Nuove scoperte sulla genetica del cancro al seno
Ricerche recenti fanno luce su fattori genetici e splicing legati al cancro al seno.
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Indice
- Fattori Genetici nel Cancro al Seno
- Studi di Associazione su Genoma (GWAS)
- Il Ruolo dell'Espressione Genica
- Splicing e il Suo Impatto
- Combinare le Informazioni dai Tessuti
- Progettazione dello Studio
- Risultati dello Studio
- Importanza dei Geni Unici
- Confronto con la Ricerca Precedente
- Indagare i Ruoli Funzionali dei Geni
- Esplorare le Funzioni Geniche
- Il Cammino da Seguire
- Limitazioni nella Ricerca Attuale
- Conclusione
- Fonte originale
Il Cancro al seno è una malattia che può essere influenzata da genetica, fattori ambientali e scelte di vita. È importante capire come questi fattori si combinano per aumentare il rischio di sviluppare questa malattia. Studi recenti hanno dimostrato che ci sono molti geni specifici che potrebbero giocare un ruolo nel cancro al seno.
Fattori Genetici nel Cancro al Seno
La ricerca indica che il cancro al seno può essere legato a certi tratti genetici. Alcuni di questi tratti derivano da geni che hanno un forte effetto, mentre altri provengono da varianti più comuni presenti nella popolazione. Queste influenze genetiche sono associate solo a una piccola parte del rischio complessivo di cancro al seno. Anche se sono stati studiati molti geni, identificare quali di questi geni causano effettivamente il cancro al seno è ancora un lavoro in corso.
Studi di Associazione su Genoma (GWAS)
Gli studi di associazione su genoma (GWAS) sono stati utilizzati per trovare oltre 200 posizioni nel nostro DNA che sono correlate a un rischio maggiore di cancro al seno. Questi studi hanno reso possibile individuare alcune aree nel nostro codice Genetico, ma hanno anche mostrato che le varianti comuni trovate da questi studi spiegano solo una piccola parte del rischio.
Il Ruolo dell'Espressione Genica
Oltre a identificare posizioni nel genoma, i ricercatori stanno anche indagando su come vengono espressi i geni. Questo significa osservare come i geni vengono attivati o disattivati e come ciò influisce sul cancro al seno. Nuovi metodi stanno venendo sviluppati per esaminare l'espressione genica in vari tessuti. Questo può rivelare quali geni potrebbero essere più attivi nel cancro al seno rispetto ai tessuti sani.
Splicing e il Suo Impatto
Un'area importante di ricerca è lo splicing alternativo. Lo splicing è un processo che aiuta a determinare come vengono espressi i geni. Può influenzare il modo in cui le proteine vengono prodotte nel corpo. Studi recenti hanno trovato che diverse modalità di splicing dell'RNA, una molecola che aiuta a trasmettere informazioni dai geni, possono influenzare significativamente il rischio di cancro al seno. I ricercatori stanno ora indagando su come i diversi eventi di splicing siano correlati a questa malattia.
Combinare le Informazioni dai Tessuti
Per migliorare la comprensione del rischio di cancro al seno, i ricercatori stanno combinando informazioni provenienti da diversi tessuti. Analizzando come i geni si comportano in vari tessuti, possono ottenere un quadro più chiaro di come questi fattori contribuiscono al cancro al seno. Ad esempio, analizzare eventi di splicing non solo nel Tessuto mammario ma anche in altri tessuti rilevanti può aiutare a scoprire nuove informazioni genetiche.
Progettazione dello Studio
In uno studio recente, i ricercatori hanno effettuato un'analisi combinata per esaminare lo splicing in più tessuti. Hanno creato modelli predittivi per come avviene lo splicing in 11 tessuti che potrebbero essere importanti per il cancro al seno. Così facendo, sono stati in grado di confrontare i risultati della loro nuova analisi con studi precedenti focalizzati solo sul tessuto mammario.
Risultati dello Studio
Da quest'analisi multi-tessuto, i ricercatori hanno identificato un numero significativo di geni legati al cancro al seno. Alcuni di questi geni non erano stati scoperti in studi precedenti. Tra i molti geni identificati, un sottoinsieme è stato trovato lontano da varianti genetiche già note associate al rischio di cancro al seno. Questo indica che potrebbero esserci ulteriori fattori genetici in gioco che non sono stati ancora esplorati a fondo.
Importanza dei Geni Unici
Lo studio ha evidenziato diversi geni che non erano stati segnalati in ricerche passate. Questi risultati suggeriscono che concentrarsi sullo splicing potrebbe rivelare nuovi contributi genetici al cancro al seno. Sottolinea anche l'importanza di indagare su come i geni interagiscono e si influenzano a vicenda in diversi tessuti.
