Come l'E. coli si è adattata attraverso le mutazioni
Quest'articolo esplora le mutazioni che aiutano l'E. coli ad adattarsi a nuovi ambienti.
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Indice
- L'importanza della Variazione Genetica
- Il ruolo dei Tassi di Mutazione
- Influenza ambientale sulla mutazione
- Variazione genetica nascosta
- Mutazioni condizionali
- Evidenze sperimentali da E. coli
- Il ruolo di specifiche mutazioni
- Comprendere i cambiamenti di fitness
- Mutazioni Compensatorie e i loro effetti
- Osservare i cambiamenti genetici
- Il quadro generale dell'evoluzione
- Implicazioni per la ricerca futura
- Fonte originale
L'evolvibilità si riferisce a quanto bene un sistema biologico, come una specie o una popolazione, può cambiare in risposta a diversi ambienti o sfide. Alcuni organismi possono adattarsi più facilmente di altri, e questa capacità può cambiare nel tempo a causa delle differenze nella loro genetica.
L'importanza della Variazione Genetica
La variazione genetica è fondamentale per l'evoluzione. Permette a una popolazione di adattarsi a nuove condizioni. Alcuni organismi hanno più variazione genetica di altri, cosa che può influenzare quanto facilmente possono evolversi. Ad esempio, gruppi di organismi strettamente correlati possono mostrare una vasta gamma di adattabilità.
Il ruolo dei Tassi di Mutazione
Un fattore che può aumentare la variazione genetica è il tasso di mutazione. Le mutazioni sono cambiamenti casuali nel codice genetico. Un tasso di mutazione più alto significa che possono verificarsi più cambiamenti. Più cambiamenti possono portare a più opportunità di adattamento. Tuttavia, ci sono dei compromessi. Mentre tassi di mutazione più alti possono aiutare a creare nuovi tratti benefici, possono anche introdurre cambiamenti dannosi che influenzano negativamente la sopravvivenza.
Influenza ambientale sulla mutazione
I benefici di avere un tasso di mutazione alto possono dipendere dall'ambiente. In ambienti in cambiamento, le mutazioni che aiutano una popolazione a sopravvivere possono diventare molto importanti. Ma se le mutazioni risultano dannose in un nuovo ambiente, possono causare problemi. Alcune mutazioni possono essere neutre o essere utili in un contesto, ma dannose in un altro.
Variazione genetica nascosta
A volte, gli organismi hanno tratti genetici che non si esprimono finché non si trovano in una situazione stressante. Questa variazione nascosta può diventare vantaggiosa quando l'ambiente cambia. Ad esempio, certe proteine nella cellula possono normalmente stabilizzare altre proteine. Se quelle proteine stabilizzatrici sono sopraffatte, tratti nascosti possono diventare visibili e agire sulla selezione naturale.
Mutazioni condizionali
Le mutazioni possono anche essere utili in un ambiente e diventare neutre o dannose quando le condizioni cambiano. Se una popolazione ha un mix di mutazioni benefiche e dannose, gli effetti di queste mutazioni possono interagire in modi complessi. Alcune mutazioni dannose potrebbero mascherare i benefici dei tratti buoni. Le condizioni giuste potrebbero consentire a queste mutazioni dannose di essere compensate, rivelando i tratti positivi che erano nascosti.
Evidenze sperimentali da E. coli
Per studiare queste idee, gli scienziati hanno condotto un esperimento con E. coli. Hanno preso un singolo ceppo ancestrale di E. coli e l'hanno diviso in sei gruppi. Ogni gruppo è stato evoluto in un ambiente limitato di glucosio per 2.000 generazioni. Successivamente, hanno creato nuove popolazioni a partire da questi gruppi evoluti, che sono state poi esposte al lattosio per 1.000 generazioni.
Inizialmente, l'E. coli evoluto non si comportava meglio nell'ambiente del lattosio. Tuttavia, col passare del tempo, ha mostrato una migliore adattabilità rispetto al ceppo originale. Questo ha suggerito che la loro esperienza passata con l'adattamento al glucosio li aveva resi più capaci di evolversi nell'ambiente del lattosio.
Il ruolo di specifiche mutazioni
Esaminando le popolazioni evolute di E. coli, i ricercatori hanno identificato mutazioni in un gene chiamato iclR. Questo gene gioca un ruolo nella regolazione delle vie che aiutano i batteri a scomporre alcuni nutrienti. Le mutazioni in iclR erano benefiche in un ambiente di glucosio, ma sono diventate neutre o dannose quando i batteri sono stati messi in un ambiente di lattosio.
