Virus Giganti: Nuove Scoperte dalla Finlandia
Il Jyvaskylavirus scoperto in Finlandia amplia la conoscenza sui virus giganti nell'ambiente.
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Indice
- La sorpresa dell'Acanthamoeba Polyphaga Mimivirus
- Caratteristiche dei virus giganti
- Scoperte nell'ambiente
- Importanza dell'isolamento e caratterizzazione
- Sfide nell'analisi strutturale
- Trovare virus giganti in Finlandia
- Jyvaskylavirus: un nuovo virus gigante
- Comprendere le interazioni ospite-virus
- Esaminare i processi intracellulari
- Caratteristiche strutturali del Jyvaskylavirus
- Analisi genetica del Jyvaskylavirus
- Implicazioni per i virus ambientali
- Sommario delle scoperte
- Conclusione
- Fonte originale
- Link di riferimento
I virus sono piccole particelle che possono infettare le cellule viventi. Possono essere semplici o molto complessi. Un gruppo interessante di virus è chiamato Virus Giganti. Questi virus sono molto più grandi dei virus tipici. Sono importanti per gli scienziati perché mettono in discussione ciò che sappiamo sulla biologia. Negli ultimi anni, i ricercatori sono rimasti sorpresi nel trovare virus giganti in ambienti diversi.
La sorpresa dell'Acanthamoeba Polyphaga Mimivirus
Nel 2003, gli scienziati hanno scoperto un virus gigante chiamato Acanthamoeba polyphaga mimivirus (APMV). Questo virus era stato trascurato per molti anni, nascosto in bella vista. La sua grande dimensione lo ha reso difficile da catturare usando i filtri standard solitamente impiegati negli studi sui virus. Inoltre, la sua struttura permetteva di vederlo utilizzando una tecnica di colorazione comune in microbiologia, ma non spesso usata per i virus. Gli ospiti di questi virus giganti, come certi tipi di amebe, non sono studiati tanto quanto altri potenziali ospiti, rendendoli più difficili da trovare.
Caratteristiche dei virus giganti
I virus giganti hanno alcune caratteristiche uniche. Hanno genomi a DNA a doppia filamento, che è simile ad altri tipi di organismi viventi. Possiedono diversi geni fondamentali, possono replicarsi parzialmente da soli e spesso creano strutture all'interno delle cellule ospiti dove si moltiplicano. A causa di questi tratti, sono raggruppati con altri virus a DNA grandi. Il Comitato Internazionale per la Tassonomia dei Virus ha classificato i virus giganti in un gruppo specifico, evidenziando ulteriormente la loro unicità.
Scoperte nell'ambiente
Studi recenti mostrano che i virus giganti si trovano quasi ovunque nell'ambiente. Sono stati rilevati in luoghi estremi come l'Antartide e il permafrost della Siberia. Appaiono anche nei sedimenti marini profondi e in varie aree urbane. Questa scoperta è significativa perché suggerisce che i virus giganti siano più comuni di quanto si pensasse in precedenza.
Gli scienziati sono ansiosi di isolare e studiare ulteriormente questi virus. Comprenderli meglio potrebbe aiutarci a sapere di più sul loro ruolo nell'ecosistema e su come interagiscono con altri microrganismi.
Importanza dell'isolamento e caratterizzazione
Gli scienziati hanno lavorato duramente per isolare i virus giganti per saperne di più. Una scoperta importante è stata il Marseillevirus, che ha dimostrato la complessità e la varietà delle caratteristiche presenti nei virus giganti. Altri virus, come il Pandoravirus e il Tupanvirus, hanno mostrato strutture uniche e potenziali funzioni. Ognuno di questi virus contribuisce a una comprensione ridefinita di cosa possano fare i virus e di come evolvono.
Mentre i ricercatori continuano a isolare più virus giganti, ci si aspetta che emergano nuove intuizioni sulla loro diversità e significato. Questi sforzi potrebbero anche portare a scoperte su come questi virus si distribuiscono e interagiscono con altri microrganismi in tutto il mondo.
Sfide nell'analisi strutturale
Analizzare la struttura dei virus giganti comporta le sue sfide. La grande dimensione di questi virus complica le tecniche di imaging tradizionali. Tuttavia, i progressi nella microscopia elettronica criogenica (cryo-EM) hanno reso possibile studiarne le strutture in dettaglio.
