Resilienza del DNA: Scoperte sulle Mutazioni del Cancro
Uno studio rivela come il DNA resista alle mutazioni che possono portare al cancro.
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Indice
Il Cancro si verifica quando le cellule del corpo iniziano a crescere e dividersi in un modo anomalo. Questa crescita anomala può essere causata da cambiamenti nelle cellule, noti come Mutazioni. Queste mutazioni possono svilupparsi nel tempo e trasformare cellule sane in cellule tumorali. I ricercatori vogliono sapere di più su queste mutazioni per capire perché si forma il cancro e come progredisce.
Gli scienziati studiano spesso le mutazioni per vedere come contribuiscono al cancro. Tuttavia, a volte trascurano come il nostro DNA reagisce a queste mutazioni. Il nostro DNA non è solo un bersaglio passivo; può cambiare e adattarsi nel tempo per resistere agli effetti delle mutazioni.
Tipi di Sistemi Biologici
Gli esseri viventi possono rispondere allo stress in due modi principali: essere robusti o essere evolvibili. I sistemi robusti possono resistere ai cambiamenti nel loro ambiente senza perdere la loro funzione di base. Per esempio, il nostro corpo mantiene una temperatura stabile nonostante le variazioni del clima esterno. D'altra parte, i sistemi evolvibili possono cambiare nel corso delle generazioni, permettendo alle specie di adattarsi a nuovi ambienti o sfide.
Il cancro è visto come un sistema in evoluzione che può cambiare in risposta all'ambiente, proprio come alcuni organismi si adattano e sopravvivono in condizioni mutevoli. Capire come le cellule normali mantengono stabilità contro le mutazioni può aiutarci a capire perché alcune persone si ammalano di cancro mentre altre no.
Studio delle Mutazioni
I ricercatori hanno condotto molti studi per monitorare i cambiamenti nelle cellule tumorali nel tempo. Possono esaminare l'ordine delle mutazioni, ma spesso trascurano i motivi complessivi dietro quei cambiamenti nel nostro intero DNA. Per avere una visione migliore, gli scienziati hanno sviluppato metodi per analizzare l'intero Genoma e catalogare i tipi di mutazioni coinvolte. Questo consente ai ricercatori di vedere schemi in come avvengono le mutazioni.
Uno di questi metodi esamina l'intera sequenza di DNA in una volta per capire come diverse parti del genoma rispondono alle mutazioni. In questo studio, i ricercatori hanno usato uno strumento di simulazione per indagare quanto siano stabili diverse parti del nostro DNA sotto vari tipi di mutazioni.
Lo Strumento di Simulazione
Lo strumento di simulazione, Sinabro, è stato progettato per misurare quanto stress una particolare parte del nostro DNA può sopportare prima di cambiare la proteina per cui codifica. Usando questo strumento, gli scienziati possono introdurre una mutazione alla volta e vedere come si comporta ciascuno dei geni.
I ricercatori credono che il genoma umano abbia sviluppato la capacità di essere forte contro molti tipi di mutazioni. Nel loro studio, hanno testato più di 70.000 Proteine nel DNA umano per misurare quanto bene resistono a diversi tipi di mutazioni.
Risultati dello Studio
I risultati hanno rivelato che il nostro DNA è particolarmente resiliente a un tipo specifico di mutazione causata da una proteina chiamata APOBEC. Questa proteina aiuta a proteggere le cellule dai virus, ma può anche contribuire al cancro. Hanno scoperto che determinate parti del nostro DNA possono sopportare un'incredibile quantità di cambiamenti prima di influenzare la funzione complessiva della proteina.
Interessantemente, lo studio ha anche rivelato che i geni sono più robusti contro certi tipi di mutazioni, in particolare quelle che cambiano una singola base nella sequenza di DNA. Gli scienziati hanno scoperto che l'arrangiamento delle basi nel DNA influisce su quanto sia robusta una regione contro specifici processi mutazionali.
