Klebsiella pneumoniae: Monitoraggio della Resistenza agli Antibiotici
Capire i fattori genetici dietro la resistenza di K. pneumoniae agli antibiotici.
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Indice
- Come si sviluppa la resistenza
- Evoluzione degli enzimi SHV
- L'importanza di una classificazione corretta
- Raccolta di dati su K. pneumoniae
- Analisi filogenetica
- Il contesto genetico della resistenza
- Relazioni tra genotipo e fenotipo
- Il ruolo del numero di copie
- Conclusioni e direzioni future
- Importanza della ricerca continua e della collaborazione
- Fonte originale
- Link di riferimento
Klebsiella pneumoniae è un tipo di batterio che può causare infezioni nelle persone. Uno dei problemi con questo batterio è che spesso resiste al trattamento con un antibiotico comune chiamato ampicillina. Questa resistenza si verifica perché K. pneumoniae produce un enzima noto come SHV, che fa parte di un gruppo di enzimi chiamati β-lattamasi. Questi enzimi degradano gli antibiotici pensati per uccidere i batteri.
Come si sviluppa la resistenza
L'enzima SHV fa parte del cromosoma del batterio, e la sua presenza rende K. pneumoniae resistente all'ampicillina. Per questo motivo, le organizzazioni sanitarie in Europa suggeriscono ai laboratori di non effettuare test per la resistenza all'ampicillina in K. pneumoniae, dato che i risultati potrebbero essere sbagliati.
Il gene responsabile della produzione dell'enzima SHV, chiamato BlaSHV, si trova di solito nel cromosoma del batterio. Tuttavia, questo gene può anche spostarsi su piccole pezzi circolari di DNA noti come Plasmidi. Questi plasmidi possono diffondere la resistenza ad altri tipi di batteri. Con l'evoluzione dell'enzima SHV, sono emerse diverse varianti, a volte permettendo resistenza a antibiotici più forti come le cefalosporine di terza generazione.
Un aspetto importante di questa resistenza è la sovrapproduzione di alcuni enzimi SHV, come SHV-2 e SHV-12, che aumentano la loro capacità di degradare gli antibiotici. Spesso, quando i ricercatori trovano il gene blaSHV in batteri che non sono K. pneumoniae, quei geni si trovano su elementi mobili, permettendo loro di diffondersi rapidamente tra diverse specie batteriche.
Evoluzione degli enzimi SHV
La storia dell'enzima SHV risale al 1972, quando fu identificato per la prima volta in un altro tipo di batterio chiamato Escherichia coli. Da allora, sono state trovate diverse versioni di questo enzima in K. pneumoniae e altri batteri. In uno studio del 1979, i ricercatori hanno scoperto che il gene blaSHV-1 si trovava nel cromosoma di diversi ceppi di K. pneumoniae, con alcune copie apparse anche su plasmidi.
Negli anni, gli scienziati hanno identificato numerose varianti dell'enzima SHV, ognuna con le proprie caratteristiche. Alcune di queste varianti non esistevano prima, e quelle più recenti potrebbero fornire ai batteri resistenza a diversi antibiotici. I ricercatori hanno dimostrato che certe modifiche nell'enzima, specificamente in alcune posizioni del codice genetico, possono portare a una maggiore resistenza o a cambiamenti nel tipo di antibiotici colpiti.
L'importanza di una classificazione corretta
Classificare accuratamente i diversi alleli o versioni del gene blaSHV è fondamentale. Classificazioni errate possono portare a fraintendimenti riguardo al meccanismo di resistenza batterica, il che a sua volta può influenzare le decisioni sul trattamento. Spesso si verifica una cattiva interpretazione quando si trova un ceppo di K. pneumoniae che porta il gene blaSHV, ma potrebbe avere anche altri geni resistenti. Questa situazione complica la comprensione del suo profilo di resistenza.
Recenti ricerche hanno stabilito una connessione più chiara tra mutazioni specifiche nel gene blaSHV e la funzione dell'enzima. Studiando vari ceppi di K. pneumoniae, gli scienziati hanno creato un database che aiuta a classificare questi geni resistenti in base alla loro attività.
Raccolta di dati su K. pneumoniae
Per comprendere meglio K. pneumoniae e i suoi meccanismi di resistenza, i ricercatori hanno raccolto un gran numero di campioni batterici da varie fonti come umani, animali e ambiente. Queste informazioni sono state raccolte da molti paesi nel corso del tempo, permettendo ai ricercatori di analizzarle in modo approfondito.
I genomi di 3.999 isolati di K. pneumoniae sono stati sequenziati e confrontati con i loro noti schemi di resistenza. Questa combinazione di dati genetici e test per la suscettibilità agli antibiotici ha fornito una comprensione più precisa di come diverse versioni del gene blaSHV influenzano la resistenza.
Analisi filogenetica
I ricercatori hanno utilizzato tecniche avanzate per analizzare le relazioni genetiche tra i diversi alleli di blaSHV. Guardando quanto siano simili o diversi questi geni, possono vedere come si sono evoluti nel tempo. Alcune variazioni si sono mostrate originate in modo indipendente in diversi ceppi batterici, indicando una storia evolutiva complessa.