Confronto con la Ricerca Precedente
Rispetto a studi di espressione precedenti, la nuova analisi di splicing ha scoperto diversi geni unici. Anche se alcuni geni sono stati trovati in entrambe le metodologie di analisi, un numero considerevole è risultato unico per lo studio di splicing. Questo indica che metodi e approcci diversi possono dare intuizioni diverse sulla genetica del cancro al seno.
Indagare i Ruoli Funzionali dei Geni
Come parte dello studio, alcuni geni sono stati esaminati per comprendere meglio i loro ruoli nella biologia del cancro. Questi geni includono quelli noti per essere coinvolti nella progressione del cancro. Ad esempio, un gene è stato trovato downregolato nelle cellule di cancro al seno resistenti al tamoxifene, suggerendo che potrebbe avere un ruolo nelle risposte ai trattamenti.
Esplorare le Funzioni Geniche
Un altro gruppo di geni è stato associato a eventi di fusione specifici, il che significa che segmenti di DNA provenienti da geni diversi si sono combinati nelle cellule tumorali. Questa fusione può creare proteine che possono contribuire allo sviluppo del cancro. Indagando ulteriormente su questi geni, i ricercatori sperano di comprendere meglio le loro potenziali funzioni nel cancro al seno.
Il Cammino da Seguire
I risultati dello studio suggeriscono che c'è molto di più da imparare sul cancro al seno e la sua base genetica. Man mano che la ricerca continua, gli scienziati mirano a confermare i ruoli dei geni appena identificati e i loro eventi di splicing nel cancro al seno. Questa conoscenza può aprire la strada a nuovi trattamenti e misure preventive in futuro.
Limitazioni nella Ricerca Attuale
Sebbene lo studio offra intuizioni preziose, presenta anche limitazioni. Le analisi multi-tessuto possono identificare molti geni, ma possono anche introdurre falsi positivi. I ricercatori devono essere cauti e confermare i loro risultati tramite esperimenti aggiuntivi. Inoltre, concentrarsi su una popolazione specifica limita l'applicabilità dei risultati ad altri gruppi. Gli studi futuri dovrebbero cercare di includere un insieme di popolazioni più diversificato per una comprensione più completa.
Conclusione
Capire il cancro al seno è complesso, con molti fattori in gioco. Gli aspetti genetici, in particolare il ruolo dello splicing genico, sono cruciali per ottenere intuizioni su questa malattia. La ricerca in corso aiuterà a svelare di più su come questi geni interagiscono e influenzano il rischio di cancro al seno, portando a strategie di prevenzione e trattamenti migliori per chi è colpito dalla malattia. Man mano che gli scienziati continuano a esplorare queste relazioni attraverso una varietà di tessuti, lavoreranno infine verso una comprensione più profonda di questa malattia complessa.
Titolo: A splicing-based multi-tissue joint transcriptome-wide association study identifies susceptibility genes for breast cancer
Estratto: Splicing-based transcriptome-wide association studies (splicing-TWASs) of breast cancer have the potential to identify new susceptibility genes. However, existing splicing-TWASs test association of individual excised introns in breast tissue only and have thus limited power to detect susceptibility genes. In this study, we performed a multi-tissue joint splicing-TWAS that integrated splicing-TWAS signals of multiple excised introns in each gene across 11 tissues that are potentially relevant to breast cancer risk. We utilized summary statistics from a meta-analysis that combined genome-wide association study (GWAS) results of 424,650 European ancestry women. Splicing level prediction models were trained in GTEx (v8) data. We identified 240 genes by the multi-tissue joint splicing-TWAS at the Bonferroni corrected significance level; in the tissue-specific splicing-TWAS that combined TWAS signals of excised introns in genes in breast tissue only, we identified 9 additional significant genes. Of these 249 genes, 88 genes in 62 loci have not been reported by previous TWASs and 17 genes in 7 loci are at least 1 Mb away from published GWAS index variants. By comparing the results of our spicing-TWASs with previous gene expression-based TWASs that used the same summary statistics and expression prediction models trained in the same reference panel, we found that 110 genes in 70 loci identified by our splicing-TWASs were not reported in the expression-based TWASs. Our results showed that for many genes, expression quantitative trait loci (eQTL) did not show significant impact on breast cancer risk, while splicing quantitative trait loci (sQTL) showed strong impact through intron excision events.
Autori: Guimin Gao, J. McClellan, A. N. Barbeira, P. N. Fiorica, J. L. Li, Z. Mu, O. I. Olopade, D. Huo, H. K. Im
Ultimo aggiornamento: 2023-10-15 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.10.15.23297045
Fonte PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.10.15.23297045.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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