Approfondimenti sulla produzione di energia dei batteri Treponema
La ricerca svela risultati chiave sugli enzimi generatori di energia dei batteri Treponema.
― 5 leggere min
Indice
Il Treponema è un gruppo di batteri a forma di spirale. Questi batteri si possono trovare in tanti esseri viventi, da insetti a umani. Alcuni di questi batteri possono causare malattie gravi nelle persone, come la sifilide, il bejel e la yaws. Queste malattie possono creare grossi problemi di salute, e c'è stato un preoccupante aumento dei casi di sifilide, in particolare la sifilide congenita, dove una madre trasmette la malattia al suo bambino durante il parto. Questo può portare a aborto, morte dei neonati e tanti problemi di salute per i nascituri.
Per affrontare meglio queste malattie, è importante capire di più su come lavorano questi batteri. Però, studiare i batteri Treponema in laboratorio non è facile. Un tipo patogeno per gli esseri umani, il T. pallidum, è stato coltivato continuamente in laboratorio solo di recente, richiedendo cellule umane specifiche per crescere. Perciò, i ricercatori hanno esplorato lo stile di vita di questi batteri in vari modi, usando tecniche che studiano la loro struttura, comportamento in soluzioni e processi chimici.
Caratteristiche Uniche del Treponema
La ricerca ha portato alla scoperta di nuovi aspetti su come funzionano questi batteri. Tra le scoperte importanti c'è un tipo speciale di trasportatore che aiuta i batteri ad assorbire nutrienti, un nuovo tipo di trasportatore per i nucleotidi, e una proteina che aiuta a gestire i livelli di metallo all'interno dei batteri.
Un aspetto significativo del metabolismo di T. pallidum riguarda un sistema chimico che si basa principalmente su flavine, che sono un tipo di cofattore fondamentale per varie reazioni biologiche. È interessante notare che questo batterio manca di molte enzimi a base di ferro, che sono comuni in altri organismi. Invece, ha sistemi che sfruttano le flavine e ha anche una via per degradare il D-lattato, che alla fine produce energia sotto forma di ATP (adenosina trifosfato) e acetato.
Il Ruolo dell'Acetato Chinasi
In questo report, ci si concentra su un enzima specifico coinvolto in questo processo di generazione di energia chiamato acetato chinasi. Questo enzima aiuta a convertire l'acetil-fosfato e l'ADP (adenosina difosfato) in ATP. I ricercatori hanno identificato una proteina chiamata TP0476 in T. pallidum che probabilmente funge da questo acetato chinasi. Per capire meglio, hanno prodotto e purificato questa proteina, ma il suo comportamento nei test di laboratorio non era molto consistente. Così, hanno spostato la loro attenzione su una proteina simile di T. vincentii chiamata TV0924, che ha funzionato meglio in condizioni di laboratorio.
Confronto tra TP0476 e TV0924
Sia TP0476 che TV0924 possono catalizzare la conversione di acetil-fosfato e ADP in ATP. Tuttavia, TV0924 è molto più efficace di TP0476 in questa reazione. L'efficienza di TV0924 è significativamente più alta, il che significa che produce ATP più efficacemente rispetto a TP0476. La differenza nelle prestazioni sembra derivare principalmente dalla velocità con cui ogni enzima funziona piuttosto che da come si legano ai loro substrati.
I ricercatori hanno anche studiato la stabilità di queste proteine a diverse temperature. Hanno scoperto che TP0476 è meno stabile di TV0924 quando riscaldata, il che potrebbe spiegare alcune delle differenze nel loro comportamento.
Comprendere la Struttura di TV0924
I ricercatori sono riusciti a cristallizzare TV0924, permettendo loro di indagare sulla sua struttura. Hanno scoperto che la struttura cristallina rivelava caratteristiche simili ad altri acetato chinasi noti. La struttura presenta aree distinte o domini, ognuno con ruoli specifici, inclusa una sede attiva dove avvengono le reazioni.
Interessante, TV0924 ha una parte più lunga alla fine della sua struttura rispetto ad altri enzimi correlati. Questa sezione aggiuntiva non è vicina alla sede attiva, quindi non è chiaro quale ruolo possa avere.