Questa analisi ha rivelato che la versione originale del gene blaSHV, chiamata blaSHV-1, è probabilmente l'antenato di altre varianti. Gli scienziati hanno potuto osservare che molte versioni più recenti dell'enzima si sono evolute da questa forma ancestrale, e alcune si sono spostate fuori dal cromosoma di K. pneumoniae nei plasmidi, permettendo loro di diffondersi ad altre specie batteriche.
Il contesto genetico della resistenza
Indagare dove si trovano gli alleli blaSHV all'interno del genoma è anche importante. Alcuni si trovano all'interno del cromosoma, mentre altri sono stati trovati su plasmidi. Comprendere questo contesto genetico aiuta a spiegare come la resistenza si diffonde e si evolve.
Alcune versioni del gene blaSHV sono circondate da elementi genetici che aiutano a muoversi tra i batteri, contribuendo alla diffusione della resistenza. Studiando queste sequenze circostanti, i ricercatori stanno ottenendo più informazioni su come i geni di Resistenza agli antibiotici persistono e si diffondono.
Relazioni tra genotipo e fenotipo
Per decifrare la relazione tra la composizione genetica e le tendenze alla resistenza di K. pneumoniae, i ricercatori hanno confrontato le loro informazioni genetiche con i risultati dei test di suscettibilità agli antibiotici. Facendo questo, potevano prevedere quanto bene diversi ceppi rispondessero al trattamento in base al loro profilo genetico.
Questa analisi ha rivelato che mutazioni specifiche nel gene blaSHV corrispondono a resistenza a vari antibiotici. Ad esempio, gli alleli con certe mutazioni erano costantemente collegati alla resistenza contro le cefalosporine di terza generazione, mentre altri non mostravano tale associazione.
Il ruolo del numero di copie
È stato anche scoperto che il numero di copie del gene blaSHV presente nel genoma batterico può influenzare la resistenza. Alcuni ceppi di K. pneumoniae possiedono più copie del gene blaSHV, il che può portare a livelli più alti di resistenza.
Gli scienziati hanno dimostrato che i ceppi con un numero maggiore di copie di questo gene sono più propensi a mostrare resistenza agli antibiotici. Comprendere questa relazione aiuta a chiarire perché alcuni batteri possono resistere meglio ai trattamenti rispetto ad altri.
Conclusioni e direzioni future
Lo studio di K. pneumoniae e dei suoi meccanismi di resistenza è fondamentale per migliorare le opzioni di trattamento per le infezioni causate da questi batteri. I risultati sottolineano la necessità di una classificazione accurata dei geni di resistenza e l'importanza di condividere dati sulla resistenza batterica.
Con il crescere dei dati disponibili attraverso collaborazioni e risorse condivise, la comprensione di questi meccanismi di resistenza continuerà ad aumentare. Questo aiuterà a sviluppare migliori strategie per gestire le infezioni e combattere la resistenza agli antibiotici in tutto il mondo.
Attraverso ricerche continue, gli scienziati sperano di esplorare le variazioni in altri geni correlati per scoprire ulteriori informazioni sui meccanismi di resistenza. Comprendere come la resistenza si diffonde e si evolve sosterrà infine gli sforzi per mantenere l'efficacia degli antibiotici e migliorare gli esiti per i pazienti.
La lotta contro la resistenza agli antibiotici, in particolare in batteri problematici come K. pneumoniae, rimane una questione di salute pubblica importante. Acquisendo una comprensione più profonda dei fattori genetici coinvolti, i fornitori di assistenza sanitaria possono affrontare meglio le sfide poste dalle infezioni resistenti.
Importanza della ricerca continua e della collaborazione
La natura in evoluzione di K. pneumoniae e della sua resistenza agli antibiotici segna la necessità di una ricerca e collaborazione continua tra scienziati, fornitori di assistenza sanitaria e ufficiali della salute pubblica. La condivisione dei dati e la cooperazione globale saranno essenziali per combattere la resistenza e garantire l'efficacia degli antibiotici esistenti e futuri.
Con l'aumento delle sfide delle infezioni batteriche, mantenere la vigilanza attraverso ricerca, sorveglianza e innovazione sarà fondamentale per proteggere la salute pubblica e garantire che rimangano disponibili trattamenti efficaci per le infezioni batteriche.