Studi recenti che utilizzano la cryo-EM hanno rivelato dettagli intricati su vari virus giganti. Queste indagini hanno messo in evidenza la complessità della loro architettura e come si assemblano. Ad esempio, sono stati fatti progressi significativi nella comprensione della struttura del virus della peste suina africana e di altri virus simili.
Trovare virus giganti in Finlandia
In Finlandia, gli scienziati hanno esaminato gli ambienti locali per la presenza di virus giganti. Nell'estate del 2019, test preliminari hanno suggerito che virus giganti potrebbero trovarsi nella Finlandia centrale. I ricercatori hanno raccolto numerosi campioni ambientali e hanno iniziato a isolare amebe e virus giganti da questi campioni.
Usando diversi ceppi di amebe per far crescere i virus in laboratorio, gli scienziati sono stati in grado di confermare la presenza di virus giganti in alcuni campioni. Tra i virus scoperti c'era il Jyvaskylavirus, isolato da un campione di compost nella città di Jyväskylä.
Jyvaskylavirus: un nuovo virus gigante
Si crede che il Jyvaskylavirus appartenga a una famiglia di virus giganti chiamata Marseilleviridae. Questa scoperta è significativa perché rappresenta il primo virus gigante isolato dalla Finlandia. Il virus ha un Genoma composto da centinaia di migliaia di coppie di basi, contenente molti geni che potrebbero codificare per proteine con varie funzioni.
Durante l'analisi, è stato notato che una grande parte dei geni nel Jyvaskylavirus era ancora non caratterizzata, indicando che c'è molto da imparare su questi virus. Lo studio del Jyvaskylavirus ha dimostrato l'importanza degli ambienti locali nella comprensione della diversità dei virus.
Comprendere le interazioni ospite-virus
Per capire come il Jyvaskylavirus interagisce con la sua ameba ospite, i ricercatori hanno utilizzato metodi di imaging avanzati. Hanno utilizzato la microscopia a ioni di elio per visualizzare come il virus si attacca alla superficie dell'ameba. Questa tecnica ha permesso agli scienziati di osservare i primi eventi dell'attacco e dell'entrata del virus nella cellula ospite.
Le immagini dettagliate hanno rivelato gruppi di virus sulla superficie dell'ameba. Alcune cellule mostravano segni di infezione, con molte particelle virali attaccate alle loro membrane. Questi dati forniscono informazioni su come i virus giganti infettano le amebe e su come iniziano il loro ciclo di replicazione una volta dentro l'ospite.
Esaminare i processi intracellulari
Una volta dentro la cellula ospite, il Jyvaskylavirus inizia a replicarsi. È stata condotta una microscopia elettronica di trasmissione per osservare i processi interni dell'ameba infettata dal virus. I ricercatori hanno scoperto che il virus produceva molte copie all'interno della cellula, portando alla formazione di grandi fabbriche virali.
Queste fabbriche sono aree dove vengono assemblate nuove particelle virali prima di essere rilasciate nell'ambiente. Lo studio ha messo in evidenza i dettagli strutturali di questi assemblaggi, mostrando come il virus riesca a replicarsi e proliferare efficacemente all'interno del suo ospite.
Caratteristiche strutturali del Jyvaskylavirus
La struttura 3D del Jyvaskylavirus è stata determinata utilizzando la cryo-EM ad alta risoluzione. Questa risoluzione rivela che il virus ha una forma icosahedrica, una struttura comune a molti virus. Lo spessore della sua membrana proteica e la sua geometria unica sono stati visualizzati, fornendo informazioni preziose su come il virus è costruito.
La proteina principale del capside, che costituisce il guscio esterno del virus, è stata studiata specificamente. Questa proteina ha un modello strutturale che aiuta a mantenere l'integrità della particella virale e facilita il suo assemblaggio.
Analisi genetica del Jyvaskylavirus
Anche il profilo genetico del Jyvaskylavirus è stato analizzato a fondo. Confrontando il suo genoma con altri virus giganti noti, i ricercatori hanno identificato somiglianze e differenze. Questa analisi aiuta a collocare il Jyvaskylavirus nel contesto più ampio dei virus noti e informa gli scienziati sulle sue potenziali relazioni evolutive.