Meccanismo ed Attività dell'Enzima
Il team di ricerca ha anche esaminato la sede attiva di TV0924 per capire come funziona. Hanno co-cristallizzato la proteina con ADP e magnesio, che sono componenti coinvolti nella sua funzione. Hanno trovato che, sebbene l'ADP si legasse alla proteina, non c'erano prove di alcune parti della molecola che si aspettavano di vedere, suggerendo che il legame potrebbe non essere esatto o che alcune parti erano disordinate.
Alterando specifici amminoacidi nella proteina, i ricercatori potevano capire quali erano essenziali per l'attività dell'enzima. Molte di queste versioni cambiate della proteina hanno mostrato significative diminuzioni di attività, confermando che quelle parti originali sono critiche per il buon funzionamento dell'enzima.
Cosa Significa Tutto Questo
Attraverso questi studi, i ricercatori hanno confermato che TV0924 è un valido acetato chinasi. Hanno dimostrato che può generare efficacemente ATP a partire da acetil-fosfato e ADP, dimostrando che è una parte importante del percorso energetico dei batteri da cui proviene.
D'altra parte, TP0476, pur avendo un'alta somiglianza con TV0924, ha mostrato differenze nel suo comportamento e nella sua efficacia. Tuttavia, sembra svolgere un ruolo simile come acetato chinasi nel proprio ambiente batterico. Entrambe le proteine presentano anche un'estensione C-terminale unica nelle loro strutture, che non è presente nella maggior parte degli altri acetato chinasi.
Conclusione
La ricerca offre importanti spunti su come funzionano alcuni batteri Treponema, focalizzandosi in particolare sui loro percorsi di produzione energetica. Comprendere questi processi è cruciale, specialmente data l'aumento dei casi di malattie causate da questi batteri. Questa conoscenza potrebbe portare a migliori strategie per trattare e prevenire i problemi di salute associati a loro.
In sintesi, questo studio evidenzia l'importanza di due enzimi chiave, TV0924 e TP0476, che mostrano le capacità metaboliche distintive delle specie Treponema. È necessaria ulteriori ricerche per comprendere appieno questi organismi e il loro impatto sulla salute umana.
Titolo: Biophysical and biochemical evidence for the role of acetate kinases (AckAs) in an acetogenic pathway in pathogenic spirochetes
Estratto: Unraveling the metabolism of Treponema pallidum is a key component to understanding the pathogenesis of the human disease that it causes, syphilis. For decades, it was assumed that glucose was the sole carbon/energy source for this parasitic spirochete. But the lack of citric-acid-cycle enzymes suggested that alternative sources could be utilized, especially in microaerophilic host environments where glycolysis should not be robust. Recent bioinformatic, biophysical, and biochemical evidence supports the existence of an acetogenic energy-conservation pathway in T. pallidum and related treponemal species. In this hypothetical pathway, exogenous D-lactate can be utilized by the bacterium as an alternative energy source. Herein, we examined the final enzyme in this pathway, acetate kinase (named TP0476), which ostensibly catalyzes the generation of ATP from ADP and acetyl-phosphate. We found that TP0476 was able to carry out this reaction, but the protein was not suitable for biophysical and structural characterization. We thus performed additional studies on the homologous enzyme (75% amino-acid sequence identity) from the oral pathogen Treponema vincentii, TV0924. This protein also exhibited acetate kinase activity, and it was amenable to structural and biophysical studies. We established that the enzyme exists as a dimer in solution, and then determined its crystal structure at a resolution of 1.36 [A], showing that the protein has a similar fold to other known acetate kinases. Mutation of residues in the putative active site drastically altered its enzyme activity. A second crystal structure of TV0924 in the presence of AMP (at 1.3 [A] resolution) provided insight into the binding of one of the enzymes substrates. On balance, this evidence strongly supported the roles of TP0476 and TV0924 as acetate kinases, buttressing the existence of the acetogenic pathway in pathogenic treponemes.
Autori: Chad A. Brautigam, R. Deka, S.-C. Tso, W. Liu
Ultimo aggiornamento: 2024-10-13 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.12.617992
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.12.617992.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.
Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.