Variazioni di endocitosi nelle specie fungine
Questo studio compara l'endocitosi in tre funghi per scoprire la diversità cellulare.
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Indice
Le cellule svolgono tanti compiti importanti. Questi includono come si muovono, come si dividono in due, come rimangono organizzate e come raccolgono nutrienti. Questi lavori sono simili tra diversi tipi di esseri viventi, specialmente in un gruppo chiamato eucarioti, che include piante, animali e funghi. Gli scienziati si concentrano spesso sulle parti comuni di questi processi, il che li rende facili da studiare. Tuttavia, ci sono anche molte differenze in come questi processi funzionano tra le diverse specie. È fondamentale guardare sia le somiglianze che le differenze per capire meglio come funzionano le cellule.
Un processo chiave nelle cellule si chiama Endocitosi. Questo è il modo in cui le cellule prendono materiali dall'esterno dei loro confini. Inizia quando una parte della membrana cellulare si piega verso l'interno per formare una piccola bolla, o vescicola, che trasporta materiali dentro la cellula. L'endocitosi è comune tra molti tipi di esseri viventi e aiuta a mantenere l'equilibrio nella cellula, permettendole anche di assorbire nutrienti.
Questo studio mira a capire come funziona l'endocitosi in tre diverse specie di funghi. Questo confronto aiuterà a capire meglio le differenze in come avviene l'endocitosi e come queste differenze possono essersi evolute nel tempo.
Perché studiare l'endocitosi?
L'endocitosi è vitale per molte funzioni cellulari. Aiuta le cellule a prendere nutrienti, rimuovere scarti e comunicare con altre cellule. A causa della sua importanza, gli scienziati studiano questo processo in varie specie, specialmente in organismi noti come il lievito. Lievi come Saccharomyces cerevisiae e Schizosaccharomyces pombe sono spesso citati per la loro semplicità e le informazioni preziose che forniscono.
Confrontando l'endocitosi in questi lieviti e in Ustilago maydis, un altro tipo di fungo, possiamo vedere come Ambienti diversi e percorsi evolutivi hanno plasmato il funzionamento dell'endocitosi. Questa comprensione può portare a intuizioni sulla biologia cellulare nel suo complesso e su come diversi organismi interagiscono con i loro ambienti.
Panoramica dello Studio
Per questo studio, ci siamo concentrati su tre specie fungine: Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe e Ustilago maydis. Questi funghi fanno tutti parte di un gruppo più grande chiamato dikarya. Anche se condividono alcune caratteristiche, le tre specie hanno oltre 500 milioni di anni di Evoluzione separata.
Utilizzando tecniche di imaging avanzate, abbiamo osservato come le Proteine endocitiche si assemblano e funzionano in questi diversi funghi. Taggando specifiche proteine che sono parte del processo endocitico, abbiamo potuto seguire il loro movimento e comportamento nelle cellule vive.
L'importanza della Diversità Eucariotica
Anche se molti processi eucariotici sono conservati, possono anche variare significativamente tra diverse specie. Ad esempio, nell'endocitosi, le proteine coinvolte possono cambiare in termini di schemi di assemblaggio, tempistiche e meccanismi di regolazione. Questa variazione può rivelare come diverse specie si siano adattate ai loro ambienti unici mantenendo gli aspetti fondamentali delle funzioni cellulari importanti.
Nonostante queste variazioni, i passaggi base dell'endocitosi rimangono simili, mettendo in evidenza un equilibrio tra conservazione e adattamento negli eucarioti. Questo studio mira a mettere in luce queste differenze e il loro contesto evolutivo.
Metodologia
Per portare avanti il nostro studio, abbiamo utilizzato tre diverse specie di funghi. Ogni specie è stata coltivata nelle stesse condizioni per garantire che i risultati fossero comparabili. Utilizzando un metodo chiamato “imaging di cellule vive”, abbiamo potuto osservare come ciascuna delle proteine endocitiche taggate si comportava nel tempo.
Selezione delle Specie
Abbiamo selezionato le specie S. cerevisiae, S. pombe e U. maydis per questo studio. Queste specie sono diverse in termini di storia evolutiva, ma condividono anche tratti comuni che le rendono adatte per un'analisi comparativa. Possono essere facilmente coltivate in laboratorio e sono modelli consolidati nello studio dei processi cellulari.
Tagging delle Proteine
Abbiamo taggato otto proteine endocitiche chiave con marcatori fluorescenti. Questo ci ha permesso di visualizzare il loro movimento e le interazioni in tempo reale. Osservando queste proteine, abbiamo potuto raccogliere dati sul loro assemblaggio e funzionalità all'interno del processo endocitico.
Osservare la Dinamica Endocitica
Attraverso le nostre tecniche di imaging, siamo stati in grado di analizzare la dinamica dell'assemblaggio delle proteine endocitiche. Questo ha incluso misurare quanto tempo ciascuna proteina rimanesse nel sito endocitico, come si muovevano all'interno della cellula e come la loro presenza cambiava nel tempo.
Tempistiche dell'Assemblaggio delle Proteine
Le tempistiche in cui le proteine apparivano durante il processo endocitico variavano tra le specie. Ad esempio, alcune proteine si assemblavano molto presto nel processo, mentre altre arrivavano più tardi. Questa tempistica è cruciale perché può influenzare quanto efficientemente funziona il processo endocitico.
Durata delle Proteine Endocitiche
Una delle scoperte chiave del nostro studio è che le durate delle proteine endocitiche differiscono notevolmente tra le tre specie. La durata totale dell'endocitosi, dall'inizio alla fine, variava, con S. cerevisiae che impiegava più tempo e U. maydis che era la più veloce. Questa differenza potrebbe suggerire adattamenti ai loro ambienti diversi.
