo onde a pesquisa sobre câncer tá se expandindo rapidamente, ter sistemas automatizados eficazes pra classificar e analisar dados vai se tornar cada vez mais importante. Com o crescimento contínuo da literatura biomédica, ferramentas como a que foi desenvolvida nessa pesquisa podem desempenhar um papel crucial em ajudar os pesquisadores a filtrar o que importa e encontrar as percepções valiosas—como ter um guia confiável que sabe os melhores caminhos por um labirinto de informações.
Então, enquanto ainda não chegamos a um ponto onde computadores podem substituir o julgamento humano, os avanços nos LLMs certamente estão nos guiando na direção certa. Quem sabe? Talvez um dia esses modelos ajudem a esclarecer perguntas médicas complexas e o único desafio que restar será decidir o que almoçar!
Fonte original
Título: Application of a general LLM-based classification system to retrieve information about oncological trials
Resumo: PurposeThe automated classification of clinical trials and medical literature is increasingly relevant, particularly in oncology, as the volume of publications and trial reports continues to expand. Large Language Models (LLMs) may provide new opportunities for automated diverse classification tasks. In this study, we developed a general-purpose text classification framework using LLMs and evaluated its performance on oncological trial classification tasks. Methods and MaterialsA general text classification framework with adaptable prompt, model and categories for the classification was developed. The framework was tested with four datasets comprising nine binary classification questions related to oncological trials. Evaluation was conducted using a locally hosted version of Mixtral-8x7B-Instruct v0.1 and three cloud-based LLMs: Mixtral-8x7B-Instruct v0.1, Llama3.1-70B-Instruct, and Qwen-2.5-72B. ResultsThe system consistently produced valid responses with the local Mixtral-8x7B-Instruct model and the Llama3.1-70B-Instruct model. It achieved a response validity rate of 99.70% and 99.88% for the cloud-based Mixtral and Qwen models, respectively. Across all models, the framework achieved an overall accuracy of >94%, precision of >92%, recall of >90%, and an F1-score of >92%. Question-specific accuracy ranged from 86.33% to 99.83% for the local Mixtral model, 85.49% to 99.83% for the cloud-based Mixtral model, 90.50% to 99.83% for the Llama3.1 model, and 77.13% to 99.83% for the Qwen model. ConclusionsThe LLM-based classification framework exhibits robust accuracy and adaptability across various oncological trial classification tasks. The findings highlight the potential of automated, LLM- driven trial classification systems, which may become increasingly used in oncology.
Autores: Fabio Dennstädt, Paul Windisch, Irina Filchenko, Johannes Zink, Paul Martin Putora, Ahmed Shaheen, Roberto Gaio, Nikola Cihoric, Marie Wosny, Stefanie Aeppli, Max Schmerder, Mohamed Shelan, Janna Hastings
Última atualização: Dec 5, 2024
Idioma: English
Fonte URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.12.03.24318390
Fonte PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.12.03.24318390.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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