Adattamenti dei batteri agli antibiotici
I batteri si adattano rapidamente agli antibiotici attraverso cambiamenti nei geni e mutazioni.
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Indice
I batteri possono adattarsi in fretta all'ambiente e sopravvivere in condizioni difficili. Un modo in cui lo fanno è cambiando quanto di un certo gene hanno. Questa dose genica può influenzare come cresce un batterio, come reagisce allo stress come i farmaci e addirittura quanto bene può sopravvivere.
Duplicazioni Geniche
Quando i batteri affrontano nuove sfide, come gli antibiotici, possono sviluppare mutazioni. Queste mutazioni possono risultare in avere copie extra di un gene, che spesso si riferisce a Duplicazione genica o amplificazione genica. Queste modifiche possono giocare un ruolo chiave in come i batteri si adattano a diverse situazioni. Ad esempio, alcune duplicazioni geniche sono state collegate a problemi seri come il cancro o infezioni resistenti ai trattamenti.
Le duplicazioni geniche accadono più frequentemente rispetto ad altri tipi di mutazioni, rendendole un modo comune per i batteri di adattarsi. Tuttavia, col passare del tempo, queste copie extra di gene possono essere perse, cambiate o usate in modo diverso dai batteri, a seconda della pressione ambientale e dei costi di mantenere geni extra.
Resistenza agli antibiotici
Quando i batteri incontrano antibiotici, a volte sviluppano mutazioni per sopravvivere. Spesso, queste mutazioni riguardano le duplicazioni geniche. Ad esempio, la resistenza ai farmaci può avvenire quando i geni che aiutano a combattere gli antibiotici diventano più attivi o sono copiati più volte. Questo processo può avvenire in fretta, permettendo ai batteri di tenere il passo con i farmaci che cercano di eliminarli.
Alcune evidenze suggeriscono che le variazioni nella dose genica sono più comuni nei batteri di quanto pensiamo. Infatti, quasi il 20% delle cellule batteriche in alcune popolazioni potrebbe avere duplicazioni di certi geni. Questa variabilità genetica può aiutare i batteri a sopravvivere a cambiamenti nel loro ambiente.
Dihidrofolato reduttasi
Un gene comunemente discusso nei batteri è il gene della diidrofolato reduttasi (DHFR). Questo gene è necessario per la crescita e la divisione dei batteri, poiché aiuta a produrre composti essenziali per la creazione di DNA e proteine. Quando vengono usati farmaci come il metotrexato o il trimetoprim contro i batteri, spesso prendono di mira il DHFR. Se un batterio ha più copie di questo gene, a volte può resistere agli effetti di questi farmaci.
Nell'E. Coli, un tipo di batterio comune studiato, il gene DHFR è conosciuto come folA. I ricercatori hanno scoperto varie mutazioni all'interno di folA che aiutano l'E. coli a resistere ai farmaci. Una scoperta interessante è che copie extra di folA possono portare a una maggiore produzione di proteine DHFR, che aiuta il batterio a sopravvivere in presenza di antibiotici.
Ricerca su E. coli e DHFR
In studi in cui l'E. coli è stato coltivato con una bassa dose di trimetoprim, i scienziati hanno scoperto che alcuni batteri sviluppavano resistenza dopo diverse generazioni. La maggior parte dei ceppi resistenti aveva mutazioni in folA, che portavano a un aumento della produzione di DHFR. Un altro approccio è stato quello di studiare un ceppo di E. coli privo di una proteina specifica nota come Lon. Questa proteina è responsabile della degradazione delle proteine danneggiate. Senza Lon, sono state osservate più duplicazioni geniche, suggerendo che Lon aiuta a regolare le copie geniche.
Attraverso esperimenti controllati, i ricercatori hanno esaminato come i cambiamenti nelle copie di folA influenzassero la resistenza dei batteri al trimetoprim. Hanno scoperto che i batteri con copie extra di folA potevano resistere al farmaco, ma affrontavano compromessi, come una crescita più lenta in certe condizioni.
Risultati dagli Esperimenti di Evoluzione
In un esperimento, gli scienziati hanno cresciuto E. coli in ambienti con diversi livelli di trimetoprim. Hanno monitorato i cambiamenti nel tempo per vedere come i batteri si adattavano. Alcuni batteri mantenevano livelli più alti di folA, mentre altri tornavano a una singola copia del gene. Sembra che sotto bassa pressione dei farmaci, le mutazioni con meno copie geniche fossero preferite.
