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L'Ultimo Antenato Eucariotico Comune: Approfondimenti sulla Vita Primordiale

Scopri come lo studio del LECA svela segreti sullo sviluppo genetico iniziale.

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LECA: L'Alba della VitaLECA: L'Alba della VitaComplessaumane e nell'evoluzione.Svelare il ruolo di LECA nelle malattie
Indice

Il Ultimo Antecedente Eucariotico Comune, o LECA, si pensa sia esistito circa 1,5-1,8 miliardi di anni fa. Questo organismo unicellulare è l'antenato di tutti gli eucarioti, che includono piante, animali, funghi e molti microrganismi. Studiando il LECA, gli scienziati sperano di capire gli sviluppi genetici precoci che hanno portato alle cellule complesse che vediamo oggi in vari organismi viventi.

I ricercatori credono che il LECA fosse molto complesso e probabilmente avesse molte caratteristiche tipiche delle cellule eucariotiche. Si pensa avesse almeno un nucleo, dove si trova il DNA organizzato in cromosomi lineari. Inoltre, è probabile che il LECA possedesse un sistema di membrane con strutture come il reticolo endoplasmatico e l'apparato di Golgi, che aiutano a processare e trasportare Proteine e altre molecole all'interno della cellula. Ci sono anche prove che il LECA avesse un sistema di proteine chiamato citoscheletro, che dà forma alla cellula e la aiuta a muoversi.

Un'altra caratteristica importante del LECA era la sua capacità di scomporre i rifiuti e produrre energia. È probabile che avesse mitocondri, le parti delle cellule responsabili della generazione di energia, e altre strutture per varie funzioni metaboliche. Considerati tutti questi componenti, il LECA è visto come un passo significativo nell'evoluzione delle forme di vita complesse.

Composizione Genetica del LECA

Gli scienziati hanno cercato di identificare i geni che componevano il LECA. La maggior parte degli studi si è concentrata su alcuni gruppi di eucarioti, come animali e funghi. Tuttavia, ci sono stati pochi sforzi sistematici per mappare il contenuto genetico completo del LECA. I ricercatori stanno lavorando duramente per creare un quadro più completo delle proteine del LECA e di come interagiscono tra loro.

Le interazioni tra le proteine sono essenziali per numerose funzioni cellulari. Una migliore comprensione di queste interazioni può fornire informazioni su come le cellule lavorano insieme, come processano le informazioni e come contribuiscono alla salute generale dell'organismo. Pertanto, creare una rete di interazioni proteiche per il LECA fornirebbe una visione più dettagliata della sua biologia rispetto a guardare solo ai geni.

Ricostruire il Set di Geni del LECA

Un recente sforzo ha coinvolto la ricostruzione del contenuto genico del LECA. I ricercatori hanno identificato oltre 10.000 gruppi di geni che risalgono al LECA analizzando le proteine di molte specie diverse. Questi gruppi di geni corrispondono a diverse funzioni, come la replicazione del DNA, la produzione di energia e la struttura cellulare.

Sorprendentemente, molti dei geni nel LECA sono legati a processi vitali come la creazione e riparazione del DNA, la produzione di proteine e la gestione dell'energia all'interno della cellula. Ad esempio, un ampio set di geni è coinvolto nei processi del DNA, cruciali per la crescita e la riproduzione cellulare. Un altro gruppo significativo di geni si concentra sulla generazione e l'uso dell'energia, evidenziando i metodi complessi che il LECA potrebbe aver impiegato per sostenersi.

Reti di Interazione Proteica

Per saperne di più su come le proteine del LECA lavoravano insieme, i ricercatori hanno utilizzato un metodo chiamato spettrometria di massa per co-frazionezione (CFMS). Questa tecnica consente agli scienziati di misurare come le proteine all'interno di una cellula interagiscono senza etichettarle con marcatori aggiuntivi. Analizzando i campioni di oltre 30 eucarioti diversi, sono riusciti a identificare molte delle interazioni proteiche probabilmente presenti nel LECA.

Queste interazioni proteiche sono essenziali per comprendere le funzioni cellulari. Aiutano a creare complessi più grandi che lavorano insieme per completare vari compiti nella cellula. Integrando queste osservazioni tra diverse specie, gli scienziati possono capire meglio quali interazioni sono conservate attraverso l'evoluzione e quali potrebbero essere evolute in linee specifiche.

Importanza degli Studi Moderni

Analizzando le proteine del LECA e le loro interazioni, i ricercatori possono ottenere informazioni sull'evoluzione delle malattie nelle specie moderne. Molte malattie umane sono riconducibili a geni che esistevano nel LECA. Ciò significa che comprendere la struttura genetica del LECA potrebbe aiutare a identificare nuovi geni associati a malattie. Ad esempio, i ricercatori hanno trovato forti legami tra i geni del LECA e condizioni come la malattia renale cronica e vari disturbi genetici.

