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Orzo selvatico e i suoi cugini coltivati: uno studio sullo scambio genetico

Esaminando l'impatto dei geni coltivati sulle popolazioni di orzo selvatico.

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La conservazione ex situ è un modo importante per proteggere diversi tipi di piante e animali nel tempo. Un'area chiave per la conservazione delle piante è tenere collezioni di colture importanti e dei loro parenti selvatici. Queste collezioni sono cruciali per rispondere ai bisogni in evoluzione dell'agricoltura e rendere l'agricoltura sostenibile e resistente, specialmente con le pressioni aggiuntive del cambiamento climatico.

Anche se proteggere gli habitat naturali per i parenti selvatici delle colture ha dei vantaggi, queste popolazioni possono essere facilmente perse a causa dello sviluppo del territorio, dei cambiamenti ambientali o dei cambiamenti climatici. La conservazione ex situ consente di esaminare attentamente queste piante in ambienti controllati, dove i ricercatori possono raccogliere dati preziosi sulle loro Caratteristiche. Queste informazioni aiutano a selezionare il miglior materiale per la ricerca e l'allevamento.

L'Ibridazione tra colture selvatiche e le loro forme coltivate è comune e può a volte portare a caratteristiche favorevoli. Ad esempio, l'orzo selvatico e l'orzo coltivato sono simili e possono incrociarsi, portando a variazioni in tratti come la dispersione dei semi. Studi precedenti hanno mostrato che alcuni esemplari di orzo selvatico conservati nelle banche geniche mostrano tratti dell'orzo domestico.

L'importanza dell'orzo selvatico

L'orzo selvatico e l'orzo coltivato sono due forme della stessa specie ma possono essere distinti da tratti specifici. L'orzo selvatico ha tipicamente caratteristiche come la rottura dei semi, quando i semi cadono dalla pianta, mentre l'orzo coltivato no. Ci sono anche differenze nel numero di spighe, nella ruvidità delle glume e nel modo in cui le piante germinano.

La ricerca ha indicato che l'orzo selvatico può incorporare geni dall'orzo coltivato, cosa che può avvenire a causa delle aree sovrapposte dove entrambi crescono. Ci sono prove che gli esseri umani usano l'orzo selvatico come fonte di cibo da migliaia di anni, portando alla domesticazione dell'orzo circa 10.500 anni fa. Questa lunga storia ha fornito molte opportunità per le popolazioni di orzo selvatico di essere influenzate dalla coltivazione.

I tratti che distinguono l'orzo selvatico da quello coltivato non sono molti, ma sono significativi. L'orzo selvatico ha tratti che sono più comuni rispetto a quelli trovati nell'orzo coltivato, ma non esclusivamente. Ad esempio, mentre l'orzo selvatico ha spesso spighe fragili, l'orzo coltivato ha spighe lisce e non si rompe.

La necessità di un'analisi dettagliata

Riconoscere i cambiamenti nei tratti può indicare se è avvenuta ibridazione. Ad esempio, se una pianta di orzo selvatico ha il tratto di non rottura, suggerisce che potrebbe aver ricevuto geni dall'orzo coltivato. Di solito, gli accessi di orzo selvatico nelle banche geniche rappresentano solo una parte delle loro popolazioni originali, rendendoli inadatti per un'analisi ampia.

La maggior parte dei metodi per rilevare l'ibridazione ha mirato a modelli a lungo termine attraverso le generazioni, il che potrebbe non essere il miglior approccio per comprendere il recente mescolamento genetico. Questo studio mira a indagare l'ibridazione a livello di singoli campioni vegetali.

Ci sono diverse tecniche che possono essere utilizzate per identificare il recente mescolamento genetico. Un approccio cerca marcatori genetici che siano comuni nelle piante coltivate ma rari in quelle selvatiche. Un altro metodo coinvolge la valutazione della distanza genetica, ovvero quanto siano geneticamente simili diverse popolazioni. Recenti progressi consentono ai ricercatori di analizzare segmenti genetici condivisi tra piante selvatiche e coltivate, migliorando la capacità di identificare l'ibridazione.