Inoltre, la presenza di geni unici codificanti proteine nel Jyvaskylavirus apre nuove vie di ricerca. Comprendere questi geni può far luce sulle funzioni dei virus giganti e su come influenzino i loro ambienti.
Implicazioni per i virus ambientali
La scoperta del Jyvaskylavirus e di virus giganti simili in diverse parti del mondo sottolinea la necessità di ulteriori ricerche sui virus nell'ambiente. Queste scoperte puntano a una vasta diversità di vita virale che rimane per lo più inesplorata.
La ricerca futura potrebbe concentrarsi su come questi virus impattino gli ecosistemi locali, influenzino le comunità microbiche e interagiscano persino con i cambiamenti ambientali. Comprendere il ruolo dei virus in questi contesti può aiutare a chiarire la loro importanza nella salute ecologica.
Sommario delle scoperte
Il Jyvaskylavirus è una scoperta importante che arricchisce la crescente conoscenza sui virus giganti. Dimostra che anche in regioni meno studiate come la Finlandia, si possono trovare virus unici che contribuiscono alla nostra comprensione della diversità virale.
I metodi utilizzati per isolare e caratterizzare il Jyvaskylavirus illustrano il potenziale per nuove scoperte in virologia ambientale. Man mano che i ricercatori continuano a studiare questi virus, potrebbero rivelare nuove intuizioni sulle loro funzioni, interazioni e importanza nel mondo.
Conclusione
L'esplorazione di virus giganti come il Jyvaskylavirus è appena iniziata. Questo campo di ricerca promette di svelare nuovi aspetti della biologia e del ruolo dei virus in natura. Sforzi continui per localizzare, isolare e studiare questi virus potrebbero portare a una maggiore apprezzamento della complessità della vita e dell'interconnessione degli organismi viventi nel nostro mondo.
In generale, i virus giganti sfidano la nostra comprensione e spingono i confini di ciò che sappiamo sui virus, offrendo opportunità entusiasmanti per future ricerche.
Titolo: Genomic and structural insights into Jyvaskylavirus, the first giant virus isolated from Finland
Estratto: Giant viruses of protists are a diverse and likely ubiquitous group of organisms. Here, we describe Jyvaskylavirus, the first giant virus isolated from Finland. This clade B marseillevirus was found in Acanthamoeba castellanii from a composting soil sample in Jyvaskyla, Central Finland. Its genome shares similarities with other marseilleviruses, including conserved Nucleocytoviricota genes, histone-like genes, and three unique ORFans. Helium ion microscopy and electron microscopy of infected cells unraveled stages of the Jyvaskylavirus lifecycle, such as single virions attached to the cell membrane, likely triggering endocytosis, and virus-rich vesicle formation within the cytoplasm. We also reconstructed the Jyvaskylavirus particle to 6.3 [A] resolution using cryo-EM. The [~]2,500 [A] diameter virion displays structural similarities to other Marseilleviridae giant viruses. The capsid comprises of 9,240 copies of the major capsid protein ORF184, which possesses a double jellyroll fold arranged in trimers forming pseudo-hexameric capsomers. Below the capsid shell, the internal membrane vesicle encloses the genome. Through cross-structural and -sequence comparisons with other Marseilleviridae using AI-based software in model building and prediction, we elucidated ORF142 as the penton protein, which plugs the twelve vertices of the capsid. Five additional ORFs were identified, with models predicted and fitted into densities that either cap the capsomers externally or stabilize them internally. The isolation of Jyvaskylavirus, along with other virus-like particles, not only suggests that these viruses may be widespread in the boreal environment but also provide insights extendable to other marseilleviruses, addressing the previously lacking structural data on minor capsid proteins.
Autori: Gabriel Magno de Freitas Almeida, M. Leppänen, B. L. de Azevedo, J. S. Abrahao, J. Andreani, D. Zabeo, J. J. Ravantti, I. Arriaga, N. G. Abrescia, L.-R. Sundberg
Ultimo aggiornamento: 2024-10-17 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.16.618641
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.16.618641.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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