Quando gli scienziati hanno testato queste mutazioni, hanno scoperto che tornare al gene ancestrale iclR migliorava la Fitness nel lattosio. Questo suggeriva che le mutazioni originali avevano un certo costo associato a esse nel nuovo ambiente. Rimuovendo questi costi, le popolazioni sono state in grado di rivelare altre mutazioni benefiche che hanno contribuito positivamente alla loro evoluzione.
Comprendere i cambiamenti di fitness
La fitness di un organismo si riferisce alla sua capacità di sopravvivere e riprodursi. Nelle fasi iniziali dell'adattamento all'ambiente di lattosio, le mutazioni evolute di iclR erano dannose. Tuttavia, col tempo, queste mutazioni sono diventate neutre o addirittura benefiche mentre le popolazioni continuavano ad evolversi.
Tornando a queste mutazioni di iclR in alcune popolazioni, i ricercatori hanno potuto osservare un significativo aumento della fitness. Questo indica che l'impatto generale delle mutazioni selezionate nell'ambiente di glucosio si è rivelato positivo quando testato nell'ambiente di lattosio.
Mutazioni Compensatorie e i loro effetti
Le mutazioni compensatorie sono cambiamenti che aiutano a contrastare gli effetti negativi delle mutazioni dannose. In questo studio, le mutazioni evolute di iclR hanno agito come un peso nell'ambiente di lattosio all'inizio. Ma mentre i batteri evolvevano, cambiamenti compensatori aiutavano a alleviare questo peso. Questa interazione è stata fondamentale per l'aumentata adattabilità osservata in queste popolazioni.
Osservare i cambiamenti genetici
Per indagare ulteriormente, gli scienziati hanno sequenziato i genomi di molti cloni evoluti. Hanno scoperto che mentre alcuni cloni condividevano mutazioni con i loro fondatori, il numero complessivo di nuove mutazioni differiva tra i cloni. Questa variabilità suggerisce che mentre l'evoluzione produceva nuovi tratti, alcuni erano più riusciti di altri.
Curiosamente, durante il processo di adattamento nel lattosio, non sono state trovate nuove mutazioni nel gene iclR. Questo implica che le mutazioni precedenti di iclR non sono state sostituite, ma piuttosto compensate da altri cambiamenti genetici nei batteri.
Il quadro generale dell'evoluzione
I risultati di questo esperimento con E. coli contribuiscono alla nostra comprensione di come le specie si adattano nel tempo. La capacità degli organismi di evolversi è influenzata da diversi fattori, incluso il loro background genetico e le pressioni ambientali. Le relazioni tra mutazioni benefiche e dannose possono creare un paesaggio complesso in cui alcune mutazioni possono ostacolare i progressi mentre altre possono spianare la strada al successo.
Implicazioni per la ricerca futura
Capire come funzionano le mutazioni compensatorie e come influenzano l'evolvibilità complessiva è cruciale. Questo informa come pensiamo ai processi evolutivi in generale. Questo studio mette in evidenza che le adattamenti passati possono influenzare l'adattabilità futura. L'equilibrio tra mutazioni benefiche e dannose è essenziale quando si valuta come le popolazioni risponderanno a nuove sfide.
In conclusione, l'interazione tra diverse mutazioni e i loro effetti sulla fitness dimostra la complessità dell'evoluzione. Studiando come i batteri si adattano in ambienti in cambiamento, gli scienziati possono ottenere intuizioni su principi biologici più ampi che si applicano a diverse specie, compresi gli esseri umani.
Titolo: Mutations in iclR increase evolvability by facilitating compensation that exposes cryptic beneficial mutations in experimental populations of Escherichia coli
Estratto: Evolvability describes the potential of a population to generate beneficial variation. Several mechanisms that increase evolvability have been demonstrated, including the action of systems that reveal accumulated beneficial variants following an environmental shift. We examine the basis of an increase in the evolvability of Escherichia coli lines that were first selected in an environment supplemented with glucose as sole carbon source and then transferred to an otherwise identical lactose supplemented environment. These lines increased in fitness significantly more quickly in the lactose environment, and reached a higher final fitness, than did naive ancestral lines. In four of six lines this increased evolvability can be explained by mutations in iclR that were selected in glucose but were significantly deleterious in lactose, masking the effect of other generally beneficial mutations. Secondary mutations that compensated for this cost resulted in large fitness increases. We did not detect any consistent genetic signature associated with the compensation, suggesting that different pathways were responsible and, therefore, that it can occur at a relatively high rate. That mutations selected in one environment will become deleterious following an environmental shift, so that compensation provides potential for a large subsequent fitness increase represents a potentially common and general mechanism of evolvability in changing environments.
Autori: Tim F Cooper, R. K. Staples
Ultimo aggiornamento: 2024-02-21 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.21.581449
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.21.581449.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.
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