Analizzando gli accessi di orzo selvatico e coltivato

In questo studio, abbiamo analizzato due gruppi di accessi di orzo: 318 campioni di orzo selvatico e 2.446 campioni di orzo coltivato. I campioni di orzo selvatico sono stati selezionati con cura da collezioni nelle banche geniche. Ogni accesso è stato esaminato approfonditamente per una varietà di tratti, tra cui dimensione delle foglie, altezza della pianta e lunghezza delle spighe, tra gli altri.

Gli accessi di orzo selvatico sono stati genotipizzati utilizzando marcatori specifici per determinare la loro composizione genetica. I dati della ricerca precedente offrono un quadro completo dei genomi di orzo selvatico e coltivato. Questi marcatori genetici aiutano a risalire alla genealogia delle piante, consentendo ai ricercatori di identificare i modelli di ibridazione.

L'analisi ha esaminato quanto del genoma dell'orzo selvatico contenesse geni provenienti dall'orzo coltivato. In particolare, è stata valutata la posizione nel genoma di questi geni e se la loro dimensione suggerisse un recente mescolamento o uno scambio genetico più antico. Inoltre, lo studio ha cercato di capire quanti geni importanti per i tratti dell'orzo si trovassero nell'orzo selvatico che potrebbero essere originati da piante coltivate.

Identificando individui introgressi

Tra gli accessi di orzo selvatico, diversi hanno mostrato segni di aver incorporato geni dall'orzo coltivato. Le osservazioni iniziali suggerivano che alcuni accessi selvatici mostravano tratti tipici dell'orzo domestico, come glume lisce o semi non fragili.

Attraverso l'Analisi Genetica, i ricercatori hanno identificato più individui selvatici che erano introgressi. Lo studio ha impiegato varie metodologie per confermare l'ibridazione, portando a un elenco di piante di orzo selvatico con prove significative di mescolamento genetico.

Identificare questi individui introgressi è cruciale per comprendere l'effetto del flusso genico sulle popolazioni di orzo selvatico. Le conoscenze acquisite possono influenzare le strategie di conservazione e il modo in cui i ricercatori scelgono il materiale vegetale per studi futuri.

Concentrandosi sull'ascendenza locale

Per analizzare l'ascendenza locale di questi campioni di orzo selvatico introgressi, i ricercatori hanno utilizzato uno strumento avanzato progettato per la stima dell'ascendenza locale. Valutando l'ascendenza di ciascun segmento identificato del genoma, i ricercatori potevano determinare l'estensione a cui i geni coltivati erano stati incorporati nell'orzo selvatico.

L'analisi ha rivelato numerosi segmenti di introgressione all'interno degli accessi di orzo selvatico studiati. In media, ogni individuo conteneva diversi segmenti continui di geni introgressi, indicando un modello di recente scambio genetico.

Utilizzando una misura statistica, i ricercatori hanno confermato che c'era una quantità significativa di flusso genico dall'orzo coltivato all'orzo selvatico. Questa scoperta sottolinea l'importanza di comprendere come i tratti domestici impattino le popolazioni selvatiche.

Esaminando i geni legati alla domesticazione

La ricerca si è inoltre concentrata sull'identificazione di geni specifici associati ai tratti dell'orzo coltivato. Una ricerca approfondita ha evidenziato molti geni responsabili di tratti chiave, come la ritenzione dei semi e i modelli di crescita.

È stato trovato che alcuni di questi geni legati alla domesticazione sovrapponevano con le regioni introgressi nell'orzo selvatico. Anche se molti accessi introgressi selvatici avevano segmenti dei loro genomi con alleli legati alla domesticazione, la relazione tra questi geni e i tratti osservabili era complessa.

Molti tratti sono influenzati da più geni, e l'introgressione di alcuni geni non porta sempre a cambiamenti fenotipici chiari. Quindi, mentre le piante di orzo selvatico possono portare geni dall'orzo coltivato, potrebbero non mostrare sempre caratteristiche ovvie associate a quei geni.

Caratteristiche dell'orzo selvatico introgressato

Lo studio mirava anche a differenziare tra l'orzo selvatico puro e quello con geni coltivati. Sono stati misurati vari tratti fenotipici per vedere se c'erano differenze significative. Ad esempio, sono state confrontate la larghezza delle foglie e la lunghezza delle spighe.