Tuttavia, sotto una pressione più alta dei farmaci, alcuni batteri mantenevano copie extra di folA, dimostrando l'equilibrio dinamico tra le copie geniche e le mutazioni puntuali. Le mutazioni puntuali spesso forniscono un tipo di resistenza più stabile rispetto alle duplicazioni geniche, che possono essere perse nel tempo.
Fitness nei Batteri
Comprendere laIl concetto di "fitness" nei batteri si riferisce a quanto bene possono sopravvivere e riprodursi nel loro ambiente. Nel contesto della resistenza agli antibiotici, i batteri con la capacità di produrre di più di un enzima vitale come il DHFR possono prosperare. All'inizio degli esperimenti, la presenza di più copie di folA aumentava la fitness di fronte agli antibiotici. Tuttavia, nel tempo, con il cambiamento dell'ambiente, sono emerse mutazioni che permettevano che una singola copia di folA fosse sufficiente.
Interessante notare che i ceppi che mantenevano più copie di folA mostravano livelli più elevati di proteina DHFR, fornendo un vantaggio selettivo. Eppure, questo vantaggio poteva cambiare man mano che altre mutazioni emergevano all'interno del gene folA o del suo regolatore, portando a interazioni complesse tra dose genica e fitness.
Impatto della Pressione Ambientale
Le condizioni ambientali giocano un ruolo cruciale nel modellare l'evoluzione batterica. Negli studi, man mano che la pressione del trimetoprim aumentava, i batteri dovevano fare aggiustamenti rapidi. Inizialmente, quelli con più copie di folA erano favoriti, mentre in seguito, nuove mutazioni permettevano adattamenti che non si basavano così tanto su copie extra di geni.
I batteri mostravano anche tendenze diverse a tornare a meno copie di folA a seconda delle condizioni circostanti, suggerendo che la dose genica non è solo il risultato di cambiamenti genetici, ma anche una risposta alle esigenze ambientali.
Conclusione
In sintesi, i ricercatori hanno scoperto intuizioni significative su come i batteri come E. coli si adattano agli antibiotici attraverso cambiamenti nella dose genica e mutazioni. L'interazione tra questi fattori influisce sulle loro capacità di resistenza e sulla fitness complessiva.
Capire questi meccanismi non solo aiuta a illuminare i processi di evoluzione nei batteri, ma fornisce anche conoscenze preziose che possono informare strategie future per combattere la resistenza agli antibiotici. Studiando questi comportamenti, gli scienziati possono lavorare per sviluppare trattamenti più efficaci per gestire le infezioni batteriche in contesti clinici.
Titolo: Proteostasis modulates gene dosage evolution in antibiotic-resistant bacteria
Estratto: Evolution of gene expression frequently drives antibiotic resistance in bacteria. We had previously (Patel and Matange, eLife, 2021) shown that in Escherichia coli, mutations at the mgrB locus were beneficial in trimethoprim and led to overexpression of dihydrofolate reductase (DHFR), encoded by the folA gene. Here, we show that DHFR levels are further enhanced by spontaneous duplication of a genomic segment encompassing folA and spanning hundreds of kilobases. This duplication was rare in wild type E. coli. However, its frequency was elevated in a lon-knockout strain, altering the mutational landscape early during trimethoprim adaptation. We then exploit this system to investigate the relationship between trimethoprim pressure and folA copy number. During long-term evolution, folA duplications were frequently reversed. Reversal was slower under antibiotic pressure, first requiring the acquisition of point mutations in DHFR or its promoter. Unexpectedly, despite resistance-conferring point mutations, some populations under high trimethoprim pressure maintained folA duplication to compensate for low abundance DHFR mutants. We find that evolution of gene dosage depends on expression demand, which is generated by antibiotic and exacerbated by proteolysis of drug-resistant mutants of DHFR. We propose a novel role for proteostasis as a determinant of copy number evolution in antibiotic-resistant bacteria.
Autori: Nishad Matange, C. Jena, S. Chinnaraj, S. Deolankar
Ultimo aggiornamento: 2024-07-17 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.15.603526
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.15.603526.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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