O Impacto da Metilação do DNA no Desenvolvimento do Câncer
Explore como a metilação do DNA influencia a atividade dos genes e a progressão do câncer.
Ioannis Kafetzopoulos, Francesca Taglini, Hazel Davidson-Smith, Duncan Sproul
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Índice
Metilação do DNA é um processo que adiciona um grupo químico pequeno chamado metila a uma parte do nosso DNA chamada citosina. Essa mudança não altera a sequência do DNA em si, mas pode influenciar como os genes são ativados ou desativados. Pense nisso como um dimmer para seus genes — às vezes eles brilham forte, e outras vezes mal estão acendendo.
O Papel da Metilação do DNA
No nosso corpo, a metilação do DNA acontece principalmente em pares de nucleotídeos conhecidos como locais CpG. A maioria desses locais costuma estar cheia de grupos metila em células saudáveis. Esse padrão ajuda a regular quais genes estão ativos. Dois jogadores chave na criação e manutenção desses padrões de metilação são as enzimas chamadas DNMT3A e DNMT3B. Essas enzimas são responsáveis por adicionar os grupos metila durante o desenvolvimento. Uma vez que o DNA é replicado, outra enzima chamada DNMT1 cuida de manter os níveis de metilação consistentes.
Metilação e Câncer
Quando o câncer se desenvolve, algo sai do controle nos padrões de metilação do DNA. Geralmente, as células tumorais mostram níveis mais baixos de metilação em comparação com células saudáveis. Essa queda na metilação não acontece de forma uniforme em todo o genoma; ao invés disso, acontece em grandes áreas chamadas domínios parcialmente metilados (PMDS). Esses PMDs têm uma impressão digital única — costumam ter menos locais CpG, não são ricos em genes e normalmente estão reprimidos.
Acredita-se que células cancerosas com esses PMDs aproveitam as mudanças na expressão gênica. Elas podem ativar genes que ajudam os tumores a crescer, reviver seções de DNA adormecidas e contribuir para a natureza caótica do genoma.
PMDs e Suas Características
Os PMDs têm um conjunto de características que os diferenciam do resto da paisagem do DNA. Eles costumam ter poucos genes e uma densidade reduzida de locais CpG. Isso sugere que eles se comportam como seções de cromatina bem compactas, que é um complexo de DNA e proteínas. Quando os pesquisadores analisam os PMDs de perto, percebem que eles resistem a certas enzimas que digerem DNA — isso é um sinal de sua estrutura densa e compacta.
Além disso, os PMDs são frequentemente associados a certas marcas químicas em histonas, as proteínas em torno das quais o DNA é enrolado. Por exemplo, duas marcas importantes são H3K9me3 e H3K27me3. Essas marcas geralmente são encontradas em regiões do DNA que são, em sua maioria, inativas ou silenciadas.
O Mistério da Formação dos PMDs
Apesar de saber que os PMDs existem, os pesquisadores ainda estão juntando as peças de como eles se formam. Uma ideia é que, quando o DNA é copiado durante a divisão celular, o novo DNA não é re-metilado de forma eficiente. É como tentar tampar um pote de manteiga de amendoim depois de mexer com uma colher — às vezes você simplesmente não consegue colocar a tampa de volta do mesmo jeito. Em células cancerosas que se dividem rapidamente, pode não haver tempo suficiente para que essa re-metilação aconteça. Isso pode levar à perda gradual de metilação nessas regiões de PMD ao longo de sucessivas divisões celulares.
Curiosamente, estudos mostram que a quantidade de perda de metilação está ligada a quantas vezes uma célula cancerosa se dividiu. Parece que quanto mais divisões, mais metilação é perdida.
O Papel do DNMT1
Um dos principais players na manutenção da metilação do DNA é o DNMT1. Quando os pesquisadores eliminaram essa enzima em uma linha de células cancerosas colorretais específica, descobriram que os PMDs estavam hipermetilados — ou seja, tinham mais metilação do que o normal. Isso foi inesperado porque o DNMT1 é parcialmente responsável por manter os padrões de metilação do DNA. Isso levanta a questão: há outro processo em jogo?