Comprendere il Comportamento delle Proteine
Oltre alla tempistica, abbiamo anche esaminato come le proteine si comportavano mentre svolgevano le loro funzioni. I movimenti delle proteine e le loro interazioni sono stati monitorati da vicino per capire meglio come influenzano il processo endocitico.
Dipendenza dall'Actina
L'actina, un tipo di proteina che forma il citoscheletro, gioca un ruolo significativo nel processo di endocitosi. In tutte e tre le specie, abbiamo osservato che l'actina era cruciale per il movimento delle vescicole endocitiche. Quando abbiamo inibito la polimerizzazione dell'actina, abbiamo notato significative interruzioni nell'endocitosi.
Influenza Ambientale sulla Dinamica
Per vedere come i fattori ambientali potessero influenzare il comportamento endocitico, abbiamo testato varie temperature. I nostri dati hanno mostrato che la dinamica dell'endocitosi cambiava con la temperatura, indicando che sia la genetica che l'ambiente plasmano il processo endocitico.
Esaminare i Cambiamenti Evolutivi
Le differenze osservate nell'endocitosi tra le tre specie hanno sollevato domande su come questi cambiamenti siano avvenuti attraverso l'evoluzione. Comprendere la storia evolutiva di questi funghi ci consente di ipotizzare come tratti specifici possano essersi sviluppati in base alle esigenze ambientali.
Tratti Evolutivi Critici
La variazione nelle durate delle proteine endocitiche e nelle dinamiche di assemblaggio suggerisce che questi tratti potrebbero essersi evoluti indipendentemente in diverse linee fungine. Questo potrebbe indicare che ogni specie ha personalizzato il proprio processo endocitico per adattarsi alla propria nicchia ecologica unica.
Funzionalità Genica e Tratti
Un altro aspetto del nostro studio riguardava l'esame dei geni specifici responsabili della produzione di queste proteine. Analizzando le sequenze e le funzioni di questi geni, abbiamo potuto collegarli alle differenze osservate nell'endocitosi, fornendo un quadro più completo di come l'evoluzione plasmi i processi cellulari.
Conclusione e Direzioni Future
Questo studio fa luce sulla natura complessa e variegata dell'endocitosi tra diverse specie fungine. Esaminando le dinamiche delle proteine chiave coinvolte in questo processo, possiamo apprezzare meglio l'equilibrio tra gli aspetti conservati della funzione cellulare e le uniche adattazioni che sorgono attraverso l'evoluzione.
Man mano che andiamo avanti, la ricerca futura può costruire su queste osservazioni per esplorare ulteriormente come i fattori ambientali e i cambiamenti genetici influenzino i processi cellulari in altri organismi. Questo lavoro è importante per capire i fondamenti della biologia cellulare e i percorsi evolutivi che portano alla vasta diversità di vita che vediamo oggi.
Riepilogo delle Scoperte
Diversità nell'Endocitosi: L'endocitosi è un processo cellulare critico che differisce significativamente tra le specie.
Dinamiche delle Proteine Chiave: Le tempistiche, il comportamento e le durate delle proteine endocitiche variano tra S. cerevisiae, S. pombe e U. maydis.
Ruolo dell'Actina: L'actina è essenziale per l'internalizzazione delle vescicole in tutte e tre le specie, evidenziando la sua importanza come proteina regolatrice.
Impatto Ambientale: Le dinamiche dell'endocitosi sono state influenzate dalla temperatura, suggerendo che sia i fattori genetici che le condizioni ambientali plasmino questo processo.
Intuizioni Evolutive: Le differenze nei meccanismi endocitici possono riflettere le uniche adattazioni evolutive di ciascuna specie fungina.
Studiare a fondo questi processi cellulari ci permette di ottenere preziose intuizioni su come l'evoluzione ha plasmato il modo in cui le cellule funzionano e si adattano ai loro ambienti.
Titolo: An evolutionary cell biology perspective into the diverging mechanisms of clathrin-mediated endocytosis in dikarya fungi
Estratto: Clathrin-mediated endocytosis is an ancient eukaryotic trafficking pathway, which transports plasma membrane and associated cargo into the cell and is involved in numerous cell- and tissue-level processes. Cargo selection and clathrin-coated vesicle formation is mediated by over 60 proteins that assemble in a regular and sequential manner at the plasma membrane. Decades of endocytosis studies have followed the tenet that uncovering the conserved core molecular mechanisms is sufficient to understand a cellular process. However, this approach also revealed a number of cell type or species-related variations that challenge a universal conserved, core mechanism. In this paper, we refocus on the endocytic diversity to understand how evolution shapes endocytic mechanisms. We define a comparative evolutionary cell biology approach that uses dikarya fungi as a model clade and live-cell fluorescence microscopy to study endocytosis dynamics in three species: Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe and Ustilago maydis. Our results quantitatively define several phenotypic differences between the species. We uncover several differences that impact the endocytic early phase, the protein assembly order, actin regulation, membrane invagination and scission. These findings demonstrate a mosaic evolution of endocytic traits, suggest ancestral states and direction of changes. We also investigate the phenotypic plasticity and robustness against environmental conditions. Lastly, we demonstrate that relatively minor evolutionary changes can majorly impact endocytic phenotypes. These studies force an appreciation of endocytic variation as not auxiliary, but vital to mechanistic understanding of this conserved cellular pathway.
Autori: Marko Kaksonen, A. Picco, C. P. Toret, A.-S. Rivier-Cordey
Ultimo aggiornamento: 2024-03-29 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.28.587219
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.28.587219.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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