Un caso specifico ha coinvolto il Gene EFHC2, identificato in un bambino con malattia renale. Studiando le proteine associate al LECA, i ricercatori sono stati in grado di capire come le alterazioni in questo gene portassero a problemi nello sviluppo e nella funzionalità renale. In un altro esempio, i ricercatori hanno collegato la proteina V-ATPase a una malattia chiamata osteopetrosi, che causa un'eccessiva densità delle ossa. Guardando le connessioni antiche nel LECA, gli scienziati hanno identificato come alcuni disturbi genetici moderni potrebbero avere radici che risalgono all'inizio della vita cellulare complessa.

Studio delle Cilie e del Movimento Cellulare

Le ciglia sono piccole strutture simili a peli che sporgono dalle cellule e aiutano nel movimento o a percepire l'ambiente. Molte malattie umane riguardano problemi con le ciglia, collettivamente chiamati Ciliopatie. I ricercatori hanno scoperto che nel LECA c'era una rete estesa di proteine correlate alle ciglia. La presenza di queste proteine suggerisce che il LECA non solo fosse in grado di muoversi, ma potrebbe aver utilizzato meccanismi simili a quelli visti nelle ciglia moderne.

Ad esempio, sono state trovate nel LECA le proteine responsabili della costruzione e manutenzione della struttura delle ciglia. Quando i ricercatori hanno studiato queste proteine in organismi moderni, hanno osservato che giocano ruoli in processi come la divisione cellulare e le funzioni sensoriali. Le scoperte sul LECA indicano che questi componenti chiave sono stati vitali per le operazioni cellulari per miliardi di anni.

Relazioni Gene-Malattia

Per comprendere meglio i meccanismi delle malattie, i ricercatori hanno utilizzato un metodo noto come colpevolezza per associazione. Questo approccio utilizza le reti di interazione proteica stabilite dal LECA per valutare le potenziali relazioni gene-malattia. Analizzando le connessioni tra diverse proteine, i ricercatori possono prevedere quali geni potrebbero essere coinvolti in malattie specifiche.

Ad esempio, attraverso l'analisi delle reti, gli scienziati hanno identificato associazioni nuove tra geni e malattie, comprese connessioni a osteopetrosi e displasia toracica a costole corte. Nel caso dell'osteopetrosi, i ricercatori hanno fatto previsioni basate sulle interazioni che coinvolgono la proteina ATP6V1A. Studi successivi hanno confermato che le interruzioni in questo gene portavano al disturbo, dimostrando il potere di collegare le interazioni proteiche antiche alle questioni di salute moderne.

Implicazioni per la Ricerca Futura

Le intuizioni ottenute dallo studio del LECA e delle sue interazioni proteiche forniscono una base per ulteriori esplorazioni sui meccanismi delle malattie umane. Continuando ad analizzare il contenuto genetico del LECA, i ricercatori possono scoprire associazioni più significative tra proteine antiche e malattie attuali. Ciò può portare a sviluppi nella diagnosi, nei trattamenti e a una migliore comprensione di come i tratti genetici si evolvono.

In sintesi, studiare l'ultimo antenato eucariotico comune è un passo cruciale per svelare la complessa rete di genetica che sottende sia la diversità biologica che i meccanismi delle malattie umane. Man mano che gli scienziati continuano a mettere insieme i pezzi del puzzle della biologia antica del LECA, aprono la strada a una migliore assistenza sanitaria e a una più profonda apprezzamento del nostro patrimonio biologico.

Fonte originale

Titolo: Ancient eukaryotic protein interactions illuminate modern genetic traits and disorders

Estratto: All eukaryotes share a common ancestor from roughly 1.5 - 1.8 billion years ago, a single-celled, swimming microbe known as LECA, the Last Eukaryotic Common Ancestor. Nearly half of the genes in modern eukaryotes were present in LECA, and many current genetic diseases and traits stem from these ancient molecular systems. To better understand these systems, we compared genes across modern organisms and identified a core set of 10,092 shared protein-coding gene families likely present in LECA, a quarter of which are uncharacterized. We then integrated >26,000 mass spectrometry proteomics analyses from 31 species to infer how these proteins interact in higher-order complexes. The resulting interactome describes the biochemical organization of LECA, revealing both known and new assemblies. We analyzed these ancient protein interactions to find new human gene-disease relationships for bone density and congenital birth defects, demonstrating the value of ancestral protein interactions for guiding functional genetics today.

Autori: Edward M. Marcotte, R. M. Cox, O. Papoulas, S. Shril, C. Lee, T. Gardner, A. M. Battenhouse, M. Lee, K. Drew, C. D. McWhite, D. Yang, J. C. Leggere, D. Durand, F. Hildebrandt, J. B. Wallingford

Ultimo aggiornamento: 2024-05-29 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.26.595818

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.26.595818.full.pdf

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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