A Importância do DNMT3A
Ao examinar o DNA de células que não tinham DNMT1, os pesquisadores descobriram que o DNMT3A, outra enzima de metilação, estava sendo recrutado para certos PMDs. Isso levou a novas regiões se tornarem mais altamente metiladas, o que contradiz o que se esperava na ausência do DNMT1.
Então, o que está acontecendo? Acontece que na ausência do DNMT1, o DNMT3A pode entrar para preencher o vazio, como um professor substituto entrando quando o regular está ausente. Eles encontram seu caminho para os PMDs que haviam perdido anteriormente parte de sua metilação, possivelmente devido à perda das marcas H3K9me3, que geralmente estão associadas ao DNA bem compactado.
A Dança das Marcas de Histona
À medida que os padrões de metilação do DNA mudavam, os pesquisadores perceberam que outras mudanças também estavam acontecendo. A marca H3K9me3 começou a diminuir nesses PMDs hipermetilados, enquanto uma nova marca, H3K36me2, começou a aparecer. A nova marca é como uma nova camada de tinta — algo está mudando na paisagem do DNA.
Essa troca de marcas é crucial porque elas guiam onde várias enzimas, incluindo o DNMT3A, decidem pousar. Quando a paisagem muda, as enzimas respondem ao novo "cenário".
O que Isso Significa para o Tratamento do Câncer?
Entender essas mudanças na metilação do DNA e nas marcas de histona dá aos pesquisadores insights sobre como as células cancerosas operam e sobrevivem. Se os cientistas conseguirem encontrar maneiras de manipular esses processos, pode ser mais fácil atingir as células cancerosas sem afetar as células normais.
O objetivo final é diminuir o volume dos genes que ajudam os tumores a crescer, mantendo os genes saudáveis brilhando forte. Isso pode levar a tratamentos de câncer mais eficazes no futuro, permitindo melhores resultados e menos efeitos colaterais.
Conclusão
A metilação do DNA é um assunto fascinante. Embora seja claro que mudanças nesses padrões podem impactar significativamente o desenvolvimento do câncer, a imagem completa ainda está se desenrolando. Com cada nova descoberta, estamos mais perto de entender como combater efetivamente o câncer, usando os próprios mecanismos que permitem que ele prospere.
E quem sabe? Um dia, talvez a gente consiga decifrar o código do câncer. Até lá, os pesquisadores continuarão cavando, girando e ajustando os controles desse sistema complexo, tentando entender como desligar as luzes nesses PMDs hipermetilados e irritantes.
Fonte original
Título: DNMT1 loss leads to hypermethylation of a subset of late replicating domains by DNMT3A
Resumo: Loss of DNA methylation is a hallmark of cancer that is proposed to promote carcinogenesis through gene expression alterations, retrotransposon activation and induction of genomic instability. Cancer-associated hypomethylation does not occur across the whole genome but leads to the formation of partially methylated domains (PMDs). However, the mechanisms underpinning PMD formation remain unclear. PMDs replicate late in S-phase leading to the proposal that they become hypomethylated due to incomplete re-methylation by the maintenance methyltransferase DNMT1 during cell division. Here we investigate the role of DNMT1 in the formation of PMDs in cancer by conducting whole genome bisulfite sequencing (WGBS), repli-seq and ChIP-seq on DNMT1 knockout HCT116 colorectal cancer cells (DNMT1 KO cells). We find that DNMT1 loss leads to preferential hypomethylation in late replicating, heterochromatic PMDs marked by the constitutive heterochromatic mark H3K9me3 or the facultative heterochromatic mark H3K27me3. However, we also observe that a subset of H3K9me3-marked PMDs gain methylation in DNMT1 KO cells. We find that, in DNMT1 KO cells, these hypermethylated PMDs remain late replicating but gain DNMT3A localisation. This is accompanied by loss of heterochromatic H3K9me3 and specific gain of euchromatic H3K36me2. Our observations suggest that hypermethylated PMDs lose their heterochromatic state, enabling their methylation by DNMT3A and the establishment of a hypermethylated, non-PMD state, despite their late replication timing. More generally, our findings suggest that the de novo DNMTs play a key role in establishing domain level DNA methylation patterns in cancer cells.
Autores: Ioannis Kafetzopoulos, Francesca Taglini, Hazel Davidson-Smith, Duncan Sproul
Última atualização: 2024-12-19 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.19.629414
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.19.629414.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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