Confronto con Altre Specie
Per capire come il DNA umano si confronta con quello di altri animali, i ricercatori hanno esaminato due diverse specie di pipistrelli. I pipistrelli sono noti per la loro lunga vita e si sono adattati in modi notevoli per proteggersi dai tumori che colpiscono spesso altri animali. Lo studio ha rivelato che una specie di pipistrello aveva una maggiore resilienza alle mutazioni rispetto agli esseri umani e a un'altra specie di pipistrello. Questo suggerisce che i pipistrelli si sono evoluti per gestire efficacemente le pressioni delle mutazioni.
Robustezza
Importanza dellaLa capacità del DNA di resistere ai cambiamenti è cruciale per la sopravvivenza degli organismi viventi. Anche se le mutazioni sono una parte naturale della vita, capire come gli organismi mantengono la stabilità può aiutare gli scienziati a sviluppare migliori trattamenti contro il cancro. Lo studio mostra che certi tipi di mutazioni sono più dannosi di altri.
Inoltre, lo studio suggerisce che specifiche parti del nostro DNA sono migliori nel gestire le mutazioni collegate al cancro. Questa conoscenza potrebbe aiutare i ricercatori a trovare nuovi modi per proteggere le cellule sane dal diventare cancerose.
Risultati Chiave e Direzioni Future
In sintesi, questo studio fa luce sulla complessa relazione tra le mutazioni e la resilienza del DNA. Comprendendo i modelli di come il DNA risponde alle mutazioni, i ricercatori possono ottenere preziose intuizioni sul cancro e sul suo sviluppo.
La ricerca apre nuove possibilità per studiare come diverse specie affrontano le mutazioni e il ruolo che l'invecchiamento gioca nella formazione del cancro. I risultati potrebbero portare a progressi nelle strategie di prevenzione e trattamento del cancro, sottolineando l'importanza di esplorare ulteriormente questo campo.
Esaminando come il nostro genoma resiste allo stress mutazionale, gli scienziati possono continuare a esplorare la dinamica del cancro e i meccanismi che lo sostengono, contribuendo infine a migliori risultati di salute per gli individui che affrontano questa malattia.
Titolo: Human and bats genome robustness under COSMIC mutational signatures
Estratto: Carcinogenesis is an evolutionary process, and mutations can fix the selected phenotypes in selective microenvironments. Both normal and neoplastic cells are robust to the mutational stressors in the microenvironment to the extent that secure their fitness. To test the robustness of genes under a range of mutagens, we developed a sequential mutation simulator, Sinabro, to simulate single base substitution under a given mutational process. Then, we developed a pipeline to measure the robustness of genes and cells under those mutagenesis processes. We discovered significant human genome robustness to the APOBEC mutational signature SBS2, which is associated with viral defense mechanisms and is implicated in cancer. Robustness evaluations across over 70,000 sequences against 41 signatures showed higher resilience under signatures predominantly causing C-to-T (G-to-A) mutations. Principal component analysis indicates the GC content at the codons wobble position significantly influences robustness, with increased resilience noted under transition mutations compared to transversions. Then, we tested our results in bats at extremes of the lifespan-to-mass relationship and found the long-lived bat is more robust to APOBEC than the short-lived one. By revealing robustness to APOBEC ranked highest in human (and bats with much more than number of APOBEC) genome, this work bolsters the key potential role of APOBECs in aging and cancer, as well as evolved countermeasures to this innate mutagenic process. It also provides the baseline of the human and bat genome robustness under mutational processes associated with aging and cancer. HighlightsO_LISinabro, the sequential mutation simulator, facilitates measuring the robustness of human protein-coding sequences under all COSMIC mutational signatures. C_LIO_LIRobustness under APOBEC mutational signatures showed the largest mean and standard deviation in the human genome. C_LIO_LIRobustness to mutational signatures analysis reveals the role of APOBECs is complementary to cancer in the evolvability of cancer cells in later stages. C_LIO_LIPrincipal component analysis indicates that the GC content at the codons wobble position significantly influences robustness. C_LIO_LIA long-lived bat (Myotis myotis) has higher robustness to APOBECs than a short-lived one (Molossus molossus) than humans. C_LI
Autori: Mehdi Damaghi, J.-H. Song, Y. Zeng, L. M. Davalos, T. MacCarthy, M. Larijani
Ultimo aggiornamento: 2024-09-13 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.05.611453
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.05.611453.full.pdf
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