Titolo: Diversity, functional classification and genotyping of SHV β-lactamases in Klebsiella pneumoniae
Estratto: Interpreting phenotypes of blaSHV alleles in Klebsiella pneumoniae genomes is complex. While all strains are expected to carry a chromosomal copy conferring resistance to ampicillin, they may also carry mutations in chromosomal blaSHV alleles or additional plasmid-borne blaSHV alleles that have extended-spectrum {beta}-lactamase (ESBL) activity and/or {beta}-lactamase inhibitor (BLI) resistance activity. In addition, the role of individual mutations/amino acid changes is not completely documented or understood. This has led to confusion in the literature and in antimicrobial resistance (AMR) gene databases (e.g., NCBIs Reference Gene Catalog and the {beta}-lactamase database (BLDB)) over the specific functionality of individual SHV protein variants. Therefore, identification of ESBL-producing strains from K. pneumoniae genome data is complicated. Here, we reviewed the experimental evidence for the expansion of SHV enzyme function associated with specific amino-acid substitutions. We then systematically assigned SHV alleles to functional classes (wildtype, ESBL, BLI-resistant) based on the presence of these mutations. This resulted in the re-classification of 37 SHV alleles compared with current assignments in NCBIs Reference Gene Catalog and/or BLDB (21 to wildtype, 12 to ESBL, 4 to BLI-resistant). Phylogenetic and comparative genomic analyses support that; i) SHV-1 (encoded by blaSHV-1) is the ancestral chromosomal variant; ii) ESBL and BLI-resistant variants have evolved multiple times through parallel substitution mutations; iii) ESBL variants are mostly mobilised to plasmids; iv) BLI-resistant variants mostly result from mutations in chromosomal blaSHV. We used matched genome-phenotype data from the KlebNET-GSP Genotype-Phenotype Group to identify 3,999 K. pneumoniae isolates carrying one or more blaSHV alleles but no other acquired {beta}-lactamases, with which we assessed genotype-phenotype relationships for blaSHV. This collection includes human, animal, and environmental isolates collected between 2001 to 2021 from 24 countries across six continents. Our analysis supports that mutations at Ambler sites 238 and 179 confer ESBL activity, while most omega-loop substitutions do not. Our data also provide direct support for wildtype assignment of 67 protein variants, including eight that were noted in public databases as ESBL. We reclassified these eight variants as wildtype, because they lack ESBL-associated mutations, and our phenotype data support susceptibility to 3GCs (SHV-27, SHV-38, SHV-40, SHV-41, SHV-42, SHV-65, SHV-164, SHV-187). The approach and results outlined here have been implemented in Kleborate v2.4.1 (a software tool for genotyping K. pneumoniae from genome assemblies), whereby known and novel blaSHV alleles are classified based on causative mutations. Kleborate v2.4.1 was also updated to include ten novel protein variants from the KlebNET-GSP dataset and all alleles in public databases as of November 2023. This study demonstrates the power of sharing AMR phenotypes alongside genome data to improve understanding of resistance mechanisms. Impact statementSince every K. pneumoniae genome has an intrinsic SHV {beta}-lactamase and may also carry additional mobile forms, the correct interpretation of blaSHV genes detected in genome data can be challenging and can lead to K. pneumoniae being misclassified as ESBL-producing. Here, we use matched K. pneumoniae genome and drug susceptibility data contributed from dozens of studies, together with systematic literature review of experimental evidence, to improve our understanding of blaSHV allele variation and mapping of genotype to phenotype. This study shows the value of coordinated data sharing, in this case via the KlebNET-GSP Genotype-Phenotype Group, to improve our understanding of the evolutionary history and functionality of blaSHV genes. The results are captured in an open-source AMR dictionary utilised by the Kleborate genotyping tool, that could easily be incorporated into or used to update other tools and AMR gene databases. This work is part of the wider efforts of the KlebNET-GSP group to develop and support a unified platform tailored for the analysis and interpretation of K. pneumoniae genomes by a wide range of stakeholders. Data summaryBlaSHV allele sequences and class assignments are distributed with Kleborate, v2.4.1, DOI:10.5281/zenodo.10469001. Table S1 provides a summary of blaSHV alleles, including primary accessions, class-modifying mutations, and supporting evidence for class assignments that differ from NCBIs Reference Gene Catalog or BLDB. Whole genome sequence data are publicly available as reads and/or assemblies, individual accessions are given in Table S2; corresponding genotypes and antibiotic susceptibility phenotypes and measurements are available in Tables S3 and S4, respectively.
Autori: Kathryn E Holt, K. K. Tsang, M. M. C. Lam, R. R. Wick, K. L. Wyres, M. A. Bachman, S. Baker, K. Barry, S. Brisse, S. Campino, A. Chiaverini, D. M. Cirillo, T. G. Clark, J. Corander, M. Corbella, A. Cornacchia, A. Cuenod, N. D'Alterio, F. Di Marco, P. Donado-Godoy, A. Egli, R. Farzana, E. J. Feil, A. Fostervold, C. L. Gorrie, Y. Gütlin, B. Hassan, M. A. K. Hetland, L. N. M. Hoa, L. T. Hoi, B. Howden, O. O. Ikhimiukor, A. W. Jenney, H. Kaspersen, F. Khokhar, T. Leangapichart, M. Ligowska-Marzeta, I. H. Löhr, S. W. Long, A. J. Mathers, A. G. McArthur, G. Nagaraj, Oaikhe
Ultimo aggiornamento: 2024-04-05 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.05.587953
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.05.587953.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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