Alcuni risultati hanno indicato che gli individui introgressi avevano misurazioni leggermente diverse rispetto all'orzo selvatico, ma queste differenze non erano sempre statisticamente sufficienti per definire le piante come distinte dai loro omologhi selvatici.

Comprendere queste sottili differenze è importante per identificare le risorse genetiche che potrebbero avere significato per l'allevamento e la conservazione.

Comprendere i cambiamenti nella composizione genetica

Con le informazioni raccolte, i ricercatori sono stati in grado di determinare come la composizione genetica delle popolazioni di orzo selvatico fosse cambiata a causa dell'introgressione. Alcuni accessi hanno mostrato livelli significativi di geni di orzo coltivato, riflettendo un cambiamento più ampio nel loro patrimonio genetico.

Lo studio ha notato che alcuni accessi avevano spostato le loro origini geografiche attese a causa della presenza di geni domestici. Queste scoperte evidenziano l'impatto dell'ibridazione sulla struttura genetica delle popolazioni selvatiche.

Le implicazioni più ampie dell'introgressione

L'ibridazione e l'introgressione possono avere un impatto significativo sulla diversità genetica e sulla traiettoria evolutiva delle specie selvatiche. Comprendere come i geni coltivati entrino nelle popolazioni selvatiche può aiutare a creare migliori strategie di conservazione.

Poiché l'ibridazione diventa più comune, specialmente nelle regioni in cui specie selvatiche e coltivate coesistono, riconoscere le piante introgressi è cruciale. Questo può informare le decisioni sulla conservazione del materiale vegetale nelle banche geniche e sul futuro dei programmi di allevamento agricolo.

Inoltre, lo studio sottolinea la necessità di mantenere popolazioni selvatiche pure, che possono essere fonti di diversità genetica preziosa per la sicurezza alimentare e la resilienza nell'agricoltura.

Conclusione

In sintesi, la conservazione ex situ e lo studio della variabilità delle colture sono vitali per preservare la diversità vegetale. L'esame dell'orzo selvatico e della sua introgressione dai parenti coltivati rivela connessioni intricate tra domesticazione e popolazioni naturali.

Attraverso un'analisi genetica dettagliata, i ricercatori possono svelare i complessi modelli di mescolamento genetico, fornendo informazioni essenziali per la gestione e la conservazione della biodiversità agricola. Comprendere queste dinamiche sarà cruciale mentre affrontiamo le crescenti sfide legate al cambiamento climatico e alla necessità di pratiche agricole sostenibili.

Fonte originale

Titolo: Phenotypically wild barley shows evidence of introgression from cultivated barley

Estratto: Plant conservation hinges on preserving biodiversity, which is crucial for long-term adaptation. Multiple studies have reported genetic evidence of crop-to-wild introgression in phenotypically wild accessions of wild barley (Hordeum vulgare ssp. spontaneum). We examined 318 Wild Barley Diversity Collection (WBDC) accessions for evidence of introgression from cultivated barley. Using SNP genotype and exome capture data, we performed local ancestry inference between the 318 WBDC accessions and cultivated barley to identify genomic regions with evidence of introgression. Using the genomic intervals for well-characterized genes involved in domestication and improvement, we examined the evidence for introgression at genomic regions potentially important for maintaining a wild phenotype. Our analysis revealed that nearly 16% (48 of 318) of WBDC accessions showed evidence of introgression from cultivated barley, and up to 16.6% of the genome has been introgressed. All accessions identified as introgressed based on domestication-related phenotypes show clear genetic evidence of introgression. The size of runs of identity by state and local ancestry inference suggests that most introgression did not occur recently. This study suggests a long history of genetic exchange between wild and cultivated barley, highlighting the potential for introgression to influence the genetic makeup and future adaptation of wild populations, with implications for plant conservation strategies.

Autori: Peter L Morrell, C. Liu, L. Lei, M. Shao, J. D. Franckowiak, J. B. Pacheco, J. C. Scott, R. T. Gavin, J. K. Roy, A. H. Sallam, B. J. Steffenson

Ultimo aggiornamento: 2024-07-03 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.01.601622

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.01.601622.full.pdf

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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